Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_04171
Subject:
XM_011239427.2
Aligned Length:
3202
Identities:
2650
Gaps:
209

Alignment

Query    1  ATGAGGGTCTTCCTGCTTTGTGCCTACATACTGCTGCTGATGGTTTCCCAGTTGAGGGCAGTCAGCTTTCCTGA  74
            |||.||.||.|.||||||||...||.|.|.|||.|.||..||||.|||..|||..||||.||||||||.||.||
Sbjct    1  ATGGGGTTCCTTCTGCTTTGGTTCTGCGTGCTGTTCCTTCTGGTCTCCAGGTTACGGGCGGTCAGCTTCCCAGA  74

Query   75  AGATGATGAACCCCTTAATACTGTCGACTATCACTATTCAAGGCAATATCCGGTTTTTAGAGGACGCCCTTCAG  148
            |||.|||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGACGATGAGCCCCTCAACACGGTTGACTATCACTATTCAAGGCAATATCCGGTTTTTAGAGGACGCCCTTCAG  148

Query  149  GCAATGAATCGCAGCACAGGCTGGACTTTCAGCTGATGTTGAAAATTCGAGACACACTTTATATTGCTGGCAGG  222
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCAACGAATCGCAGCACAGGCTGGACTTTCAGCTGATGTTGAAAATTCGAGACACACTTTATATTGCTGGCAGG  222

Query  223  GATCAAGTTTATACAGTAAACTTAAATGAAATGCCCAAAACAGAAGTAATACCCAACAAGAAACTGACATGGCG  296
            ||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||.|||||||.||.|||||.|.||||||.|||||.|||.|
Sbjct  223  GATCAAGTCTATACAGTGAACTTAAATGAAATCCCCCAAACAGAGGTGATACCAAGCAAGAAGCTGACGTGGAG  296

Query  297  ATCAAGACAACAGGATCGAGAAAACTGTGCTATGAAAGGCAAGCATAAAGATGAATGCCACAACTTTATCAAAG  370
            .||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  297  GTCCAGACAGCAGGATCGAGAAAATTGTGCTATGAAAGGCAAGCATAAAGATGAATGCCACAACTTCATCAAAG  370

Query  371  TATTTGTTCCAAGAAACGATGAGATGGTTTTTGTTTGTGGTACCAATGCATTCAATCCCATGTGTAGATACTAC  444
            |.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.
Sbjct  371  TCTTTGTCCCAAGAAATGATGAGATGGTTTTTGTCTGTGGTACCAATGCTTTCAACCCGATGTGCAGATACTAT  444

Query  445  AGGTTGAGTACCTTAGAATATGATGGGGAAGAAATTAGTGGCCTGGCAAGATGCCCATTTGATGCCAGACAAAC  518
            ||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct  445  AGGTTGAGAACGTTAGAGTATGATGGGGAAGAAATTAGTGGCCTGGCACGATGCCCGTTTGATGCCCGACAAAC  518

Query  519  CAATGTTGCCCTCTTTGCTGATGGGAAGCTGTATTCTGCCACAGTGGCTGACTTCTTGGCCAGCGATGCCGTTA  592
            ||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||.||.|
Sbjct  519  CAATGTCGCCCTCTTTGCTGATGGAAAACTCTATTCTGCCACAGTGGCTGATTTCCTGGCCAGTGATGCTGTCA  592

Query  593  TTTATCGAAGCATGGGTGATGGATCTGCCCTTCGCACAATAAAATATGATTCCAAATGGATAAAAGAGCCACAC  666
            ||||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct  593  TTTACAGAAGCATGGGAGATGGATCTGCCCTTCGCACAATAAAATACGATTCCAAGTGGATCAAAGAACCACAC  666

Query  667  TTTCTTCATGCCATAGAATATGGAAACTATGTCTATTTCTTCTTTCGAGAAATCGCTGTCGAACATAATAATTT  740
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct  667  TTCCTTCATGCCATAGAATATGGAAACTATGTCTATTTCTTCTTCAGAGAAATCGCCGTGGAACATAATAACTT  740

Query  741  AGGCAAGGCTGTGTATTCCCGCGTGGCCCGCATATGTAAAAACGACATGGGTGGTTCCCAGCGGGTCCTGGAGA  814
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  741  AGGCAAGGCTGTGTATTCCCGCGTGGCTCGCATTTGTAAAAACGACATGGGTGGCTCACAGCGGGTCCTGGAGA  814

Query  815  AACACTGGACTTCATTTCTAAAGGCTCGGCTGAACTGTTCTGTCCCTGGAGATTCGTTTTTCTACTTTGATGTT  888
            |||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.
Sbjct  815  AACACTGGACTTCCTTCCTTAAGGCTCGGCTGAACTGCTCCGTTCCTGGAGATTCCTTTTTCTACTTCGACGTC  888

Query  889  CTGCAGTCTATTACAGACATAATACAAATCAATGGCATCCCCACTGTGGTCGGGGTGTTTACCACGCAGCTCAA  962
            |||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||
Sbjct  889  CTGCAGTCTATAACAGACATAATCCAAATCAATGGCATCCCCACTGTGGTTGGGGTCTTCACCACACAGCTCAA  962

Query  963  TAGCATCCCTGGTTCTGCTGTCTGTGCATTTAGCATGGATGACATTGAAAAAGTATTCAAAGGACGGTTTAAGG  1036
            .|||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.|
Sbjct  963  CAGCATTCCTGGTTCTGCAGTCTGTGCCTTTAGCATGGACGACATTGAGAAAGTGTTCAAAGGGCGGTTCAAAG  1036

Query 1037  AACAGAAAACTCCAGATTCTGTTTGGACAGCAGTTCCCGAAGACAAAGTGCCAAAGCCAAGGCCTGGCTGTTGT  1110
            |.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGCAGAAAACCCCAGACTCTGTTTGGACAGCAGTTCCCGAAGACAAAGTACCAAAACCAAGGCCTGGCTGTTGT  1110

Query 1111  GCAAAACACGGCCTTGCCGAAGCTTATAAAACCTCCATCGATTTCCCGGATGAAACTCTGTCATTCATCAAATC  1184
            ||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.||.|||.|.||||||||.||
Sbjct 1111  GCCAAACACGGCCTCGCAGAAGCTTACAAGACCTCCATCGACTTTCCAGATGACACCCTGGCTTTCATCAAGTC  1184

Query 1185  TCATCCCCTGATGGACTCTGCCGTTCCACCCATTGCCGATGAGCCCTGGTTCACAAAGACTCGGGTCAGGTACA  1258
            .||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1185  CCACCCGCTGATGGACTCTGCCGTCCCACCCATTGCCGATGAGCCCTGGTTCACAAAGACACGGGTCAGGTACA  1258

Query 1259  GACTGACGGCCATCTCAGTGGACCATTCAGCCGGACCCTACCAGAACTACACAGTCATCTTTGTTGGCTCTGAA  1332
            |..||||.||||||..||||||||.||||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGTTGACAGCCATCGAAGTGGACCGTTCAGCAGGGCCATACCAAAACTACACAGTCATCTTTGTTGGCTCTGAA  1332

Query 1333  GCTGGCATGGTACTTAAAGTTCTGGCAAAGACCAGTCCTTTCTCTTTGAACGACAGCGTATTACTGGAAGAGAT  1406
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1333  GCTGGCGTGGTACTTAAAGTTTTGGCAAAGACCAGTCCTTTCTCTCTGAATGACAGTGTATTACTCGAAGAGAT  1406

Query 1407  TGAAGCCTACAACCATGCAAAGTGCAGTGCTGAGAATGAGGAAGACAAAAAGGTCATCTCATTACAGTTGGATA  1480
            ||||||.||.||||..||.||||||||.||.||||.||||||.||||.||||||..|||||||||||.||||.|
Sbjct 1407  TGAAGCTTATAACCCAGCCAAGTGCAGCGCCGAGAGTGAGGAGGACAGAAAGGTGGTCTCATTACAGCTGGACA  1480

Query 1481  AAGATCACCACGCTTTATATGTGGCGTTCTCTAGCTGCATTATCCGCATCCCCCTCAGTCGCTGTGAGCGTTAT  1554
            |.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||.|..||||||||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 1481  AGGATCACCATGCTTTATACGTGGCCTTCTCTAGCTGCGTGGTCCGCATCCCCCTCAGCCGCTGTGAGCGCTAC  1554

Query 1555  GGATCATGTAAAAAGTCTTGTATTGCATCTCGTGACCCGTATTGTGGCTGGTTAAGCCAGGGATCCTGTGGTAG  1628
            |||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||...||||..||
Sbjct 1555  GGATCGTGTAAAAAGTCTTGCATTGCATCACGTGACCCGTACTGTGGTTGGTTAAGCCAGGGAGTTTGTGAGAG  1628

Query 1629  AGTGACCCCAGGGATGCTGCTGTTAACCGAAGACTTCTTTGCTTTCCATAACCACAGTGCTGAAGGATATGAAC  1702
            ||||||||.|||||||||.|                                       |||.|||||||||.|
Sbjct 1629  AGTGACCCTAGGGATGCTCC---------------------------------------CTGGAGGATATGAGC  1663

Query 1703  AAGACACAGAATTCGGCAACACAGCTCATCTAGGGGACTGCC--------------------------------  1744
            |.|||||.||.|.||||||||||||.||.|||||||||||||                                
Sbjct 1664  AGGACACGGAGTACGGCAACACAGCCCACCTAGGGGACTGCCACGACATGGAGGTATCCTCATCTTCTGTTACC  1737

Query 1745  --------------------------------------------------------------------------  1744
                                                                                      
Sbjct 1738  ACTGTGGCAAGTAGCCCAGAAATTACATCTAAAGTGATTGATACCTGGAGACCTAAACTGACGAGCTCCCGGAA  1811

Query 1745  --------------------------------------------------------------ATGGTGTACGAT  1756
                                                                          |.||||||||.|
Sbjct 1812  ATTTGTAGTTCAAGATGACCCAAATACTTCTGATTTTACTGATACTATATCAGGTATCCCAAAGGGTGTACGGT  1885

Query 1757  GGGAAGTCCAGTCTGGAGAGTCCAACCAGATGGTCCACATGAATGTCCTCATCACCTGTGTCTTTGCTGCTTTT  1830
            |||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 1886  GGGAAGTCCAGTCTGGAGAATCCAATCAGATGGTCCACATGAATGTCCTCATCACCTGCGTGTTTGCCGCTTTT  1959

Query 1831  GTTTTGGGGGCATTCATTGCAGGTGTGGCAGTATACTGCTATCGAGACATGTTTGTTCGGAAAAACAGAAAGAT  1904
            ||.|||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1960  GTCTTGGGCGCGTTCATCGCAGGAGTGGCCGTGTACTGCTACCGTGACATGTTCGTTCGGAAGAACAGAAAGAT  2033

Query 1905  CCATAAAGATGCAGAGTCCGCCCAGTCATGCACAGACTCCAGTGGAAGTTTTGCCAAACTGAATGGTCTCTTTG  1978
            |||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||.|||||||
Sbjct 2034  CCATAAAGACGCAGAATCCGCCCAGTCGTGCACAGACTCCAGCGGAAGCTTCGCCAAGCTGAACGGCCTCTTTG  2107

Query 1979  ACAGCCCTGTCAAGGAATACCAACAGAATATTGATTCTCCTAAACTGTATAGTAACCTGCTAACCAGTCGGAAA  2052
            |||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2108  ACAGCCCCGTCAAGGAATACCAGCAGAACATTGATTCTCCCAAACTCTACAGCAACCTGCTGACCAGTCGGAAG  2181

Query 2053  GAGCTACCACCCAATGGAGATACTAAATCCATGGTAATGGACCATCGAGGGCAACCTCCAGAGTTGGCTGCTCT  2126
            ||.||.|||||.||....|||||.||.|||||||...|||||||..||||.||.|||||.|||.||||||||||
Sbjct 2182  GAACTGCCACCAAACACGGATACAAAGTCCATGGCCGTGGACCACAGAGGCCAGCCTCCCGAGCTGGCTGCTCT  2255

Query 2127  TCCTACTCCTGAGTCTACACCCGTGCTTCACCAGAAGACCCTGCAGGCCATGAAGAGCCACTCAGAAAAGGCCC  2200
            .||.||.||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2256  CCCCACGCCGGAATCCACACCTGTCCTCCACCAGAAGACCCTGCAGGCCATGAAGAGCCACTCTGAGAAGGCCC  2329

Query 2201  ATGGCCATGGAGCTTCAAGGAAAGAA-ACCCCTCAGTTTTTTCCGTCTAGTCCGCCACCTCATTCCCCATTAAG  2273
            |..||||.||.||||||||||||||| ||||| |||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||
Sbjct 2330  ACAGCCACGGTGCTTCAAGGAAAGAACACCCC-CAGTTTTTTCCTTCTAGTCCTCCACCCCATTCCCCATTGAG  2402

