Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_04968
• Subject: NM_001033217.4
• Aligned Length: 2497
• Identities: 2118
• Gaps: 5

Alignment

Query    1  ATGCCTTTGGAGATGGAGCCCAAGATGAGCAAACTGGCCTTTGGCTGTCAGAGAAGTTCCACATCAGATGATGA  74
            |||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||.|||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCTTTGGAGATGGAACCGAAAATGAGCAAACTGGTCTTCGGGTGCCAGAGAAGCTCCACATCAGATGATGA  74

Query   75  CTCTGGCTGTGCATTGGAGGAGTACGCCTGGGTCCCCCCGGGCCTGAGACCAGAGCAGATCCAGCTCTATTTTG  148
            .||.|||||||||.|.||.|||||.||.||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct   75  TTCCGGCTGTGCACTTGAAGAGTATGCATGGGTCCCACCGGGCCTCAGGCCCGAGCAGATCCAGCTCTATTTCG  148

Query  149  CTTGCTTACCAGAGGAAAAAGTTCCTTACGTTAACAGCCCCGGAGAGAAGCATCGGATTAAACAGCTTTTGTAC  222
            |.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||..|||||||||||||..|||||
Sbjct  149  CATGCTTGCCAGAGGAAAAGGTTCCTTATGTTAACAGCCCTGGGGAGAAACACAGGATTAAACAGCTCCTGTAC  222

Query  223  CAGTTACCACCACATGATAATGAGGTACGGTATTGCCAGTCTTTGAGTGAAGAGGAGAAAAAAGAGTTGCAGGT  296
            |||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||.|||||||
Sbjct  223  CAGTTGCCTCCACACGATAACGAGGTGCGGTACTGCCAGTCTTTGAGCGAAGAAGAGAAGAAGGAGCTGCAGGT  296

Query  297  GTTCAGTGCTCAGCGGAAGAAAGAAGCACTGGGAAGAGGAACAATTAAGCTTCTGTCCAGAGCAGTCATGCATG  370
            |||||||||||||.|||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.||..||||||||||.||.|||||.|
Sbjct  297  GTTCAGTGCTCAGAGGAAGAAAGAAGCTCTGGGGAGAGGAACCATCAAACTCTTGTCCAGAGCTGTGATGCACG  370

Query  371  CTGTGTGTGAGCAGTGTGGTTTGAAGATAAATGGAGGTGAAGTTGCAGTGTTCGCCTCCCGTGCGGGCCCTGGT  444
            |.|||||||||||||||||..||.||||.||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct  371  CCGTGTGTGAGCAGTGTGGGCTGCAGATGAATGGAGGGGAGGTGGCCGTGTTCGCCTCCCGTGCAGGACCTGGA  444

Query  445  GTGTGCTGGCACCCATCCTGTTTTGTCTGTTTCACGTGTAATGAGCTGCTGGTCGACCTCATCTATTTTTATCA  518
            ||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GTATGCTGGCACCCGTCCTGCTTTGTCTGCTTCACGTGTAATGAACTACTGGTCGACCTCATCTATTTCTATCA  518

Query  519  GGATGGAAAAATTCACTGTGGCAGGCACCATGCAGAACTGCTCAAACCACGGTGCTCAGCATGTGACGAGATAA  592
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct  519  GGATGGAAAAATCCACTGTGGCAGGCACCACGCTGAACTGCTCAAGCCTCGGTGCTCAGCCTGTGATGAGATCA  592

Query  593  TTTTTGCTGATGAGTGCACAGAAGCTGAGGGTCGCCATTGGCACATGAAACACTTCTGCTGCCTTGAGTGTGAA  666
            ||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.
Sbjct  593  TTTTTGCTGACGAGTGCACGGAAGCCGAGGGTCGCCACTGGCACATGAAGCATTTCTGCTGTCTGGAATGTGAG  666

Query  667  ACGGTCCTGGGAGGACAGAGGTATATCATGAAGGACGGCCGCCCCTTCTGCTGTGGCTGTTTTGAGTCTCTCTA  740
            ||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct  667  ACAGTCCTGGGAGGGCAGAGATATATCATGAAGGACGGCCGCCCCTTCTGCTGTGGCTGCTTCGAGTCTCTCTA  740

Query  741  TGCGGAGTACTGTGAAACCTGTGGGGAACATATTGGTGTGGACCATGCACAGATGACCTATGACGGGCAGCACT  814
            .||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  741  CGCTGAGTACTGCGAAACCTGTGGGGAGCATATTGGTGTGGACCACGCACAGATGACCTACGACGGGCAGCACT  814

Query  815  GGCACGCCACGGAAGCCTGCTTTTCTTGTGCCCAGTGTAAAGCCTCTTTGTTGGGATGTCCCTTCCTTCCCAAA  888
            ||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||.|||||||.||||||||.||.|||
Sbjct  815  GGCACGCCACAGAGGCCTGCTTTTCCTGTGCGCAGTGTAAGGCCTCGTTGCTGGGATGCCCCTTCCTCCCGAAA  888

