Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06407
• Subject: NM_005345.6
• Aligned Length: 1948
• Identities: 1571
• Gaps: 50

Alignment

Query    1  ATGGCTACTGGCAAGGGAATC----GCCATAGGCATCGACCTGGGCACCACCTACTCCTGTGTGGGGGTGTTCC  70
            |||||.|          ||.|    ||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCA----------AAGCCGCGGCGATCGGCATCGACCTGGGCACCACCTACTCCTGCGTGGGGGTGTTCC  64

Query   71  AGCACGGCAAGGTGGAGATCATCGCCAACGACCAGGGCAACCGCACCACCCCCAGCTACGTGGCCTTCACAGAC  144
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct   65  AACACGGCAAGGTGGAGATCATCGCCAACGACCAGGGCAACCGCACCACCCCCAGCTACGTGGCCTTCACGGAC  138

Query  145  ACCGAGCGGCTCATTGGGGATGCGGCCAAGAACCAGGTAGCAATGAATCCCCAGAACACTGTTTTTGATGCTAA  218
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||..||||.||.||||||||.||.|||||.||.||
Sbjct  139  ACCGAGCGGCTCATCGGGGATGCGGCCAAGAACCAGGTGGCGCTGAACCCGCAGAACACCGTGTTTGACGCGAA  212

Query  219  ACGTCTGATCGGCAGGAAATTTAATGATCCTGTTGTACAAGCAGATATGAAACTTTGGCCTTTTCAAGTGATTA  292
            .||.|||||.|||.|.||.||....||.||.||.||.||..|.||.|||||.|..||||||||.||.|||||.|
Sbjct  213  GCGGCTGATTGGCCGCAAGTTCGGCGACCCGGTGGTGCAGTCGGACATGAAGCACTGGCCTTTCCAGGTGATCA  286

Query  293  ATGAAGGAGGCAAGCCCAAAGTCCTTGTGTCCTACAAAGGGGAGAATAAAGCTTTCTACCCTGAGGAAATCTCT  366
            |.||.||||.|||||||||.||.|..|||..||||||.|||||||..||.||.||||||||.|||||.|||||.
Sbjct  287  ACGACGGAGACAAGCCCAAGGTGCAGGTGAGCTACAAGGGGGAGACCAAGGCATTCTACCCCGAGGAGATCTCG  360

Query  367  TCGATGGTATTGACTAAGTTGAAGGAGACTGCTGAGGCCTTTTTGGGCCACCCTGTCACCAATGCAGTGATTAC  440
            ||.|||||..||||.|||.|||||||||..||.|||||.|...|||||.||||.||.|||||.||.|||||.||
Sbjct  361  TCCATGGTGCTGACCAAGATGAAGGAGATCGCCGAGGCGTACCTGGGCTACCCGGTGACCAACGCGGTGATCAC  434

Query  441  CGTGCCAGCCTATTTCAATGACTCTCAACGTCAGGCTACTAAGGATGCAGGTGTGATTGCTGGACTTAATGTGC  514
            ||||||.|||||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.||||||||.||.||.||.||.||||
Sbjct  435  CGTGCCGGCCTACTTCAACGACTCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGATGCGGGTGTGATCGCGGGGCTCAACGTGC  508

Query  515  TAAGAATCATCAATGAGCCCACGGCTGCTGCCATTGCCTATGGTTTAGATAAAGGA--GGTCAA-GGAGAACGA  585
            |..|.||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||..|.||.|   ||  ||.||| ||.||.||.
Sbjct  509  TGCGGATCATCAACGAGCCCACGGCCGCCGCCATCGCCTACGGCCTGGACA---GAACGGGCAAGGGGGAGCGC  579

Query  586  CATGTCCTGATTTTTGATCTGGGTGGAGGCACATTTGATGTGTCAATTCTGACCATAGATGATGGGATTTTTGA  659
            .|.||.||.||.|||||.|||||.||.|||||.||.||.|||||.||.|||||.||.||.||.||.||.||.||
Sbjct  580  AACGTGCTCATCTTTGACCTGGGCGGGGGCACCTTCGACGTGTCCATCCTGACGATCGACGACGGCATCTTCGA  653

