Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06086
• Subject: NM_001190837.1
• Aligned Length: 3813
• Identities: 3410
• Gaps: 396

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACAGAGCAAGAGGCACGTGTACAGCCGGACGCCCAGCGGCAGCAGGATGAGTGCGGAGGCAAGCGCCCG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCCTCTGCGGGTGGGCTCCCGTGTAGAGGTGATTGGAAAAGGCCACCGAGGCACTGTGGCCTATGTTGGAGCCA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CACTGTTTGCCACTGGCAAATGGGTAGGCGTGATTCTGGATGAAGCAAAGGGCAAAAATGATGGAACTGTTCAA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GGCAGGAAGTACTTCACTTGTGATGAAGGGCATGGCATCTTTGTGCGCCAGTCCCAGATCCAGGTATTTGAAGA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  TGGAGCAGATACTACTTCCCCAGAGACACCTGATTCTTCTGCTTCAAAAGTCCTCAAAAGAGAGGGAACTGATA  370

Query    1  --------ATGATGAG---ACAGGCACCGACAGCCCGAAAGACCACAACTCGGCGACCCAAGCCCACGCGCCCA  63
                    |.||..||   ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAACTGCAAAGACTAGCAAACTGGCACCGACAGCCCGAAAGACCACAACTCGGCGACCCAAGCCCACGCGCCCA  444

Query   64  GCCAGTACTGGGGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGGGCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAG  137
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCAGTACTGGGGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGGGCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAG  518

Query  138  CAGTGAGCCCAGCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCAGCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTG  211
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAGTGAGCCCAGCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCAGCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTG  592

Query  212  GAGCAGTCCCCCCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGAGGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAG  285
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAGCAGTCCCCCCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGAGGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAG  666

Query  286  AAACTAGAGACCCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCA  359
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAACTAGAGACCCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCA  740

Query  360  GCTGGAGCAGGTGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAGGAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGG  433
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTGGAGCAGGTGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAGGAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGG  814

Query  434  CGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGAACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCC  507
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGAACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCC  888

Query  508  ATTGAGATGGCCACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAGAGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACT  581
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATTGAGATGGCCACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAGAGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACT  962

Query  582  GAAGGAGCGGGTGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAGATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATG  655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAAGGAGCGGGTGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAGATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATG  1036

Query  656  GCGCTGCATCCAGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGAGCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATG  729
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCGCTGCATCCAGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGAGCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATG  1110

Query  730  CGGGATCTTTCTTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGAAGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCT  803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGGGATCTTTCTTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGAAGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCT  1184

Query  804  GGAAGTTGTGAGGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAGGAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCA  877
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGAAGTTGTGAGGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAGGAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCA  1258

Query  878  AGGAGCAGGTGGATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGATGGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAA  951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGGAGCAGGTGGATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGATGGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAA  1332

Query  952  GAGAAAGTGCGCGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACTTGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGA  1025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAGAAAGTGCGCGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACTTGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGA  1406

Query 1026  GAATGCACGTGAGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAGCTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGA  1099
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAATGCACGTGAGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAGCTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGA  1480

Query 1100  AGCGTGTGGAGGCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTACCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCC  1173
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGCGTGTGGAGGCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTACCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCC  1554

Query 1174  AATCTACAGGATGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGCAGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCC  1247
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CATCTACAGGATGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGCAGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCC  1628

Query 1248  AGAGACCTTTGACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACTAAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGC  1321
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAGACCTTTGACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACTAAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGC  1702

Query 1322  AGATGGAGGTGGCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCTGCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCA  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGATGGAGGTGGCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCTGCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCA  1776

Query 1396  GGTGGGGACCATGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCATGCCTCGTCTCATTTGCAGGGCAGAGCTGATCCGGAA  1469
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GGTGGGGACCATGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCATGCCTCGTCTCATTTGCAAGGCAGAGCTGATCCGGAA  1850

Query 1470  GCAGGCCCAGGAGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGTTCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGC  1543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GCAGGCCCAGGAGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGTTCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGC  1924

Query 1544  AACTCAGCTTTGCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAGCCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCC  1617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AACTCAGCTTTGCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAGCCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCC  1998

Query 1618  CTCTCTCAGTGCAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGGGCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTC  1691
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTCTCTCAGTGCAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGGGCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTC  2072

Query 1692  CTTGGATTTCCTCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAGCTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGG  1765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CTTGGATTTCCTCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAGCTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGG  2146

Query 1766  CCATCAAGTACTATCAGCATCTGTACAGCATCCACCTTGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCT  1839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCATCAAGTACTATCAGCATCTGTACAGCATCCACCTTGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCT  2220

Query 1840  GACCACATTAAGTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCATGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCA  1913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GACCACATTAAGTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCATGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCA  2294

Query 1914  GGGTGGGCAGGAGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTCCGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGT  1987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GGGTGGGCAGGAGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTCCGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGT  2368

Query 1988  TCTGCAAGAAGATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGATGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCA  2061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TCTGCAAGAAGATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGATGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCA  2442

Query 2062  CAGGTATCTGACACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACTTGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGC  2135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CAGGTATCTGACACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACTTGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGC  2516

Query 2136  TGCTGCTGCCCAGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAATGAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTT  2209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TGCTGCTGCCCAGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAATGAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTT  2590

Query 2210  TCAAAGCAAGCGAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAGCAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATC  2283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TCAAAGCAAGCGAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAGCAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATC  2664

Query 2284  CTCATCAGTACCATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGCAGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAA  2357
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CTCATCAGTACCATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGCAGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAA  2738

Query 2358  GCCTCCACCGGTTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGTGCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGC  2431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GCCTCCACCGGTTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGTGCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGC  2812

Query 2432  TCGAAGATCGAGAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAAGTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCC  2505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TCGAAGATCGAGAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAAGTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCC  2886

Query 2506  AATGTGCGGCTGAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACAGTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGT  2579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AATGTGCGGCTGAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACAGTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGT  2960

Query 2580  CCAGACTCGGCTGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGAAAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCAC  2653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  CCAGACTCGGCTGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGAAAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCAC  3034

Query 2654  TCCAGGCTGACATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGCAGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGC  2727
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  TCCAGGCTGACATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGCAGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGC  3108

Query 2728  ACGATTGAGGGACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCATTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGT--------  2793
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct 3109  ACGATTGAGGGACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCATTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGAAGAACA  3182

Query 2794  -------GGAGCCATCCCTGGGCAGGCTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGGCTGGTGAAGGACTCACCACTGC  2860
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GCAGCGAGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGGCTGGTGAAGGACTCACCACTGC  3256

Query 2861  TGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGAGAACAGCATCCTCAAGGGAGCC  2934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  TGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGAGAACAGCATCCTCAAGGGAGCC  3330

Query 2935  CAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTATCCCATGAGGGCCCTGGCAGTGA  3008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  CAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTATCCCATGAGGGCCCTGGCAGTGA  3404

Query 3009  GTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTGAATCAATTGAGCACACACACGC  3082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  GTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTGAATCAATTGAGCACACACACGC  3478

Query 3083  ACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCAACTTATGGAGCAAGTGGCTCAG  3156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  ACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCAACTTATGGAGCAAGTGGCTCAG  3552

Query 3157  CTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGGAGACAGTATCTCAGCGCCCTGG  3230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553  CTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGGAGACAGTATCTCAGCGCCCTGG  3626

Query 3231  AGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGATG  3304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627  AGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGATG  3700

Query 3305  ACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACAGCGACACCGGCTGGTGCTGACC  3378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701  ACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACAGCGACACCGGCTGGTGCTGACC  3774

Query 3379  CAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACATTCGCCTCATCTCC  3417
            |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 3775  CAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACAGTCGCCTCATCTCC  3813