Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_02936
- Subject:
- XR_390324.2
- Aligned Length:
- 2221
- Identities:
- 1420
- Gaps:
- 592
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 CGGTCTTCCTTCCGGGTCGCGCTGGGCCGGGCCCGCCGCCGCGGCAGCAGCACGGGATACTGGGAGCCGTCTCC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGCTGCCCACGCTGCGGGCTTGCGGCGAAGCTCTGTTCGCCCAGTTCCGGACCCTGCAGGGCTGTCTCATCTCA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GCATCTGTAGGTGAAAGCAGCATGCATGTTTCAGACACGTGGATGGGCACCAACTCCTGTGCTTCCCGTGTGTG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 TCAGGTGACCTGTCAAGCCAGGACCATCCTTCAGAGTTCATGCATCTCACCGAGGACACCTGACCTTTTGAAGC 296
Query 1 ------------------ATGTCACCGGTCTTTCCCATGTTAACAGTTCTGACCATGTTTTATTATATATGCCT 56
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 297 TTCATAATTCACGACTAGATGTCACCAGTCTTTCCCATGTTAACAGTTCTGACCATGTTTTATTATATGTGCCT 370
Query 57 TCGGCGCCGAGCCAGGACAGCTACAAGAGGAGAAATGATGAACACCCATAGAGCTATAGAATCAAACAGCCAGA 130
||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||..||||||..||||||||||.||
Sbjct 371 TCGGCGTCGAGCCAGGACAGCTACAAGAGGAGATATGATGAACAGCCATAGGACTATAGTGTCAAACAGCCGGA 444
Query 131 CTTCCCCTCTCAATGCAGAGGTAGTCCAGTATGCCAAAGAAGTAGTGGATTTCAGTTCCCATTATGGAAGTGAG 204
||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 445 CTTCCCCTCTCAATGCAGAGGTGGTCCAGTATGCTAAAGAAGTGGTGGATTTCAGTTCCCATTACGGCAGTGAG 518
Query 205 AATAGTATGTCCTATACTATGTGGAATTTGGCTGGTGTACCAAATGTATTCCCAAGTTCTGGTGACTTTACTCA 278
||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 519 AACAGTATGTCCTATACCATGTGGAATTTGGCAGGTGTACCAAATGTCTTCCCAAGTTCTGGTGACTTCACGCA 592
Query 279 GACAGCTGTGTTTCGAACTTATGGGACATGGTGGGATCAGTGTCCTAGTGCTTCCTTGCCATTCAAGAGGACGC 352
|||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||.|
Sbjct 593 GACGGCTGTGTTTCGAACTTATGGGACGTGGTGGGATCAGTGTCCTAGTGCTTCCTTGCCATTCAGAAGGACAC 666
Query 353 CACCTAATTTTCAGAGCCAGGACTATGTGGAACTTACTTTTGAACAACAGGTGTATCCTACAGCTGTACATGTT 426
|..|.|.|||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.
Sbjct 667 CGTCCAGTTTCCAGAGCCAGGACTATGTGGAACTGACTTTTGAGCAGCAAGTGTACCCCACGGCTGTCCATGTG 740
Query 427 CTAGAAACCTATCATCCCGGAGCAGTCATTAGAATTCTCGCTTGTTCTGCAAATCCTTATTCCCCAAATCCACC 500
||.||.||.||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct 741 CTGGAGACTTACCATCCTGGAGCAGTCATCAGAATTCTGGCCTGCTCAGCAAATCCCTACTCCCCAAATCCTCC 814
Query 501 AGCTGAAGTAAGATGGGAGATTCTTTGGTCAGAGAGACCTACGAAGGTGAATGCTTCCCAAGCTCGCCAGTTTA 574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 815 AGCTGAAGTAAGATGGGAGATTCTTTGGTCAGAGAGACCTATGAAGGTGAATGCTTCCCAGGCTCGTCAGTTTA 888
Query 575 AACCTTGTATTAAGCAGATAAATTTCCCCACAAATCTTATACGACTGGAAGTAAATAGTTCTCTTCTGGAATAT 648
||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 889 AACCTTGTATTAAGCAAATAAATTTCCCTACAAACCTCATACGACTGGAAGTCAATAGTTCTCTTCTGGATTAT 962
Query 649 TACACTGAATTAGATGCAGTTGTGCTACATGGTGTGAAGGACAAGCCAGTGCTTTCTCTCAAGACTTCACTTAT 722
|||||.|||.||||||||||||||||.||||||..|||||||||||||.||||.||||||||||||.|.|||.|
Sbjct 963 TACACCGAACTAGATGCAGTTGTGCTGCATGGTACGAAGGACAAGCCACTGCTCTCTCTCAAGACTGCTCTTGT 1036
Query 723 TGACATGAATGATATAGAAGATGATGCCTATGCAGAAAAGGATGGTTGTGGAATGGACAGTCTTAACAAAAAGT 796
.||||||||||||.||||||||||.|.|||||.|||.||||||||.||||..|||||...||||||||||||||
Sbjct 1037 AGACATGAATGATCTAGAAGATGACGACTATGAAGAGAAGGATGGCTGTGAGATGGATGCTCTTAACAAAAAGT 1110
Query 797 TTAGCAGTGCTGTCCTCGGGGAAGGGCCAAATAATGGGTATTTTGATAAACTACCTTATGAGCTTATTCAGCTG 870
||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 1111 TTAGCAGTGCTGCCCTTGGGGATGGGCCACATAATGGGTATTTTGACAAACTACCATATGAGCTCATTCAACTG 1184
