Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06611
• Subject: NM_001080775.1
• Aligned Length: 3132
• Identities: 2737
• Gaps: 48

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------ATGGAGAGTGCGCTCACCGCCCGTGA  26
                                                            ||||||||.||..|.||.|||||.||
Sbjct    1  ATGCGCTACCGGGCATCGGCCCTGGGCAGTGACGGGGTTCGAGTGACCATGGAGAGCGCCTTGACTGCCCGAGA  74

Query   27  CCGGGTGGGGGTGCAGGATTTCGTGCTGCTGGAGAACTTCACCAGCGAGGCCGCCTTCATCGAGAACCTGCGGC  100
            ||||||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||
Sbjct   75  CCGGGTAGGGGTGCAGGACTTTGTCCTGCTGGAGAATTTCACCAGTGAGGCTGCCTTCATTGAGAACCTCCGGC  148

Query  101  GGCGATTTCGGGAGAATCTCATCTACACCTACATTGGCCCCGTCCTGGTCTCTGTCAATCCCTACCGGGACCTG  174
            ||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct  149  GGCGGTTCCGGGAGAACCTCATTTATACCTACATCGGTCCTGTCCTAGTCTCTGTCAATCCCTACCGAGACCTA  222

Query  175  CAGATCTACAGCCGGCAGCATATGGAGCGTTACCGTGGCGTCAGCTTCTATGAAGTGCCCCCTCACCTGTTTGC  248
            ||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||..|||||||
Sbjct  223  CAGATCTACAGCCGGCAGCATATGGAACGCTACCGTGGTGTCAGTTTCTATGAAGTACCACCTCATTTGTTTGC  296

Query  249  CGTGGCGGACACTGTGTACCGAGCACTGCGCACGGAGCGTCGGGACCAGGCTGTGATGATCTCTGGGGAGAGCG  322
            .|||||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct  297  AGTGGCTGACACTGTATACCGGGCACTTCGTACTGAGCGTCGGGACCAGGCAGTGATGATTTCTGGAGAGAGTG  370

Query  323  GGGCAGGCAAGACCGAGGCCACCAAGAGGCTGCTGCAGTTCTATGCAGAGACCTGCCCAGCCCCCGAGCGCGGA  396
            |||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.
Sbjct  371  GGGCAGGCAAGACAGAGGCCACCAAGAGACTGCTCCAGTTCTATGCAGAGACCTGCCCAGCCCCTGAACGGGGT  444

Query  397  GGTGCCGTGCGGGACCGGCTGCTACAGAGCAACCCGGTGCTGGAGGCCTTTGGAAATGCCAAGACCCTCCGGAA  470
            ||.||.|||||.|||||.|||.|.|||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||
Sbjct  445  GGCGCAGTGCGAGACCGCCTGTTGCAGAGCAACCCCGTGTTAGAGGCCTTTGGGAATGCCAAGACTCTCCGCAA  518

Query  471  CGATAACTCCAGCAGGTTCGGGAAGTACATGGATGTGCAGTTTGACTTCAAGGGTGCCCCCGTGGGTGGCCACA  544
            |||||||||||||.||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  CGATAACTCCAGCCGGTTTGGAAAGTACATGGATGTGCAGTTTGACTTCAAGGGTGCCCCCGTGGGAGGCCACA  592

Query  545  TCCTCAGTTACCTCCTGGAAAAGTCACGAGTGGTGCACCAGAATCATGGGGAGCGGAACTTCCACATCTTCTAC  618
            |.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||.||||.|||
Sbjct  593  TTCTCAGTTACCTCCTGGAAAAGTCCCGGGTGGTGCACCAAAATCACGGAGAGCGGAACTTCCACGTCTTTTAC  666

Query  619  CAGCTGCTGGAGGGGGGCGAGGAGGAGACTCTTCGCAGGCTGGGCTTGGAACGGAACCCCCAGAGCTACCTGTA  692
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.||..||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  667  CAGCTACTGGAGGGGGGCGAGGAGGAGACTCTCCGTCGGCTGGGCTTGGAACGGAACCCCCAGAGCTACTTGTA  740

Query  693  CCTGGTGAAGGGCCAGTGTGCCAAAGTCTCCTCCATCAACGACAAGAGTGACTGGAAGGTCGTCAGGAAGGCTC  766
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||..|.||||||||.|
Sbjct  741  CCTGGTGAAGGGCCAGTGTGCCAAGGTCTCCTCCATCAACGACAAGAGTGACTGGAAGGTTATGAGGAAGGCGC  814

