Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03431
• Subject: NR_027632.1
• Aligned Length: 3294
• Identities: 2464
• Gaps: 793

Alignment

Query    1  -------ATGAGTGGAGGATCTCAAGTCCACATTTTTTGGGGTGCTCCAATTGCTCCACTGAAAATCACAGTAT  67
                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||.|||||||
Sbjct    1  AGAAATCATGAGTGGAGGATCTCAAGTCCACATTTTTTGGGGTGCTCCAGTTGCTTCACTGAAAATGACAGTAT  74

Query   68  CAGAAGACACAGCTTCTTTAATGTCTGTTGCTGACCCCTGGAAAAAAATTCAGCTTTTATACAGTCAACATTCT  141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAGAAGACACAGCTTCTTTAATGTCTGTTGCTGACCCCTGGAAAAAAATTCAGCTTTTATACAGTCAACATTCT  148

Query  142  TTATATCTGAAGGATGAAAAACAGCACAAAAATCTTGAAAACTATAAAGTCCCAGAATCTATTGGTTCTCCAGA  215
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  149  TTATATCTGAAGGATGAAAAACAGCACAAAAATCTTGAAAACTATGAAGTCCCAGATTCTATTGGTTCTCCAGA  222

Query  216  TCTTAGTGGTCATTTCTTAGCAAACTGTATGAATAGACATGTTCATGTGAAAGATGACTTTGTACGTTCTGTTT  289
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  TCTTTGTGGTCATTTCTTAGCAAACTGTATGAATAGACATGTTCATGTGAAAGATGACTTTGTACATTCTGTTT  296

Query  290  CTGAAACACAGAATATAGAATCCCAGAAGATTCACTCCTCTAGACTGAGTGATATAACTAGCTCTAATATGCAA  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTGAAACACAGAATATAGAATCCCAGAAGATTCACTCCTCTAGACTGAGTGACATAACTAGCTCTAATATGCAA  370

Query  364  ATATGTGGATTTAAAAGCACAGTTCCGCATTTCACCGAAGAAGAAAAGTATCAAAAGCTTCTCAGTGAAAATAA  437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATATGTGGATTTAAAAGCACAGTTCCGCATTTAACCGAAGAAGAAAAGTATC-AAAGCTTCTCAGTGAAAATAA  443

Query  438  AATTAGAGATGAACAGCCTAAACATCAGCCAGATATATGTGGTAAGAACTTTAACACAAATTTGTTTCAGTTGG  511
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  444  AATTAGAGATGAACAGCCTAAACATCAGCCAGATATATGTGGTCAGAACTTTAACACAAATTTGTTTCAGTTGG  517

Query  512  GCCATAAATGTGCAGCTGTGTTGGATTTGGTTTGTAGTACTGAAAAAATTAATATAGGGCCTGAAGTGGTACAA  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  GCCATAAATGTGCAGCTGTGTTGGATTTGGTTTGTAGTACTGAAAAAATTAATATAGGGCCTGAAGTGGTACAA  591

Query  586  AGAGAGTGTGTGCCAACAGAATATCATGAAATACAAAACCAGTGTTTGGGATTATTTTCCTCGAACGCAGTAGA  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  592  AGAGAGTGTGTGCCAACAGAATATCATGAAATACAAAACCAGTGTTTGGGATTATTTTCCTCGAACTCAGTAGA  665

Query  660  TAAGTCAAGGTCTGAAGCAGCAGTTAGGAAGGTCTCAGACCTTAAAATATCAACTGATACAGAATTTCTCAGTA  733
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  666  TAAGTCAAGGTCTGAAGCAGCAGTTAAGAAGGTCTCAGACCTTAAAATATCAACTGATAAAGAATTTCTCAGTA  739

Query  734  TAATTACCTCCAGCCAGGTTGC-TTTTTTAGCTCAAAAGAAAGATAAAAGGCGGAGTCCTGTAAATAAAGGGAA  806
            |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  TAATTACCTCCAGCCAGGTTGCTTTTTTTAGCTCAAAAGAAAGATAAAAGGCGGAGTCCTGTAAATAAAGGGAA  813

Query  807  TGTAAACATGGAGACTGAACCAAAGGCAAGTTACGGGGAGATAAGAATACCTGAAGAGAATTCGATTCAGCTTG  880
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  TGTAAACATGGAGACTGAACCAAAGGCAAGTTACGGGGAGATAAGAATACCTGAAGAGAATTCGATTCAGCTTG  887

Query  881  ATGGTTTTACAGAAGCATATGAAAGTGGACAAAACCAAGCATATTCCCTTGAACTTTTTAGTCCTGTTTGTCCT  954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  ATGGTTTTACAGAAGCATATGAAAGTGGACAAAACCAAGCATATTCCCTTGAACTTTTTAGTCCTGTTTGTCCT  961

Query  955  AAAACAGAAAATAGCCGCATTCACATAAACTCTGATAAAGGTCTTGAAGAACATACAGGATCTCAAGAACTTTT  1028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  AAAACAGAAAATAGCCGCATTCACATAAACTCTGATAAAGGTCTTGAAGAACATACAGGATCTCAAGAACTTTT  1035

Query 1029  CAGTTCTGAAGATGAACTGCCACCAAATGAGATACGTATTGAGTTGTGTAGCTCAGGAATACTGTGTTCCCAAC  1102
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  CAGTTCTGAAGATGAACTGCCACCAAATGAGATACATATTGAGTTGTGTAGCTCAGGAATACTGTGTTCCCAAC  1109

Query 1103  TAAATACCTTCCACAAAAGTGCTATTAAAAGAAGCTGTACCTCTGAAGATAAAGTGGGCCAGTCTGAAGCTCTA  1176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  TAAATACCTTCCACAAAAGTGCTATTAAAAGAAGCTGTACCTCTGAAGATAAAGTGGGCCAGTCTGAAGCTCTA  1183

Query 1177  TCTAGAGTCCTTCAAGTAGCTAAGAAAATGAAGTTGATTTCTAATGGAGGAGATTCTGCTGTAGAAATGGATCG  1250
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  TCTGGAGTCCTTCAAGTAGCTAAGAAAATGAAGTTGATTTCTAATGGAGGAGATTCTGCTGTAGAAATGGATCG  1257

Query 1251  GAGAAATGTGTCTGAATTTAAGAGTATTAAAAAAACATCATTAATAAAAAACTGTGATTCTAAAAGCCAGAAGT  1324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  GAGAAATGTGTCTGAATTTAAGAGTATTAAAAAAACATCATTAATAAAAAACTGTGATTCTAAAAGCCAGAAGT  1331

Query 1325  ATAATTGTTTAGTCATGGTGCTATCTCCATGCCATGTGAAGGAAATAAACATAAAATTCGGACCAAATTCTGGC  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  ATAATTGTTTAGTCATGGTGCTATCTCCATGCCATGTGAAGGAAATAAAC--AAAATTCGGACCAAATTCTGGC  1403

Query 1399  TCTAAAGTGCCTTTAGCAACAGTTACAGTAATTGATCAATCAGAAACTAAGAAGAAGGTTTTTCTGTGGAGGAC  1472
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404  TCTAAAGTGCCTTTAGCAACAGTTACAGTAAGTGATCAATCAGAAACTAAGAAGAAGGTTTTTCTGTGGAGGAC  1477

Query 1473  TGCAGCATTTTGGGCATTTACAGTGTTTCTTGGAGATATAATTTTACTCACAGATGTTGTTATTCATGAGGACC  1546
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478  TGCAGCATTTTGGGCATTTACAGTGTTTCTTGGAGATATAATTTTACTCACGGATGTTGTTATTCATGAGGACC  1551

Query 1547  AATGGATTGGCGAGACAGTACTACAATCAACATTTAGCAGTCAGTTATTAAATCTTGGGAGTTATTCATCTATT  1620
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552  AATGGATTGGTGAGACAGTACTACAATCAACATTTAGCAGTCAGTTATTAAATCTTGGGAGTTATTCATCTATT  1625

Query 1621  CAGCCTGAAGAATATTCCAGTGTAGTTAGTGAAGTTGTACTTCAAGACTTACTGGCATATGTGTCCTCAAAACA  1694
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626  CAGCCTGAAGAATATTCCAGCGTAGTTAGTGACGTTGTACTTCAAGACTTACTGGCATATGTGTCCTCAAAACA  1699

Query 1695  TTCCTACCTCAGAGATCTTCCTCCGAGGCAGCCTCAGAGGGTGAACAGTATAGACTTTGTAGAATTGGAGCACC  1768
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700  TTCCTACCTCAGAGATCTTCCTCCGAGACAGCCTCAGAGGGTGAACAGTATAGACTTTGTAGAATTGGAGCACC  1773

Query 1769  TTCAACCTGATGTATTAGTCCACGCAGTACTAAGAGTTGTTGATTTCACTATACTGACAGAGGCAGTATACAGT  1842
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  TTCAACCTGATGTGTTAGTCCACGCAGTACTAAGAGTTGTTGATTTC-CTATACTGACAGAGGCAGTATACAGT  1846

Query 1843  TATAGAGGACAGAAGCAGAAAAAAGTTATGTTAACAGTGGAACAGGCCCAAGATCAACATTATGCGCTTGTATT  1916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847  TATAGAGGACAGAAGCAGAAAAAAGTTATGTTAACAGTGGAACAGGCCCAAGATCAACATTATGCGCTTGTATT  1920

Query 1917  ATGGGGTCCTGGAGCAGCCTGGTACCCTCAACTTCAAAGGAAAAAAGGAGTGGTTCTGATTAAAGCCCAGATTT  1990
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1921  ATGGGGTCCTGGAGCAGCCTGGTACCCTCAACTTCAAAGGAAAAAAGGAGTGGTTCTAATTAAAGCCCAGATTT  1994