Query 2274  TCATGGGCATATCCCCAGTGCCATTGTTCTTCCAAATGCTACCCATGACTACAACACGTCTTTCTCAAACTCCA  2347
            |||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 2403  TCACGGGCATATCCCCAGTGCCATCGTTCTTCCAAACGCCACTCACGACTACAATACATCCTTCTCCAACTCGA  2476

Query 2348  ATGCTCACAAAGCTGAAAAGAAGCTTCAAAACATTGATCACCCTCTCACAAAGTCATCCAGTAAGAGAGATCAC  2421
            ||||.||||||||.||||||||||||||.|.|||.|||||||||||.||.|||||||||||||||.|.||.|||
Sbjct 2477  ATGCCCACAAAGCCGAAAAGAAGCTTCAGAGCATGGATCACCCTCTTACGAAGTCATCCAGTAAGCGGGAGCAC  2550

Query 2422  CGGCGTTCTGTTGATTCCAGAAATACCCTCAATGATCTCCTGAAGCATCTGAATGACCCAAATAGTAACCCCAA  2495
            |||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2551  CGGCGGTCTGTGGATTCCAGGAATACTCTCAATGATCTCCTGAAGCATCTAAATGACCCAAACAGTAACCCCAA  2624

Query 2496  AGCCATCATGGGAGACATCCAGATGGCACACCAGAACTTAATGCTGGATCCCATGGGATCGATGTCTGAGGTCC  2569
            |||||||.|||||||.|||||.|||||.||.||.|.|.|.||||||||.||..|||||.|.|||.|||||||||
Sbjct 2625  AGCCATCCTGGGAGAGATCCATATGGCTCATCAAACCCTCATGCTGGACCCGGTGGGACCAATGGCTGAGGTCC  2698

Query 2570  CACCTAAAGTCCCTAACCGGGAGGCATCGCTATACTCCCCTCCTTCAACTCTCCCCAGAAATAGCCCAACCAAG  2643
            ||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2699  CACCCAAGGTCCCTAACCGGGAGGCATCTCTATACTCCCCTCCCTCCACACTCCCCAGAAATAGTCCAACCAAG  2772

Query 2644  CGAGTGGATGTCCCCACCACTCCTGGAGTCCCAATGACTTCTCTGGAAAGACAAAGAGGTTATCACAAAAATTC  2717
            .||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2773  AGAGTAGATGTCCCCACCACTCCTGGGGTGCCAATGACTTCTCTGGAAAGACAAAGGGGTTATCACAAAAATTC  2846

Query 2718  CTCCCAGAGGCACTCTATATCTGCTATGCCTAAAAACTTAAACTCACCAAATGGTGTTTTGTTATCCAGACAGC  2791
            ||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2847  CTCCCAGAGGCACTCTATATCTGCCGTGCCTAAAAACTTAAACTCACCAAATGGTGTTTTGTTATCTAGACAGC  2920

Query 2792  CTAGTATGAACCGTGGAGGATATATGCCCACCCCCACTGGGGCGAAGGTGGACTATATTCAGGGAACACCAGTG  2865
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 2921  CGAGTATGAACCGTGGAGGCTATATGCCCACCCCAACAGGGGCGAAGGTGGACTATATTCAGGGGACACCGGTG  2994

Query 2866  AGTGTTCATCTGCAGCCTTCCCTCTCCAGACAGAGCAGCTACACCAGTAATGGCACTCTTCCTAGGACGGGACT  2939
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 2995  AGTGTTCATCTGCAGCCCTCCCTCTCCAGACAGAGCAGCTATACCAGTAATGGCACCCTCCCCAGGACGGGACT  3068

Query 2940  AAAGAGGACGCCGTCCTTAAAACCTGACGTGCCACCAAAGCCTTCCTTTGTTCCTCAAACCCCATCTGTCAGAC  3013
            |||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||
Sbjct 3069  AAAGAGGACACCATCCTTAAAACCTGATGTGCCACCAAAGCCTTCCTTTGTTCCGCAAACCACATCTGTCAGAC  3142

Query 3014  CACTGAACAAATACACATAC  3033
            ||||||||||.|||||.|||
Sbjct 3143  CACTGAACAAGTACACGTAC  3162