Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02948
• Subject: NM_001355506.1
• Aligned Length: 1418
• Identities: 1023
• Gaps: 262

Alignment

Query    1  ATGGCGGCCATGGAGACCGAGACGGCGCCGCTGACCCTAGAGTCGCTGCCCACCGATCCCCTGCTCCTCATCTT  74
            |||||.|||.|.|||.|||||||||.||.|||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGCCGTAGAGGCCGAGACGGGGCTGCTGACCCTGGAGTCGCTGCCCACCGACCCTCTGCTGCTCATCTT  74

Query   75  ATCCTTTTTGGACTATCGGGATCTAATCAACTGTTGTTATGTCAGTCGAAGACTTAGCCAGCTATCAAGTCATG  148
            ||||||..|||||||..||||.|||||||                                             
Sbjct   75  ATCCTTCGTGGACTACAGGGACCTAATCA---------------------------------------------  103

Query  149  ATCCGCTGTGGAGAAGACATTGCAAAAAATACTGGCTGATATCTGAGGAAGAGAAAACACAGAAGAATCAGTGT  222
                                                         |||||||.|||.|...|||||.||||||.
Sbjct  104  ---------------------------------------------AGGAAGAAAAAGCCGGGAAGAGTCAGTGC  132

Query  223  TGGAAATCTCTCTTCATAGATACTTACTCTGATGTAGGAAGATACATTGACCATTATGCTGCTATTAAAAAGGC  296
            ||||.|||.|||||||||||.||.|||||.||.||.||.||.|||||.||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct  133  TGGAGATCCCTCTTCATAGAGACCTACTCAGACGTGGGGAGGTACATCGACCATTACGCCGCCATTAAAAAGGC  206

Query  297  CTGGGATGATCTCAAGAAATATTTGGAGCCCAGGTGTCCTCGGATGGTTTTATCTCTGAAAGAGGGTGCTCGAG  370
            ||||..|||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct  207  CTGGCGTGACCTCAAGAAGTACTTGGAGCCCAGGTGTCCTCGGATGGTTTTATCTCTGAAAGAGGGCGCACGTG  280

Query  371  AGGAAGACCTCGATGCTGTGGAAGCGCAGATTGGCTGCAAGCTTCCTGACGATTATCGATGTTCATACCGAATT  444
            ||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct  281  AGGAAGACCTGGATGCTGTCGAAGCTCAGATCGGTTGCAAGCTCCCGGATGATTATCGCTGTTCATACCGGATC  354

Query  445  CACAATGGACAGAAGTTAGTGGTTCCTGGGTTATTGGGAAGCATGGCACTGTCTAATCACTATCGTTCTGAAGA  518
            |||||.||.||.|||||||||||.||.|||||..|||||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||
Sbjct  355  CACAACGGGCAAAAGTTAGTGGTGCCGGGGTTGCTGGGAAGTATGGCACTGTCCAATCACTACCGCTCTGAAGA  428

Query  519  TTTGTTAGACGTCGATACAGCTGCCGGAGGATTCCAGCAGAGACAGGGACTGAAATACTGTCTCCCTTTAACTT  592
            |.|..||||.||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  429  TCTACTAGATGTTGATACTGCTGCAGGAGGATTTCAGCAGAGACAGGGACTGAAATACTGTCTCCCTTTAACCT  502

Query  593  TTTGCATACATACTGGTTTGAGTCAGTACATAGCAGTGGAAGCTGCAGAGGGCCGAAACAAAAATGAAGTTTTC  666
            ||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.||.||.|||||.|||
Sbjct  503  TTTGCATACACACCGGCTTGAGTCAGTACATAGCTGTGGAGGCTGCAGAGGGGCGGAATAAGAACGAAGTGTTC  576

Query  667  TACCAATGTCCAGACCAAATGGCTCGAAATCCAGCTGCTATTGACATGTTTATTATAGGTGCTACTTTTACTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  577  TACCAATGTCCAGACCAAATGGCTCGGAATCCTGCTGCTATTGACATGTTTATCATAGGTGCTACTTTTACCGA  650

Query  741  CTGGTTTACCTCTTATGTCAAAAATGTTGTATCAGGTGGCTTCCCCATCATCAGAGACCAAATTTTCAGATATG  814
            |||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.
Sbjct  651  CTGGTTTACATCCTATGTCAACAATGTTGTATCAGGTGGTTTCCCCATCATCAGAGACCAGATTTTCAGATATA  724

Query  815  TTCACGATCCAGAATGTGTAGCAACAACTGGGGATATTACTGTGTCAGTTTCCACATCGTTTCTGCCAGAACTT  888
            ||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.
Sbjct  725  TTCATGATCCAGAATGTGTGGCAACAACTGGAGATATTACAGTTTCAGTGTCCACATCGTTTCTGCCAGAACTC  798

Query  889  AGCTCTGTACATCCACCCCACTATTTCTTCACATACCGAATCAGGATTGAAATGTCAAAAGATGCACTTCCTGA  962
            ||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||.||||||||
Sbjct  799  AGCTCTGTGCATCCGCCACACTATTTCTTCACATACCGAATCAGGATTGAAATGTCAAGGGATGCTCTTCCTGA  872

Query  963  GAAGGCCTGTCAGTTGGACAGTCGCTATTGGAGAATAACAAATGCTAAGGGTGACGTGGAAGAAGTTCAAGGAC  1036
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.||||
Sbjct  873  GAAGGCCTGTCAGTTGGACAGTCGCTACTGGAGGATAACAAACGCTAAAGGGGATGTGGAAGAAGTCCAGGGAC  946

Query 1037  CTGGAGTAGTTGGTGAATTTCCAATCATCAGCCCAGGTCGGGTATATGAATACACAAGCTGTACCACATTCTCT  1110
            ||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  947  CTGGAGTAGTCGGTGAATTTCCAATTATTAGCCCAGGTCGGATATATGAATACACAAGCTGTACCACATTTTCT  1020

Query 1111  ACAACATCAGGATACATGGAAGGATATTATACCTTCCATTTTCTTTACTTTAAAGACAAGATCTTTAATGTTGC  1184
            |||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||||||||
Sbjct 1021  ACAACATCAGGCTACATGGAAGGGTATTACACCTTCCATTTTCTGTACTTTAAGGACAAGGTCTTTAATGTTGC  1094

Query 1185  CATTCCCCGATTCCATATGGCATGTCCAACATTCAGGGTGTCTATAGCCCGATTG-----GAAATGGGTCCTGA  1253
            |||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||     .||.||.       
Sbjct 1095  CATCCCCCGATTCCACATGGCATGTCCAACATTCAGGGTGTCTATAGCTCGATTGCCTCCCAAGTGC-------  1161

Query 1254  TGAATATGAAGAGATGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAGACGAGGATGATGATTCAGCAGATATGG  1327
                                                                                      
Sbjct 1162  --------------------------------------------------------------------------  1161

Query 1328  ATGAATCAGATGAAGATGATGAAGAGGAGAGACGGAGGAGAGTCTTTGATGTTCCCATTCGCAGACGCCGCTGC  1401
                                                                                      
Sbjct 1162  --------------------------------------------------------------------------  1161

Query 1402  TCACGCCTTTTT  1413
                        
Sbjct 1162  ------------  1161