Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_02936
- Subject:
- NR_104380.1
- Aligned Length:
- 2563
- Identities:
- 1614
- Gaps:
- 737
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GGCCTCGGTCTTCCTTCCGGGTCGCGCTGGGCCGGGCCCGCCGCCGCGGCAGCAGCACGGGATACTGGGAGCCG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TCTCCTGCTGCCCACGCTGCGGGCTTGCGGCGAAGCTCTGTTCGCCCAGTTCCGGACCCTGCAGGGCTGTCTCA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TCTCAGCATCTGTAGGTGAAAGCAGCATGCATGTTTCAGACACGTGGATGGGCACCAACTCCTGTGCTTCCCGT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GTGTGTCAGGTGACCTGTCAAGCCAGGACCATCCTTCAGAGTTCATGCATCTCACCGAGGACACCTGACCTTTT 296
Query 1 -----------------------ATGTCACCGGTCTTTCCCATGTTAACAGTTCTGACCATGTTTTATTATATA 51
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 297 GAAGCTTCATAATTCACGACTAGATGTCACCAGTCTTTCCCATGTTAACAGTTCTGACCATGTTTTATTATATG 370
Query 52 TGCCTTCGGCGCCGAGCCAGGACAGCTACAAGAGGAGAAATGATGAACACCCATAGAGCTATAGAATCAAACAG 125
|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||..||||||..||||||||
Sbjct 371 TGCCTTCGGCGTCGAGCCAGGACAGCTACAAGAGGAGATATGATGAACAGCCATAGGACTATAGTGTCAAACAG 444
Query 126 CCAGACTTCCCCTCTCAATGCAGAGGTAGTCCAGTATGCCAAAGAAGTAGTGGATTTCAGTTCCCATTATGGAA 199
||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 445 CCGGACTTCCCCTCTCAATGCAGAGGTGGTCCAGTATGCTAAAGAAGTGGTGGATTTCAGTTCCCATTACGGCA 518
Query 200 GTGAGAATAGTATGTCCTATACTATGTGGAATTTGGCTGGTGTACCAAATGTATTCCCAAGTTCTGGTGACTTT 273
|||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 519 GTGAGAACAGTATGTCCTATACCATGTGGAATTTGGCAGGTGTACCAAATGTCTTCCCAAGTTCTGGTGACTTC 592
Query 274 ACTCAGACAGCTGTGTTTCGAACTTATGGGACATGGTGGGATCAGTGTCCTAGTGCTTCCTTGCCATTCAAGAG 347
||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||
Sbjct 593 ACGCAGACGGCTGTGTTTCGAACTTATGGGACGTGGTGGGATCAGTGTCCTAGTGCTTCCTTGCCATTCAGAAG 666
Query 348 GACGCCACCTAATTTTCAGAGCCAGGACTATGTGGAACTTACTTTTGAACAACAGGTGTATCCTACAGCTGTAC 421
|||.||..|.|.|||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||.|
Sbjct 667 GACACCGTCCAGTTTCCAGAGCCAGGACTATGTGGAACTGACTTTTGAGCAGCAAGTGTACCCCACGGCTGTCC 740
Query 422 ATGTTCTAGAAACCTATCATCCCGGAGCAGTCATTAGAATTCTCGCTTGTTCTGCAAATCCTTATTCCCCAAAT 495
||||.||.||.||.||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 741 ATGTGCTGGAGACTTACCATCCTGGAGCAGTCATCAGAATTCTGGCCTGCTCAGCAAATCCCTACTCCCCAAAT 814
Query 496 CCACCAGCTGAAGTAAGATGGGAGATTCTTTGGTCAGAGAGACCTACGAAGGTGAATGCTTCCCAAGCTCGCCA 569
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 815 CCTCCAGCTGAAGTAAGATGGGAGATTCTTTGGTCAGAGAGACCTATGAAGGTGAATGCTTCCCAGGCTCGTCA 888
Query 570 GTTTAAACCTTGTATTAAGCAGATAAATTTCCCCACAAATCTTATACGACTGGAAGTAAATAGTTCTCTTCTGG 643
|||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 889 GTTTAAACCTTGTATTAAGCAAATAAATTTCCCTACAAACCTCATACGACTGGAAGTCAATAGTTCTCTTCTGG 962
Query 644 AATATTACACTGAATTAGATGCAGTTGTGCTACATGGTGTGAAGGACAAGCCAGTGCTTTCTCTCAAGACTTCA 717
|.||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||..|||||||||||||.||||.||||||||||||.|.
