Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06086
• Subject: NM_001135040.2
• Aligned Length: 3761
• Identities: 3404
• Gaps: 346

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACAGAGCAAGAGGCACGTGTACAGCCGGACGCCCAGCGGCAGCAGGATGAGTGCGGAGGCAAGCGCCCG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCCTCTGCGGGTGGGCTCCCGTGTAGAGGTGATTGGAAAAGGCCACCGAGGCACTGTGGCCTATGTTGGAGCCA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CACTGTTTGCCACTGGCAAATGGGTAGGCGTGATTCTGGATGAAGCAAAGGGCAAAAATGATGGAACTGTTCAA  222

Query    1  ----------------------------------------------------------------------ATGA  4
                                                                                  |.||
Sbjct  223  GGCAGGAAGTACTTCACTTGTGATGAAGGGCATGGCATCTTTGTGCGCCAGTCCCAGATCCAGGTATTTGAAGA  296

Query    5  T-GAG----------------ACAGGCACC-GA-----CAGC-CCGAAAGACC--------------------A  34
            | |||                |.||.|||| ||     |.|| .|.||||.||                    |
Sbjct  297  TGGAGCAGATACTACTTCCCCAGAGACACCTGATTCTTCTGCTTCAAAAGTCCTCAAAAGAGAGGGAACTGATA  370

Query   35  CAACTCGGC---GAC--CCAA---GCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGGGGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGG  100
            |||||  ||   |||  .|||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAACT--GCAAAGACTAGCAAACTGCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGGGGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGG  442

Query  101  GCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCAGCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCA  174
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  443  GCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCAGCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCA  516

Query  175  GCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCCCCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGA  248
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  517  GCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCCCCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGA  590

Query  249  GGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGACCCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACA  322
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  591  GGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGACCCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACA  664

Query  323  AAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGGTGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAG  396
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  665  AAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGGTGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAG  738

Query  397  GAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGA  470
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  739  GAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGA  812

Query  471  ACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGCCACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAG  544
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  813  ACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGCCACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAG  886

Query  545  AGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGGTGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAG  618
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  887  AGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGGTGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAG  960

Query  619  ATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCCAGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGA  692
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  961  ATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCCAGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGA  1034

Query  693  GCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTCTTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGA  766
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035  GCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTCTTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGA  1108

Query  767  AGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGAGGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAG  840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109  AGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGAGGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAG  1182

Query  841  GAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTGGATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGAT  914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183  GAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTGGATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGAT  1256

Query  915  GGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCGCGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACT  988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257  GGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCGCGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACT  1330

Query  989  TGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTGAGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAG  1062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331  TGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTGAGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAG  1404

Query 1063  CTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAGGCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTA  1136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405  CTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAGGCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTA  1478

Query 1137  CCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCAATCTACAGGATGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGC  1210
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479  CCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCCATCTACAGGATGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGC  1552

Query 1211  AGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTGACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACT  1284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  AGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTGACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACT  1626

Query 1285  AAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTGGCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCT  1358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627  AAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTGGCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCT  1700

Query 1359  GCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCATGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCA  1432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701  GCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCATGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCA  1774

Query 1433  TGCCTCGTCTCATTTGCAGGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGGAGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGT  1506
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775  TGCCTCGTCTCATTTGCAAGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGGAGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGT  1848

Query 1507  TCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTTGCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAG  1580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849  TCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTTGCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAG  1922

Query 1581  CCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTGCAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGG  1654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923  CCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTGCAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGG  1996

Query 1655  GCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCCTCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAG  1728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997  GCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCCTCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAG  2070

Query 1729  CTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTACTATCAGCATCTGTACAGCATCCACCT  1802
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071  CTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTACTATCAGCATCTGTACAGCATCCACCT  2144

Query 1803  TGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAAGTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCA  1876
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145  TGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAAGTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCA  2218

Query 1877  TGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGGAGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTC  1950
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219  TGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGGAGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTC  2292

Query 1951  CGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAGATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGA  2024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293  CGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAGATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGA  2366

Query 2025  TGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGACACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACT  2098
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367  TGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGACACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACT  2440

Query 2099  TGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCCAGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAAT  2172
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441  TGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCCAGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAAT  2514

Query 2173  GAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGCGAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAG  2246
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515  GAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGCGAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAG  2588

Query 2247  CAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTACCATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGC  2320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589  CAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTACCATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGC  2662

Query 2321  AGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGGTTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGT  2394
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663  AGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGGTTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGT  2736

Query 2395  GCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGAGAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAA  2468
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737  GCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGAGAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAA  2810

Query 2469  GTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCTGAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACA  2542
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2811  GTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCTGAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACA  2884

Query 2543  GTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGCTGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGA  2616
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885  GTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGCTGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGA  2958

Query 2617  AAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGACATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGC  2690
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959  AAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGACATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGC  3032

Query 2691  AGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGGACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCA  2764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3033  AGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGGACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCA  3106

Query 2765  TTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGG  2838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107  TTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGG  3180

Query 2839  CTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGA  2912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181  CTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGA  3254

Query 2913  GAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTAT  2986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3255  GAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTAT  3328

Query 2987  CCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTG  3060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3329  CCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTG  3402

Query 3061  AATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCA  3134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3403  AATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCA  3476

Query 3135  ACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGG  3208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477  ACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGG  3550

Query 3209  AGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGG  3282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3551  AGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGG  3624

Query 3283  GCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACA  3356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3625  GCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACA  3698

Query 3357  GCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACATTCGCCTCATCTCC  3417
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 3699  GCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACAGTCGCCTCATCTCC  3759