Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_03686
- Subject:
- NM_001252579.1
- Aligned Length:
- 2728
- Identities:
- 2296
- Gaps:
- 122
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCAAATCCTGAGGGAAGAGGGGAAGGAATCCCATCCTCACGACACCACCTCGGCCTCTGCATCCAGGAAGA 74
Query 1 -------------------------ATGGGCCCCCCGAGCCTCGTGCTGTGCTTGCTGTCCGCAACTGTGTTCT 49
||||..|||||..||||....||.||..||||||||.|..||.|..|||
Sbjct 75 AGCAAAGGACCAGCAAGCCACGCCAATGGCACCCCCTGGCCTGCCACTATGGCTGCTGTCCACCGCTCTCCTCT 148
Query 50 CCCTGCTGGGTGGAAGCTCGGCCTTCCTGTCGCACCACCGCCTGAAAGGCAGGTTTCAGAGGGACCGCAGGAAC 123
|||||||||.|||.||||||||||||||.||.||.|.|||||||||.||..|.||.||||||||||||||||||
Sbjct 149 CCCTGCTGGCTGGCAGCTCGGCCTTCCTCTCCCATCCCCGCCTGAAGGGACGCTTCCAGAGGGACCGCAGGAAC 222
Query 124 ATCCGCCCCAACATCATCCTGGTGCTGACGGACGACCAGGATGTGGAGCTGGGTTCCATGCAGGTGATGAACAA 197
|||||.||||||||||||.|||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 223 ATCCGGCCCAACATCATCTTGGTGCTTACGGATGACCAGGATGTGGAGCTGGGCTCCATGCAAGTGATGAACAA 296
Query 198 GACCCGGCGCATCATGGAGCAGGGCGGGGCGCACTTCATCAACGCCTTCGTGACCACACCCATGTGCTGCCCCT 271
|||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 297 GACAAGGCGTATCATGGAGCAGGGCGGGGCGCACTTCATCAATGCCTTCGTGACTACACCAATGTGCTGTCCGT 370
Query 272 CACGCTCCTCCATCCTCACTGGCAAGTACGTCCACAACCACAACACCTACACCAACAATGAGAACTGCTCCTCG 345
|.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 371 CTCGCTCCTCCATTCTCACCGGCAAGTACGTCCACAACCACAACACCTACACCAACAATGAGAATTGTTCCTCG 444
Query 346 CCCTCCTGGCAGGCACAGCACGAGAGCCGCACCTTTGCCGTGTACCTCAATAGCACTGGCTACCGGACAGCTTT 419
||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct 445 CCCTCCTGGCAGGCCCAGCACGAGAGCCGCACCTTCGCCGTGTATCTCAACAGCACAGGCTACCGGACAGCTTT 518
Query 420 CTTCGGGAAGTATCTTAATGAATACAACGGCTCCTACGTGCCACCCGGCTGGAAGGAGTGGGTCGGACTCCTTA 493
||||||.||.||.||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 519 CTTCGGAAAATACCTCAATGAGTACAACGGCTCATACGTGCCGCCCGGCTGGAAGGAGTGGGTCGGCCTACTTA 592
Query 494 AAAACTCCCGCTTTTATAACTACACGCTGTGTCGGAACGGGGTGAAAGAGAAGCACGGCTCCGACTACTCCAAG 567
|.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||.|
Sbjct 593 AGAACTCCCGCTTTTATAACTACACACTCTGCCGGAATGGGGTGAAGGAGAAACATGGCTCAGACTACTCCACG 666
Query 568 GATTACCTCACAGACCTCATCACCAATGACAGCGTGAGCTTCTTCCGCACGTCCAAGAAGATGTACCCGCACAG 641
|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 667 GATTACCTCACGGATCTCATCACCAATGACAGTGTGAGCTTCTTCCGAACATCCAAGAAGATGTACCCACACAG 740
Query 642 GCCAGTCCTCATGGTCATCAGCCATGCAGCCCCCCACGGCCCTGAGGATTCAGCCCCACAATATTCACGCCTCT 715
|||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||.|||||.||.||.||.|||||.||||
Sbjct 741 GCCCGTGCTCATGGTCATCAGCCACGCGGCTCCCCATGGCCCCGAGGACTCAGCACCCCAGTACTCACGGCTCT 814
Query 716 TCCCAAACGCATCTCAGCACATCACGCCGAGCTACAACTACGCGCCCAACCCGGACAAACACTGGATCATGCGC 789
||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||||||
Sbjct 815 TCCCCAATGCGTCCCAGCACATCACACCGAGTTACAACTATGCACCCAACCCAGACAAGCATTGGATCATGCGC 888
Query 790 TACACGGGGCCCATGAAGCCCATCCACATGGAATTCACCAACATGCTCCAGCGGAAGCGCTTGCAGACCCTCAT 863
||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||.|.|||||||||||
Sbjct 889 TACACGGGACCCATGAAGCCCATTCACATGGAATTCACCAACATGCTACAACGAAAACGCCTACAGACCCTCAT 962
Query 864 GTCGGTGGACGACTCCATGGAGACGATTTACAACATGCTGGTTGAGACGGGCGAGCTGGACAACACGTACATCG 937
|||.|||||.|||||||||||||||||.||..||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||.
