Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03651
• Subject: NM_021504.3
• Aligned Length: 1968
• Identities: 1680
• Gaps: 21

Alignment

Query    1  ATGGCGGCGGCGGCATTGGGCAGCTCCTCAGGCTCGGCGTCCCCGGCCGTGGCTGAGCTCTGCCAGAACACCCC  74
            ||||||.||||..||.||||||||||.||..||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGTCGGCCACACTGGGCAGCTCGTCGAGCTCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCGAGCTATGCCAGAACACCCC  74

Query   75  GGAGACCTTTTTGGAGGCCTCCAAGCTGCTGCTCACCTATGCTGACAACATCCTCAGAAACCCTAATGATGAAA  148
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|.||||||||
Sbjct   75  GGAGACCTTTCTGGAGGCCTCCAAGCTGCTGCTCACCTACGCCGACAACATCCTGAGAAACCCCAGTGATGAAA  148

Query  149  AATATAGATCCATCCGGATTGGAAACACAGCCTTTTCTACTAGACTCTTGCCTGTCAGAGGAGCTGTTGAATGT  222
            ||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  149  AATACAGATCCATCCGTATTGGGAACACAGCGTTTTCTACTAGACTCTTGCCTGTCAGAGGAGCTGTTGAGTGT  222

Query  223  TTATTTGAAATGGGCTTTGAAGAGGGAGAAACACATCTCATCTTTCCTAAAAAAGCTTCAGTGGAGCAGCTGCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct  223  TTATTTGAAATGGGCTTTGAAGAGGGAGAAACGCATCTTATCTTTCCTAAAAAAGCTTCAGTGGAACAGCTACA  296

Query  297  AAAAATTCGTGACCTGATTGCCATAGAGAGAAGTAGCAGACTGGATGGCTCAAATAAGAGCCACAAAGT-AAAG  369
            .|||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|.||||      ||.|| .||.
Sbjct  297  GAAAATCCGTGATCTGATTGCCATAGAGAGAAGCAGCAGACTGGACGGATCCAGTAAG------AAGGTGCAAT  364

Query  370  TCATCTCAGCAACCTGCAGCCAGTACCCAGCTTCCTACAACACCA-TCTTCAAATCCCAGTGGGTTAAACCAGC  442
            || ||||||||.||.||.||   |.||.|||||||| |...|.|| |||..|.||||...||||||||..|.||
Sbjct  365  TC-TCTCAGCACCCGGCTGC---TGCCAAGCTTCCT-CTGGAGCAGTCTGAAGATCCTGCTGGGTTAATACGGC  433

Query  443  ACACAAGGAACCGTCAAGGGCAGTCATCAGATCC-ACCATCTGCTTCAACGGTTGCTGCTGACTCAGCCATTCT  515
            ||.||.|.||||....||||||| |..|..|.|| |||.||||||.|||.|||||.||.|||.|||.||||..|
Sbjct  434  ACTCAGGAAACCAAACAGGGCAG-CTGCCAAGCCTACCCTCTGCTCCAATGGTTGTTGGTGATTCAACCATCTT  506

Query  516  AGAAGTTCTTCAGTCCAACATTCAGCATGTGCTGGTCTATGAAAATCCTGCTCTTCAGGAGAAAGCGTTGGCTT  589
            |.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||.||||..||.|||||||||||.|||.|||
Sbjct  507  AAAAGTTCTTCAGTCCAACATTCAGCATGTGCAGCTCTATGAAAACCCTGTCCTCCAGGAGAAAGCATTGACTT  580

Query  590  GTATTCCGGTCCAAGAACTAAAAAGGAAATCACAAGAAAAGTTATCGAGAGCTAGAAAATTGGATAAAGGTATC  663
            ||||.||.|||...|||||||||||.|||.|.|||||||||||||..|||||||||||.||.||||||||||..
Sbjct  581  GTATCCCAGTCAGTGAACTAAAAAGAAAAGCTCAAGAAAAGTTATTCAGAGCTAGAAAGTTAGATAAAGGTACT  654

