Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_04171
Subject:
NM_001291000.1
Aligned Length:
3247
Identities:
2650
Gaps:
254

Alignment

Query    1  ATGAGGGTCTTCCTGCTTTGTGCCTACATACTGCTGCTGATGGTTTCCCAGTTGAGGGCAGTCAGCTTTCCTGA  74
            |||.||.||.|.||||||||...||.|.|.|||.|.||..||||.|||..|||..||||.||||||||.||.||
Sbjct    1  ATGGGGTTCCTTCTGCTTTGGTTCTGCGTGCTGTTCCTTCTGGTCTCCAGGTTACGGGCGGTCAGCTTCCCAGA  74

Query   75  AGATGATGAACCCCTTAATACTGTCGACTATCACTATTCAAGGCAATATCCGGTTTTTAGAGGACGCCCTTCAG  148
            |||.|||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGACGATGAGCCCCTCAACACGGTTGACTATCACTATTCAAGGCAATATCCGGTTTTTAGAGGACGCCCTTCAG  148

Query  149  GCAATGAATCGCAGCACAGGCTGGACTTTCAGCTGATGTTGAAAATTCGAGACACACTTTATATTGCTGGCAGG  222
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCAACGAATCGCAGCACAGGCTGGACTTTCAGCTGATGTTGAAAATTCGAGACACACTTTATATTGCTGGCAGG  222

Query  223  GATCAAGTTTATACAGTAAACTTAAATGAAATGCCCAAAACAGAAGTAATACCCAACAAGAAACTGACATGGCG  296
            ||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||.|||||||.||.|||||.|.||||||.|||||.|||.|
Sbjct  223  GATCAAGTCTATACAGTGAACTTAAATGAAATCCCCCAAACAGAGGTGATACCAAGCAAGAAGCTGACGTGGAG  296

Query  297  ATCAAGACAACAGGATCGAGAAAACTGTGCTATGAAAGGCAAGCATAAAGATGAATGCCACAACTTTATCAAAG  370
            .||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  297  GTCCAGACAGCAGGATCGAGAAAATTGTGCTATGAAAGGCAAGCATAAAGATGAATGCCACAACTTCATCAAAG  370

Query  371  TATTTGTTCCAAGAAACGATGAGATGGTTTTTGTTTGTGGTACCAATGCATTCAATCCCATGTGTAGATACTAC  444
            |.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.
Sbjct  371  TCTTTGTCCCAAGAAATGATGAGATGGTTTTTGTCTGTGGTACCAATGCTTTCAACCCGATGTGCAGATACTAT  444

Query  445  AGGTTGAGTACCTTAGAATATGATGGGGAAGAAATTAGTGGCCTGGCAAGATGCCCATTTGATGCCAGACAAAC  518
            ||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct  445  AGGTTGAGAACGTTAGAGTATGATGGGGAAGAAATTAGTGGCCTGGCACGATGCCCGTTTGATGCCCGACAAAC  518

Query  519  CAATGTTGCCCTCTTTGCTGATGGGAAGCTGTATTCTGCCACAGTGGCTGACTTCTTGGCCAGCGATGCCGTTA  592
            ||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||.||.|
Sbjct  519  CAATGTCGCCCTCTTTGCTGATGGAAAACTCTATTCTGCCACAGTGGCTGATTTCCTGGCCAGTGATGCTGTCA  592

Query  593  TTTATCGAAGCATGGGTGATGGATCTGCCCTTCGCACAATAAAATATGATTCCAAATGGATAAAAGAGCCACAC  666
            ||||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct  593  TTTACAGAAGCATGGGAGATGGATCTGCCCTTCGCACAATAAAATACGATTCCAAGTGGATCAAAGAACCACAC  666

Query  667  TTTCTTCATGCCATAGAATATGGAAACTATGTCTATTTCTTCTTTCGAGAAATCGCTGTCGAACATAATAATTT  740
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct  667  TTCCTTCATGCCATAGAATATGGAAACTATGTCTATTTCTTCTTCAGAGAAATCGCCGTGGAACATAATAACTT  740

Query  741  AGGCAAGGCTGTGTATTCCCGCGTGGCCCGCATATGTAAAAACGACATGGGTGGTTCCCAGCGGGTCCTGGAGA  814
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  741  AGGCAAGGCTGTGTATTCCCGCGTGGCTCGCATTTGTAAAAACGACATGGGTGGCTCACAGCGGGTCCTGGAGA  814

