Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06611
• Subject: NM_001080779.2
• Aligned Length: 3189
• Identities: 3082
• Gaps: 105

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCGCTGCAAGTGGAGCTGGTACCCACCGGGGAGATCATCCGCGTGGTTCATCCCCACAGGCCCTGCAAGCT  74

Query    1  -------------------------------ATGGAGAGTGCGCTCACCGCCCGTGACCGGGTGGGGGTGCAGG  43
                                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGCCCTGGGCAGTGACGGGGTTCGGGTGACCATGGAGAGTGCGCTCACCGCCCGTGACCGGGTGGGGGTGCAGG  148

Query   44  ATTTCGTGCTGCTGGAGAACTTCACCAGCGAGGCCGCCTTCATCGAGAACCTGCGGCGGCGATTTCGGGAGAAT  117
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATTTCGTGCTGCTGGAGAACTTCACCAGCGAGGCCGCCTTCATCGAGAACCTGCGGCGGCGATTTCGGGAGAAT  222

Query  118  CTCATCTACACCTACATTGGCCCCGTCCTGGTCTCTGTCAATCCCTACCGGGACCTGCAGATCTACAGCCGGCA  191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTCATCTACACCTACATTGGCCCCGTCCTGGTCTCTGTCAATCCCTACCGGGACCTGCAGATCTACAGCCGGCA  296

Query  192  GCATATGGAGCGTTACCGTGGCGTCAGCTTCTATGAAGTGCCCCCTCACCTGTTTGCCGTGGCGGACACTGTGT  265
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCATATGGAGCGTTACCGTGGCGTCAGCTTCTATGAAGTGCCCCCTCACCTGTTTGCCGTGGCGGACACTGTGT  370

Query  266  ACCGAGCACTGCGCACGGAGCGTCGGGACCAGGCTGTGATGATCTCTGGGGAGAGCGGGGCAGGCAAGACCGAG  339
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACCGAGCACTGCGCACGGAGCGTCGGGACCAGGCTGTGATGATCTCTGGGGAGAGCGGGGCAGGCAAGACCGAG  444

Query  340  GCCACCAAGAGGCTGCTGCAGTTCTATGCAGAGACCTGCCCAGCCCCCGAGCGCGGAGGTGCCGTGCGGGACCG  413
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCACCAAGAGGCTGCTGCAGTTCTATGCAGAGACCTGCCCAGCCCCCGAGCGCGGAGGTGCCGTGCGGGACCG  518

Query  414  GCTGCTACAGAGCAACCCGGTGCTGGAGGCCTTTGGAAATGCCAAGACCCTCCGGAACGATAACTCCAGCAGGT  487
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCTGCTACAGAGCAACCCGGTGCTGGAGGCCTTTGGAAATGCCAAGACCCTCCGGAACGATAACTCCAGCAGGT  592

Query  488  TCGGGAAGTACATGGATGTGCAGTTTGACTTCAAGGGTGCCCCCGTGGGTGGCCACATCCTCAGTTACCTCCTG  561
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCGGGAAGTACATGGATGTGCAGTTTGACTTCAAGGGTGCCCCCGTGGGTGGCCACATCCTCAGTTACCTCCTG  666

Query  562  GAAAAGTCACGAGTGGTGCACCAGAATCATGGGGAGCGGAACTTCCACATCTTCTACCAGCTGCTGGAGGGGGG  635
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAAAAGTCACGAGTGGTGCACCAGAATCATGGGGAGCGGAACTTCCACATCTTCTACCAGCTGCTGGAGGGGGG  740

Query  636  CGAGGAGGAGACTCTTCGCAGGCTGGGCTTGGAACGGAACCCCCAGAGCTACCTGTACCTGGTGAAGGGCCAGT  709
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CGAGGAGGAGACTCTTCGCAGGCTGGGCTTGGAACGGAACCCCCAGAGCTACCTGTACCTGGTGAAGGGCCAGT  814

Query  710  GTGCCAAAGTCTCCTCCATCAACGACAAGAGTGACTGGAAGGTCGTCAGGAAGGCTCTGACAGTCATTGATTTC  783
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGCCAAAGTCTCCTCCATCAACGACAAGAGTGACTGGAAGGTCGTCAGGAAGGCTCTGACAGTCATTGATTTC  888

Query  784  ACCGAGGATGAAGTGGAGGACCTGCTGAGCATCGTGGCCAGCGTCCTTCATTTGGGCAACATCCACTTTGCTGC  857
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACCGAGGATGAAGTGGAGGACCTGCTGAGCATCGTGGCCAGCGTCCTTCATTTGGGCAACATCCACTTTGCTGC  962

Query  858  CAACGAGGAGAGCAATGCCCAGGTCACCACCGAGAACCAGCTCAAGTATCTGACCAGGCTCCTCAGCGTGGAAG  931
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAACGAGGAGAGCAATGCCCAGGTCACCACCGAGAACCAGCTCAAGTATCTGACCAGGCTCCTCAGCGTGGAAG  1036

Query  932  GCTCGACGCTGCGAGAAGCCCTGACACACAGGAAGATCATCGCCAAGGGGGAGGAGCTCCTGAGCCCGCTGAAC  1005
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCTCGACGCTGCGAGAAGCCCTGACACACAGGAAGATCATCGCCAAGGGGGAGGAGCTCCTGAGCCCGCTGAAC  1110

