Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06086
• Subject: NM_001190836.1
• Aligned Length: 3710
• Identities: 3404
• Gaps: 295

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAGTGCGGAGGCAAGCGCCCGGCCTCTGCGGGTGGGCTCCCGTGTAGAGGTGATTGGAAAAGGCCACCGAGG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CACTGTGGCCTATGTTGGAGCCACACTGTTTGCCACTGGCAAATGGGTAGGCGTGATTCTGGATGAAGCAAAGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GCAAAAATGATGGAACTGTTCAAGGCAGGAAGTACTTCACTTGTGATGAAGGGCATGGCATCTTTGTGCGCCAG  222

Query    1  -------------------ATGAT-GAG----------------ACAGGCACC-GA-----CAGC-CCGAAAGA  31
                               |.||| |||                |.||.|||| ||     |.|| .|.||||.
Sbjct  223  TCCCAGATCCAGGTATTTGAAGATGGAGCAGATACTACTTCCCCAGAGACACCTGATTCTTCTGCTTCAAAAGT  296

Query   32  CC--------------------ACAACTCGGC---GAC--CCAA---GCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGGGGT  77
            ||                    ||||||  ||   |||  .|||   |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTCAAAAGAGAGGGAACTGATACAACT--GCAAAGACTAGCAAACTGCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGGGGT  368

Query   78  GGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGGGCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCAGCA  151
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  369  GGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGGGCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCAGCA  442

Query  152  CCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCAGCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCCCCG  225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  443  CCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCAGCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCCCCG  516

Query  226  CTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGAGGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGACCCT  299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  517  CTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGAGGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGACCCT  590

Query  300  GAGACTGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGGTGC  373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  591  GAGACTGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGGTGC  664

Query  374  AGGAATGGAAGAGCAAAATGCAGGAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCC  447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  665  AGGAATGGAAGAGCAAAATGCAGGAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCC  738

Query  448  AAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGAACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGCCAC  521
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  739  AAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGAACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGCCAC  812

Query  522  TTTGGACAAGGAGATGGCTGAAGAGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGGTGG  595
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  813  TTTGGACAAGGAGATGGCTGAAGAGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGGTGG  886

Query  596  ACGAGCTCACTACTGACTTAGAGATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCCAGT  669
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  887  ACGAGCTCACTACTGACTTAGAGATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCCAGT  960

Query  670  TATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGAGCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTCTTC  743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  961  TATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGAGCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTCTTC  1034

Query  744  CTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGAAGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGAGGC  817
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035  CTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGAAGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGAGGC  1108

Query  818  AACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAGGAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTGGAT  891
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109  AACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAGGAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTGGAT  1182

Query  892  GCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGATGGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCGCGA  965
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183  GCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGATGGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCGCGA  1256

Query  966  GTTGAGGGAGACTGTGGGAGACTTGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTGAGA  1039
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257  GTTGAGGGAGACTGTGGGAGACTTGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTGAGA  1330

Query 1040  CAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAGCTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAGGCA  1113
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331  CAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAGCTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAGGCA  1404

Query 1114  GCCCAGGAGACGGTTGCAGACTACCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCAATCTACAGGATGT  1187
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1405  GCCCAGGAGACGGTTGCAGACTACCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCCATCTACAGGATGT  1478

Query 1188  GAATCGGGAACTGACAAACCAGCAGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTGACT  1261
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479  GAATCGGGAACTGACAAACCAGCAGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTGACT  1552

Query 1262  TCAAAATCAAGTTTGCTGAGACTAAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTGGCC  1335
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  TCAAAATCAAGTTTGCTGAGACTAAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTGGCC  1626

Query 1336  CAGGCCAATCGACACATGTCCCTGCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCATGA  1409
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627  CAGGCCAATCGACACATGTCCCTGCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCATGA  1700

Query 1410  CTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCATGCCTCGTCTCATTTGCAGGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGGAGA  1483
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701  CTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCATGCCTCGTCTCATTTGCAAGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGGAGA  1774

