Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05500
• Subject: XM_017010829.1
• Aligned Length: 2838
• Identities: 2619
• Gaps: 219

Alignment

Query    1  ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAAGTCATTAAATAGACAGCTCTTTCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAAGTCATTAAATAGACAGCTCTTTCA  74

Query   75  GGAAAGAGTGGCTCTTATAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTATTCGCAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAAAGAGTGGCTCTTATAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTATTCGCAA  148

Query  149  TTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAGGTTTGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAGGTTTGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAA  222

Query  223  GTGGACTTCTCTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGTCCGAAAGATTTGTG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTGGACTTCTCTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGTCCGAAAGATTTGTG  296

Query  297  TGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTTAACTGAACAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTTAACTGAACAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTA  370

Query  371  AGTTCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGGAAGCGCCATTACATTGCTTGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGTTCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGGAAGCGCCATTACATTGCTTGT  444

Query  445  GTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAGGGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAGGGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGA  518

Query  519  AGATGAGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGGGAGAAAATTGCACTACGTA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGATGAGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGGGAGAAAATTGCACTACGTA  592

Query  593  AGAAGGAGTTATTCAAAGTTCGACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGATGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGAAGGAGTTATTCAAAGTTCGACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGATGC  666

Query  667  CAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAAGCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAAGCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGAC  740

Query  741  ATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAAAGAAAAATT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAAAGAAAAATT  814

Query  815  GGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCTCTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCTCTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGG  888

Query  889  ATTCCTGCGTATGAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTATATGAACACAGCGTAAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATTCCTGCGTATGAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTATATGAACACAGCGTAAC  962

Query  963  CTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCTCTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCTCTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCG  1036

Query 1037  ATGGAGACAGCAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGCTATAAAATTGGTGTTAAAAATTTACTGAGGCCTGAAGTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATGGAGACAGCAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGCTATAAAATTGGTGTTAAAAATTTACTGAGGCCTGAAGTG  1110

Query 1111  AGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGCTATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGCTATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCC  1184

Query 1185  CCTTGGAGCATCAGAGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGTCTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCC  1258
            ||||||||||||||                                                            
Sbjct 1185  CCTTGGAGCATCAG------------------------------------------------------------  1198

Query 1259  CCACTGGGATTGCAACTGGCTCTTACCAGCACATTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATGGGGAAAGGCCCCC  1332
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199  ---------------------------------TTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATGGGGAAAGGCCCCC  1239

Query 1333  TCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGTGGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  TCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGTGGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAA  1313

Query 1407  AACAGTAAGGAAGCAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGATGATAGGGCAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  AACAGTAAGGAAGCAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGATGATAGGGCAGT  1387

Query 1481  TTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACATTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  TTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACATTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTG  1461

Query 1555  ATGGAGTTGTCAAAAGAAGATTCT--------------------------------------------------  1578
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 1462  ATGGAGTTGTCAAAAGAAGATTCTGACAAACCTCTGGAATTTTTGTCGTATTTTCTGCTGAAGAAATGTGGCAA  1535

Query 1579  --------------------------------------------------------------------------  1578
                                                                                      
Sbjct 1536  AAAGATCAAAGATGTTGAAGGAAATGTTATTCCAACAAAATGTGACCCAAAGACAACATTCAGTTTATTCATGA  1609

Query 1579  --GAAAGAAATGTTGTAGAAGACAATTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAA  1650
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  AGGAAAGAAATGTTGTAGAAGACAATTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAA  1683

Query 1651  GCACTGATTAATCTGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCAGAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTT  1724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  GCACTGATTAATCTGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCAGAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTT  1757

Query 1725  ACAGAGTGAGAGAAAATACGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAGCAGCAT  1798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  ACAGAGTGAGAGAAAATACGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAGCAGCAT  1831

Query 1799  TGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATCATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGT  1872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  TGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATCATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGT  1905

Query 1873  CTCAACAGGCAGTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACTGTGTGGGAGAAAT  1946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906  CTCAACAGGCAGTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACTGTGTGGGAGAAAT  1979

Query 1947  AGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACCAATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTA  2020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980  AGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACCAATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTA  2053

Query 2021  TTGAGAAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATGATAAGACCATTGTTACCAAA  2094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054  TTGAGAAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATGATAAGACCATTGTTACCAAA  2127

Query 2095  ATGCTGAGCCTGCCAGAGCTGCTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGCTGT  2168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128  ATGCTGAGCCTGCCAGAGCTGCTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGCTGT  2201

Query 2169  CAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCACTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATA  2242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202  CAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCACTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATA  2275

Query 2243  AAGGTTATATAGATCAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAGAATCATCTGG  2316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276  AAGGTTATATAGATCAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAGAATCATCTGG  2349

Query 2317  GGATGCCCTACTCTATCAGAAGTAAACAGATATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGA  2390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350  GGATGCCCTACTCTATCAGAAGTAAACAGATATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGA  2423

Query 2391  TGAAGAAATAAGTTTCTCTTTAAGGCTCTATGAACACATCCATGATCTCAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCC  2464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2424  TGAAGAAATAAGTTTCTCTTTAAGGCTCTATGAACACATCCATGATCTCAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCC  2497

Query 2465  TGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACATCTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA  2538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498  TGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACATCTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA  2571

Query 2539  TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCA  2612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572  TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCA  2645

Query 2613  GGGTCCAAAATATAAATGGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTACTTCGAA  2686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2646  GGGTCCAAAATATAAATGGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTACTTCGAA  2719

Query 2687  ATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG  2712
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720  ATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG  2745