Query  767  TGACAGTCATTGATTTCACCGAGGATGAAGTGGAGGACCTGCTGAGCATCGTGGCCAGCGTCCTTCATTTGGGC  840
            ||.|.||||||||.|||||.||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||.|||.|||||
Sbjct  815  TGTCCGTCATTGACTTCACTGAGGATGAAGTGGAGGACTTGCTCAGCATCGTGGCCAGCGTCCTACATCTGGGC  888

Query  841  AACATCCACTTTGCTGCCAACGAGGAGAGCAATGCCCAGGTCACCACCGAGAACCAGCTCAAGTATCTGACCAG  914
            |||||||||||||||||..|||||||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  889  AACATCCACTTTGCTGCTGACGAGGACAGCAATGCCCAGGTTACTACTGAGAACCAGCTCAAATATCTGACCAG  962

Query  915  GCTCCTCAGCGTGGAAGGCTCGACGCTGCGAGAAGCCCTGACACACAGGAAGATCATCGCCAAGGGGGAGGAGC  988
            ||||||..|.||||||||..|.||.||..|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  963  GCTCCTTGGTGTGGAAGGTACAACACTTAGGGAAGCCCTGACCCACAGGAAGATCATCGCCAAGGGGGAAGAGC  1036

Query  989  TCCTGAGCCCGCTGAACCTGGAGCAGGCCGCGTACGCACGAGACGCCCTCGCCAAGGCTGTGTACAGCCGCACT  1062
            ||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.|||.|.||.||.||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1037  TCCTGAGCCCACTGAACCTTGAACAGGCGGCATATGCAAGGGATGCGCTTGCCAAGGCTGTGTACAGCCGGACA  1110

Query 1063  TTTACCTGGCTCGTCGGGAAGATCAACAGGTCGCTGGCCTCCAAGGACGTGGAGAGCCCCAGCTGGCGGAGCAC  1136
            ||.||||||||.|||.|.||||||||.|||||.||||||||.|||||||..|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1111  TTCACCTGGCTGGTCAGAAAGATCAATAGGTCACTGGCCTCTAAGGACGCTGAGAGCCCCAGCTGGCGAAGCAC  1184

Query 1137  CACGGTTCTCGGGCTCCTGGATATTTATGGCTTTGAAGTGTTTCAGCATAACAGCTTTGAGCAGTTCTGCATCA  1210
            |||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1185  CACGGTTCTTGGGCTCCTGGACATTTACGGCTTTGAAGTGTTTCAGCATAACAGCTTCGAGCAGTTCTGCATCA  1258

Query 1211  ATTACTGCAACGAGAAGCTGCAGCAGCTCTTCATCGAGCTCACGCTCAAGTCGGAGCAGGAGGAGTACGAGGCA  1284
            |.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 1259  ACTACTGCAATGAGAAGCTGCAGCAGCTCTTCATCGAGCTGACTCTCAAGTCGGAGCAGGAGGAATACGAGGCT  1332

Query 1285  GAGGGCATCGCGTGGGAGCCCGTCCAGTATTTCAACAACAAAATCATCTGTGATCTGGTGGAGGAGAAGTTTAA  1358
            |||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||
Sbjct 1333  GAGGGCATCGCGTGGGAACCTGTCCAGTACTTCAACAACAAGATCATCTGTGACCTGGTAGAGGAGAAGTTCAA  1406

Query 1359  GGGCATCATCTCGATTTTGGATGAGGAGTGTCTGCGCCCCGGGGAGGCCACAGACCTGACCTTCCTGGAGAAGC  1432
            ||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||.
Sbjct 1407  GGGCATCATCTCCATCTTGGATGAAGAGTGCCTGCGTCCTGGGGAGGCCACGGACCTGACCTTTCTGGAGAAGT  1480

Query 1433  TGGAGGATACTGTCAAGCACCATCCACACTTCCTGACGCACAAGCTGGCTGACCAGCGGACCAGGAAATCTCTG  1506
            |||||||.||||||||||.|||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||..|||||||||||||||.
Sbjct 1481  TGGAGGACACTGTCAAGCCCCACCCTCACTTCCTGACGCACAAGCTCGCTGACCAGAAGACCAGGAAATCTCTA  1554

Query 1507  GGCCGAGGGGAATTCCGCCTTCTGCACTATGCGGGGGAGGTGACCTACAGCGTGACCGGGTTTCTGGACAAAAA  1580
            |.|||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1555  GACCGAGGGGAGTTCCGCCTTCTGCATTATGCTGGAGAGGTGACCTACAGTGTGACTGGGTTTCTGGATAAAAA  1628

