Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06086
• Subject: NM_001135041.2
• Aligned Length: 3417
• Identities: 3414
• Gaps: 0

Alignment

Query    1  ATGATGAGACAGGCACCGACAGCCCGAAAGACCACAACTCGGCGACCCAAGCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATGAGACAGGCACCGACAGCCCGAAAGACCACAACTCGGCGACCCAAGCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGG  74

Query   75  GGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGGGCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGGGCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCA  148

Query  149  GCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCAGCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCAGCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCC  222

Query  223  CCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGAGGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGAGGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGAC  296

Query  297  CCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGG  370

Query  371  TGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAGGAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAGGAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAA  444

Query  445  GCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGAACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGAACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGC  518

Query  519  CACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAGAGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAGAGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGG  592

Query  593  TGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAGATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAGATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCC  666

Query  667  AGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGAGCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGAGCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTC  740

Query  741  TTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGAAGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGAAGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGA  814

Query  815  GGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAGGAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAGGAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTG  888

Query  889  GATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGATGGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGATGGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCG  962

Query  963  CGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACTTGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACTTGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTG  1036

Query 1037  AGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAGCTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAGCTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAG  1110

Query 1111  GCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTACCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCAATCTACAGGA  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1111  GCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTACCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCCATCTACAGGA  1184

Query 1185  TGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGCAGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGCAGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTG  1258

Query 1259  ACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACTAAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACTAAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTG  1332

Query 1333  GCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCTGCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCTGCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCA  1406

Query 1407  TGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCATGCCTCGTCTCATTTGCAGGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCATGCCTCGTCTCATTTGCAAGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGG  1480

Query 1481  AGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGTTCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGTTCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTT  1554

Query 1555  GCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAGCCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAGCCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTG  1628

Query 1629  CAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGGGCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGGGCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCC  1702

Query 1703  TCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAGCTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTAC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAGCTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTAC  1776

Query 1777  TATCAGCATCTGTACAGCATCCACCTTGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TATCAGCATCTGTACAGCATCCACCTTGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAA  1850

Query 1851  GTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCATGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCATGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGG  1924

Query 1925  AGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTCCGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTCCGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAG  1998

Query 1999  ATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGATGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGATGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGA  2072

Query 2073  CACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACTTGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACTTGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCC  2146

Query 2147  AGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAATGAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAATGAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGC  2220

Query 2221  GAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAGCAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTAC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAGCAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTAC  2294

Query 2295  CATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGCAGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGCAGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGG  2368

Query 2369  TTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGTGCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGTGCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGA  2442

Query 2443  GAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAAGTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAAGTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCT  2516

Query 2517  GAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACAGTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACAGTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGC  2590

Query 2591  TGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGAAAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGAC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGAAAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGAC  2664

Query 2665  ATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGCAGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGG  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  ATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGCAGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGG  2738

Query 2739  ACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCATTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCATTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGG  2812

Query 2813  CTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGGCTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGGCTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGG  2886

Query 2887  CTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGAGAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGAGAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCT  2960

Query 2961  GCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTATCCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTATCCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTA  3034

Query 3035  AGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTGAATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGC  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTGAATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGC  3108

Query 3109  CCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCAACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGA  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCAACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGA  3182

Query 3183  GAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGGAGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCA  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGGAGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCA  3256

Query 3257  CCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  CCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACC  3330

Query 3331  TTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACAGCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACAT  3404
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 3331  TTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACAGCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACAG  3404

Query 3405  TCGCCTCATCTCC  3417
            |||||||||||||
Sbjct 3405  TCGCCTCATCTCC  3417