Query 1991  CAGAGCTGGCATTTCCTATTACAGCATCTCAGAAGATAGCGCTAAATGCTCACAGTTCTCTGAAGAGTATTTTT  2064
            |||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995  CAGAGCTGGCATTTCCTCTTACAGCAGCTCAGAAGATAGCTCTAAATGCTCACAGTTCTCTGAAGAGTATTTTT  2068

Query 2065  TCTTCTCTTCCCAACATCGTATATACTGGTTGTGCAAAATGTGGATTGGAACTAGAAACAGATGAGAACAGGAT  2138
            ||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069  TCTTCTCTTCCCAACATCATATATACTGGCTGTGCAAAATGTGGATTGGAACTAGAAACAGATGAGAACAGGAT  2142

Query 2139  CTACAAACAATGTTTTAGCTGCTTGCCATTTACTATGAAGAAAATATATTATAGGCCAGCGTTAATGACTGCCA  2212
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2143  CTACAAACAATGTTTTAGCTGCTTGCCATTTACTATGAAGAAAATATATTATAGGCCAGCGTTAATGACTGCCG  2216

Query 2213  TTGATGGAAGACATGATGTTTGTATCCGTGTAGAATCAAAGCTGATAGAGAAGATTCTTCTCAACATTTCTGCA  2286
            ||||||||||||||.||||||..|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217  TTGATGGAAGACATAATGTTTACATCCGTGTAGAATCAAAACTGATAGAGAAGATTCTTCTCAACATTTCTGCA  2290

Query 2287  GACTGCCTCAACAGAGTGATAGTTCCTTCCTCAGAGATCACCTATGGGATGGTCGTGGCAGACCTGTTCCACTC  2360
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2291  CACTGCCTCAACAGAGTGATAGTTCCTTCCTCAGAGATCACCTATGGGATGGTTGTGGCAGACCTGTTCCACTC  2364

Query 2361  CTTGTTGGCAGTCAGCGCAGAACCTTGTGTATTAAAGATTCAGAGCCTTTTTGTGTTAGATGAAAACAGCTATC  2434
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365  CTTGTTGGCAGTCAGCGCAGAACCTTGTGTATTGAAGATTCAGAGCCTTTTTGTGTTAGATGAAAACAGCTATC  2438

Query 2435  CATTACAACAAGATTTCTCCCTCCTGGATTTTTATCCTGACATTGTAAAGCATGGAGCCAATGCCCGTCTC---  2505
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct 2439  CATTACAACAAGATTTCTCCCTCCTGGATTTTTATCCTGACATGGTAAAGCATGGAGCCAATGCCCGTCTCTGA  2512

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2513  GGCCAGAGGAAGAAATTGCAGGCATTTCAAGGAAGAAGTACTGAAATGATTTGTCTTTTGAAATAAATGAATGA  2586

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2587  CAGGGCTTTTGCTTTGGATTTTTTATGAAATATATTTTACAAAGAGAATTGCACTAGATAAATTAAAACTTTTT  2660

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2661  TCTAAGAAAATCCTGTGAGGTTTAAAAAGATTGTTTTTGTCTTTTGGTTTCTTCCTTTCTTCTGGAGAAATGAT  2734

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2735  CTACCAGTCAAGGCAATATGTAGCAGATCCCTGGGAATTAAAGGTTTGCCCATTTGTTCACTGTATTTAGTCCC  2808

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2809  TGCTACATTCCAGGCATCGTACTAAGTATGGGGAACCACAGAGAAGACACTCCTTCAGAAACTGCTGCAGTGCT  2882

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2883  TTCGCTTATCCCTACCTAAAAAACCGTCAATGTGAAATCATTTCCTTGATTATAACTATAATGATAATGGATTA  2956

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 2957  GTTTATATAAACCTATGTTTAGACAAGTTCAAGACAAGCGTGTCTTTCTATAAAAAGTATTGAAAGTGAAGGAA  3030

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 3031  ATGAGATCATGTTTCAATTTATTAAAGCAGGGAAGAGCGTTCTGTGGTTAGTTCGTGTCTAGGATTTGAGTGCC  3104

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 3105  TTACTGAATGTATTTACCAGCAAACATGTAGCAATCTGTTCTCTCATTGTGATTGTGGAAGAAGCTCATGTAAA  3178

Query 2506  --------------------------------------------------------------------------  2505
                                                                                      
Sbjct 3179  ATGATAGTCATTAATGAGGAAGTATGGCGTGGTACTTATTCTGTAAGCTCAGAGTATGCTGAGTGTTAATAGAT  3252

Query 2506  --------------------------------------  2505
                                                  
Sbjct 3253  TGTCATATTGCCTGAAAATAAATTCATGATGACATGAA  3290