Query 1581  CAATGACCTTCTCTTCCGGAACCTTAAGGAGACCATGTGTAGCTCAAAGAATCCCATTATGAGCCAGTGCTTTG  1654
            |||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||.|||.|||||.|||..|||||||||||
Sbjct 1629  CAATGACCTCCTCTTCCGGAACCTGAAGGAGACCATGTGCAGCTCAATGAACCCCATCATGGCCCAGTGCTTTG  1702

Query 1655  ACCGGAGCGAGCTCAGTGACAAGAAGCGGCCAGAGACGGTCGCCACCCAGTTCAAGATGAGCCTCCTGCAGCTG  1728
            ||..|||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1703  ACAAGAGTGAGCTCAGTGACAAGAAGCGGCCAGAGACGGTGGCCACCCAGTTCAAGATGAGCCTCCTGCAGCTC  1776

Query 1729  GTGGAGATCCTGCAGTCTAAGGAGCCCGCCTACGTCCGCTGCATCAAACCCAATGATGCCAAACAGCCCGGCCG  1802
            ||||||||||||..||||||||||||.|||||..||||.||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||.||
Sbjct 1777  GTGGAGATCCTGAGGTCTAAGGAGCCTGCCTATATCCGGTGCATCAAGCCAAACGACGCCAAGCAGCCGGGTCG  1850

Query 1803  CTTTGACGAGGTGCTGATCCGCCACCAGGTGAAGTACCTGGGGCTGTTGGAAAACCTGCGCGTGCGCAGAGCCG  1876
            ||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||.||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1851  CTTTGATGAGGTGCTCATCCGACATCAGGTGAAGTACCTGGGACTGATGGAGAATCTGCGCGTGCGCAGAGCTG  1924

Query 1877  GCTTTGCCTATCGCCGCAAATACGAAGCTTTCCTGCAAAGGTACAAGTCACTGTGCCCAGAGACGTGGCCCACG  1950
            |||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||.|
Sbjct 1925  GCTTTGCCTATCGTCGCAAATATGAGGCTTTCCTGCAGAGGTACAAGTCACTGTGCCCAGAGACATGGCCCATG  1998

Query 1951  TGGGCAGGACGGCCGCAGGATGGGGTGGCTGTGCTGGTCCGACACCTGGGCTACAAGCCAGAAGAGTACAAGAT  2024
            ||||||||||||||.||||||||.|||||.|||.|||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1999  TGGGCAGGACGGCCCCAGGATGGTGTGGCCGTGTTGGTCAGACACCTCGGCTACAAGCCAGAAGAGTACAAAAT  2072

Query 2025  GGGCAGGACCAAGATCTTCATCCGCTTCCCCAAGACCCTGTTTGCCACAGAGGATGCCCTGGAGGTCCGGCGGC  2098
            |||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||.||||||||||||||||..|||||||.||||||||||
Sbjct 2073  GGGCAGGACTAAGATCTTCATCCGATTTCCCAAGACCTTGTTTGCCACAGAGGACTCCCTGGAAGTCCGGCGGC  2146

Query 2099  AGAGCCTGGCCACAAAGATCCAAGCTGCCTGGAGGGGCTTTCACTGGCGGCAGAAATTCCTCCGGGTGAAGAGA  2172
            ||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||.||
Sbjct 2147  AGAGTCTAGCCACCAAGATCCAGGCGGCCTGGAGGGGCTTTCATTGGCGACAGAAATTTCTCCGGGTGAAGCGA  2220

Query 2173  TCAGCCATCTGCATCCAGTCGTGGTGGCGTGGAACACTGGGCCGGAGGAAGGCAGCCAAGAGGAAGTGGGCGGC  2246
            |||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2221  TCAGCCATCTGTATCCAGTCATGGTGGCGTGGCACACTGGGCCGGAGGAAGGCAGCCAAGAGGAAGTGGGCAGC  2294

Query 2247  ACAGACCATCCGGCGGCTCATCCGAGGCTTCATCCTGCGCCACGCCCCCCGCTGCCCCGAGAACGCCTTCTTCC  2320
            .|||||||||||.||.||||||||.||||||||..|||||||..|.|||||.|||||.|||||.|||||||||.
Sbjct 2295  CCAGACCATCCGTCGACTCATCCGTGGCTTCATTTTGCGCCATTCACCCCGGTGCCCTGAGAATGCCTTCTTCT  2368