Query  664  AATATAAGTGATGAGGATTTTCTTTTGCTGGAGCTTTTGCACTGGTTTAAGGAAGAATTTTTTCACTGGGTGAA  737
            |||.|||||||||||||.||.|||.|.||||||||..|.|||||||||||.||.||.|||||||.|||||||||
Sbjct  655  AATGTAAGTGATGAGGACTTCCTTCTACTGGAGCTCCTACACTGGTTTAAAGAGGAGTTTTTTCGCTGGGTGAA  728

Query  738  TAACGTTTTGTGCAGCAAATGTGGTGGACAGACTAGGTCTAGAGATAGA-TCATTACTGCCCAGTGATGATGAG  810
            ||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||| || .||||.|||||||.|||||||||.
Sbjct  729  TAACATTGTGTGCAGCAAATGTGGTGGAGAGACTAGATCTAGAGAT-GAGGCATTGCTGCCCAATGATGATGAA  801

Query  811  CTGAAGTGGGGTGCAAAGGAAGTGGAAGATCATTACTGTGATGCCTGCCAGTTCAGCAATCGATTCCCAAGATA  884
            ||||||||||||||||||.|.|||||..|||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct  802  CTGAAGTGGGGTGCAAAGAATGTGGAGAATCATTACTGTGATGCCTGCCAGTTGAGCAACCGCTTCCCAAGATA  875

Query  885  TAATAACCCTGAGAAACTTTTGGAAACAAGATGTGGACGGTGTGGCGAGTGGGCCAATTGTTTTACACTGTGCT  958
            |||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  876  TAACAACCCCGAGAAACTTTTGGAAACAAGATGTGGACGCTGTGGTGAATGGGCCAATTGTTTTACTCTGTGCT  949

Query  959  GCCGAGCTGTAGGGTTTGAAGCTCGCTATGTTTGGGATTACACAGACCATGTCTGGACAGAAGTCTATTCTCCT  1032
            ||||.||..||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  950  GCCGTGCATTAGGGTTTGAAGCTCGATATGTGTGGGATTACACAGACCATGTTTGGACAGAAGTCTATTCTCCA  1023

Query 1033  TCTCAGCAGCGGTGGCTGCACTGTGATGCATGTGAAGATGTCTGTGACAAGCCACTCCTTTATGAAATAGGATG  1106
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1024  TCTCAGCAGCGGTGGCTACACTGTGATGCATGTGAGGATGTCTGTGACAAACCCCTCCTTTATGAAATAGGATG  1097

Query 1107  GGGCAAGAAGCTTTCCTATGTCATAGCATTTTCAAAAGATGAGGTAGTTGATGTCACTTGGCGATATTCCTGCA  1180
            |||||||||||||||||||.|.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|
Sbjct 1098  GGGCAAGAAGCTTTCCTATATAATAGCATTCTCTAAAGATGAGGTAGTTGATGTCACCTGGCGATACTCTTGTA  1171

Query 1181  AACATGAAGAGGTGATTGCCAGAAGAACTAAGGTTAAAGAAGCATTACTTCGAGACACTATTAATGGGCTTAAT  1254
            |||||||.||||||||..||||.||.||.|||||||||||||..|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1172  AACATGATGAGGTGATGTCCAGGAGGACCAAGGTTAAAGAAGAGTTACTTCGAGAAACTATTAATGGGCTTAAT  1245

Query 1255  AAGCAGAGGCAACTGTTTTTGTCAGAAAACAGAAGGAAAGAACTTCTCCAGAGGATAATTGTGGAGCTTGTTGA  1328
            ||||||||.||.||.|..||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246  AAGCAGAGACAGCTATCATTATCAGAAAGCAGAAGGAAAGAACTTCTCCAGAGGATAATTGTGGAGCTTGTTGA  1319