Sbjct 963 ATTATTACACCGAACTAGATGCAGTTGTGCTGCATGGTACGAAGGACAAGCCACTGCTCTCTCTCAAGACTGCT 1036
Query 718 CTTATTGACATGAATGATATAGAAGATGATGCCTATGCAGAAAAGGATGGTTGTGGAATGGACAGTCTTAACAA 791
|||.|.||||||||||||.||||||||||.|.|||||.|||.||||||||.||||..|||||...|||||||||
Sbjct 1037 CTTGTAGACATGAATGATCTAGAAGATGACGACTATGAAGAGAAGGATGGCTGTGAGATGGATGCTCTTAACAA 1110
Query 792 AAAGTTTAGCAGTGCTGTCCTCGGGGAAGGGCCAAATAATGGGTATTTTGATAAACTACCTTATGAGCTTATTC 865
|||||||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1111 AAAGTTTAGCAGTGCTGCCCTTGGGGATGGGCCACATAATGGGTATTTTGACAAACTACCATATG--------- 1175
Query 866 AGCTGATTCTGAATCATCTTACACTACCAGACCTGTGTAGATTAGCACAGACTTGCAAACTACTGAGCCAGCAT 939
||||||||||||||||||.||||||||||..||.||...|||||||
Sbjct 1176 ----------------------------AGACCTGTGTAGATTAGCCCAGACTTGCAGGCTTCTCCACCAGCAT 1221
Query 940 TGCTGTGATCCTCTGCAATACATCCACCTCAATCTGCAACCATACTGGGCAAAACTAGATGACACTTCTCTGGA 1013
||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||....||.||.|||||.||.|||||
Sbjct 1222 TGCTGTGATCCTCTGCAATATATCCACCTCAACCTGCAGCCATACTGGGCCCGGCTGGACGACACGTCACTGGA 1295
Query 1014 ATTTCTACAGTCTCGCTGCACTCTTGTCCAGTGGCTTAATTTATCTTGGACTGGCAATAGAGGCTTCATCTCTG 1087
.||.||||||.|||||||....||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 1296 GTTCCTACAGGCTCGCTGTGTGCTTGTCCAGTGGCTTAATCTGTCTTGGACTGGCAACAGAGGGTTCATCTCTG 1369
Query 1088 TTGCAGGATTTAGCAGGTTTCTGAAGGTTTGTGGATCCGAATTAGTACGCCTTGAATTGTCTTGCAGCCACTTT 1161
|..|||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 1370 TATCAGGATTTAGCAGGTTTCTAAAGGTGTGTGGGTCTGAGTTAGTACGCCTTGAGTTATCCTGCAGCCACTTT 1443
Query 1162 CTTAATGAAACTTGCTTAGAAGTTATTTCTGAGATGTGTCCAAATCTACAGGCCTTAAATCTCTCCTCCTGTGA 1235
||||||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|.||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1444 CTTAATGACACTTGCTTGGAGGTTATTTCTGAAATGTGCCCAAATCTACAAGACTTAAATCTCTCATCCTGCGA 1517
Query 1236 TAAGCTACCACCTCAAGCTTTCAACCACATTGCCAAGTTATGCAGCCTTAAACGACTTGTTCTCTATCGAACAA 1309
|||.||.||||||||.|||||...|||.||||||||||||||||||||.||..|.||||||||||||||.||||
Sbjct 1518 TAAACTCCCACCTCAGGCTTTTGGCCATATTGCCAAGTTATGCAGCCTCAAGAGGCTTGTTCTCTATCGGACAA 1591
Query 1310 AAGTAGAGCAAACAGCACTGCTCAGCATTTTGAACTTCTGTTCAGAGCTTCAGCACCTCAGTTTAGGCAGTTGT 1383
|||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..|.|||||.|||
Sbjct 1592 AAGTAGAGCAAACAGCACTACTGAGCATTTTGAACTTCTGTGCAGAGCTTCAGCACCTCAGCCTGGGCAGCTGT 1665
Query 1384 GTCATGATTGAAGACTATGATGTGATAGCTAGCATGATAGGAGCCAAGTGTAAAAAACTCCGGACCCTGGATCT 1457
