Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03431
• Subject: XM_006717905.3
• Aligned Length: 2856
• Identities: 2505
• Gaps: 351

Alignment

Query    1  ATGAGTGGAGGATCTCAAGTCCACATTTTTTGGGGTGCTCCAATTGCTCCACTGAAAATCACAGTATCAGAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGTGGAGGATCTCAAGTCCACATTTTTTGGGGTGCTCCAATTGCTCCACTGAAAATCACAGTATCAGAAGA  74

Query   75  CACAGCTTCTTTAATGTCTGTTGCTGACCCCTGGAAAAAAATTCAGCTTTTATACAGTCAACATTCTTTATATC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CACAGCTTCTTTAATGTCTGTTGCTGACCCCTGGAAAAAAATTCAGCTTTTATACAGTCAACATTCTTTATATC  148

Query  149  TGAAGGATGAAAAACAGCACAAAAATCTTGAAAACTATAAAGTCCCAGAATCTATTGGTTCTCCAGATCTTAGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGAAGGATGAAAAACAGCACAAAAATCTTGAAAACTATAAAGTCCCAGAATCTATTGGTTCTCCAGATCTTAGT  222

Query  223  GGTCATTTCTTAGCAAACTGTATGAATAGACATGTTCATGTGAAAGATGACTTTGTACGTTCTGTTTCTGAAAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGTCATTTCTTAGCAAACTGTATGAATAGACATGTTCATGTGAAAGATGACTTTGTACGTTCTGTTTCTGAAAC  296

Query  297  ACAGAATATAGAATCCCAGAAGATTCACTCCTCTAGACTGAGTGATATAACTAGCTCTAATATGCAAATATGTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACAGAATATAGAATCCCAGAAGATTCACTCCTCTAGACTGAGTGATATAACTAGCTCTAATATGCAAATATGTG  370

Query  371  GATTTAAAAGCACAGTTCCGCATTTCACCGAAGAAGAAAAGTATCAAAAGCTTCTCAGTGAAAATAAAATTAGA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GATTTAAAAGCACAGTTCCGCATTTCACCGAAGAAGAAAAGTATCAAAAGCTTCTCAGTGAAAATAAAATTAGA  444

Query  445  GATGAACAGCCTAAACATCAGCCAGATATATGTGGTAAGAACTTTAACACAAATTTGTTTCAGTTGGGCCATAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GATGAACAGCCTAAACATCAGCCAGATATATGTGGTAAGAACTTTAACACAAATTTGTTTCAGTTGGGCCATAA  518

Query  519  ATGTGCAGCTGTGTTGGATTTGGTTTGTAGTACTGAAAAAATTAATATAGGGCCTGAAGTGGTACAAAGAGAGT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ATGTGCAGCTGTGTTGGATTTGGTTTGTAGTACTGAAAAAATTAATATAGGGCCTGAAGTGGTACAAAGAGAGT  592

Query  593  GTGTGCCAACAGAATATCATGAAATACAAAACCAGTGTTTGGGATTATTTTCCTCGAACGCAGTAGATAAGTCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGTGCCAACAGAATATCATGAAATACAAAACCAGTGTTTGGGATTATTTTCCTCGAACGCAGTAGATAAGTCA  666

Query  667  AGGTCTGAAGCAGCAGTTAGGAAGGTCTCAGACCTTAAAATATCAACTGATACAGAATTTCTCAGTATAATTAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGTCTGAAGCAGCAGTTAGGAAGGTCTCAGACCTTAAAATATCAACTGATACAGAATTTCTCAGTATAATTAC  740

Query  741  CTCCAGCCAGGTTGCTTTTTTAGCTCAAAAGAAAGATAAAAGGCGGAGTCCTGTAAATAAAGGGAATGTAAACA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTCCAGCCAGGTTGCTTTTTTAGCTCAAAAGAAAGATAAAAGGCGGAGTCCTGTAAATAAAGGGAATGTAAACA  814

Query  815  TGGAGACTGAACCAAAGGCAAGTTACGGGGAGATAAGAATACCTGAAGAGAATTCGATTCAGCTTGATGGTTTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGGAGACTGAACCAAAGGCAAGTTACGGGGAGATAAGAATACCTGAAGAGAATTCGATTCAGCTTGATGGTTTT  888

Query  889  ACAGAAGCATATGAAAGTGGACAAAACCAAGCATATTCCCTTGAACTTTTTAGTCCTGTTTGTCCTAAAACAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACAGAAGCATATGAAAGTGGACAAAACCAAGCATATTCCCTTGAACTTTTTAGTCCTGTTTGTCCTAAAACAGA  962