Query 1484  AGTTTGAACTAAGTGAGAACTGTTCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTTGCT  1557
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775  AGTTTGAACTAAGTGAGAACTGTTCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTTGCT  1848

Query 1558  GCTGGACTGGTGTACTCGCTGAGCCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTGCAG  1631
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849  GCTGGACTGGTGTACTCGCTGAGCCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTGCAG  1922

Query 1632  TGTGGATGTGTATAAGAAAGTGGGCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCCTCA  1705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923  TGTGGATGTGTATAAGAAAGTGGGCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCCTCA  1996

Query 1706  TTGAACTGCTGCACAAGGATCAGCTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTACTAT  1779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997  TTGAACTGCTGCACAAGGATCAGCTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTACTAT  2070

Query 1780  CAGCATCTGTACAGCATCCACCTTGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAAGTT  1853
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071  CAGCATCTGTACAGCATCCACCTTGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAAGTT  2144

Query 1854  CACGCAGAGTGCTCTGGACTGCATGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGGAGG  1927
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145  CACGCAGAGTGCTCTGGACTGCATGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGGAGG  2218

Query 1928  CTACAGATATTGCCCTCCTGCTCCGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAGATC  2001
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219  CTACAGATATTGCCCTCCTGCTCCGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAGATC  2292

Query 2002  CGAAGGCGAATGCCAGGGACAGATGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGACAC  2075
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293  CGAAGGCGAATGCCAGGGACAGATGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGACAC  2366

Query 2076  GCTCCTAGACTGCAGGAAACACTTGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCCAGC  2149
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367  GCTCCTAGACTGCAGGAAACACTTGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCCAGC  2440

Query 2150  TCATTGCCCCACTGGCAGAGAATGAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGCGAG  2223
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441  TCATTGCCCCACTGGCAGAGAATGAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGCGAG  2514

Query 2224  CAGATCTATGGGACCCCCTCCAGCAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTACCAT  2297
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515  CAGATCTATGGGACCCCCTCCAGCAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTACCAT  2588

Query 2298  GAACAAGCTGGCCACAGCCATGCAGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGGTTG  2371
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589  GAACAAGCTGGCCACAGCCATGCAGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGGTTG  2662

Query 2372  AACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGTGCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGAGAG  2445
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663  AACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGTGCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGAGAG  2736

Query 2446  ACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAAGTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCTGAG  2519
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737  ACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAAGTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCTGAG  2810

Query 2520  CCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACAGTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGCTGG  2593
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2811  CCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACAGTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGCTGG  2884

Query 2594  AGGAGACCCAGGCACTGCTGCGAAAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGACATC  2667
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885  AGGAGACCCAGGCACTGCTGCGAAAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGACATC  2958

Query 2668  GACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGCAGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGGACT  2741
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959  GACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGCAGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGGACT  3032

Query 2742  CCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCATTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTC  2815
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3033  CCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCATTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTC  3106

Query 2816  CAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGGCTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTG  2889
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107  CAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGGCTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTG  3180

Query 2890  CACATCTCCCAGCTCCAGCATGAGAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCC  2963
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181  CACATCTCCCAGCTCCAGCATGAGAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCC  3254

Query 2964  CCCTCTGCATGTTGCAAAGCTATCCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGA  3037
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3255  CCCTCTGCATGTTGCAAAGCTATCCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGA  3328

Query 3038  CCAGCCAGCTGCTGGAGACATTGAATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCT  3111
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3329  CCAGCCAGCTGCTGGAGACATTGAATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCT  3402

Query 3112  GCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCAACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAA  3185
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3403  GCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCAACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAA  3476

Query 3186  GCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGGAGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCT  3259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477  GCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGGAGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCT  3550

Query 3260  TCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTC  3333
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3551  TCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTC  3624

Query 3334  TCATGTGCGGCTGGTTTTGGACAGCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACATTCG  3407
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 3625  TCATGTGCGGCTGGTTTTGGACAGCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACAGTCG  3698

Query 3408  CCTCATCTCC  3417
            ||||||||||
Sbjct 3699  CCTCATCTCC  3708