Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05405
• Subject: NM_001113561.2
• Aligned Length: 1776
• Identities: 1246
• Gaps: 528

Alignment

Query    1  ATGAAAAGAAGCAAAGAATTGATAACTAAAAATCATAGTCAAGAGGAAACAAGTATTCTTCGTTGTTGGAAATG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAAGAAGCAAAGAATTGATAACTAAAAATCATAGTCAAGAGGAAACAAGTATTCTTCGTTGTTGGAAATG  74

Query   75  TAGAAAATGTATAGCAAGCTCTGGTTGTTTTATGGAGTATCTTGAGAATCAAGTGATTAAGGATAAAGATGATT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TAGAAAATGTATAGCAAGCTCTGGTTGTTTTATGGAGTATCTTGAGAATCAAGTGATTAAGGATAAAGATGATT  148

Query  149  CAGTTGATGCTCAAAATATTTGTCATGTGTGGCACATGAATGTAGAAGCCCTTCCAGAATGGATAAGCTGCCTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGTTGATGCTCAAAATATTTGTCATGTGTGGCACATGAATGTAGAAGCCCTTCCAGAATGGATAAGCTGCCTA  222

Query  223  ATCCAAAAAGCCCAGTGGACAGTTGGAAAACTGAATTGTCCTTTCTGTGGGGCCCGTTTAGGGGGCTTTAATTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATCCAAAAAGCCCAGTGGACAGTTGGAAAACTGAATTGTCCTTTCTGTGGGGCCCGTTTAGGGGGCTTTAATTT  296

Query  297  TGTCAGCACTCCAAAATGTTCCTGTGGCCAGCTTGCAGCTGTACATCTCTCCAAGAGCCGGACTGATTATCAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGTCAGCACTCCAAAATGTTCCTGTGGCCAGCTTGCAGCTGTACATCTCTCCAAGAGCCGGACTGATTATCAGC  370

Query  371  CAACACAGGCAGGCAGACTAATGAGACCATCAGTGAAATACTTGTCACATCCTAGAGTTCAGTCAGGTTGTGAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAACACAGGCAGGCAGACTAATGAGACCATCAGTGAAATACTTGTCACATCCTAGAGTTCAGTCAGGTTGTGAC  444

Query  445  AAGGAAGCTCTGCTGACAGGTGGTGGCTCTGAAAACAGAAATCACAGGCTTTTAAACATGGCCCGAAATAATAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGGAAGCTCTGCTGACAGGTGGTGGCTCTGAAAACAGAAATCACAGGCTTTTAAACATGGCCCGAAATAATAA  518

Query  519  TGACCCTGGAAGATTAACAGAAGCACTCTGCCTGGAGGTGCGACCAACATATTTTGAGATGAAGAACGAAAAAC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGACCCTGGAAGATTAACAGAAGCACTCTGCCTGGAGGTGCGACCAACATATTTTGAGATGAAGAACGAAAAAC  592

Query  593  TGCTGTCCAAAGCATCAGAACCAAAATACCAGCTTTTTGTTCCCCAGCTTGTGACTGGCAGATGCGCTACAAGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGCTGTCCAAAGCATCAGAACCAAAATACCAGCTTTTTGTTCCCCAGCTTGTGACTGGCAGATGCGCTACAAGA  666

Query  667  GCTTTTCATAGAAAATCACATAGTTTGGATCTGAACATCAGTGAGAAACTGACTTTATTACCCACTTTATATGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTTTTCATAGAAAATCACATAGTTTGGATCTGAACATCAGTGAGAAACTGACTTTATTACCCACTTTATATGA  740

Query  741  AATACATAGTAAGACTACTGCCTATTCCAGACTAAATGAAACACAGCCTATTGACCTTTCAGGCTTGCCTTTAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATACATAGTAAGACTACTGCCTATTCCAGACTAAATGAAACACAGCCTATTGACCTTTCAGGCTTGCCTTTAC  814

