Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06063
• Subject: NM_001282598.1
• Aligned Length: 2817
• Identities: 2714
• Gaps: 102

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGTCTGGGTTGATCTGCCTTCAATATGGGCTGTGGCATGGGCAGAAGATTGATTTTGGGGGCCCCAGGAGACT  74

Query    1  ----------------------------ATGACTTCGGCAACTTCACCTATCATTCTGAAATGGGACCCCAAAA  46
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCTTCAAAGAAATAGAGGTGAAGGGAGCATGACTTCGGCAACTTCACCTATCATTCTGAAATGGGACCCCAAAA  148

Query   47  GTTTGGAAATCCGGACGCTAACAGTGGAAAGGCTGTTGGAGCCACTTGTTACACAGGTGACTACACTTGTCAAC  120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTTTGGAAATCCGGACGCTAACAGTGGAAAGGCTGTTGGAGCCACTTGTTACACAGGTGACTACACTTGTCAAC  222

Query  121  ACAAGCAACAAAGGCCCATCTGGTAAAAAGAAAGGGAGGTCAAAGAAAGCCCATGTACTAGCTGCCTCTGTAGA  194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACAAGCAACAAAGGCCCATCTGGTAAAAAGAAAGGGAGGTCAAAGAAAGCCCATGTACTAGCTGCCTCTGTAGA  296

Query  195  GCAAGCCACTCAGAATTTCCTGGAAAAGGGTGAACAGATCGCTAAGGAGAGTCAAGATCTCAAAGAAGAGTTGG  268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCAAGCCACTCAGAATTTCCTGGAAAAGGGTGAACAGATCGCTAAGGAGAGTCAAGATCTCAAAGAAGAGTTGG  370

Query  269  TGGCTGCTGTAGAGGATGTGCGCAAACAAGGTGAGACGATGCGGATCGCCTCCTCCGAGTTTGCAGATGACCCT  342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGCTGCTGTAGAGGATGTGCGCAAACAAGGTGAGACGATGCGGATCGCCTCCTCCGAGTTTGCAGATGACCCT  444

Query  343  TGCTCGTCGGTAAAGCGCGGCACCATGGTACGGGCGGCAAGGGCTTTGCTCTCCGCGGTGACACGCTTACTCAT  416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TGCTCGTCGGTAAAGCGCGGCACCATGGTACGGGCGGCAAGGGCTTTGCTCTCCGCGGTGACACGCTTACTCAT  518

Query  417  CCTGGCGGACATGGCAGATGTCATGAGACTTTTATCCCATCTGAAAATTGTGGAAGAGGCCCTGGAAGCTGTCA  490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CCTGGCGGACATGGCAGATGTCATGAGACTTTTATCCCATCTGAAAATTGTGGAAGAGGCCCTGGAAGCTGTCA  592

Query  491  AAAATGCTACAAATGAGCAAGACCTTGCAAACCGTTTTAAAGAGTTTGGGAAAGAGATGGTGAAACTTAACTAT  564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAATGCTACAAATGAGCAAGACCTTGCAAACCGTTTTAAAGAGTTTGGGAAAGAGATGGTGAAACTTAACTAT  666

Query  565  GTAGCAGCAAGAAGACAACAGGAGCTGAAGGATCCTCACTGTCGGGATGAGATGGCAGCCGCCCGAGGGGCTCT  638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTAGCAGCAAGAAGACAACAGGAGCTGAAGGATCCTCACTGTCGGGATGAGATGGCAGCCGCCCGAGGGGCTCT  740

Query  639  GAAGAAGAATGCCACAATGCTGTACACGGCCTCTCAAGCATTTCTCCGCCACCCAGATGTCGCCGCTACGAGAG  712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GAAGAAGAATGCCACAATGCTGTACACGGCCTCTCAAGCATTTCTCCGCCACCCAGATGTCGCCGCTACGAGAG  814

Query  713  CCAACCGAGATTATGTGTTCAAACAAGTCCAGGAGGCCATCGCCGGCATCTCCAATGCTGCTCAAGCTACCTCG  786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCAACCGAGATTATGTGTTCAAACAAGTCCAGGAGGCCATCGCCGGCATCTCCAATGCTGCTCAAGCTACCTCG  888

Query  787  CCCACTGACGAAGCCAAGGGCCACACGGGCATCGGCGAGCTGGCTGCGGCTCTTAATGAGTTTGACAATAAGAT  860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCCACTGACGAAGCCAAGGGCCACACGGGCATCGGCGAGCTGGCTGCGGCTCTTAATGAGTTTGACAATAAGAT  962