Query  815  AACACTGGACTTCATTTCTAAAGGCTCGGCTGAACTGTTCTGTCCCTGGAGATTCGTTTTTCTACTTTGATGTT  888
            |||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.
Sbjct  815  AACACTGGACTTCCTTCCTTAAGGCTCGGCTGAACTGCTCCGTTCCTGGAGATTCCTTTTTCTACTTCGACGTC  888

Query  889  CTGCAGTCTATTACAGACATAATACAAATCAATGGCATCCCCACTGTGGTCGGGGTGTTTACCACGCAGCTCAA  962
            |||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||
Sbjct  889  CTGCAGTCTATAACAGACATAATCCAAATCAATGGCATCCCCACTGTGGTTGGGGTCTTCACCACACAGCTCAA  962

Query  963  TAGCATCCCTGGTTCTGCTGTCTGTGCATTTAGCATGGATGACATTGAAAAAGTATTCAAAGGACGGTTTAAGG  1036
            .|||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.|
Sbjct  963  CAGCATTCCTGGTTCTGCAGTCTGTGCCTTTAGCATGGACGACATTGAGAAAGTGTTCAAAGGGCGGTTCAAAG  1036

Query 1037  AACAGAAAACTCCAGATTCTGTTTGGACAGCAGTTCCCGAAGACAAAGTGCCAAAGCCAAGGCCTGGCTGTTGT  1110
            |.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGCAGAAAACCCCAGACTCTGTTTGGACAGCAGTTCCCGAAGACAAAGTACCAAAACCAAGGCCTGGCTGTTGT  1110

Query 1111  GCAAAACACGGCCTTGCCGAAGCTTATAAAACCTCCATCGATTTCCCGGATGAAACTCTGTCATTCATCAAATC  1184
            ||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.||.|||.|.||||||||.||
Sbjct 1111  GCCAAACACGGCCTCGCAGAAGCTTACAAGACCTCCATCGACTTTCCAGATGACACCCTGGCTTTCATCAAGTC  1184

Query 1185  TCATCCCCTGATGGACTCTGCCGTTCCACCCATTGCCGATGAGCCCTGGTTCACAAAGACTCGGGTCAGGTACA  1258
            .||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1185  CCACCCGCTGATGGACTCTGCCGTCCCACCCATTGCCGATGAGCCCTGGTTCACAAAGACACGGGTCAGGTACA  1258

Query 1259  GACTGACGGCCATCTCAGTGGACCATTCAGCCGGACCCTACCAGAACTACACAGTCATCTTTGTTGGCTCTGAA  1332
            |..||||.||||||..||||||||.||||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGTTGACAGCCATCGAAGTGGACCGTTCAGCAGGGCCATACCAAAACTACACAGTCATCTTTGTTGGCTCTGAA  1332

Query 1333  GCTGGCATGGTACTTAAAGTTCTGGCAAAGACCAGTCCTTTCTCTTTGAACGACAGCGTATTACTGGAAGAGAT  1406
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1333  GCTGGCGTGGTACTTAAAGTTTTGGCAAAGACCAGTCCTTTCTCTCTGAATGACAGTGTATTACTCGAAGAGAT  1406

Query 1407  TGAAGCCTACAACCATGCAAAGTGCAGTGCTGAGAATGAGGAAGACAAAAAGGTCATCTCATTACAGTTGGATA  1480
            ||||||.||.||||..||.||||||||.||.||||.||||||.||||.||||||..|||||||||||.||||.|
Sbjct 1407  TGAAGCTTATAACCCAGCCAAGTGCAGCGCCGAGAGTGAGGAGGACAGAAAGGTGGTCTCATTACAGCTGGACA  1480

Query 1481  AAGATCACCACGCTTTATATGTGGCGTTCTCTAGCTGCATTATCCGCATCCCCCTCAGTCGCTGTGAGCGTTAT  1554
            |.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||.|..||||||||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 1481  AGGATCACCATGCTTTATACGTGGCCTTCTCTAGCTGCGTGGTCCGCATCCCCCTCAGCCGCTGTGAGCGCTAC  1554

Query 1555  GGATCATGTAAAAAGTCTTGTATTGCATCTCGTGACCCGTATTGTGGCTGGTTAAGCCAGGGATCCTGTGGTAG  1628
            |||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||...||||..||
Sbjct 1555  GGATCGTGTAAAAAGTCTTGCATTGCATCACGTGACCCGTACTGTGGTTGGTTAAGCCAGGGAGTTTGTGAGAG  1628

Query 1629  AGTGACCCCAGGGATGCTGCTGTTAACCGAAGACTTCTTTGCTTTCCATAACCACAGTGCTGAAGGATATGAAC  1702
            ||||||||.|||||||||.|                                       |||.|||||||||.|
Sbjct 1629  AGTGACCCTAGGGATGCTCC---------------------------------------CTGGAGGATATGAGC  1663

Query 1703  AAGACACAGAATTCGGCAACACAGCTCATCTAGGGGACTGCCA-------------------------------  1745
            |.|||||.||.|.||||||||||||.||.||||||||||||||                               
Sbjct 1664  AGGACACGGAGTACGGCAACACAGCCCACCTAGGGGACTGCCACGAAAGTTTGCCTCCTTCAACTACACCAGAT  1737

Query 1746  --------------------------------------------------------------------------  1745
                                                                                      
Sbjct 1738  TACAAAATATTTGGCGGTCCAACATCTGACATGGAGGTATCCTCATCTTCTGTTACCACTGTGGCAAGTAGCCC  1811

Query 1746  --------------------------------------------------------------------------  1745
                                                                                      
Sbjct 1812  AGAAATTACATCTAAAGTGATTGATACCTGGAGACCTAAACTGACGAGCTCCCGGAAATTTGTAGTTCAAGATG  1885

Query 1746  ----------------------------------TGGTGTACGATGGGAAGTCCAGTCTGGAGAGTCCAACCAG  1785
                                              .||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 1886  ACCCAAATACTTCTGATTTTACTGATACTATATCAGGTGTACGGTGGGAAGTCCAGTCTGGAGAATCCAATCAG  1959

Query 1786  ATGGTCCACATGAATGTCCTCATCACCTGTGTCTTTGCTGCTTTTGTTTTGGGGGCATTCATTGCAGGTGTGGC  1859
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 1960  ATGGTCCACATGAATGTCCTCATCACCTGCGTGTTTGCCGCTTTTGTCTTGGGCGCGTTCATCGCAGGAGTGGC  2033

Query 1860  AGTATACTGCTATCGAGACATGTTTGTTCGGAAAAACAGAAAGATCCATAAAGATGCAGAGTCCGCCCAGTCAT  1933
            .||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|
Sbjct 2034  CGTGTACTGCTACCGTGACATGTTCGTTCGGAAGAACAGAAAGATCCATAAAGACGCAGAATCCGCCCAGTCGT  2107

Query 1934  GCACAGACTCCAGTGGAAGTTTTGCCAAACTGAATGGTCTCTTTGACAGCCCTGTCAAGGAATACCAACAGAAT  2007
            |||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.
Sbjct 2108  GCACAGACTCCAGCGGAAGCTTCGCCAAGCTGAACGGCCTCTTTGACAGCCCCGTCAAGGAATACCAGCAGAAC  2181

Query 2008  ATTGATTCTCCTAAACTGTATAGTAACCTGCTAACCAGTCGGAAAGAGCTACCACCCAATGGAGATACTAAATC  2081
            |||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||....|||||.||.||
Sbjct 2182  ATTGATTCTCCCAAACTCTACAGCAACCTGCTGACCAGTCGGAAGGAACTGCCACCAAACACGGATACAAAGTC  2255

Query 2082  CATGGTAATGGACCATCGAGGGCAACCTCCAGAGTTGGCTGCTCTTCCTACTCCTGAGTCTACACCCGTGCTTC  2155
            |||||...|||||||..||||.||.|||||.|||.||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||.|
Sbjct 2256  CATGGCCGTGGACCACAGAGGCCAGCCTCCCGAGCTGGCTGCTCTCCCCACGCCGGAATCCACACCTGTCCTCC  2329

Query 2156  ACCAGAAGACCCTGCAGGCCATGAAGAGCCACTCAGAAAAGGCCCATGGCCATGGAGCTTCAAGGAAAGAA-AC  2228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||..||||.||.||||||||||||||| ||
Sbjct 2330  ACCAGAAGACCCTGCAGGCCATGAAGAGCCACTCTGAGAAGGCCCACAGCCACGGTGCTTCAAGGAAAGAACAC  2403

Query 2229  CCCTCAGTTTTTTCCGTCTAGTCCGCCACCTCATTCCCCATTAAGTCATGGGCATATCCCCAGTGCCATTGTTC  2302
            ||| |||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2404  CCC-CAGTTTTTTCCTTCTAGTCCTCCACCCCATTCCCCATTGAGTCACGGGCATATCCCCAGTGCCATCGTTC  2476

Query 2303  TTCCAAATGCTACCCATGACTACAACACGTCTTTCTCAAACTCCAATGCTCACAAAGCTGAAAAGAAGCTTCAA  2376
            |||||||.||.||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 2477  TTCCAAACGCCACTCACGACTACAATACATCCTTCTCCAACTCGAATGCCCACAAAGCCGAAAAGAAGCTTCAG  2550

Query 2377  AACATTGATCACCCTCTCACAAAGTCATCCAGTAAGAGAGATCACCGGCGTTCTGTTGATTCCAGAAATACCCT  2450
            |.|||.|||||||||||.||.|||||||||||||||.|.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2551  AGCATGGATCACCCTCTTACGAAGTCATCCAGTAAGCGGGAGCACCGGCGGTCTGTGGATTCCAGGAATACTCT  2624

Query 2451  CAATGATCTCCTGAAGCATCTGAATGACCCAAATAGTAACCCCAAAGCCATCATGGGAGACATCCAGATGGCAC  2524
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 2625  CAATGATCTCCTGAAGCATCTAAATGACCCAAACAGTAACCCCAAAGCCATCCTGGGAGAGATCCATATGGCTC  2698

Query 2525  ACCAGAACTTAATGCTGGATCCCATGGGATCGATGTCTGAGGTCCCACCTAAAGTCCCTAACCGGGAGGCATCG  2598
            |.||.|.|.|.||||||||.||..|||||.|.|||.|||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 2699  ATCAAACCCTCATGCTGGACCCGGTGGGACCAATGGCTGAGGTCCCACCCAAGGTCCCTAACCGGGAGGCATCT  2772

Query 2599  CTATACTCCCCTCCTTCAACTCTCCCCAGAAATAGCCCAACCAAGCGAGTGGATGTCCCCACCACTCCTGGAGT  2672
            ||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2773  CTATACTCCCCTCCCTCCACACTCCCCAGAAATAGTCCAACCAAGAGAGTAGATGTCCCCACCACTCCTGGGGT  2846

Query 2673  CCCAATGACTTCTCTGGAAAGACAAAGAGGTTATCACAAAAATTCCTCCCAGAGGCACTCTATATCTGCTATGC  2746
            .||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||
Sbjct 2847  GCCAATGACTTCTCTGGAAAGACAAAGGGGTTATCACAAAAATTCCTCCCAGAGGCACTCTATATCTGCCGTGC  2920

Query 2747  CTAAAAACTTAAACTCACCAAATGGTGTTTTGTTATCCAGACAGCCTAGTATGAACCGTGGAGGATATATGCCC  2820
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2921  CTAAAAACTTAAACTCACCAAATGGTGTTTTGTTATCTAGACAGCCGAGTATGAACCGTGGAGGCTATATGCCC  2994

Query 2821  ACCCCCACTGGGGCGAAGGTGGACTATATTCAGGGAACACCAGTGAGTGTTCATCTGCAGCCTTCCCTCTCCAG  2894
            |||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2995  ACCCCAACAGGGGCGAAGGTGGACTATATTCAGGGGACACCGGTGAGTGTTCATCTGCAGCCCTCCCTCTCCAG  3068

Query 2895  ACAGAGCAGCTACACCAGTAATGGCACTCTTCCTAGGACGGGACTAAAGAGGACGCCGTCCTTAAAACCTGACG  2968
            ||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|
Sbjct 3069  ACAGAGCAGCTATACCAGTAATGGCACCCTCCCCAGGACGGGACTAAAGAGGACACCATCCTTAAAACCTGATG  3142

Query 2969  TGCCACCAAAGCCTTCCTTTGTTCCTCAAACCCCATCTGTCAGACCACTGAACAAATACACATAC  3033
            |||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 3143  TGCCACCAAAGCCTTCCTTTGTTCCGCAAACCACATCTGTCAGACCACTGAACAAGTACACGTAC  3207