Query  889  CAGGGTCAGATTTACTGCTCAAAAACGTGCAGTCTTGGTGAAGACGTCCATGCCTCTGATTCTTCCGACTCTGC  962
            ||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||.||||.||||||||.||.||.|||||.||
Sbjct  889  CAAGGTCAGATTTACTGCTCCAAGACCTGCAGCCTTGGGGAAGACATCCACGCCTCTGACTCCTCGGACTCCGC  962

Query  963  ATTTCAGTCAGCTCGATCAAGAGACTCCCGAAGAAGTGTCCGAATGGGCAAGAGCAGCCGGTCAGCAGATCAGT  1036
            .||.||||||||..||||.||||||||.||.||.||.||..|.|||||||..||||||||.||.||.||.||||
Sbjct  963  CTTCCAGTCAGCCAGATCCAGAGACTCTCGCAGGAGCGTGAGGATGGGCAGAAGCAGCCGCTCCGCCGACCAGT  1036

Query 1037  GTAGACAGTCTCTCCTCTTATCGCCTGCTCTGAACTACAAGTTTCCTGGCCTCTCAGGCAATGCTGATGACACC  1110
            |..||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 1037  GCCGACAGTCTCTTCTCTTGTCTCCCGCCCTGAACTACAAGTTCCCGGGTCTCTCCGGCAACGCTGACGACACC  1110

Query 1111  CTTTCTCGAAAATTGGATGATCTGAGTCTCTC---CAGACAAGGAACAAGTTTTGCCAGTGAAGAATTTTGGAA  1181
            |||||.||.||..|||||||..||||.|||.|   |||.||.|||.||.||||.||.|..||.|||||.|||||
Sbjct 1111  CTTTCCCGGAAGCTGGATGACGTGAGCCTCGCCAGCAGGCAGGGAGCAGGTTTCGCTAACGAGGAATTCTGGAA  1184

Query 1182  AGGCAGAGTAGAGCAGGAA-ACTCCAGAAGACCCTGAAGAATGGGCTGATCATGAAGATTATATGACGCAGCTC  1254
            ||.||||||.||||||||| .|||| ||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGCCAGAGTGGAGCAGGAAGCCTCC-GAAGACCCCGAAGAATGGGCTGAGCATGAAGATTATATGACGCAGCTC  1257

Query 1255  CTCCTCAAGTTTGGTGATAAAAGCCTCTTTCAGCCACAGCCCAATGAGATGGATATTCGAGCCAGTGAGCACTG  1328
            |||||||||||.||.||.||||.||||||.||||..|||..||..|||.|||||....|||||||.||||||||
Sbjct 1258  CTCCTCAAGTTCGGCGACAAAAACCTCTTCCAGCAGCAGAGCAGCGAGGTGGATCCGAGAGCCAGCGAGCACTG  1331

Query 1329  GATATCTGATAACATGGTTAAAAGTAAGACCGAGTTAAAGCAAAATAACCAGAGCCTTGCAAGTAAAAAATACC  1402
            ||||.|.||.||||||||||..|.||||.|||||.||||||..|||.|||||.||||.||.||||||||.||.|
Sbjct 1332  GATACCCGACAACATGGTTACGAATAAGCCCGAGGTAAAGCCGAATCACCAGGGCCTCGCGAGTAAAAAGTATC  1405

Query 1403  AGTCTGATATGTACTGGGCACAGTCACAAGATGGACTGGGCGATTCTGCTTATGGCAGCCACCCAGGCCCTGCA  1476
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.||||||||.||||||||.||.
Sbjct 1406  AGTCTGATATGTACTGGGCCCAGTCCCAAGACGGGCTGGGTGACTCTGCCTACGGCAGCCATCCAGGCCCCGCC  1479

Query 1477  AGCAGTAGAAGGCTTCAGGAATTGGAACTGGACCATGGGGCTTCAGGGTATAATCATGATGAAACACAGTGGTA  1550
            |||||..|.|||||.||.||..|.||.||||||||.||.|||.|.||.||||.||||||..|||..||||||||
Sbjct 1480  AGCAGCCGCAGGCTGCAAGAGCTAGATCTGGACCACGGTGCTGCGGGATATACTCATGACCAAAGCCAGTGGTA  1553

Query 1551  TGAAGATTCCCTGGAGTGTCTGTCAGACCTGAAACCAGAGCAAAGTGTTCGGGATTCGATGGATTCTTTGGCAT  1624
            ||||||.||||||||||||||.||.|||.||||||||||.||.|||.|.||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1554  TGAAGACTCCCTGGAGTGTCTATCTGACTTGAAACCAGAACAGAGTATCCGGGATTCTATGGATTCTTTGGCGT  1627

Query 1625  TGTCCAATATCACAGGGGCTTCGGTGGATGGAGAAAACAAGCCAAGGCCATCATTGTATTCTCTGCAAAATTTT  1698
            |||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 1628  TGTCCAACATCACAGGGGCATCAGTGGATGGAGAAAGCAAGCCAAGACCGTCATTATATTCTCTCCAAAACTTT  1701

