Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_04000
• Subject: NM_001349542.2
• Aligned Length: 1307
• Identities: 1236
• Gaps: 67

Alignment

Query    1  ATGACTGAACTACAGCAAGATGTGGAAGACACAAAGCCTGCGAAAGTGCTCGGGAAGAGGGAGAGCAAACTTGG  74
                               ||||                 |.|||||      ||||.||          ||..
Sbjct    1  -------------------ATGT-----------------CTAAAGT------GAAGCGG----------TTTC  22

Query   75  C--------TCAGCCCACTCAGAGGCTGAGAATGGTGTGGAGGAGAAAAAGAAAGCCTGCAGGTCGCCAACAGC  140
            |        ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   23  CTTTCTTCTTCAG----CTCAGAGGCTGAGAATGGTGTGGAGGAGAAAAAGAAAGCCTGCAGGTCGCCAACAGC  92

Query  141  CCAATCCCCTACCCCATCTGTGGAGGCGGACTCCCCAGACCAGAAGAAAATCATTAGCCTATGGTCAAAATCCA  214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   93  CCAATCCCCTACCCCATCTGTGGAGGCGGACTCCCCAGACCAGAAGAAAATCATTAGCCTATGGTCAAAATCCA  166

Query  215  GTTTTGATGGTGCCTCTTTAGCAAGTGATAAGAACGACTGTAAAACAGAAAGCAAAAATGACCCTAAGACTGAA  288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  167  GTTTTGATGGTGCCTCTTTAGCAAGTGATAAGAACGACTGTAAAACAGAAAGCAAAAATGACCCTAAGACTGAA  240

Query  289  AGAAAAAAGTCTTCATCTTCCAGCCAGTACAAGGCCAATATGCACTTTCACAAGTTGTTTCTTAGTGTCCCAAC  362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241  AGAAAAAAGTCTTCATCTTCCAGCCAGTACAAGGCCAATATGCACTTTCACAAGTTGTTTCTTAGTGTCCCAAC  314

Query  363  GGAGGAACCACTGAAGCAAAGCTTTACCTGTGCTCTACAGAAAGAAATACTATACCAAGGAAAGCTCTTTGTAT  436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  315  GGAGGAACCACTGAAGCAAAGCTTTACCTGTGCTCTACAGAAAGAAATACTATACCAAGGAAAGCTCTTTGTAT  388

Query  437  CAGAAAACTGGATTTGTTTTCATTCCAAAGTCTTTGGAAAAGACACAAAGATCTCTATTCCAGCTTTCTCGGTA  510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  389  CAGAAAACTGGATTTGTTTTCATTCCAAAGTCTTTGGAAAAGACACAAAGATCTCTATTCCAGCTTTCTCGGTA  462

Query  511  ACCCTAATAAAGAAAACCAAAACTGCTCTTCTAGTGCCAAACGCCCTGATCATAGCAACAGTCACAGACAGGTA  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  463  ACCCTAATAAAGAAAACCAAAACTGCTCTTCTAGTGCCAAACGCCCTGATCATAGCAACAGTCACAGACAGGTA  536

Query  585  CATATTTGTCTCCTTACTCTCCAGAGATTCAACTTACAAACTACTAAAATCTGTGTGTGGACACTTAGAAAATA  658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  537  CATATTTGTCTCCTTACTCTCCAGAGATTCAACTTACAAACTACTAAAATCTGTGTGTGGACACTTAGAAAATA  610

Query  659  CAAGTGTTGGTAACAGTCCCAATCCATCTTCTGCTGAAAACAGTTTCCGAGCAGACCGCCCTTCATCTCTGCCT  732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  611  CAAGTGTTGGTAACAGTCCCAATCCATCTTCTGCTGAAAACAGTTTCCGAGCAGACCGCCCTTCATCTCTGCCT  684

Query  733  CTGGATTTCAATGATGAATTCTCAGATCTGGATGGAGTGGTTCAACAAAGAAGGCAAGACATGGAAGGATATAG  806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  685  CTGGATTTCAATGATGAATTCTCAGATCTGGATGGAGTGGTTCAACAAAGAAGGCAAGACATGGAAGGATATAG  758

Query  807  CAGTTCTGGTTCTCAAACTCCTGAATCTGAGAACTCTCG---AGATTTCCATGCGACAGAATCCCAAACAGTTC  877
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  759  CAGTTCTGGTTCTCAAACTCCTGAATCTGAGAACTCTCGAGTAGATTTCCATGCGACAGAATCCCAAACAGTTC  832

Query  878  TGAATGTCTCCAAGGGAGAAGCAAAGCCAACTCGGGCAGATGCCCATGTGAACAGAGTACCTGAAGGAAAAGCC  951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  833  TGAATGTCTCCAAGGGAGAAGCAAAGCCAACTCGGGCAGATGCCCATGTGAACAGAGTACCTGAAGGAAAAGCC  906

Query  952  AAGAGTCTCCCTGTACAGGGTCTGTCAGAAACTGTTGGAATCTTACATAAAGTCAAGTCTCAGAAATGTCCGAT  1025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  907  AAGAGTCTCCCTGTACAGGGTCTGTCAGAAACTGTTGGAATCTTACATAAAGTCAAGTCTCAGAAATGTCCGAT  980

Query 1026  GCTTCACCATATTCTTATATTCTATGCAATTGTTGTCTGTGCACTAATCATCTCGACCTTCTACATGAGATACA  1099
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  981  GCTTCACCATATTCTTATATTCTATGCAATTGTTGTCTGTGCACTAATCATCTCGACCTTCTACATGAGATACA  1054

Query 1100  GAATTAATACTCTGGAGGAGCAGCTGGGGTTACTAACCTCCATTGTGGACACCCATAATACTGAACAGGCAGCA  1173
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055  GAATTAATACTCTGGAGGAGCAGCTGGGGTTACTAACCTCCATTGTGGACACCCATAATACTGAACAGGCAGCA  1128

Query 1174  CCATCTGGCCTGAGGTCACAAGTACAATTCAATGTGGAGGTTCTCTGTCAAGAGCTTACAGCTAACATAGTGAA  1247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129  CCATCTGGCCTGAGGTCACAAGTACAATTCAATGTGGAGGTTCTCTGTCAAGAGCTTACAGCTAACATAGTGAA  1202

Query 1248  ATTAGAAAAGATACAAAATAACTTACAGAAGTTGCTTGAGAATGGTGAC  1296
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203  ATTAGAAAAGATACAAAATAACTTACAGAAGTTGCTTGAGAATGGTGAC  1251