Query 1329  ATTTATATCTCCCAAAACCCCTAAACCTGGAGAACTTGGGGGAAGAATATCTGGGTCAGTGGCTTGGAGAGTAG  1402
            ||||||||||||.||||||||.|.|||||||||||||||.|||||..||||.||||||.|||||||||||||.|
Sbjct 1320  ATTTATATCTCCTAAAACCCCAAGACCTGGAGAACTTGGTGGAAGGGTATCCGGGTCATTGGCTTGGAGAGTGG  1393

Query 1403  CCCGAGGTGAAATGGGTCTACAGAGAAAAGAAACCTTGTTTATTCCCTGTGAAAATGAGAAGATTTCTAAACAG  1476
            ||||||||||.|.|||||||.|||||||.||.|...||||.||.||.|.|||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1394  CCCGAGGTGAGACGGGTCTAGAGAGAAAGGAGATTCTGTTCATCCCTTCTGAAAATGAAAAGATTTCTAAGCAG  1467

Query 1477  CTCCACCTTTGTTACAATATTGTGAAAGATCGTTATGTTCGAGTTTCAAATAACAATCA-AACCATTTCTGGAT  1549
            .|.|||||..||||..|||||||||.|||.|||||..||||.||.|||.|.||||| || ||.|||||||||||
Sbjct 1468  TTTCACCTCCGTTATGATATTGTGAGAGACCGTTACATTCGTGTCTCAGACAACAA-CATAAACATTTCTGGAT  1540

Query 1550  GGGAGAATGGCGTGTGGAAAATGGAATCTATATTCAGAAAAGTTGAAACAGACTGGCACATGGTATATTTGGCC  1623
            ||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|.|||||||.|||||||.|||||||||
Sbjct 1541  GGGAGAATGGTGTGTGGAAAATGGAATCCATATTCAGAAAAGTCGAGAAAGACTGGAACATGGTTTATTTGGCC  1614

Query 1624  CGAAAGGAAGGATCATCTTTTGCTTATATTTCCTGGAAGTTTGAGTGTGGGTCAGTTGGCCTAAAAGTAGATAG  1697
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||.|||||||||||||.
Sbjct 1615  CGAAAAGAAGGATCATCTTTTGCTTATATTTCCTGGAAGTTTGAATGTGGGTCAGCTGGTCTAAAAGTAGATAC  1688

Query 1698  CATTTCTATTAGAACAAGTAGTCAAACTTTTCAGACTGGAACAGTAGA-ATGGAAATTGCGATCTGATACAGCA  1770
            ..||||.||..|.||||||||.||||..|||.||.|||||.|||| || .||||||.||||||||||.|||||.
Sbjct 1689  TGTTTCCATCCGCACAAGTAGCCAAAGCTTTGAGTCTGGATCAGT-GAGGTGGAAACTGCGATCTGAGACAGCT  1761

Query 1771  CAAGTAGAACTGACAGGCGATAACAGTCTTCACTCCTATGCTGATTTTTCTGGTGCCACTGAAGTTATTTTGGA  1844
            |||||..|.|||...||.|||||.|.|||.|..||||||..||||||||||||||||||.||.||||..||.||
Sbjct 1762  CAAGTCAACCTGCTGGGAGATAAAAATCTACGTTCCTATAATGATTTTTCTGGTGCCACAGAGGTTACATTAGA  1835

Query 1845  AGCAGAATTAAGCAGAGGAGATGGTGATGTCGCTTGGCAACACACCCAGCTGTTTAGACAAAGCTTAAATGACC  1918
            ||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1836  AGCAGAGTTAAGCAGAGGAGATGGAGACGTTGCTTGGCAACATACCCAACTGTTTAGACAAAGCTTAAATGACA  1909

Query 1919  ATGAAGAAAATTGTTTGGAGATAATTATAAAATTCAGTGACCTT  1962
            .||.|||||||.|.|||||.||||||||||..||||.||||||.
Sbjct 1910  GTGGAGAAAATGGCTTGGAAATAATTATAACGTTCAATGACCTC  1953