Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03638
• Subject: NM_001160042.2
• Aligned Length: 1638
• Identities: 1398
• Gaps: 240

Alignment

Query    1  ATGGAGCCAGAGCTGCTGGTTCGGAAGGTGTCTGCATTGC----------------------------------  40
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct    1  ATGGAGCCAGAGCTGCTGGTTCGGAAGGTGTCTGCATTGCAGGTGCGGGGGCGGGCGCGGGGTTCACAGGATTT  74

Query   41  --------------------------------------------------------------------------  40
                                                                                      
Sbjct   75  TTCCTTTAGGGAAATCATGGGGTCTCGTACCTGGACCTCCCAGCGAGATGCTACCACGTTCAGTCCCCTAACTG  148

Query   41  --------------------------------------------------------------------------  40
                                                                                      
Sbjct  149  CGCGCCAACCTCTGGAGATACCGGCTGTCCCCAACCGCGCTGAGGAAAGCTGGGACCCACGGACTCCCTGCCCT  222

Query   41  ----------------------------------------------------------AGGCCTGCGTCCGGGG  56
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct  223  GCGCGTCCCCACTCCCACCACACGCTCGCGCCGGATCAGGGAAACGGGAAGAGCCTTAAGGCCTGCGTCCGGGG  296

Query   57  CTTCTTGGTCCGACGCCAGTTCCAGAGCCTGCGAGCTGAGTATGAGGCGATTGTACGAGAGGTCGAGGGCGACC  130
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTTCTTGGTCCGACGCCAGTTCCAGAGCCTGCGAGCTGAGTATGAGGCGATTGTACGAGAGGTCGAGGGCGACC  370

Query  131  TGGGCACGCTTCAGTGGACCGAGGGCCGCATTCCCAGGCCGCGATTCCTCCCAGAGAAGGCAAAATCCCATCAG  204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGGCACGCTTCAGTGGACCGAGGGCCGCATTCCCAGGCCGCGATTCCTCCCAGAGAAGGCAAAATCCCATCAG  444

Query  205  ACCTGGAAAGCAGGAGACAGGGTAGCAAATCCAGAGCAGGGGCTGTGGAACCACTTCCCATGTGAAGAGTCTGA  278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACCTGGAAAGCAGGAGACAGGGTAGCAAATCCAGAGCAGGGGCTGTGGAACCACTTCCCATGTGAAGAGTCTGA  518

Query  279  GGGAGAGGCCACCTGGGAGGAGATGGTGCTGAAGAAGTCAGGAGAGAGCTCAGCAAATCAAGGAAGCCTCTGCA  352
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGGAGAGGCCACCTGGGAGGAGATGGTGCTGAAGAAGTCAGGAGAGAGCTCAGCAAATCAAGGAAGCCTCTGCA  592

Query  353  GAGATCACAGCTCCTGGCTTCAGATGAAGCAGAACAGGAAACCCAGCCAAGAGAAGACCAGAGACACGACAAGG  426
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAGATCACAGCTCCTGGCTTCAGATGAAGCAGAACAGGAAACCCAGCCAAGAGAAGACCAGAGACACGACAAGG  666

Query  427  ATGGAGAATCCAGAAGCCACAGATCAAAGACTGCCCCACAGCCAACCTCAGCTTCAAGAGCTTCAGTACCACCG  500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATGGAGAATCCAGAAGCCACAGATCAAAGACTGCCCCACAGCCAACCTCAGCTTCAAGAGCTTCAGTACCACCG  740

Query  501  CAGCCACTTGGCCATGGAATTGCTGTGGCTGCAACAGGCCATCAATAGCCGTAAGGAGTACCTACTTCTTAAAC  574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGCCACTTGGCCATGGAATTGCTGTGGCTGCAACAGGCCATCAATAGCCGTAAGGAGTACCTACTTCTTAAAC  814