Query 1699  GAGGAGATGGAAACAGAAGATTGTGAGAAGATGAGCAATATGGGAACTTTGAACTCTTCCATGCTGCACAGGAG  1772
            ||||||||.||..||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  GAGGAGATAGAGGCAGAAGATTGTGAGAAAATGAGCAATATGGGAACTCTGAACTCTTCCATGCTGCACAGGAG  1775

Query 1773  TGCAGAGTCCTTAAAGAGTCTAAGTTCAGAGTTGTGTCCAGAGAAAATCCTGCCTGAAGAGAAGCCAGTACATC  1846
            ||||||.||||||.|.|||||.|..||||.|.||||.|||||.|||||.||.|||||.||.||.||||.|||.|
Sbjct 1776  TGCAGAATCCTTACAAAGTCTGAACTCAGGGCTGTGCCCAGAAAAAATTCTACCTGAGGAAAAACCAGCACACC  1849

Query 1847  TGCCAGTGCTCAGAAGGTCCAAGTCTCAATCCAGACCCCAGCAGGTCAAGTTTTCTGATGATGTCATTGACAAT  1920
            ||||.||||||||.||.||||||||.||.|||.||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 1850  TGCCGGTGCTCAGGAGATCCAAGTCCCAGTCCCGACCACAGCAGGTCAAATTTTCAGATGACGTCATTGACAAC  1923

Query 1921  GGGAACTATGACATTGAAATCCGGCAGCCTCCGATGAGTGAAAGGACTCGGAGACGCGTCTACAATTTTGAAGA  1994
            ||.|.|||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||.|||||||||||||.|..||..|.||||||||
Sbjct 1924  GGAAGCTACGACATCGAAATCCGGCAGCCTCCCATGAGCGAACGGACTCGGAGACGGGCGTATCACTTTGAAGA  1997

Query 1995  GAGGGGATCCAGGTCTCATCACCACCGCCGCCGGAGAAGTAGAAAGTCCCGCTCCGACAATGCCCTGAATCTTG  2068
            |||||||||||||.||||.|||||.||||.|||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.|
Sbjct 1998  GAGGGGATCCAGGCCTCACCACCATCGCCACCGGAGAAGCAGAAAGTCTCGGTCCGACAACGCCCTGAACCTGG  2071

Query 2069  TTACAGAAAGAAAATACTCTCCCAAGGACAGACTGCGGCTGTACACCCCCGATAACTATGAGAAATTTATACAG  2142
            |.||.|||||.||.|||||..|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2072  TCACGGAAAGGAAGTACTCCGCCAAGGACAGACTTCGGCTGTACACCCCCGATAACTATGAGAAATTCATACAG  2145

Query 2143  AATAAAAGTGCCCGGGAGATCCAAGCATACATCCAGAATGCTGATCTCTACGGACAGTACGCCCATGCCACTTC  2216
            ||||||||.|||||||||.|||||||.|||||.|||||.||..|.|||||..|.|||||.|||||||||||.||
Sbjct 2146  AATAAAAGCGCCCGGGAGCTCCAAGCCTACATGCAGAACGCCAACCTCTATAGCCAGTATGCCCATGCCACGTC  2219

Query 2217  CGATTATGGCCTGCAGAACCCAGGAATGAATCGGTTTCTGGGACTCTACGGCGAGGATGATGATTCCTGGTGTT  2290
            .|||||.|.|||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||.|||||||||.||.||.||.|||||||
Sbjct 2220  TGATTACGCCCTGCAGAACCCAGGGATGAACCGGTTTCTGGGGCTCTGCGGCGAGGACGACGACTCGTGGTGTT  2293

Query 2291  CTTCCTCCTCCTCCTCTTCCGACTCGGAAGAAGAAGGATATTTTCTTGGACAACCAATCCCTCAACCCCGGCCA  2364
            |.||||||.|.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||.||||||
Sbjct 2294  CGTCCTCCACGTCCTCCTCCGACTCAGAAGAAGAAGGCTATTTCCTTGGCCAGCCGATCCCTCAGCCACGGCCA  2367

Query 2365  CAGAGATTTGCCTACTATACAGATGACCTTTCTAGTCCACCATCTGCACTTCCCACCCCTCAGTTTGGTCAGAG  2438
            ||||||||..|||||||||||||||||||||||||.||..|.||.|||||.||||||||.||||||..||||||
Sbjct 2368  CAGAGATTCACCTACTATACAGATGACCTTTCTAGCCCGGCTTCCGCACTGCCCACCCCACAGTTTACTCAGAG  2441

Query 2439  GACAACAAAATCCAAGAAGAAAAAGGGACACAAGGGCAAAAATTGTATTATTTCT  2493
            ||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2442  GACAACTAAATCCAAGAAGAAAAAAGGACACAAGGGCAAAAACTGTATCATTTCT  2496