Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_05915
- Subject:
- NM_001278544.1
- Aligned Length:
- 1778
- Identities:
- 1569
- Gaps:
- 196
Alignment
Query 1 ATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTTCTTCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CAGTTTGCCTGGCTCCAGAGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAATGCAGTCAACAAGAGCTTTGCTAAGA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 GCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGATTGTGAGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACC 222
|||...|.| ||.||| ||.||| ||| ||.|.| ||.|||.|..|.| ||||
Sbjct 1 --------ATGGACACT-TGTATG--ACTCTG--GCC--TTCACT-----CTCTCTGGGCGTT--TCTT----- 47
Query 223 ACATGTGACCCCTG-----TCAGAAGAAAAGGTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAGTTCCATGGG 291
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 48 -CATG------CTGCTTTCTCA---------GTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAGTTCCATGGG 105
Query 292 GAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATG 365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 106 GAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATG 179
Query 366 TGAAGGCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAATGGGGACAATGACTGTG 439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGAAGGCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAATGGGGACAATGACTGTG 253
Query 440 GAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGA 513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 254 GAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGA 327
Query 514 ATTGGCAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCCAGTTCTTGATCACAGGTATTA 587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 ATTGGCAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCCAGTTCTTGATCACAGGTATTA 401
Query 588 TGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGC 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 TGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGC 475
Query 662 CACAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACA 735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 CACAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACA 549
Query 736 GAGAAAATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCAGTAG 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GAGAAAATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCAGTAG 623
Query 810 TCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATACTAAAAGCGTATTTCTGCATG 883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 TCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATACTAAAAGCGTATTTCTGCATG 697
Query 884 CACGCTCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACGAGTTCCTTCAG 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 CACGCTCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACGAGTTCCTTCAG 771
Query 958 AGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTA 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 AGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTA 845
Query 1032 CATCACAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGGAGAGAGGAG 1105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 CATCACAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGGAGAGAGGAG 919
Query 1106 ATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTAC 1179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 ATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTAC 993
Query 1180 GTCAGTCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGACAGAAACAAGAGGGACAC 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 994 GTCAGTCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGACAGAAACAAGAGGGACAC 1067
Query 1254 CATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGC 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 CATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGC 1141
Query 1328 TGCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCAGCCATCATCAAAGTTAAGGTG 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TGCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCAGCCATCATCAAAGTTAAGGTG 1215
Query 1402 GAGCCTCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAAGCAGGC 1475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 GAGCCTCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAAGCAGGC 1289
Query 1476 ACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGA 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 ACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGA 1363
Query 1550 AAGGATCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTCCTATCGGAAGAAT 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 AAGGATCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTCCTATCGGAAGAAT 1437
Query 1624 ACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAG 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAG 1511
Query 1698 GCAGTGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGCTTCAGAAACACTTGACTGCT 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 GCAGTGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGCTTCAGAAACACTTGACTGCT 1585
Query 1772 CC 1773
||
Sbjct 1586 CC 1587