Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06449
• Subject: NM_001042708.2
• Aligned Length: 2160
• Identities: 1850
• Gaps: 54

Alignment

Query    1  ---------------------------------------ATGCGTCCAATGCGAATTTTTGTGAATGATGACCG  35
                                                   |.||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct    1  ATGGCATTGTATCATCATCACTTCATCACAAGAAGAAGAAGGCGTCCCATGAGAATTTTTGTGAATGATGATCG  74

Query   36  CCATGTGATGGCAAAGCATTCTTCCGTTTATCCAACACAAGAGGAGCTGGAGGCAGTCCAGAACATGGTGTCCC  109
            |||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct   75  CCACGTGATGGCAAAGCATTCTTCAGTGTACCCAACACAAGAGGAGCTGGAGGCTGTACAGAACATGGTGTCCC  148

Query  110  ACACGGAGCGGGCGCTCAAAGCTGTGTCCGACTGGATAGACGAGCAGGAAAAGGGTAGCAGCGAGCAGGCAGAG  183
            |.||.||||||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|.||||||||...|.|||
Sbjct  149  ATACTGAGCGGGCCCTGAAGGCTGTCTCTGACTGGATTGATGAGCAGGAGAAAGGCAACAGCGAGCTCTCTGAG  222

Query  184  TCCGATAACATGGATGTGCCCCCAGAGGACGACAGTAAAGAAGGGGCTGGGGAACAGAAGACGGAGCACATGAC  257
            .|.||.||.|||||....||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||.||||.||||||||
Sbjct  223  GCAGAAAATATGGACACACCCCCAGACGATGAGAGCAAAGAAGGGGCTGGGGAACAGAAGGCGGAACACATGAC  296

Query  258  CAGAACCCTGCGGGGAGTGATGCGGGTGGGCCTGGTGGCAAAGGGCCTCCTACTCAAGGGGGACTTGGATCTGG  331
            .||.||||||.||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TAGGACCCTGAGGGGCGTGATGCGGGTCGGCCTGGTAGCCAAGGGTCTTCTGCTCAAGGGGGACTTGGATCTGG  370

Query  332  AGCTGGTGCTGCTGTGTAAGGAGAAGCCCACAACCGCCCTCCTGGACAAGGTGGCCGACAACCTGGCCATCCAG  405
            |||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGCTGGTTCTGCTCTGTAAGGAGAAGCCCACAACCGCCCTTCTGGACAAGGTGGCTGACAACCTGGCCATCCAG  444

Query  406  CTTGCTGCTGTAACAGAAGACAAGTACGAAATACTGCAATCTGTCGACGATGCTGCGATTGTGATAAAAAACAC  479
            ||..||.|||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTCACTACTGTAACAGAAGACAAGTATGAAATACTCCAGTCTGTGGATGATGCTGCGATTGTGATAAAAAACAC  518

Query  480  AAAAGAGCCTCCATTGTCCCTGACCATCCACCTGACATCCCCTGTTGTCAGAGAAGAAATGGAGAAAGTATTAG  553
            |||||||||.||.||||||.||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAAGAGCCCCCCTTGTCCTTGACCATCCATCTGACCTCCCCTGTTGTCAGAGAAGAAATGGAGAAAGTATTAG  592

Query  554  CTGGAGAAACGCTATCAGTCAACGACCCCCCGGACGTTCTGGACAGGCAGAAATGCCTTGCTGCCTTGGCGTCC  627
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTGGAGAAACGCTATCAGTCAACGATCCCCCGGACGTTCTGGACAGGCAGAAATGCCTTGCTGCCTTGGCGTCC  666

Query  628  CTCCGACACGCCAAGTGGTTCCAGGCCAGAGCCAACGGGCTGAAGTCTTGTGTCATTGTGATCCGGGTCTTGAG  701
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||.|.||
Sbjct  667  CTCCGACACGCCAAGTGGTTCCAGGCCAGAGCCAATGGACTGAAGTCATGTGTCATTGTCATCCGTGTCCTAAG  740

Query  702  GGACCTGTGCACTCGCGTGCCCACCTGGGGTCCCCTCCGAGGCTGGCCTCTCGAGCTCCTGTGTGAGAAATCCA  775
            ||||.||||.||.||.|||||||||||||||||||||.||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||
Sbjct  741  GGACTTGTGTACCCGAGTGCCCACCTGGGGTCCCCTCAGAGGATGGCCTCTGGAGCTGCTGTGTGAGAAGTCCA  814

Query  776  TTGGCACGGCCAACAGACCGATGGGTGCTGGCGAGGCCCTGCGGAGAGTGCTGGAGTGCCTGGCGTCGGGCATC  849
            |.|||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct  815  TCGGCACTGCCAATAGGCCAATGGGTGCTGGTGAAGCCCTGCGGAGAGTGCTGGAGTGCCTGGCATCCGGCATC  888

Query  850  GTGATGCCAGATGGTTCTGGCATTTATGACCCTTGTGAAAAAGAAGCCACTGATGCTATTGGGCATCTAGACAG  923
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTAATGCCAGATGGTTCTGGCATTTATGACCCTTGTGAAAAAGAAGCCACTGATGCTATTGGGCATCTAGACAG  962

Query  924  ACAGCAACGGGAAGATATCACACAGAGTGCGCAGCACGCACTGCGGCTCGCTGCCTTCGGCCAGCTCCATAAAG  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct  963  ACAGCAACGGGAAGATATCACACAGAGTGCGCAGCATGCTCTGCGGCTTGCTGCCTTTGGTCAACTCCATAAAG  1036

Query  998  TCCTAGGCATGGACCCTCTGCCTTCCAAGATGCCCAAGAAACCAAAGAATGAAAACCCAGTGGACTACACCGTT  1071
            |.||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1037  TACTGGGAATGGACCCCCTGCCTTCCAAAATGCCCAAGAAACCAAAGAACGAGAACCCGGTGGACTACACTGTT  1110

Query 1072  CAGATCCCACCAAGCACCACCTATGCCATTACGCCCATGAAACGCCCAATGGAGGAGGACGGGGAGGAGAAGTC  1145
            ||.||.||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1111  CAAATTCCTCCCAGCACCACCTATGCTATCACACCCATGAAACGCCCTATGGAAGAGGATGGGGAGGAGAAGTC  1184

Query 1146  GCCCAGCAAAAAGAAGAAGAAGATTCAGAAGAAAGAGGAGAAGGCAGAGCCCCCCCAGGCTATGAATGCCCTGA  1219
            .||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCCCAGCAAGAAGAAAAAGAAGATCCAGAAGAAAGAGGAGAAGGCTGATCCTCCTCAAGCTATGAATGCCCTGA  1258

Query 1220  TGCGGTTGAACCAGCTGAAGCCAGGGCTGCAGTACAAGCTGGTGTCCCAGACTGGGCCCGTCCATGCCCCCATC  1293
            ||.||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||.||.||.||.|||||.||||||
Sbjct 1259  TGAGGTTAAATCAGCTGAAGCCAGGGCTGCAGTACAAGCTGATCTCCCAGACAGGCCCTGTTCATGCTCCCATC  1332

Query 1294  TTTACCATGTCTGTGGAGGTTGATGGCAATTCATTCGAGGCCTCTGGGCCCTCCAAAAAGACGGCCAAGCTGCA  1367
            ||.|||||||||||||||||.||.||||.|...|||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||.||
Sbjct 1333  TTCACCATGTCTGTGGAGGTAGACGGCAGTAACTTCGAGGCCTCGGGGCCATCTAAAAAGACTGCCAAGCTTCA  1406

Query 1368  CGTGGCCGTTAAGGTGTTACAGGACATGGGCTTGCCGACGGGTGCTGAAGGCAGGGACTCGAGCAAGGGGGAGG  1441
            .||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|
Sbjct 1407  TGTAGCTGTGAAGGTGTTACAGGACATGGGCTTGCCAACAGGCGCTGAAGGCAGAGACTCCAGCAAGGGGGAAG  1480

Query 1442  ACTCGGCTGAGGAGACCGAGGCGAAGCCAGCAGTGGTGGCCCCTGCCCCAGTGGTAGAAGCTGTCTCCACCCCT  1515
            ||||.|||||||||.|.||.|.||||||||||.|.||||||||..||||.|||||.|||||||||||||.|||.
Sbjct 1481  ACTCCGCTGAGGAGTCAGATGGGAAGCCAGCAATAGTGGCCCCACCCCCTGTGGTGGAAGCTGTCTCCAACCCC  1554

Query 1516  AGTGCGGCCTTTCCCTCAGATGCCACTGCCGAGAACGTAAAACAGCAGGGGCCGATCCTGACAAAGCACGGCAA  1589
            |||.|.|.|||.||.||||||||||||.|.|            |||||||.|||||..||||.|||||.|||||
Sbjct 1555  AGTTCTGTCTTCCCTTCAGATGCCACTACTG------------AGCAGGGACCGATTTTGACTAAGCATGGCAA  1616

Query 1590  GAACCCAGTCATGGAGCTGAACGAGAAGAGGCGTGGGCTCAAGTACGAGCTCATCTCCGAGACCGGGGGCAGCC  1663
            ||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||||
Sbjct 1617  GAACCCTGTTATGGAGCTTAATGAGAAGAGACGTGGCCTCAAATATGAGCTCATTTCTGAGACGGGGGGCAGCC  1690

Query 1664  ACGACAAGCGCTTCGTCATGGAGGTCGAAGTGGATGGACAGAAGTTCCAAGGTGCTGGTTCCAACAAAAAGGTG  1737
            |||||||..|.||.||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1691  ACGACAAAAGGTTTGTTATGGAGGTTGAGGTGGACGGACAGAAGTTTCAAGGTGCTGGTTCAAACAAAAAGGTG  1764

Query 1738  GCGAAGGCCTACGCTGCTCTTGCTGCCCTAGAAAAGCTTTTCCCTGACACCCCTCTCGCCCTTGATGCCAACAA  1811
            ||.|||||.||.|||||.|||||.||..|||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct 1765  GCAAAGGCTTATGCTGCACTTGCCGCATTAGAAAAACTTTTCCCTGATACCCCTCTTGCTCTTGAAGCCAACAA  1838

Query 1812  AAAGAAGAGAGCCCCAGTACCCGTCAGAGGGGGACCGAAATTTGCTGCTAAGCCACATAACCCTGGCTTCGGCA  1885
            ||||||.||..||||||||||.|||.||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||
Sbjct 1839  AAAGAAAAGGACCCCAGTACCTGTCCGAGGTGGACCCAAATTTGCTGCCAAGCCACACAACCCTGGTTTTGGCA  1912

Query 1886  TGGGAGGCCCCATGCACAACGAAGTGCCCCCACCCCCCAACCTTCGAGGGCGGGGAAGAGGCGGGAGCATCCGG  1959
            ||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||.|||.|.|||||.|||||..||||.||.|.||||||.
Sbjct 1913  TGGGAGGCCCCATGCATAATGAAGTGCCGCCACCTCCTAACATCCGAGGTCGGGGCCGAGGAGGTAACATCCGA  1986

Query 1960  GGACGAGGGCGCGGGCGAGGATTTGGTGGCGCCAACCAT---GGAGGCTACATGAATGCCGGTGCTGGGTATGG  2030
            ||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 1987  GGGCGAGGACGGGGGCGAGGATTTGGTGGCGCCAACCATGGAGGAGGCTACATGAATGCTGGTGCTGGATATGG  2060

Query 2031  AAGCTATGGGTACGGAGGCAACTCTGCGACAGCAGGCTACAGTGACTTTTTCACAGACTGCTACGGCTATCATG  2104
            |||||||||||||.|..||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061  AAGCTATGGGTACAGCAGCAATTCGGCCACAGCAGGCTACAGTGACTTTTTCACAGACTGCTACGGCTATCATG  2134

Query 2105  ATTTTGGGTCTTCC  2118
            ||||||||.|||||
Sbjct 2135  ATTTTGGGGCTTCC  2148