Sbjct 963 GTCTGTGGATGACTCCATGGAGACGATCTATGACATGCTGGTGGAGACGGGGGAGCTGGACAACACGTACATCC 1036
Query 938 TATACACCGCCGACCACGGTTACCACATCGGCCAGTTTGGCCTGGTGAAAGGGAAATCCATGCCATATGAGTTT 1011
|.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||.
Sbjct 1037 TGTACACCGCCGACCACGGCTACCACATTGGCCAGTTTGGGCTGGTGAAGGGCAAGTCTATGCCGTATGAATTC 1110
Query 1012 GACATCAGGGTCCCGTTCTACGTGAGGGGCCCCAACGTGGAAGCCGGCTGTCTGAATCCCCACATCGTCCTCAA 1085
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1111 GACATCAGAGTCCCGTTCTACGTGAGGGGCCCCAACGTGGAAGCTGGCTCTCTGAACCCCCACATTGTCCTCAA 1184
Query 1086 CATTGACCTGGCCCCCACCATCCTGGACATTGCAGGCCTGGACATACCTGCGGATATGGACGGGAAATCCATCC 1159
|||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|
Sbjct 1185 CATTGACCTGGCCCCCACCATACTGGATATCGCTGGACTGGACATCCCTGCAGACATGGACGGGAAGTCTATTC 1258
Query 1160 TCAAGCTGCTGGACACGGAGCGGCCGGTGAATCGGTTTCACTTGAAAAAGAAGATGAGGGTCTGGCGGGACTCC 1233
||||.||.||||||.|.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.||||||
Sbjct 1259 TCAAACTACTGGACTCAGAGCGGCCAGTGAACCGGTTCCACTTGAAAAAGAAGCTGAGGGTCTGGCGAGACTCC 1332
Query 1234 TTCTTGGTGGAGAGAGGCAAGCTGCTACACAAGAGAGACAATGACAAGGTGGACGCCCAGGAGGAGAACTTTCT 1307
|||.||||||||||||||||.|||||.||||||||.||...||||||.|||.|.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1333 TTCCTGGTGGAGAGAGGCAAACTGCTCCACAAGAGGGAGGGTGACAAAGTGAATGCCCAGGAGGAGAACTTCCT 1406
Query 1308 GCCCAAGTACCAGCGTGTGAAGGACCTGTGTCAGCGTGCTGAGTACCAGACGGCGTGTGAGCAGCTGGGACAGA 1381
|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||||
Sbjct 1407 GCCCAAGTACCAGCGCGTGAAGGACCTGTGTCAGCGAGCTGAGTACCAGACAGCATGCGAACAGCTGGGGCAGA 1480
Query 1382 AGTGGCAGTGTGTGGAGGACGCCACGGGGAAGCTGAAGCTGCATAAGTGCAAGGGCCCCATGCGGCT------- 1448
||||||||||||||||||||||..|.||||.||||||||||||.||.||.||.||||||||||||.|
Sbjct 1481 AGTGGCAGTGTGTGGAGGACGCTTCTGGGACGCTGAAGCTGCACAAATGTAAAGGCCCCATGCGGTTTGGTGGC 1554
Query 1449 --GGGCGGCAGCAGAGCCCTCTCCAACCTCGTGCCCAAGTACTACGGGCAGGGCAGCGAGGCCTGCACCTGTGA 1520
.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||.|||.|||||||||||||||.||||||
Sbjct 1555 GGCGGTGGCAGCAGAGCCCTCTCCAACCTGGTGCCCAAGTATGACGGCCAGAGCAGCGAGGCCTGCAGCTGTGA 1628
Query 1521 CA---------GCGGGGACTACAAGCTCAGCCTGGCCGGACGCCGGAAAAAACTCTTCAAGAAGAAGTACAAGG 1585
|| |.|||||||||||.||..|||||||.|||||||| .||.|||||.|||||.|||||.|||.
