Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_04000
• Subject: NM_001349544.2
• Aligned Length: 1342
• Identities: 1277
• Gaps: 65

Alignment

Query    1  ATGACTGAACTACAGCAAGATGTGGAAGACACAAAGCCTGCGAAAGTGCTCGGGAAGAGGGAGAGCAAACTTGG  74
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------ATGTGGAAGACACAAAGCCTGCGAAAGTGCTCGGGAAGAGGGAGAGCAAACTTGG  55

Query   75  CTCAGCCCACTCAGAGGCTGAGAATGGTGTGGAGGAGAAAAAGAAAGCCTGCAGGTCGCCAACAGCCCAATCCC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   56  CTCAGCCCACTCAGAGGCTGAGAATGGTGTGGAGGAGAAAAAGAAAGCCTGCAGGTCGCCAACAGCCCAATCCC  129

Query  149  CTACCCCATCTGTGGAGGCGGACTCCCCAGACCAGAAGAAAATCATTAGCCTATG-------------------  203
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
Sbjct  130  CTACCCCATCTGTGGAGGCGGACTCCCCAGACCAGAAGAAAATCATTAGCCTATGCCCATATCTTCTCTCCAAA  203

Query  204  ------------------------GTCAAAATCCAGTTTTGATGGTGCCTCTTTAGCAAGTGATAAGAACGACT  253
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  204  TCTATGCTTCATTCAGGACCAAGAGTCAAAATCCAGTTTTGATGGTGCCTCTTTAGCAAGTGATAAGAACGACT  277

Query  254  GTAAAACAGAAAGCAAAAATGACCCTAAGACTGAAAGAAAAAAGTCTTCATCTTCCAGCCAGTACAAGGCCAAT  327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  278  GTAAAACAGAAAGCAAAAATGACCCTAAGACTGAAAGAAAAAAGTCTTCATCTTCCAGCCAGTACAAGGCCAAT  351

Query  328  ATGCACTTTCACAAGTTGTTTCTTAGTGTCCCAACGGAGGAACCACTGAAGCAAAGCTTTACCTGTGCTCTACA  401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  352  ATGCACTTTCACAAGTTGTTTCTTAGTGTCCCAACGGAGGAACCACTGAAGCAAAGCTTTACCTGTGCTCTACA  425

Query  402  GAAAGAAATACTATACCAAGGAAAGCTCTTTGTATCAGAAAACTGGATTTGTTTTCATTCCAAAGTCTTTGGAA  475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  426  GAAAGAAATACTATACCAAGGAAAGCTCTTTGTATCAGAAAACTGGATTTGTTTTCATTCCAAAGTCTTTGGAA  499

Query  476  AAGACACAAAGATCTCTATTCCAGCTTTCTCGGTAACCCTAATAAAGAAAACCAAAACTGCTCTTCTAGTGCCA  549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  500  AAGACACAAAGATCTCTATTCCAGCTTTCTCGGTAACCCTAATAAAGAAAACCAAAACTGCTCTTCTAGTGCCA  573

Query  550  AACGCCCTGATCATAGCAACAGTCACAGACAGGTACATATTTGTCTCCTTACTCTCCAGAGATTCAACTTACAA  623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  574  AACGCCCTGATCATAGCAACAGTCACAGACAGGTACATATTTGTCTCCTTACTCTCCAGAGATTCAACTTACAA  647

Query  624  ACTACTAAAATCTGTGTGTGGACACTTAGAAAATACAAGTGTTGGTAACAGTCCCAATCCATCTTCTGCTGAAA  697
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  648  ACTACTAAAATCTGTGTGTGGACACTTAGAAAATACAAGTGTTGGTAACAGTCCCAATCCATCTTCTGCTGAAA  721

Query  698  ACAGTTTCCGAGCAGACCGCCCTTCATCTCTGCCTCTGGATTTCAATGATGAATTCTCAGATCTGGATGGAGTG  771
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  ACAGTTTCCGAGCAGACCGCCCTTCATCTCTGCCTCTGGATTTCAATGATGAATTCTCAGATCTGGATGGAGTG  795

Query  772  GTTCAACAAAGAAGGCAAGACATGGAAGGATATAGCAGTTCTGGTTCTCAAACTCCTGAATCTGAGAACTCTCG  845
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  GTTCAACAAAGAAGGCAAGACATGGAAGGATATAGCAGTTCTGGTTCTCAAACTCCTGAATCTGAGAACTCTCG  869

Query  846  ---AGATTTCCATGCGACAGAATCCCAAACAGTTCTGAATGTCTCCAAGGGAGAAGCAAAGCCAACTCGGGCAG  916
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  AGTAGATTTCCATGCGACAGAATCCCAAACAGTTCTGAATGTCTCCAAGGGAGAAGCAAAGCCAACTCGGGCAG  943

Query  917  ATGCCCATGTGAACAGAGTACCTGAAGGAAAAGCCAAGAGTCTCCCTGTACAGGGTCTGTCAGAAACTGTTGGA  990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  ATGCCCATGTGAACAGAGTACCTGAAGGAAAAGCCAAGAGTCTCCCTGTACAGGGTCTGTCAGAAACTGTTGGA  1017

Query  991  ATCTTACATAAAGTCAAGTCTCAGAAATGTCCGATGCTTCACCATATTCTTATATTCTATGCAATTGTTGTCTG  1064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  ATCTTACATAAAGTCAAGTCTCAGAAATGTCCGATGCTTCACCATATTCTTATATTCTATGCAATTGTTGTCTG  1091

Query 1065  TGCACTAATCATCTCGACCTTCTACATGAGATACAGAATTAATACTCTGGAGGAGCAGCTGGGGTTACTAACCT  1138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  TGCACTAATCATCTCGACCTTCTACATGAGATACAGAATTAATACTCTGGAGGAGCAGCTGGGGTTACTAACCT  1165

Query 1139  CCATTGTGGACACCCATAATACTGAACAGGCAGCACCATCTGGCCTGAGGTCACAAGTACAATTCAATGTGGAG  1212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  CCATTGTGGACACCCATAATACTGAACAGGCAGCACCATCTGGCCTGAGGTCACAAGTACAATTCAATGTGGAG  1239

Query 1213  GTTCTCTGTCAAGAGCTTACAGCTAACATAGTGAAATTAGAAAAGATACAAAATAACTTACAGAAGTTGCTTGA  1286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  GTTCTCTGTCAAGAGCTTACAGCTAACATAGTGAAATTAGAAAAGATACAAAATAACTTACAGAAGTTGCTTGA  1313

Query 1287  GAATGGTGAC  1296
            ||||||||||
Sbjct 1314  GAATGGTGAC  1323