Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03831
• Subject: XM_006501967.3
• Aligned Length: 2331
• Identities: 1897
• Gaps: 180

Alignment

Query    1  ATGAGACTAAAGATATCTCTTTTAAAAGAACCAAAGCATCAAGAATTAGTAAGCTGTGTGGGCTGGACTACTGC  74
            ||||||||.|||||||||||.|.|||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||
Sbjct    1  ATGAGACTGAAGATATCTCTCTCAAAGGAACCAAAGCATCAAGAATTAGTGAGCTGTGTGGGTTGGACTACGGC  74

Query   75  TGAAGAGCTGTATTCATGTAGTGATGATCACCAGATAGTGAAGTGGAACTTGTTAACCAGTGAAACAACTCAAA  148
            .||.||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.|||||||||.||.|||||||||||||.|..|.||
Sbjct   75  GGAGGAGCTGTACTCATGCAGTGACGACCACCAGATCGTCAAGTGGAACCTGCTAACCAGTGAAACCAGCCTAA  148

Query  149  TAGTAAAGCTTCCTGATGATATTTACCCTATTGATTTTCACTGGTTTCCAAAAAGTTTGGGTGTAAAGAAACAA  222
            ||||.|||||.||||||||.||.|||||.||.||..||||||||||||||||.|||||.||..||||||||||.
Sbjct  149  TAGTCAAGCTGCCTGATGACATCTACCCGATAGACCTTCACTGGTTTCCAAAGAGTTTAGGCATAAAGAAACAG  222

Query  223  ACCCAGGCAGAAAGCTTTGTCCTCACAAGTTCTGATGGTAAATTTCATCTGATTTCCAAGTTAGGAAGAGTGGA  296
            ||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACGCAGGCAGAAAGCTTCGTCCTCACAAGCTCTGATGGTAAGTTTCATCTGATTTCCAAGTTAGGAAGAGTGGA  296

Query  297  AAAAAGTGTAGAAGCTCACTGTGGAGCAGTACTTGCAGGAAGATGGAATTATGAAGGAACAGCATTAGTTACAG  370
            |||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||.|||||||||||||.||.||.||||||||.||||
Sbjct  297  AAAGAGTGTAGAAGCTCACTGTGGGGCTGTGCTCGCAGGACGATGGAATTATGAGGGGACTGCATTAGTGACAG  370

Query  371  TTGGAGAAGATGGACAAATAAAAATTTGGTCAAAGACTGGGATGCTTAGATCAACTTTAGCTCAGCAAGGAACA  444
            |||||||||||||||||.|.|||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  371  TTGGAGAAGATGGACAAGTGAAAATCTGGTCAAAGACAGGGATGCTCAGATCAACTTTAGCCCAGCAAGGAACA  444

Query  445  CCAGTGTATTCAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAA  518
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  445  CCAGTGTACTCAGTAGCCTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAACAGCTCATCATTAA  518

Query  519  ACCTCTTCAACCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACT  592
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct  519  ACCTCTTCAACCAAATGCTAAAGTTTTACAGTGGAAAGCCCATGATGGCATCATTTTAAAAGTCGACTGGAACT  592

Query  593  CGGTCAATGATCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTG  666
            |.||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||...|||
Sbjct  593  CAGTGAATGACCTTATTTTATCTGCGGGTGAAGACTGTAAGTATAAGGTTTGGGATAGTTATGGCCGCGTGCTG  666

Query  667  TACAATTCACAACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGG  740
            |||...||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||
Sbjct  667  TACGGCTCCCAGCCTCATGAGCACCCCATCACCTCAGTGGCCTGGGCTCCAGATGGGGAGTTATTTGCCGTTGG  740

Query  741  ATCGTTTCATACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCA  814
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||                                      
Sbjct  741  ATCGTTTCATACGTTACGCTTGTGTGATAAAACTGG--------------------------------------  776

Query  815  TATTTAATATTGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCA  888
                                                                                      
Sbjct  777  --------------------------------------------------------------------------  776

Query  889  CATGTGGTGGAACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCG  962
                                                                                ||||||
Sbjct  777  --------------------------------------------------------------------GGTTCG  782

Query  963  TAATGTTCTTAATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCAC  1036
            .||.|||||.||||||||.||||||.|.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||.|.||||
Sbjct  783  CAACGTTCTCAATGATGCCGTGGATCTCCTGGAGTTCCGGGACAGAGTCATTAAAGCATCCTTAAACCACGCAC  856

Query 1037  ACTTAGTTGTTTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGAT  1110
            ||||.||.||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct  857  ACTTGGTGGTCTCCACGTCCCTGCAGTGCTACGTGTTCTCTACGAAGAACTGGAATACACCACTTATATTTGAT  930

Query 1111  CTCAAAGAAGGAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTA  1184
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||..|..|||||||
Sbjct  931  CTCAAAGAAGGAACTGTTAGTTTAATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTGGTGGATGGCGGGGGTATCTA  1004

Query 1185  TTTATATTCATATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCAC  1258
            ..|..|.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|
Sbjct 1005  CCTGCACTCTTATGAAGGGCGCTTCATTTCTTCTCCAAAGTTTCCTGGCATGAGAACAGACATCCTGAACGCTC  1078

Query 1259  AGACTGTGTCTTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAG  1332
            |||||||||||.||||.|||||.||.||||||||||..|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 1079  AGACTGTGTCTCTGAGCAATGACACGATAGCAATAAAGGACAAAGCTGACGAGAAGATAATCTTCCTCTTTGAG  1152

Query 1333  GCATCAACCGGAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGA  1406
            ||.|||||.|||||.||..||||.|||||.||..||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||
Sbjct 1153  GCGTCAACTGGAAAACCCCTAGGGGATGGGAAACTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTCAGAAATTGCTCTGGA  1226

Query 1407  TCAAAAAGGACTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGA  1480
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||..|||||.|||||||
Sbjct 1227  TCAAAAAGGACTTACCAATGACAGAAAAATTGCTTTCATTGACAAGAACAGAGATCTCTACATCACCTCTGTGA  1300

Query 1481  AACGATTTGGGAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGC  1554
            |||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||...|||||||||
Sbjct 1301  AACGATTTGGGAAAGAAGAACAGATTATTAAACTTGGAACCATGGTACATACTTTGGCATGGTGTGATACATGC  1374

Query 1555  AATATCCTTTGTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGA  1628
            ||||||||.||||||.||||||||||||||||.|.|||.|||||||||||.|||||..||||||||||||||||
Sbjct 1375  AATATCCTCTGTGGAATTCAAGATACTCGATTCACAGTATGGTATTACCCTAATACCATTTATGTGGACAGAGA  1448

Query 1629  CATTTTGCCTAAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTG  1702
            ||||.|||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||.|||||||||.||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 1449  CATTCTGCCTAAAACATTGTACGAAAGAGATGCAAGTGAATATAGTAAAAACCCGCATATAGTGAGTTTTGTTG  1522

Query 1703  GAAATCAAGTAACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTC  1776
            |||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||.||.||.||.||.|||
Sbjct 1523  GAAATCAGGTAACTATAAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTGCACATCAGCATATCACCGTACCCCGCCATCCTC  1596

Query 1777  CATGAATATGTAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTG  1850
            |||||.|||||.|||||.||.||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1597  CATGAGTATGTGAGCAGCTCCAAGTGGGAAGAGGCTGTAAGGCTTTGCCGCTTTGTTAAGGAGCAAAGCATGTG  1670

Query 1851  GGCTTGTCTAGCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAATTGGTG  1924
            ||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||...||||||||||||||||||||||||.||||.|
Sbjct 1671  GGCTTGCCTAGCGGCTATGGCTGTTGCTAATCGAGATATGGTCACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAGTTGGGG  1744

Query 1925  AAATTGATAAGGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTA  1998
            ||||||||||.||||.||||||||||.||||||||.||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 1745  AAATTGATAAAGTTCGGTACATCAATGCTATAAAAGATCTTCCATCTAGAGAGTCAAAAATGGCCCACATACTC  1818

Query 1999  CTGTTTAGTGGGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGAT  2072
            .||||||||||||||||.|||||||||||||.|||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1819  ATGTTTAGTGGGAACATCCAGGAGGCTGAAACAGTCCTGCTCCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCCATACAGAT  1892

Query 2073  CAATATTAATCTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTC  2146
            |||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1893  CAACATTAATCTCTATAACTGGGAAAGGGCGCTGGAGTTGGCTGTAAAATACAAAACCCACGTTGATACAGTGC  1966

Query 2147  TTGCTTACCGTCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAA  2220
            |.|||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.
Sbjct 1967  TCGCTTATCGTCAGAAGTTCTTGGACACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATATTTACAATATGCAGAG  2040

Query 2221  GGTCTCCAAATAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATC  2294
            ||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||.|.||||||
Sbjct 2041  GGCCTCCAAATAGACTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACTAAAGAACGAGACCGATCATC  2114

Query 2295  AAGCAGCCAATCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC  2331
            .|||.||||.||||||||||||.|.||.|||||||.|
Sbjct 2115  CAGCGGCCAGTCCAGCAAGAGTGTGGGCTTAAAGCAC  2151