Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05915
• Subject: NM_001278543.1
• Aligned Length: 1773
• Identities: 1617
• Gaps: 156

Alignment

Query    1  ATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTTCTTCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAGTTTGCCTGGCTCCAGAGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAATGCAGTCAACAAGAGCTTTGCTAAGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGATTGTGAGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACC  222
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------ATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGATTGTGAGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACC  66

Query  223  ACATGTGACCCCTGTCAGAAGAAAAGGTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAGTTCCATGGGGAACC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   67  ACATGTGACCCCTGTCAGAAGAAAAGGTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAGTTCCATGGGGAACC  140

Query  297  GTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATGTGAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  141  GTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATGTGAAG  214

Query  371  GCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAATGGGGACAATGACTGTGGAGAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  215  GCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAATGGGGACAATGACTGTGGAGAC  288

Query  445  CAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGAATTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  289  CAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGAATTGG  362

Query  519  CAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCCAGTTCTTGATCACAGGTATTATGCAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  363  CAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCCAGTTCTTGATCACAGGTATTATGCAG  436

Query  593  GTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGCCACAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  437  GTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGCCACAG  510

Query  667  ACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACAGAGAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  511  ACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACAGAGAA  584

Query  741  AATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCAGTAGTCAAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  585  AATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCAGTAGTCAAA  658

Query  815  GTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATACTAAAAGCGTATTTCTGCATGCACGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  659  GTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATACTAAAAGCGTATTTCTGCATGCACGC  732

Query  889  TCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACGAGTTCCTTCAGAGAGT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  733  TCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACGAGTTCCTTCAGAGAGT  806

Query  963  TAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTACATCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  807  TAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTACATCA  880

Query 1037  CAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGGAGAGAGGAGATTAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  881  CAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGGAGAGAGGAGATTAT  954

Query 1111  ACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTACGTCAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  955  ACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTACGTCAG  1028

Query 1185  TCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGACAGAAACAAGAGGGACACCATGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029  TCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGACAGAAACAAGAGGGACACCATGG  1102

Query 1259  TGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGCTGCCG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103  TGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGCTGCCG  1176

Query 1333  ACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCAGCCATCATCAAAGTTAAGGTGGAGCC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177  ACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCAGCCATCATCAAAGTTAAGGTGGAGCC  1250

Query 1407  TCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAAGCAGGCACTGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251  TCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAAGCAGGCACTGG  1324

Query 1481  AGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGAAAGGA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325  AGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGAAAGGA  1398

Query 1555  TCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTCCTATCGGAAGAATACCCC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399  TCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTCCTATCGGAAGAATACCCC  1472

Query 1629  CATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAGGCAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473  CATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAGGCAGT  1546

Query 1703  GTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGCTTCAGAAACACTTGACTGCTCC  1773
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547  GTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGCTTCAGAAACACTTGACTGCTCC  1617