Query  861  TATCCTGGACCCCATGACGTTCAGCGAGGCCAGGTTCCGGCCGTCCCTGGAGGAGAGGCTGGAGAGCATCATCA  934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TATCCTGGACCCCATGACGTTCAGCGAGGCCAGGTTCCGGCCGTCCCTGGAGGAGAGGCTGGAGAGCATCATCA  1036

Query  935  GCGGCGCAGCGCTGATGGCCGACTCCTCCTGCACGCGAGACGACCGGCGCGAGAGGATCGTGGCGGAGTGCAAC  1008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCGGCGCAGCGCTGATGGCCGACTCCTCCTGCACGCGAGACGACCGGCGCGAGAGGATCGTGGCGGAGTGCAAC  1110

Query 1009  GCCGTGCGGCAGGCGCTCCAGGACCTGCTCAGCGAGTACATGAATAATACTGGAAGGAAAGAAAAAGGAGATCC  1082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCCGTGCGGCAGGCGCTCCAGGACCTGCTCAGCGAGTACATGAATAATACTGGAAGGAAAGAAAAAGGAGATCC  1184

Query 1083  TCTCAACATTGCGATTGATAAGATGACTAAGAAAACAAGAGATCTAAGGAGACAGCTTCGGAAAGCAGTGATGG  1156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCTCAACATTGCGATTGATAAGATGACTAAGAAAACAAGAGATCTAAGGAGACAGCTTCGGAAAGCAGTGATGG  1258

Query 1157  ATCACATATCTGACTCTTTCCTGGAAACCAATGTTCCTTTGCTAGTTCTCATTGAGGCTGCAAAGAGCGGAAAT  1230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATCACATATCTGACTCTTTCCTGGAAACCAATGTTCCTTTGCTAGTTCTCATTGAGGCTGCAAAGAGCGGAAAT  1332

Query 1231  GAAAAGGAAGTGAAAGAATATGCCCAAGTTTTCCGTGAGCATGCCAACAAACTGGTAGAGGTTGCCAATTTGGC  1304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAAAAGGAAGTGAAAGAATATGCCCAAGTTTTCCGTGAGCATGCCAACAAACTGGTAGAGGTTGCCAATTTGGC  1406

Query 1305  CTGTTCCATCTCCAACAATGAAGAAGGGGTGAAATTAGTTCGGATGGCAGCCACCCAGATTGACAGCCTGTGTC  1378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTGTTCCATCTCCAACAATGAAGAAGGGGTGAAATTAGTTCGGATGGCAGCCACCCAGATTGACAGCCTGTGTC  1480

Query 1379  CCCAGGTCATCAATGCCGCTCTGACACTGGCTGCCCGGCCACAGAGCAAAGTTGCTCAGGATAACATGGACGTC  1452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCCAGGTCATCAATGCCGCTCTGACACTGGCTGCCCGGCCACAGAGCAAAGTTGCTCAGGATAACATGGACGTC  1554

Query 1453  TTCAAAGACCAGTGGGAGAAGCAGGTCCGAGTGTTGACAGAGGCCGTGGATGACATCACCTCAGTGGATGACTT  1526
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TTCAAAGACCAGTGGGAGAAGCAGGTCCGAGTGTTGACAGAGGCCGTGGATGACATCACCTCAGTGGATGACTT  1628

Query 1527  CCTCTCTGTCTCAGAAAATCACATCTTGGAGGATGTGAACAAGTGTGTGATAGCCCTCCAAGAGGGCGATGTGG  1600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCTCTCTGTCTCAGAAAATCACATCTTGGAGGATGTGAACAAGTGTGTGATAGCCCTCCAAGAGGGCGATGTGG  1702

Query 1601  ACACTCTGGACCGGACTGCAGGGGCCATCAGGGGCCGGGCAGCTCGAGTCATACACATCATCAATGCTGAGATG  1674
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACACTCTGGACCGGACTGCAGGGGCCATCAGGGGCCGGGCAGCTCGAGTCATACACATCATCAATGCTGAGATG  1776

Query 1675  GAGAACTATGAAGCTGGGGTTTATACTGAGAAGGTGTTGGAAGCTACAAAATTGCTTTCTGAAACAGTGATGCC  1748
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GAGAACTATGAAGCTGGGGTTTATACTGAGAAGGTGTTGGAAGCTACAAAATTGCTTTCTGAAACAGTGATGCC  1850

Query 1749  ACGCTTCGCTGAACAAGTAGAGGTTGCCATTGAAGCCCTGAGTGCCAACGTTCCTCAACCGTTTGAGGAGAATG  1822
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACGCTTCGCTGAACAAGTAGAGGTTGCCATTGAAGCCCTGAGTGCCAACGTTCCTCAACCGTTTGAGGAGAATG  1924