Query 871 ATTCTGAATCATCTTACACTACCAGACCTGTGTAGATTAGCACAGACTTGCAAACTACTGAGCCAGCATTGCTG 944
|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||..||.||...||||||||||||
Sbjct 1185 ATTCTGAATCATCTTTCACTACCAGACCTGTGTAGATTAGCCCAGACTTGCAGGCTTCTCCACCAGCATTGCTG 1258
Query 945 TGATCCTCTGCAATACATCCACCTCAATCTGCAACCATACTGGGCAAAACTAGATGACACTTCTCTGGAATTTC 1018
|||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||....||.||.|||||.||.|||||.||.|
Sbjct 1259 TGATCCTCTGCAATATATCCACCTCAACCTGCAGCCATACTGGGCCCGGCTGGACGACACGTCACTGGAGTTCC 1332
Query 1019 TACAGTCTCGCTGCACTCTTGTCCAGTGGCTTAATTTATCTTGGACTGGCAATAGAGGCTTCATCTCTGTTGCA 1092
|||||.|||||||....||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||.|||||||||||..||
Sbjct 1333 TACAGGCTCGCTGTGTGCTTGTCCAGTGGCTTAATCTGTCTTGGACTGGCAACAGAGGGTTCATCTCTGTATCA 1406
Query 1093 GGATTTAGCAGGTTTCTGAAGGTTTGTGGATCCGAATTAGTACGCCTTGAATTGTCTTGCAGCCACTTTCTTAA 1166
|||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1407 GGATTTAGCAGGTTTCTAAAGGTGTGTGGGTCTGAGTTAGTACGCCTTGAGTTATCCTGCAGCCACTTTCTTAA 1480
Query 1167 TGAAACTTGCTTAGAAGTTATTTCTGAGATGTGTCCAAATCTACAGGCCTTAAATCTCTCCTCCTGTGATAAGC 1240
|||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|.||||||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 1481 TGACACTTGCTTGGAGGTTATTTCTGAAATGTGCCCAAATCTACAAGACTTAAATCTCTCATCCTGCGATAAAC 1554
Query 1241 TACCACCTCAAGCTTTCAACCACATTGCCAAGTTATGCAGCCTTAAACGACTTGTTCTCTATCGAACAAAAGTA 1314
|.||||||||.|||||...|||.||||||||||||||||||||.||..|.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1555 TCCCACCTCAGGCTTTTGGCCATATTGCCAAGTTATGCAGCCTCAAGAGGCTTGTTCTCTATCGGACAAAAGTA 1628
Query 1315 GAGCAAACAGCACTGCTCAGCATTTTGAACTTCTGTTCAGAGCTTCAGCACCTCAGTTTAGGCAGTTGTGTCAT 1388
||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..|.|||||.|||||.||
Sbjct 1629 GAGCAAACAGCACTACTGAGCATTTTGAACTTCTGTGCAGAGCTTCAGCACCTCAGCCTGGGCAGCTGTGTGAT 1702
Query 1389 G----ATTGAAGA----CTATGATGTGATAGCTAGCATGATAGGAGCCAAGTGTAAAAAACTCC-GGACCCTGG 1453
| |.||...| ||||.|.|| ||.||||| |||.|| |||.|..||| |...|||||
Sbjct 1703 GTCCCAGTGCTTAGGTCCTATAAAGT----GCAAGCAT----GGACCC------AAACAGTTCCAGTTTCCTGG 1762
Query 1454 ATCTG---TGGAGATGTAAGAATATTACTGAGA---ATGGAATAGCAGAACTGGCTTCTGGGTGTCCA----CT 1517
.||.| ||| ||| ..|||| ||| |||.| |||| ..||||| ||
Sbjct 1763 GTCAGTCTTGG--------GAA-CCTACT-AGATTCATGTA-------------CTTC---AAGTCCAATTCCT 1810
Query 1518 ACTGGAGGAGCTTG------ACCTTG--------GCTGGTGCCCAACTCTGCAGAGCAGCACCGGGTGCT---- 1573
|| |.||| |||||| ..|||.||| |||| ||.|||.| |.||
Sbjct 1811 AC-------GTTTGTAAGCAACCTTGTAGTCTTCTTTGGAGCC---CTCT----AGTAGCTC----TTCTAAAG 1866
Query 1574 --TCACCAGACTGGCACACCAGCTCCCAAACTTGCAAAAACTCTTTCTTACAGCTAATAGATCTGTGTGTGAC- 1644
|| |||| ||||.|.|.| |.||| .|||| |.||||
Sbjct 1867 GATC-CCAG--TGGCCCTCGA----------TGGCA------GTTTC--------------------TATGACA 1901
Query 1645 ACAGACATTGATGAATTGGCATGTAATTGTACCAGGTTACAGCAGCTGG---ACATATTAGGAACAAGAATGGT 1715
|||||| ||||.|||.| ||||||| |..||
Sbjct 1902 ACAGAC---------------------------------CAGCTGCTTGACTACATATT--------GCTTG-- 1932
Query 1716 AAGTCCGGCATCCTTAAGAAAACTCCTGGAATCTTGTAAAGATCTTTCTTTACTTGATGTGTCCTTCTGTTCG- 1788
||.||..|..||||| ||| |||| ||| ||||| ||.|.|
Sbjct 1933 ----CCTGCCCCACTAAGA--------------TTG--AAGA-------TTA--TGATG--------TGATAGC 1969
Query 1789 CAGATTGATAACAGAGCTGTGCTAGAACTGAATGCAAGCTTTCCAAAAGTGTTCATAAAAAAGAGCTTTACTCA 1862
|||..||||| .|||| |||
Sbjct 1970 CAGCATGATA--GGAGC-----------------CAA------------------------------------- 1987
Query 1863 G 1863
Sbjct 1988 - 1987