Query  575  AAACACTGAGATCCCCAGAGGCGGGCCCGATCAGAGAGGAACCCCGCGTGTTCCTAGAACATGGGGAACAGGCC  648
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACACTGAGATCCCCAGAGGCGGGCCCGATCAGAGAGGAACCCCGCGTGTTCCTAGAACATGGGGAACAGGCC  888

Query  649  TGTGAGAGGGACCAGTCACAACCAAGCGCACCACTGGAGGACCAGTCCTACAGAGACAGGACCACTGGAGAGCT  722
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TGTGAGAGGGACCAGTCACAACCAAGCGCACCACTGGAGGACCAGTCCTACAGAGACAGGACCACTGGAGAGCT  962

Query  723  AGAACAGGAGGATGACTCCTGTCACAGGGTCAAATCACCCCACAGATCCCCAGGAAGTTTGGCCACTACACAAA  796
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGAACAGGAGGATGACTCCTGTCACAGGGTCAAATCACCCCACAGATCCCCAGGAAGTTTGGCCACTACACAAA  1036

Query  797  AAAACATTGCTGGGGCTAAGTGCAGAGAACCATGCTACAGCAAGTCTGGACCACCGTCGTCTATACCATCAAAC  870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAAACATTGCTGGGGCTAAGTGCAGAGAACCATGCTACAGCAAGTCTGGACCACCGTCGTCTATACCATCAAAC  1110

Query  871  AGCCAGGCCTTGGGGGACAGGCTCACCAAAGGGCCAGACGATGGAAGACAGACCTTTGGAGGGACCTGCCTGCT  944
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGCCAGGCCTTGGGGGACAGGCTCACCAAAGGGCCAGACGATGGAAGACAGACCTTTGGAGGGACCTGCCTGCT  1184

Query  945  GCAGATGAAAATCCTGGAGGACCAGACCCCCAGAGGTTTAAAACCTAGGAACCATTGTCCCAGGAAGTCCAGGA  1018
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCAGATGAAAATCCTGGAGGACCAGACCCCCAGAGGTTTAAAACCTAGGAACCATTGTCCCAGGAAGTCCAGGA  1258

Query 1019  CACAGCTGTCTGCACTCTATGAGGACTCAAATATTAAGGAGATGTCTCCCAGAAAACTAGACCACAAAGAGCCT  1092
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CACAGCTGTCTGCACTCTATGAGGACTCAAATATTAAGGAGATGTCTCCCAGAAAACTAGACCACAAAGAGCCT  1332

Query 1093  GACTGCCGAACAGTCAGGACACAAGAGTTGGGCCTCTCAGAGGACCACATCATCTGGGATGGTACCTTGGGGGG  1166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GACTGCCGAACAGTCAGGACACAAGAGTTGGGCCTCTCAGAGGACCACATCATCTGGGATGGTACCTTGGGGGG  1406

Query 1167  GCCAGAGCATAGTGTCCTCGATCTCTGGAGGACTAAACCACCCAAAGGCCAGGCCCCCACTGATAGAAGCTCCA  1240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCAGAGCATAGTGTCCTCGATCTCTGGAGGACTAAACCACCCAAAGGCCAGGCCCCCACTGATAGAAGCTCCA  1480

Query 1241  GAGATGGAACCTCCAATGAGCCTAGTCATGAAGGACAGAAAAAGCAGAGGACTATACCATGGAGATCAAAGTCA  1314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GAGATGGAACCTCCAATGAGCCTAGTCATGAAGGACAGAAAAAGCAGAGGACTATACCATGGAGATCAAAGTCA  1554

Query 1315  CCTGAGATTCTGTCTTCTACAAAGGCAGGCTGTACAGGAGAGGAACAGTGGAGGGGCAGGCCATGGAAAACAGA  1388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCTGAGATTCTGTCTTCTACAAAGGCAGGCTGTACAGGAGAGGAACAGTGGAGGGGCAGGCCATGGAAAACAGA  1628

Query 1389  ACCACCTGGC  1398
            ||||||||||
Sbjct 1629  ACCACCTGGC  1638