Sbjct 1629 CAGTGGCGGTGGAGGGGACTACAAACTGGGCCTGGCTGGACGCCG---TAAGCTCTTTAAGAAAAAGTATAAGA 1699
Query 1586 CCAGCTATGTCCGCAGTCGCTCCATCCGCTCAGTGGCCATCGAGGTGGACGGCAGGGTGTACCACGTAGGCCTG 1659
|||||||||.|||.|..|||||||||||.||.||||||||||||||||||||...|.|.||||||||||||.||
Sbjct 1700 CCAGCTATGCCCGGAACCGCTCCATCCGTTCCGTGGCCATCGAGGTGGACGGTGAGATATACCACGTAGGCTTG 1773
Query 1660 GGTGATGCCGCC-CAGCCCCGAAACCTCACCAAGCGGCACTGGCCAGGGGCCCCTGAGGACCAAGATGACAAGG 1732
|.|..|| .||| ||||||||.|||||.|.|||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1774 GATACTG-TGCCTCAGCCCCGCAACCTTAGCAAGCCGCACTGGCCAGGGGCCCCTGAAGACCAAGATGACAAGG 1846
Query 1733 ATGGTGGGGACTTCAGTGGCACTGGAGGCCTTCCCGACTACTCAGCCGCCAACCCCATTAAAGTGACACATCGG 1806
|||||||....||||||||.|||||.||||||||.||.||.||.|||.||||.|||||.||||||||.||||||
Sbjct 1847 ATGGTGGCAGTTTCAGTGGTACTGGTGGCCTTCCAGATTATTCTGCCCCCAATCCCATCAAAGTGACCCATCGG 1920
Query 1807 TGCTACATCCTAGAGAACGACACAGTCCAGTGTGACCTGGACCTGTACAAGTCCCTGCAGGCCTGGAAAGACCA 1880
|||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1921 TGCTACATCCTTGAGAATGACACAGTCCAGTGCGACTTGGACCTGTACAAGTCCCTGCAGGCTTGGAAAGACCA 1994
Query 1881 CAAGCTGCACATCGACCACGAGATTGAAACCCTGCAGAACAAAATTAAGAACCTGAGGGAAGTCCGAGGTCACC 1954
||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.||||||.|.|||||||
Sbjct 1995 CAAGCTGCACATCGACCATGAGATCGAAACCCTGCAGAACAAAATTAAGAACCTTCGAGAAGTCAGGGGTCACC 2068
Query 1955 TGAAGAAAAAGCGGCCAGAAGAATGTGACTGTCACAAAATCAGCTACCACACCCAGCACAAAGGCCGCCTCAAG 2028
|||||||.|||||.||.||||||||||||||.||.|.||||||.|||||||.|||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2069 TGAAGAAGAAGCGACCGGAAGAATGTGACTGCCATAGAATCAGTTACCACAGCCAACACAAAGGCCGTCTCAAG 2142
Query 2029 CACAGAGGCTCCAGTCTGCATCCTTTCAGGAAGGGCCTGCAAGAGAAGGACAAGGTGTGGCTGTTGCGGGAGCA 2102
||||.|||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2143 CACAAAGGCTCCAGCCTGCACCCTTTCAGGAAGGGTCTGCAGGAGAAGGACAAGGTGTGGCTGCTGCGGGAGCA 2216
Query 2103 GAAGCGCAAGAAGAAACTCCGCAAGCTGCTCAAGCGCCTGCAGAACAACGACACGTGCAGCATGCCAGGCCTCA 2176
|||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2217 GAAACGCAAGAAGAAACTGCGCAAGCTGCTCAAACGGCTGCAGAACAACGATACGTGCAGCATGCCCGGCCTCA 2290
Query 2177 CGTGCTTCACCCACGACAACCAGCACTGGCAGACGGCGCCTTTCTGGACACTGGGGCCTTTCTGTGCCTGCACC 2250
|||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 2291 CGTGCTTTACCCACGACAACCACCACTGGCAGACGGCGCCACTCTGGACGCTGGGGCCGTTCTGCGCCTGCACC 2364
Query 2251 AGCGCCAACAATAACACGTACTGGTGCATGAGGACCATCAATGAGACTCACAATTTCCTCTTCTGTGAATTTGC 2324
|||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 2365 AGCGCCAACAACAACACGTACTGGTGCTTGAGGACCATAAATGAGACCCACAACTTCCTCTTCTGCGAATTTGC 2438
Query 2325 AACTGGCTTCCTAGAGTACTTTGATCTCAACACAGACCCCTACCAGCTGATGAATGCAGTGAACACACTGGACA 2398
|||.||||||.||||.||||||||.||||..|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 2439 AACCGGCTTCATAGAATACTTTGACCTCAGTACAGACCCCTACCAGCTGATGAACGCGGTGAACACACTGGACA 2512
Query 2399 GGGATGTCCTCAACCAGCTACACGTACAGCTCATGGAGCTGAGGAGCTGCAAGGGTTACAAGCAGTGTAACCCC 2472
||||.|||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2513 GGGACGTCCTTAACCAACTGCACGTGCAGCTCATGGAGCTAAGGAGCTGTAAAGGCTACAAGCAGTGCAACCCC 2586
Query 2473 CGGACTCGAAACATGGACCTGGGACTTAAAGATGGAGGAAGCTATGAGCAATACAGGCAGTTTCAGCGTCGAAA 2546
|||||.||.||||||||||||||.||||.|||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587 CGGACCCGCAACATGGACCTGGGGCTTAGAGACGGAGGAAGCTATGAACAATACAGGCAGTTTCAGCGTCGAAA 2660
Query 2547 GTGGCCAGAAATGAAGAGACCTTCTTCCAAATCACTGGGACAACTGTGGGAAGGCTGGGAAGGT 2610
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.
Sbjct 2661 ATGGCCAGAAATGAAGAGACCTTCTTCCAAATCACTGGGACAGCTATGGGAAGGTTGGGAAGGC 2724