Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06575
• Subject: NM_001291196.1
• Aligned Length: 1497
• Identities: 950
• Gaps: 444

Alignment

Query    1  ATGGGGCGGAAGAAAATACAAATCACACGCATAATGGATGAAAGGAACCGACAGGTCACTTTTACAAAGAGAAA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GTTTGGATTAATGAAGAAAGCCTATGAACTTAGTGTGCTCTGTGACTGTGAAATAGCACTCATCATTTTCAACA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCTCTAACAAACTGTTTCAATATGCTAGCACTGATATGGACAAAGTTCTTCTCAAGTATACAGAATATAATGAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CCTCATGAAAGCAGAACCAACTCGGATATTGTTGAGGCTCTGAACAAGAAGGAACACAGAGGGTGCGACAGCCC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AGACCCTGATACTTCATATGTGCTAACTCCACATACAGAAGAAAAATATAAAAAAATTAATGAGGAATTTGATA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  ATATGATGCGGAATCATAAAATCGCACCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGTCTGTCACAGTTCCAGTG  444
                                                                 ||||||||||||||.||.|||
Sbjct    1  -----------------------------------------------------ATGTCTGTCACAGTCCCTGTG  21

Query  445  ACCAGCCCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGGGAGTTCACTGGTGTCCCCATCTTTGGCAGCCAGCTCAAC  518
            ||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct   22  ACCAGCCCTAATGCTTTGTCGTACACTAACCCAGGGAGTTCACTCGTGTCACCGTCTTTGGCAGCCAGCTCAAC  95

Query  519  GTTAACAGATTCAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTCTCCTGGAGCTCCTCAGA  592
            .|||.|||||||.||||||||.||||||||.|.|.||||..||||||||||||||||.||.||||||||.||||
Sbjct   96  ATTAGCAGATTCGAGCATGCTGTCTCCACCCCCAGCCACGCTACATAGAAATGTGTCCCCAGGAGCTCCGCAGA  169

Query  593  GACCACCAAGTACTGGCAATGCAGGTGGGATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGCCAAATGGAGCTGGAAGC  666
            |||||||||||||.||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..
Sbjct  170  GACCACCAAGTACCGGCAGTGCAAGTGGGATGTTGAGCACTACAGACCTCACGGTGCCAAATGGAGCTGGAAAT  243

Query  667  AGTCCAGTGGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAATTTGATTGGAGCTACTGGTGCAAATAGCTT  740
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||..|||||||||||||||.||
Sbjct  244  AGTCCTGTGGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGGGCCTCTCCAAATTTGATTGGAAATACTGGTGCAAATAGTTT  317

Query  741  AGGCAAAGTCATGCCTACAAAGTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAATGAACAGTAGGAAACCAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|.||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  318  AGGCAAAGTCATGCCTACAAAGTCTCCCCCGCCACCAGGTGGTGGCAGTCTTGGAATGAACAGTCGGAAACCAG  391

Query  815  ATCTTCGAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCACTAAATACCCAAAGGATCAGTAGTTCT  888
            ||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||.||||||||||.||.||||||
Sbjct  392  ATCTACGAGTTGTCATTCCCCCATCAAGCAAGGGCATGATGCCCCCACTTAATGCCCAAAGGATAAGCAGTTCT  465

Query  889  CAAGCCACTCAACCTCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCTCCGCAAGGACTTGTGTA  962
            ||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct  466  CAAGCCACTCAACCTCTTGCCACGCCTGTAGTGTCTGTGACAACTCCGAGCTTGCCTCCACAGGGACTAGTGTA  539

Query  963  CTCAGCAATGCCGACTGCCTACAACACTGATTATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTCAGCCCTTCAAGGCTTCA  1036
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct  540  CTCAGCAATGCCGACAGCCTACAACACTGATTACTCACTGACCAGCGCTGACCTGTCTGCCCTGCAAGGCTTTA  613

Query 1037  ACTCGCCAGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAGGACAAGCAGCCCTCAGC  1110
            ..||.||.|||||||||||.|||||.||||..||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  614  CTTCCCCTGGAATGCTGTCTCTGGGGCAGGCTTCAGCCTGGCAGCAGCACCATCTAGGACAAGCAGCCCTCAGC  687

Query 1111  TCTCTTGTTGCTGGAGGGCAGTTATCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAACCAAAACATCAGCATCAA  1184
            |||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||||.|||.||
Sbjct  688  TCTCTGGTGGCTGGAGGGCAGTTATCTCAGGGTTCAAATTTGTCCATTAACACCAACCAGAACATCAACATTAA  761

Query 1185  GTCCGAACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC  1258
            |||.||.||.|||||||||||.||.|||.|.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||        
Sbjct  762  GTCAGAGCCAATTTCACCTCCCCGTGATAGAATGACCCCATCAGGCTTCCAACAGCAGCAGCAGCA--------  827

Query 1259  AGCAGCAGCCGCCGCCACCACCGCAGCCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCCGACAGGAAATGGGGCGC  1332
                         |||||.||.||||||.|.|||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct  828  -------------GCCACAACAGCAGCCACCGCCACAACCTCCACAGCCCCAACCCCGGCAGGAAATGGGGCGC  888

Query 1333  TCCCCTGTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATCGGGAGGATCCACGGGGCGACTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  889  TCCCCTGTGGACAGTCTGAGCAGCTCCAGCAGCTCCTATGATGGCAGTGACCGGGAGGATCCACGGGGTGACTT  962

Query 1407  CCATTCTCCAATTGTGCTTGGCCGACCCCCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTCTGTAAAGCGAATGAGGA  1480
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct  963  CCATTCTCCAATTGTGCTTGGCCGACCTCCAAATACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTCTGTAAAACGCATGAGGA  1036

Query 1481  TGGACGCGTGGGTTACC  1497
            |||||.|.|||||.|||
Sbjct 1037  TGGACACATGGGTGACC  1053