Query  963  AAATAGCCGCATTCACATAAACTCTGATAAAGGTCTTGAAGAACATACAGGATCTCAAGAACTTTTCAGTTCTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAATAGCCGCATTCACATAAACTCTGATAAAGGTCTTGAAGAACATACAGGATCTCAAGAACTTTTCAGTTCTG  1036

Query 1037  AAGATGAACTGCCACCAAATGAGATACGTATTGAGTTGTGTAGCTCAGGAATACTGTGTTCCCAACTAAATACC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGATGAACTGCCACCAAATGAGATACGTATTGAGTTGTGTAGCTCAGGAATACTGTGTTCCCAACTAAATACC  1110

Query 1111  TTCCACAAAAGTGCTATTAAAAGAAGCTGTACCTCTGAAGATAAAGTGGGCCAGTCTGAAGCTCTATCTAGAGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCCACAAAAGTGCTATTAAAAGAAGCTGTACCTCTGAAGATAAAGTGGGCCAGTCTGAAGCTCTATCTAGAGT  1184

Query 1185  CCTTCAAGTAGCTAAGAAAATGAAGTTGATTTCTAATGGAGGAGATTCTGCTGTAGAAATGGATCGGAGAAATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTTCAAGTAGCTAAGAAAATGAAGTTGATTTCTAATGGAGGAGATTCTGCTGTAGAAATGGATCGGAGAAATG  1258

Query 1259  TGTCTGAATTTAAGAGTATTAAAAAAACATCATTAATAAAAAACTGTGATTCTAAAAGCCAGAAGTATAATTGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGTCTGAATTTAAGAGTATTAAAAAAACATCATTAATAAAAAACTGTGATTCTAAAAGCCAGAAGTATAATTGT  1332

Query 1333  TTAGTCATGGTGCTATCTCCATGCCATGTGAAGGAAATAAACATAAAATTCGGACCAAATTCTGGCTCTAAAGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTAGTCATGGTGCTATCTCCATGCCATGTGAAGGAAATAAACATAAAATTCGGACCAAATTCTGGCTCTAAAGT  1406

Query 1407  GCCTTTAGCAACAGTTACAGTAATTGATCAATCAGAAACTAAGAAGAAGGTTTTTCTGTGGAGGACTGCAGCAT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCTTTAGCAACAGTTACAGTAATTGATCAATCAGAAACTAAGAAGAAGGTTTTTCTGTGGAGGACTGCAGCAT  1480

Query 1481  TTTGGGCATTTACAGTGTTTCTTGGAGATATAATTTTACTCACAG-----------------------------  1525
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct 1481  TTTGGGCATTTACAGTGTTTCTTGGAGATATAATTTTACTCACAGTCCTAGCTTTCAGAATGCTCTCCTTGAAA  1554

Query 1526  --------------------------------------------------------------------------  1525
                                                                                      
Sbjct 1555  TTTCTCGTCTGTTCCTTTTTTCTGAAGAACATGCATCCTGAATGTTGGATCATGAAAAGTCTTGAATGCTGTAC  1628

Query 1526  -----------------------------------------ATGTTGTTATTCATGAGGACCAATGGATTGGCG  1558
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TAGCTCTTCCTGGCTAGGCAGTGGGGAACCACTGTTTTTTAATGTTGTTATTCATGAGGACCAATGGATTGGCG  1702

Query 1559  AGACAGTACTACAATCAACATTTAGCAGTCAGTTATTAAATCTTGGGAGTTATTCATCTATTCAGCCTGAAGAA  1632
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGACAGTACTACAATCAACATTTAGCAGTCAGTTATTAAATCTTGGGAGTTATTCATCTATTCAGCCTGAAGAA  1776

Query 1633  TATTCCAGTGTAGTTAGTGAAGTTGTACTTCAAGACTTACTGGCATATGTGTCCTCAAAACATTCCTACCTCAG  1706
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TATTCCAGTGTAGTTAGTGAAGTTGTACTTCAAGACTTACTGGCATATGTGTCCTCAAAACATTCCTACCTCAG  1850

Query 1707  AGATCTTCCTCCGAGGCAGCCTCAGAGGGTGAACAGTATAGACTTTGTAGAATTGGAGCACCTTCAACCTGATG  1780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGATCTTCCTCCGAGGCAGCCTCAGAGGGTGAACAGTATAGACTTTGTAGAATTGGAGCACCTTCAACCTGATG  1924