Query 1823  AGTTCATCGATGCCTCTCGCCTGGTGTATGATGGCGTTCGGGACATCAGAAAGGCTGTGCTGATGATCAGGACC  1896
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGTTCATCGATGCCTCTCGCCTGGTGTATGATGGCGTTCGGGACATCAGAAAGGCTGTGCTGATGATCAGGACC  1998

Query 1897  CCAGAAGAACTAGAGGATGATTCTGACTTTGAGCAAGAAGATTATGATGTGCGTAGCAGGACAAGTGTTCAGAC  1970
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCAGAAGAACTAGAGGATGATTCTGACTTTGAGCAGGAAGATTATGATGTGCGTAGCAGGACAAGTGTTCAGAC  2072

Query 1971  TGAGGATGACCAGCTCATTGCAGGGCAGAGCGCACGGGCCATCATGGCGCAACTACCGCAGGAGGAGAAGGCAA  2044
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGAGGATGACCAGCTCATTGCAGGGCAGAGCGCACGGGCCATCATGGCGCAACTACCGCAGGAGGAGAAGGCAA  2146

Query 2045  AAATAGCTGAGCAGGTGGAGATATTCCATCAAGAGAAAAGCAAGCTGGATGCAGAAGTGGCCAAATGGGACGAC  2118
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AAATAGCTGAGCAGGTGGAGATATTCCATCAAGAGAAAAGCAAGCTGGATGCAGAAGTGGCCAAATGGGACGAC  2220

Query 2119  AGCGGCAATGATATCATTGTACTGGCCAAGCAGATGTGTATGATCATGATGGAAATGACAGACTTCACAAGAGG  2192
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGCGGCAATGATATCATTGTACTGGCCAAGCAGATGTGTATGATCATGATGGAAATGACAGACTTCACAAGAGG  2294

Query 2193  CAAAGGCCCATTGAAAAATACATCTGATGTCATTAATGCTGCCAAGAAAATTGCCGAAGCAGGTTCTCGAATGG  2266
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAAAGGCCCATTGAAAAATACATCTGATGTCATTAATGCTGCCAAGAAAATTGCCGAAGCAGGTTCTCGAATGG  2368

Query 2267  ACAAATTAGCTCGTGCTGTGGCTGATCAGTGTCCTGATTCAGCATGTAAGCAGGATTTATTAGCCTACCTTCAA  2340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  ACAAATTAGCTCGTGCTGTGGCTGATCAGTGTCCTGATTCAGCATGTAAGCAGGATTTATTAGCCTACCTTCAA  2442

Query 2341  CGAATTGCCTTGTATTGCCATCAGCTTAATATCTGCAGCAAGGTGAAGGCAGAAGTGCAGAATCTGGGAGGAGA  2414
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CGAATTGCCTTGTATTGCCATCAGCTTAATATCTGCAGCAAGGTGAAGGCAGAAGTGCAGAATCTGGGAGGAGA  2516

Query 2415  GCTCATTGTGTCAGGGCTGGACAGTGCCACATCGCTTATCCAGGCAGCTAAAAACCTGATGAATGCTGTTGTCC  2488
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GCTCATTGTGTCAGGGCTGGACAGTGCCACATCGCTTATCCAGGCAGCTAAAAACCTGATGAATGCTGTTGTCC  2590

Query 2489  TCACGGTGAAAGCATCCTATGTGGCCTCAACCAAATACCAGAAGGTCTATGGGACAGCAGCTGTCAACTCACCT  2562
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TCACGGTGAAAGCATCCTATGTGGCCTCAACCAAATACCAGAAGGTCTATGGGACAGCAGCTGTCAACTCACCT  2664

Query 2563  GTTGTGTCTTGGAAGATGAAGGCTCCAGAGAAGAAGCCCCTTGTGAAGAGAGAAAAGCCTGAAGAATTCCAGAC  2636
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GTTGTGTCTTGGAAGATGAAGGCTCCAGAGAAGAAGCCCCTTGTGAAGAGAGAAAAGCCTGAAGAATTCCAGAC  2738

Query 2637  ACGAGTTCGACGAGGTTCTCAGAAGAAACACATTTCGCCTGTACAGGCTTTAAGTGAATTCAAAGCAATGGATT  2710
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ACGAGTTCGACGAGGTTCTCAGAAGAAACACATTTCGCCTGTACAGGCTTTAAGTGAATTCAAAGCAATGGATT  2812

Query 2711  CCTTC  2715
            |||||
Sbjct 2813  CCTTC  2817