||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||..|||||||
Sbjct 1666 GTGATGATTGAAGATTATGATGTGATAGCCAGCATGATAGGAGCCAAGTGTAAAAACCTGCGGACTTTGGATCT 1739
Query 1458 GTGGAGATGTAAGAATATTACTGAGAATGGAATAGCAGAACTGGCTTCTGGGTGTCCACTACTGGAGGAGCTTG 1531
|||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||..||||||||||.|||...||.||.|||||.||||
Sbjct 1740 GTGGAGATGCAAGAATATCACCGAGAATGGGATAGCAGAGTTGGCTTCTGGCTGTGTTCTTCTTGAGGAACTTG 1813
Query 1532 ACCTTGGCTGGTGCCCAACTCTGCAGAGCAGCACCGGGTGCTTCACCAGACTGGCACACCAGCTCCCAAACTTG 1605
||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||...|||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1814 ACCTTGGCTGGTGCCCCACCCTTCAGAGCAGCACTGGGTGCTTTGTCAGACTGGCACGCCAGCTCCCAAACTTG 1887
Query 1606 CAAAAACTCTTTCTTACAGCTAATAGATCTGTGTGTGACACAGACATTGATGAATTGGCATGTAATTGTACCAG 1679
||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||.||||||.||||||||||||
Sbjct 1888 CAGAAACTCTTTCTTACAGCTAACAGGTCTGTGTGTGACACAGACATAGAAGAACTGGCATCTAATTGTACCAG 1961
Query 1680 GTTACAGCAGCTGGACATATTAGGAACAAGAATGGTAAGTCCGGCATCCTTAAGAAAACTCCTGGAATCTTGTA 1753
.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1962 ATTACAGCAACTGGACATATTAGGAACAAGAATGGTAAGTCCAGCATCCTTGAGAAAACTCCTGGAATCTTGCA 2035
Query 1754 AAGATCTTTCTTTACTTGATGTGTCCTTCTGTTCGCAGATTGATAACAGAGCTGTGCTAGAACTGAATGCAAGC 1827
||||||||||..|||||||.||||||||||||||.|||||||||||||..||||||.||||.||.||.||.|||
Sbjct 2036 AAGATCTTTCCCTACTTGACGTGTCCTTCTGTTCCCAGATTGATAACAAGGCTGTGTTAGAGCTCAACGCGAGC 2109
Query 1828 TTTCCAAAAGTGTTCATAAAAAAGAGCTTTACTCAG-------------------------------------- 1863
|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 2110 TTTCCGAAAGTCTTCATAAAGAAGAGCTTTACTCAATGAGTTCATACTGCTCTGTCACTACAATCATGCTTTGG 2183
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2184 TGGCTTCTTGTGGGGGTGGCTCTTCTGTTTGTTTGGTTTTTATAATGATGAGAATTAAGACATTTATAGAATTT 2257
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2258 AAAGGAAAATGTAAAATTGTCCACTGAATCAAGTAAAAATGTAAAGAATGCTCTCTAAAATATTACAGCACTTT 2331
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2332 TCTTTAGGAATGTGTAATCTCTGATATTATTTCCCATTATGTTGATCAGTGGTATGCTTTAATCAGTAATTGTA 2405
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2406 TGTTAAAGGAATAATATGGAAATATTCTAATTTATTTTAAAGGAATACTTTGAAAAATAAAGTGATCATAATAT 2479
Query 1864 ----------------------------------------------- 1863
Sbjct 2480 TTATGAAAAATAAAGTTGATTTTGCACATCAAAAAAAAAAAAAAAAA 2526