Query 2321  TGGACCATGTGCGCACCTCTTTTTTGCTAAACCTGAGGCGGCAGCTGCCCCGGAATGTCCTGGACACCTCGTGG  2394
            |||||||.||||||.||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 2369  TGGACCACGTGCGCGCCTCATTTTTGCTTAACCTGAGGCGGCAACTGCCCCGGAATGTTCTGGACACCTCCTGG  2442

Query 2395  CCCACGCCCCCACCTGCCCTGCGTGAGGCCTCAGAGCTTCTGCGGGAGTTGTGCATAAAGAACATGGTGTGGAA  2468
            |||||.|||||||||||||||.|.|||||||||||.||.||.|||||..|||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2443  CCCACACCCCCACCTGCCCTGAGAGAGGCCTCAGAACTGCTACGGGAACTGTGCATGAAGAACATGGTGTGGAA  2516

Query 2469  ATACTGCCGGAGTATCAGCCCTGAGTGGAAGCAGCAGCTGCAGCAGAAGGCCGTGGCTAGTGAGATCTTCAAGG  2542
            .|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2517  GTACTGCCGGAGCATCAGCCCTGAGTGGAAGCAGCAGCTGCAGCAAAAGGCGGTGGCTAGTGAAATTTTCAAGG  2590

Query 2543  GCAAGAAGGATAATTACCCTCAGAGTGTACCCAGGCTCTTCATCAGCACTCGGCTTGGTACAGATGAGATCAGC  2616
            ||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 2591  GCAAGAAGGACAACTACCCCCAGAGTGTCCCCAGACTCTTCATTAGCACACGGCTTGGCACAGAGGAGATCAGC  2664

Query 2617  CCCCGAGTGCTGCAGGCCTTGGGCTCTGAGCCCATTCAGTATGCGGTGCCTGTTGTGAAATACGACCGCAAGGG  2690
            |||.|||||||.||..|||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct 2665  CCCAGAGTGCTTCAATCCTTGGGCTCTGAACCCATCCAGTATGCCGTGCCCGTGGTAAAATACGACCGTAAGGG  2738

Query 2691  CTACAAGCCTCGCTCCCGGCAGCTGCTGCTCACGCCCAACGCCGTCGTCATCGTGGAGGACGCCAAAGTCAAGC  2764
            .||||||||||||.||||||||||||||||||||||||..||.||.|||||.||||||||.||.||||||||||
Sbjct 2739  TTACAAGCCTCGCCCCCGGCAGCTGCTGCTCACGCCCAGTGCTGTGGTCATTGTGGAGGATGCTAAAGTCAAGC  2812

Query 2765  AGAGGATTGATTACGCCAACCTGACCGGAATCTCTGTCAGCAGCCTGAGCGACAGTCTTTTTGTGCTTCATGTA  2838
            ||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.||.
Sbjct 2813  AGAGAATTGATTATGCCAACCTAACCGGAATCTCTGTCAGTAGCCTGAGTGATAGCCTATTTGTGCTTCACGTG  2886

Query 2839  CAGCGTGCGGACAATAAGCAAAAGGGAGATGTGGTGCTGCAGAGTGACCACGTGATTGAGACGCTGACCAAGAC  2912
            |||||||..|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||.||||||||
Sbjct 2887  CAGCGTGAAGACAACAAGCAGAAGGGAGATGTGGTGCTGCAGAGTGATCATGTGATCGAGACACTAACCAAGAC  2960

Query 2913  AGCCCTCAGTGCCAACCGCGTGAACAGCATCAACATCAACCAGGGCAGCATCACGTTTGCAGGGGGCCCCGGCA  2986
            .|||||||||||..||||||||||||..|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||
Sbjct 2961  GGCCCTCAGTGCTGACCGCGTGAACAATATCAACATCAACCAGGGCAGCATAACGTTTGCAGGGGGTCCAGGCA  3034

Query 2987  GGGATGGCACCATTGACTTCACACCCGGCTCGGAGCTGCTCATCACCAAGGCCAAGAACGGGCACCTGGCTGTG  3060
            ||||.||||.|||||||||||||.|.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||
Sbjct 3035  GGGACGGCATCATTGACTTCACATCGGGCTCAGAGCTTCTCATCACCAAGGCTAAGAATGGCCACCTGGCTGTG  3108

Query 3061  GTCGCCCCACGGCTGAATTCTCGG  3084
            ||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  GTGGCCCCACGGCTGAATTCTCGG  3132