Query  815  AATCTAGTAAAAATAGCTATTCCTTTCAGAATCCATCCAGTTTTGATCCTAGTATGCTGCTGCAAAGATTTTCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AATCTAGTAAAAATAGCTATTCCTTTCAGAATCCATCCAGTTTTGATCCTAGTATGCTGCTGCAAAGATTTTCA  888

Query  889  GTGGCCCCCCATGAGACCCAGACACAAAGAGGAGGAGAATTTCAGTGTGGTCTAGAAGCTGCTTCAGTGTATTC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTGGCCCCCCATGAGACCCAGACACAAAGAGGAGGAGAATTTCAGTGTGGTCTAGAAGCTGCTTCAGTGTATTC  962

Query  963  TGACCATACTAATACTAACAATCTGACTTTCCTGATGGACCTGCCCTCAGCTGGCAGGAGCATGCCGGAGGCCT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGACCATACTAATACTAACAATCTGACTTTCCTGATGGACCTGCCCTCAGCTGGCAGGAGCATGCCGGAGGCCT  1036

Query 1037  CAGACCAGGAAGAGCACCTCTCCCCTCTGGACTTCCTGCACTCAGCCAATTTTTCATTGGGCAGCATTAATCAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAGACCAGGAAGAGCACCTCTCCCCTCTGGACTTCCTGCACTCAGCCAATTTTTCATTGGGCAGCATTAATCAG  1110

Query 1111  AGGCTTAATAAGAGAGAAAGGAGCAAGTTGAAGAATCTAAGAAGGAAACAACGAAGGCGTGAAAGATGGCTACA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGGCTTAATAAGAGAGAAAGGAGCAAGTTGAAGAATCTAAGAAGGAAACAACGAAGGCGTGAAAGATGGCTACA  1184

Query 1185  GAAGCAGGGTAAATACTCAGGAGTGGGATTGCTGGATCATATG-------------------GT----------  1229
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||          
Sbjct 1185  GAAGCAGGGTAAATACTCAGGAGTGGGATTGCTGGATCATATGACTTTGAATAATGAGATGAGTACAGATGAAG  1258

Query 1230  --------------------AAGTATA-----------------------------TATTT----ACTTATA--  1248
                                |||.|||                             |||||    .||||||  
Sbjct 1259  ACAATGAATATGCAGAAGAAAAGGATAGCTACATCTGTGCAGTGTGTCTGGACGTTTATTTCAACCCTTATATG  1332

Query 1249  --------------------------------------------------------------------------  1248
                                                                                      
Sbjct 1333  TGTTACCCTTGCCATCACATCTTCTGTGAGCCCTGCTTACGGACTCTGGCCAAAGACAATCCTTCAAGCACTCC  1406

Query 1249  --------------------------------------------------------------------------  1248
                                                                                      
Sbjct 1407  ATGCCCATTGTGTCGGACAATTATTTCTAGAGTCTTTTTCCAAACAGAATTGAACAATGCCACAAAAACTTTCT  1480

Query 1249  --------------------------------------------------------------------------  1248
                                                                                      
Sbjct 1481  TTACTAAAGAATATTTGAAAATAAAACAAAGCTTTCAGAAATCCAACTCTGCAAAATGGCCCCTACCAAGCTGC  1554

Query 1249  --------------------------------------------------------------------------  1248
                                                                                      
Sbjct 1555  AGAAAAGCATTTCATCTTTTTGGAGGTTTCCGCAGACATGCAGCTCCAGTTACAAGAAGGCAGTTCCCACACGG  1628

Query 1249  --------------------------------------------------------------------------  1248
                                                                                      
Sbjct 1629  TGCACACAGGATGGATTACCTGCACTTTGAGGATGATAGCCGTGGATGGTGGTTTGACATGGATATGGTGATCA  1702

Query 1249  --------------------------------------------------------------------------  1248
                                                                                      
Sbjct 1703  TATATATTTATTCAGTGAACTGGGTCATTGGATTCATTGTTTTCTGCTTTCTTTGCTATTTTTTCTTTCCGTTT  1776