Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05670
• Subject: NM_001276495.1
• Aligned Length: 1279
• Identities: 921
• Gaps: 302

Alignment

Query    1  ATGGGGCTCCTCTCAGCCCCTCCCTGCACACAGCGCATCACCTGGAAGGGGCTCCTGCTCACAGCATCACTTTT  74
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGGCCCCTCTCAGCCCCTCCCTGCACACAGCGCATCACCTGGAAGGGGGTCCTGCTCACAGCATCACTTTT  74

Query   75  AAACTTCTGGAACCCACCCACGACTGCCCAAGTCACGATTGAAGCCCAGCCAACCAAAGTTTCTGAGGGGAAGG  148
            ||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAACTTCTGGAATCCGCCCACAACTGCCCAAGTCACGATTGAAGCCCAGCCACCCAAAGTTTCTGAGGGGAAGG  148

Query  149  ATGTTCTTCTACTTGTCCACAATTTGCCCCAGAATCTTACTGGCTACATCTGGTACAAAGGGCAAATCAGGGAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||.|...||
Sbjct  149  ATGTTCTTCTACTTGTCCACAATTTGCCCCAGAATCTTGCTGGCTACATTTGGTACAAAGGGCAAATGACATAC  222

Query  223  CTCTACCATTACATTACATCATATGTAGTAGACGGTCAAATAATTATATATGGGCCTGCATACAGTGGACGAGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  223  CTCTACCATTACATTACATCATATGTAGTAGACGGTCAAAGAATTATATATGGGCCTGCATACAGTGGAAGAGA  296

Query  297  AACAATATATTCCAATGCATCCCTGCTGATCCAGAATGTCACCCAGGAAGACGCAGGATCCTACACCTTACACA  370
            ||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAGAGTATATTCCAATGCATCCCTGCTGATCCAGAATGTCACGCAGGAGGATGCAGGATCCTACACCTTACACA  370

Query  371  TCATAATGGGAGGTGATGAGAATAGAGGAGTAACTGGACATTTCACCTTCACCTTATATCTGGAGACTCCCAAG  444
            ||||||.|.||.|.||||.||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||                  
Sbjct  371  TCATAAAGCGACGCGATGGGACTGGAGGAGTAACTGGACATTTCACCTTCACCTTA------------------  426

Query  445  CCCTCCATCTCCAGCAGCAAATTAAACCCCAGGGAGGCCATGGAGGCTGTGAGCTTAACCTGTGATCCTGAGAC  518
                                                                                      
Sbjct  427  --------------------------------------------------------------------------  426

Query  519  TCCGGACGCAAGCTACCTGTGGTGGATGAATGGTCAGAGCCTCCCTATGTCTCACAGGTTGCAGTTGTCTGAAA  592
                                                                                      
Sbjct  427  --------------------------------------------------------------------------  426

Query  593  CCAACAGGACCCTCTTTCTATTGGGTGTCACAAAGTACACTGCAGGACCCTATGAATGTGAAATACGGAACCCA  666
                                                                                      
Sbjct  427  --------------------------------------------------------------------------  426

Query  667  GTGAGTGCCAGCCGCAGTGACCCATTCACCCTGAATCTCCTCCCGAAGCTGCCCAAGCCCTACATCACCATCAA  740
                                                   |.|||.||||||.||||||||||||||||.|||||
Sbjct  427  ---------------------------------------CACCCAAAGCTGTCCAAGCCCTACATCACAATCAA  461

Query  741  CAACTTAAAACCCAGGGAGAATAAGGATGTCTTAAACTTCACCTGTGAACCTAAGAGTGAGAACTACACCTACA  814
            |||||||||.|||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  462  CAACTTAAACCCCAGAGAGAATAAGGATGTCTTAACCTTCACCTGTGAACCTAAGAGTAAGAACTACACCTACA  535

Query  815  TTTGGTGGCTAAATGGTCAGAGCCTCCCGGTCAGTCCCAGGGTAAAGCGACCCATTGAAAACAGGATCCTCATT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  536  TTTGGTGGCTAAATGGTCAGAGCCTCCCTGTCAGTCCCAGGGTAAAGCGACCCATTGAAAACAGGATCCTCATT  609

Query  889  CTACCCAGTGTCACGAGAAATGAAACAGGACCCTATCAATGTGAAATAAGGGACCAATATGGTGGCATCCGCAG  962
            |||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  610  CTACCCAATGTCACGAGAAATGAAACAGGACCTTATCAATGTGAAATACGGGACCGATATGGTGGCATCCGCAG  683

Query  963  TTACCCAGTCACCCTGAATGTCCTCTATGGTCCAGACCTCCCCAGAATTTACCCTTCATTCACCTATTACCGTT  1036
            |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  684  TGACCCAGTCACCCTGAATGTCCTCTATGGTCCAGACCTCCCCAGCATTTACCCTTCATTCACCTATTACCGTT  757

Query 1037  CAGGAGAAGTCCTCTACTTGTCCTG-TTCTGCGGACTCTAACCCACCGGCACAGTATTCTTGGACAATTAATGG  1109
            ||||||||..||||||||||||||| ||| ||.||.||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  758  CAGGAGAAAACCTCTACTTGTCCTGCTTC-GCCGAGTCTAACCCACGGGCACAATATTCTTGGACAATTAATGG  830

Query 1110  GAAGTTTCAGCTATCAGGACAAAAGCTCTTTATCCCCCAAATTACTACAAAGCATAGCGGGCTCTATGCTTGCT  1183
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  831  GAAGTTTCAGCTATCAGGACAAAAGCTCTCTATCCCCCAAATAACTACAAAGCATAGTGGGCTCTATGCTTGCT  904

Query 1184  CTGTTCGTAACTCAGCCACTGGCAAGGAAAGCTCCAAATCCATGACAGTAAAAGTCTCTGGTAAGCGGATCCCA  1257
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||   |..||||   |
Sbjct  905  CTGTTCGTAACTCAGCCACTGGCAAGGAAAGCTCCAAATCCATCACAGTCAAAGTCTCTG---ACTGGAT---A  972

Query 1258  GTATCCTTGGCAATAGGGATT  1278
            .||.||               
Sbjct  973  TTACCC---------------  978