Query  660  GGTAAAGGCCACTGCTGGGGACACTCACCTGGGTGGGGAGGACTTTGACAACAGGCTTGTGAGCCACTTCGTGG  733
            |||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||
Sbjct  654  GGTGAAGGCCACGGCCGGGGACACCCACCTGGGTGGGGAGGACTTTGACAACAGGCTGGTGAACCACTTCGTGG  727

Query  734  AGGAGTTCAAGAGGAAACACAAAAAGGACATCAGCCAGAACAAGCGAGCCGTGAGGCGGCTGCGCACCGCCTGC  807
            |||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  728  AGGAGTTCAAGAGAAAACACAAGAAGGACATCAGCCAGAACAAGCGAGCCGTGAGGCGGCTGCGCACCGCCTGC  801

Query  808  GAGAGGGCCAAGAGGACCCTGTCGTCCAGCACCCAGGCCAACCTAGAAATTGATTCACTTTATGAAGGCATTGA  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||.||.||.||.||.|.|||.|||||.||
Sbjct  802  GAGAGGGCCAAGAGGACCCTGTCGTCCAGCACCCAGGCCAGCCTGGAGATCGACTCCCTGTTTGAGGGCATCGA  875

Query  882  CTTCTATACATCCATCACCAGAGCTCGATTTGAAGAGTTGTGTGCAGACCTGTTTAGGGGTACCCTGGAGCCTG  955
            ||||||.||.|||||||||||.||..|.||.||.|||.||||..|.||||||||..|..|.|||||||||||.|
Sbjct  876  CTTCTACACGTCCATCACCAGGGCGAGGTTCGAGGAGCTGTGCTCCGACCTGTTCCGAAGCACCCTGGAGCCCG  949

Query  956  TAGAAAAAGCGCTTCGGGATGCCAAGATGGATAAGGCTAAAATCCATGACATTGTTTTAGTAGGGGGCTCCACC  1029
            |.||.||.||.||.||.||.||||||.||||.|||||..|.||.||.|||.|.||..|.||.||||||||||||
Sbjct  950  TGGAGAAGGCTCTGCGCGACGCCAAGCTGGACAAGGCCCAGATTCACGACCTGGTCCTGGTCGGGGGCTCCACC  1023

Query 1030  CGCATCCCCAAGGTGCAGCGGCTGCTTCAGGACTACTTCAATGGACGTGATCTCAACAAGAGCATCAACCCTGA  1103
            ||||||||||||||||||..||||||.|||||||.||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1024  CGCATCCCCAAGGTGCAGAAGCTGCTGCAGGACTTCTTCAACGGGCGCGACCTGAACAAGAGCATCAACCCCGA  1097

Query 1104  TGAGGCCGTAGCATATGGGGCTGCGGTACAAGCAGCCATCCTGATGGGGGACAAGTCTGAGAAGGTACAGGACC  1177
            .|||||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||
Sbjct 1098  CGAGGCTGTGGCCTACGGGGCGGCGGTGCAGGCGGCCATCCTGATGGGGGACAAGTCCGAGAACGTGCAGGACC  1171

Query 1178  TGCTGCTGCTGGACGTGGCTCCCCTGTCCCTGGGGCTGGAGACGGCTGGGGGCGTGATGACTGCCTTGATGAAG  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||.||||.|||
Sbjct 1172  TGCTGCTGCTGGACGTGGCTCCCCTGTCGCTGGGGCTGGAGACGGCCGGAGGCGTGATGACTGCCCTGATCAAG  1245

Query 1252  CGCAACTCCACCATCCCCACCAAGCAGACACAGATTTTCACCACCTACTCTGACAACCAACCCGGGGTGCTGAT  1325
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246  CGCAACTCCACCATCCCCACCAAGCAGACGCAGATCTTCACCACCTACTCCGACAACCAACCCGGGGTGCTGAT  1319

Query 1326  CCAGGTGTATGAGGGCGAGAGGGCCATGACAAAGGACAACAACCTGCTGGGGCGGTTTGACCTGACTGGAATCC  1399
            |||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||.|||||||.||.||.||||..||.||||
Sbjct 1320  CCAGGTGTACGAGGGCGAGAGGGCCATGACGAAAGACAACAATCTGTTGGGGCGCTTCGAGCTGAGCGGCATCC  1393

Query 1400  CTCCAGCACCCAGGGGAGTTCCTCAGATCGAGGTGACGTTTGACATTGATGCCAATGGTATTCTCAATGTCACA  1473
            ||||.||.||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||.||.||.|||||.
Sbjct 1394  CTCCGGCCCCCAGGGGCGTGCCCCAGATCGAGGTGACCTTCGACATCGATGCCAACGGCATCCTGAACGTCACG  1467

Query 1474  GCCATGGACAAGAGCACCGGCAAGGTGAACAAGATCACCATCGCCAATGACAAGGGCCGCCTGAGCAAGGAGGA  1547
            ||||.||||||||||||||||||||..|||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468  GCCACGGACAAGAGCACCGGCAAGGCCAACAAGATCACCATCACCAACGACAAGGGCCGCCTGAGCAAGGAGGA  1541

Query 1548  GATTGAGCGCATGGTTCTGGATGCTGAGAAATATAAAGCTGAAGATGAGGTCCAGAGGGAGAAAATTGCTGCAA  1621
            |||.|||||||||||.|.|||.||.|||||.||.|||||.||.||.|||||.|||.|.||||...|..|.||.|
Sbjct 1542  GATCGAGCGCATGGTGCAGGAGGCGGAGAAGTACAAAGCGGAGGACGAGGTGCAGCGCGAGAGGGTGTCAGCCA  1615

Query 1622  AGAATGCCTTAGAATCCTATGCTTTTAACATGAAGAGTGTTGT-GAGTGATGAAGGTTTGAAGGGCAAGATTAG  1694
            ||||.|||.|.||.|||||.||.||.|||||||||||.|..|| ||| |||||.||..|.|||||||||||.||
Sbjct 1616  AGAACGCCCTGGAGTCCTACGCCTTCAACATGAAGAGCGCCGTGGAG-GATGAGGGGCTCAAGGGCAAGATCAG  1688

Query 1695  TGAGTCTGATAAAAATAAAATATTGGATAAATG-CAACGAGCTCCTTTCGTGGCTGGAGGTCAATCAAC-TGGC  1766
            .|||.|.||.||.||.||..|..||||.||.|| ||| |||.||.|.|||||||||||.|.||| ||.| ||||
Sbjct 1689  CGAGGCGGACAAGAAGAAGGTGCTGGACAAGTGTCAA-GAGGTCATCTCGTGGCTGGACGCCAA-CACCTTGGC  1760

Query 1767  AGAGAAAGATGAGTTTGATCATAAGAGAAAGGAATTGGAGCAGATGTGTAACCCTATCATCACAAAACTCTACC  1840
            .|||||.||.||||||||.||.|||||.|||||..||||||||.||||||||||.|||||||....|||.||||
Sbjct 1761  CGAGAAGGACGAGTTTGAGCACAAGAGGAAGGAGCTGGAGCAGGTGTGTAACCCCATCATCAGCGGACTGTACC  1834

Query 1841  AAGGAGGATGC-------ACTGGGCCTGCCTGC-----GGAACAGGGTATGTGCC---TGGAAGGCCTGCCACA  1899
                |||.|||       .|.|||||||...||     ||..||||||     ||   .|||.||.|||...||
Sbjct 1835  ----AGGGTGCCGGTGGTCCCGGGCCTGGGGGCTTCGGGGCTCAGGGT-----CCCAAGGGAGGGTCTGGGTCA  1899

Query 1900  GGCCCCACAATTGAAGAAGTAGAT  1923
            ||||||||.|||||.||.||||||
Sbjct 1900  GGCCCCACCATTGAGGAGGTAGAT  1923