Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03224
• Subject: NM_011276.3
• Aligned Length: 1873
• Identities: 1575
• Gaps: 74

Alignment

Query    1  ATGGAAAACTCAGATTCCAATGACAAAGGAAGTGGTGATCAGTCTGCAGCACAGCGCAGAAGTCAGATGGACCG  74
            |||||.|||||||||||.||.||.|||||||   ||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct    1  ATGGAGAACTCAGATTCTAACGATAAAGGAA---GTGACCAGTCTGCAGCTCAGCGCAGAAGTCAAATGGATCG  71

Query   75  ATTGGATCGAGAAGAAGCTTTCTATCAATTTGTAAATAACCTGAGTGAAGAAGATTATAGGCTTATGAGAGATA  148
            .||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct   72  CTTGGATCGGGAAGAGGCTTTCTATCAATTTGTGAATAATCTCAGTGAAGAAGATTATAGACTTATGAGAGACA  145

Query  149  ACAATTTGCTAGGCACCCCAGGTGAAAGTACTGAGGAAGAGTTGCTGAGACGACTACAGCAAATTAAAGAAGGC  222
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||||||||.||.
Sbjct  146  ACAATTTGCTGGGCACCCCAGGTGAAAGTACTGAGGAAGAGTTGCTCAGAAGACTACAACAAATTAAAGAGGGT  219

Query  223  CCACCACCGCAAAACTCAGATGAAAATAGAGGAGGAGACTCTTCAGATGATGTGTCTAATGGTGACTCTATAAT  296
            ||||||||.||.|.|.|.|||||||||||||..|||||.|||||||||||||||.|.||..||||.||||||||
Sbjct  220  CCACCACCACAGAGCCCCGATGAAAATAGAGCTGGAGAGTCTTCAGATGATGTGACCAACAGTGATTCTATAAT  293

Query  297  AGACTGGCTTAACTCTGTCAGACAAACTGGAAATACAACAAGAAGTGGGCAAAGAGGAAACCAATCTTGGAGAG  370
            |||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct  294  AGATTGGCTTAACTCAGTCAGACAGACTGGAAATACAACAAGAAGTGGTCAGAGAGGAAACCAGTCCTGGAGAG  367

Query  371  CAGTGAGTCGGACTAATCCAAACAGTGGTGATTTCAGATTCAGTTTAGAGATAAATGTTAACCGTAATAATGGG  444
            |||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct  368  CAGTGAGCCGGACTAATCCAAACAGCGGTGATTTCAGATTCAGTTTAGAGATAAATGTTAACCGTAACAATGGA  441

Query  445  AGCCAAAATTCAGAGAATGAAAATGAGCCATCTGCAAGACGTTCTAGTGGAGAAAATGTGGAAAACAACAGCCA  518
            |||||||.|||.||||||||||.|||.|||||..|.||.|||..|||||.||||||..||||.|.||.||||||
Sbjct  442  AGCCAAACTTCCGAGAATGAAAGTGAACCATCCACTAGGCGTCTTAGTGTAGAAAACATGGAGAGCAGCAGCCA  515

Query  519  AAGGCAAGTGGAAAACCCACGATCTGAATCAACATCTGCAAGGCCATCTAGATCAGAACGAAATTCAACTGAAG  592
            |||||||.|||||||..|...||||||||||.||||.||.||.||.|||.||.|.||.||.||||||.||||||
Sbjct  516  AAGGCAAATGGAAAATTCTGCATCTGAATCAGCATCGGCCAGACCTTCTCGAGCGGAGCGCAATTCAGCTGAAG  589

Query  593  CGTTAACAGAGGT-CCCACCTACCAGAGGTCAGAGGAGGGCAAGAAGCAGGAGCCCAGACCATCGGAGAACCAG  665
            |..|||||||.|| ||.||| |||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  590  CAGTAACAGAAGTGCCGACC-ACCAGAGCTCAGAGGAGGGCAAGAAGCCGGAGCCCAGAGCATCGGAGAACCAG  662

Query  666  AGCAAGAGCTGAAAGAAGTAGGTCACCTCTGCATCCAATGAGTGAAATTCCACGAAGATCTCATCATAGTATCT  739
            ||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||..|||||||||||||||||                 
Sbjct  663  AGCAAGAGCTGAAAGAAGCAGGTCCCCTCTGCAGCCAACAAGTGAAATTCCACGAAG-----------------  719

Query  740  CATCTCAGACTTTTGAACATCCTTTGGTAAATGAGACGGAGGGAAGTTCTAGAACCCGGCACCATGTGACATTG  813
             |.|||.|||.||.||.||..|||.||.|||.|||.|.||.|||||||||||||||||||||||||||||..||
Sbjct  720  -AGCTCCGACCTTGGAGCAGTCTTCGGAAAACGAGCCTGAAGGAAGTTCTAGAACCCGGCACCATGTGACCCTG  792

Query  814  AGGCAGCAAATATCTGGGCCTGAGTTGCTAAGTAGAGGTCTTTTTGCAGCTTCTGGAACAAGAAATGCTTCTCA  887
            ||.|||||.||||||||.||.||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||..|.|||||
Sbjct  793  AGACAGCAGATATCTGGACCGGAGTTGTTAGGTAGAGGTCTTTTTGCAGCTTCTGGATCAAGAAACCCCTCTCA  866

Query  888  AGGAGCAGGTTCTTCAGACACAGCTGCCAGTGGTGAATCTACAGGATCAGGACAGAGACCTCCAACCATAGTCC  961
            .||..||.|.|||||||||||||.|..||.|.|||||||..|||||||.||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  867  GGGGACAAGCTCTTCAGACACAGGTAGCAATAGTGAATCCTCAGGATCTGGCCAAAGACCTCCAACCATAGTTC  940

Query  962  TTGATCTTCAAGTAAGAAGAGTTCGTCCTGGAGAATATCGGCAGAGAGATAGCATAGCCAGCAGAACTCGGTCT  1035
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.
Sbjct  941  TTGATCTTCAAGTAAGAAGAGTTCGTCCTGGAGAATACCGGCAGAGAGATAGTATAGCTAGCAGAACTCGATCA  1014

Query 1036  AGGTCTCAGACACCAAACAACACTGTCACCTATGAAAGTGAACGAGGAGGTTTTAGGCGTACATTTTCACGTTC  1109
            ||.||||||.|.||.||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1015  AGATCTCAGGCTCCGAACAACACAGTTACTTATGAAAGTGAACGTGGAGGTTTTAGGCGTACCTTTTCCCGTTC  1088

Query 1110  TGAGCGGGCAGGTGTGAGAACCTATGTCAGTACCATCAGAATTCCCATTCGTAGAATCTTAAATACTGGTTTAA  1183
            |||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1089  TGAACGTGCAGGTGTGAGAACCTATGTGAGTACTATCAGGATTCCTATTCGCAGAATCTTAAATACTGGATTAA  1162

Query 1184  GTGAGACTACATCTGTTGCAATTCAGACCATGTTAAGGCAGATAATGACAGGTTTTGGTGAGTTAAGCTATTTT  1257
            ||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||.|||
Sbjct 1163  GTGAAACTACATCTGTTGCAATTCAAACCATGTTAAGGCAGATAATGACAGGCTTTGGTGAGCTAAGCTACTTT  1236

Query 1258  ATGTACAGTGATAGCGACTCAGAGCCTACTGGCTCAGTCTCAAATCGAAATATGGAAAGGGCAGAGTCACGGAG  1331
            |||||||||||.||.||.||||||||||.||.|||||||||.|..||||||.||||.||.|.|||||||||||.
Sbjct 1237  ATGTACAGTGACAGTGATTCAGAGCCTAGTGCCTCAGTCTCCAGCCGAAATGTGGAGAGAGTAGAGTCACGGAA  1310

Query 1332  TGGAAGAGGAGGTTCTGGTGGTGGTAGTAGTTCTGGTTCCAGTTCGAGTTCCAGTTCCAGTTCGAGTTCCAGTT  1405
            |||||||||..|.||||||||.||||..||.|||||||||                                  
Sbjct 1311  TGGAAGAGGGAGCTCTGGTGGCGGTAACAGCTCTGGTTCC----------------------------------  1350

Query 1406  CCAGTTCAAGTTCCAGTTCCAGTCCTAGTTCCAGTTCCGGTGGTGAAAGTTCAGAAACTAGCTCAGATTTATTT  1479
                    ||||||||.||.||||||||..|||||||..|||||||||||||.||.|.|||||||||..|.||.
Sbjct 1351  --------AGTTCCAGCTCAAGTCCTAGCCCCAGTTCAAGTGGTGAAAGTTCCGAGAGTAGCTCAGAGATGTTC  1416

Query 1480  GAAGGCAGTAATGAAGGAAGCTCATCATCAGGCTCATCAGGTGCCAGGCGAGAGGGTCGACATAGGGCCCCAGT  1553
            ||||||||||.|||||||.||   ||.||.|||.|||      ||||..||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1417  GAAGGCAGTAGTGAAGGAGGC---TCGTCTGGCCCAT------CCAGAAGAGATGGTCGACATAGGGCCCCAGT  1481

Query 1554  CACATTTGATGAAAGTGGCTCTTTGCCCTTCCTTAGCCTGGCTCAGTTTTTCCTCTTAAATGAGGATGATGATG  1627
            ||||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|
Sbjct 1482  CACATTTGATGAAAGTGGCTCTCTGCCATTCCTTAGTCTGGCTCAGTTTTTTCTTTTAAATGAAGATGATGAAG  1555

Query 1628  ACCAACCTAGAGGACTCACCAAAGAACAGATTGACAACTTGGCAATGAGAAGTTTTGGTGAAAATGATGCATTA  1701
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 1556  ACCAACCTAGAGGACTCACTAAAGAACAGATCGATAACTTGGCAATGAGAAGCTTTGGTGAAAATGATGCATTG  1629

Query 1702  AAAACCTGTAGTGTTTGCATTACAGAATATACAGAAGGCAACAAACTTCGTAAACTACCTTGTTCCCATGAGTA  1775
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1630  AAAACGTGTAGTGTTTGCATTACAGAATACACAGAAGGCAACAAACTTCGTAAACTACCTTGCTCCCATGAGTA  1703

Query 1776  CCATGTCCACTGCATCGATCGCTGGTTATCTGAGAATTCTACCTGTCCTATTTGTCGCAGAGCAGTCTTAGCTT  1849
            |||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.|||
Sbjct 1704  CCACGTCCACTGCATCGACCGCTGGTTGTCTGAGAATTCCACCTGTCCCATTTGTCGCAGGGCAGTCTTATCTT  1777

Query 1850  CTGGTAACAGAGAAAGTGTTGTG  1872
            ||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1778  CTGGGAACAGAGAAAGTGTTGTG  1800