Query 1781  TATTAGTCCACGCAGTACTAAGAGTTGTTGATTTCACTATACTGACAGAGGCAGTATACAGTTATAGAGGACAG  1854
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TATTAGTCCACGCAGTACTAAGAGTTGTTGATTTCACTATACTGACAGAGGCAGTATACAGTTATAGAGGACAG  1998

Query 1855  AAGCAGAAAAAAGTTATGTTAACAGTGGAACAGGCCCAAGATCAACATTATGCGCTTGTATTATGGGGTCCTGG  1928
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AAGCAGAAAAAAGTTATGTTAACAGTGGAACAGGCCCAAGATCAACATTATGCGCTTGTATTATGGGGTCCTGG  2072

Query 1929  AGCAGCCTGGTACCCTCAACTTCAAAGGAAAAA-----------------------------------------  1961
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 2073  AGCAGCCTGGTACCCTCAACTTCAAAGGAAAAAAGGTTATATTTGGGAATTTAAATATCTTTTTGTTCAGTGCA  2146

Query 1962  --------------------------------------------------------------------------  1961
                                                                                      
Sbjct 2147  ATTACACACTAGAAAACCTAGAATTGCATACAACGCCTTGGTCATCCTGTGAGTGCTTGTTTGATGATGATATA  2220

Query 1962  --------------------------------------------------------------------------  1961
                                                                                      
Sbjct 2221  AGGGCAATTACATTTAAAGCAAAATTTCAAAAAAGTGCACCCTCCTTTGTGAAGATATCAGACTTAGCAACCCA  2294

Query 1962  ------------------AGGAGTGGTTCTGATTAAAGCCCAGATTTCAGAGCTGGCATTTCCTATTACAGCAT  2017
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CCTAGAGGATAAGTGTTCAGGAGTGGTTCTGATTAAAGCCCAGATTTCAGAGCTGGCATTTCCTATTACAGCAT  2368

Query 2018  CTCAGAAGATAGCGCTAAATGCTCACAGTTCTCTGAAGAGTATTTTTTCTTCTCTTCCCAACATCGTATATACT  2091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTCAGAAGATAGCGCTAAATGCTCACAGTTCTCTGAAGAGTATTTTTTCTTCTCTTCCCAACATCGTATATACT  2442

Query 2092  GGTTGTGCAAAATGTGGATTGGAACTAGAAACAGATGAGAACAGGATCTACAAACAATGTTTTAGCTGCTTGCC  2165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GGTTGTGCAAAATGTGGATTGGAACTAGAAACAGATGAGAACAGGATCTACAAACAATGTTTTAGCTGCTTGCC  2516

Query 2166  ATTTACTATGAAGAAAATATATTATAGGCCAGCGTTAATGACTGCCATTGATGGAAGACATGATGTTTGTATCC  2239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  ATTTACTATGAAGAAAATATATTATAGGCCAGCGTTAATGACTGCCATTGATGGAAGACATGATGTTTGTATCC  2590

Query 2240  GTGTAGAATCAAAGCTGATAGAGAAGATTCTTCTCAACATTTCTGCAGACTGCCTCAACAGAGTGATAGTTCCT  2313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GTGTAGAATCAAAGCTGATAGAGAAGATTCTTCTCAACATTTCTGCAGACTGCCTCAACAGAGTGATAGTTCCT  2664

Query 2314  TCCTCAGAGATCACCTATGGGATGGTCGTGGCAGACCTGTTCCACTCCTTGTTGGCAGTCAGCGCAGAACCTTG  2387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TCCTCAGAGATCACCTATGGGATGGTCGTGGCAGACCTGTTCCACTCCTTGTTGGCAGTCAGCGCAGAACCTTG  2738

Query 2388  TGTATTAAAGATTCAGAGCCTTTTTGTGTTAGATGAAAACAGCTATCCATTACAACAAGATTTCTCCCTCCTGG  2461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TGTATTAAAGATTCAGAGCCTTTTTGTGTTAGATGAAAACAGCTATCCATTACAACAAGATTTCTCCCTCCTGG  2812

Query 2462  ATTTTTATCCTGACATTGTAAAGCATGGAGCCAATGCCCGTCTC  2505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ATTTTTATCCTGACATTGTAAAGCATGGAGCCAATGCCCGTCTC  2856