Query 1006  CTGGAGCAGGCCGCGTACGCACGAGACGCCCTCGCCAAGGCTGTGTACAGCCGCACTTTTACCTGGCTCGTCGG  1079
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTGGAGCAGGCCGCGTACGCACGAGACGCCCTCGCCAAGGCTGTGTACAGCCGCACTTTTACCTGGCTCGTCGG  1184

Query 1080  GAAGATCAACAGGTCGCTGGCCTCCAAGGACGTGGAGAGCCCCAGCTGGCGGAGCACCACGGTTCTCGGGCTCC  1153
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAAGATCAACAGGTCGCTGGCCTCCAAGGACGTGGAGAGCCCCAGCTGGCGGAGCACCACGGTTCTCGGGCTCC  1258

Query 1154  TGGATATTTATGGCTTTGAAGTGTTTCAGCATAACAGCTTTGAGCAGTTCTGCATCAATTACTGCAACGAGAAG  1227
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGGATATTTATGGCTTTGAAGTGTTTCAGCATAACAGCTTTGAGCAGTTCTGCATCAATTACTGCAACGAGAAG  1332

Query 1228  CTGCAGCAGCTCTTCATCGAGCTCACGCTCAAGTCGGAGCAGGAGGAGTACGAGGCAGAGGGCATCGCGTGGGA  1301
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGCAGCAGCTCTTCATCGAGCTCACGCTCAAGTCGGAGCAGGAGGAGTACGAGGCAGAGGGCATCGCGTGGGA  1406

Query 1302  GCCCGTCCAGTATTTCAACAACAAAATCATCTGTGATCTGGTGGAGGAGAAGTTTAAGGGCATCATCTCGATTT  1375
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCCGTCCAGTATTTCAACAACAAAATCATCTGTGATCTGGTGGAGGAGAAGTTTAAGGGCATCATCTCGATTT  1480

Query 1376  TGGATGAGGAGTGTCTGCGCCCCGGGGAGGCCACAGACCTGACCTTCCTGGAGAAGCTGGAGGATACTGTCAAG  1449
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGATGAGGAGTGTCTGCGCCCCGGGGAGGCCACAGACCTGACCTTCCTGGAGAAGCTGGAGGATACTGTCAAG  1554

Query 1450  CACCATCCACACTTCCTGACGCACAAGCTGGCTGACCAGCGGACCAGGAAATCTCTGGGCCGAGGGGAATTCCG  1523
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CACCATCCACACTTCCTGACGCACAAGCTGGCTGACCAGCGGACCAGGAAATCTCTGGGCCGAGGGGAATTCCG  1628

Query 1524  CCTTCTGCACTATGCGGGGGAGGTGACCTACAGCGTGACCGGGTTTCTGGACAAAAACAATGACCTTCTCTTCC  1597
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCTTCTGCACTATGCGGGGGAGGTGACCTACAGCGTGACCGGGTTTCTGGACAAAAACAATGACCTTCTCTTCC  1702

Query 1598  GGAACCTTAAGGAGACCATGTGTAGCTCAAAGAATCCCATTATGAGCCAGTGCTTTGACCGGAGCGAGCTCAGT  1671
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GGAACCTTAAGGAGACCATGTGTAGCTCAAAGAATCCCATTATGAGCCAGTGCTTTGACCGGAGCGAGCTCAGT  1776

Query 1672  GACAAGAAGCGGCCAGAGACGGTCGCCACCCAGTTCAAGATGAGCCTCCTGCAGCTGGTGGAGATCCTGCAGTC  1745
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GACAAGAAGCGGCCAGAGACGGTCGCCACCCAGTTCAAGATGAGCCTCCTGCAGCTGGTGGAGATCCTGCAGTC  1850

Query 1746  TAAGGAGCCCGCCTACGTCCGCTGCATCAAACCCAATGATGCCAAACAGCCCGGCCGCTTTGACGAGGTGCTGA  1819
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TAAGGAGCCCGCCTACGTCCGCTGCATCAAACCCAATGATGCCAAACAGCCCGGCCGCTTTGACGAGGTGCTGA  1924

Query 1820  TCCGCCACCAGGTGAAGTACCTGGGGCTGTTGGAAAACCTGCGCGTGCGCAGAGCCGGCTTTGCCTATCGCCGC  1893
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TCCGCCACCAGGTGAAGTACCTGGGGCTGTTGGAAAACCTGCGCGTGCGCAGAGCCGGCTTTGCCTATCGCCGC  1998

Query 1894  AAATACGAAGCTTTCCTGCAAAGGTACAAGTCACTGTGCCCAGAGACGTGGCCCACGTGGGCAGGACGGCCGCA  1967
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AAATACGAAGCTTTCCTGCAAAGGTACAAGTCACTGTGCCCAGAGACGTGGCCCACGTGGGCAGGACGGCCGCA  2072

Query 1968  GGATGGGGTGGCTGTGCTGGTCCGACACCTGGGCTACAAGCCAGAAGAGTACAAGATGGGCAGGACCAAGATCT  2041
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GGATGGGGTGGCTGTGCTGGTCCGACACCTGGGCTACAAGCCAGAAGAGTACAAGATGGGCAGGACCAAGATCT  2146

Query 2042  TCATCCGCTTCCCCAAGACCCTGTTTGCCACAGAGGATGCCCTGGAGGTCCGGCGGCAGAGCCTGGCCACAAAG  2115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TCATCCGCTTCCCCAAGACCCTGTTTGCCACAGAGGATGCCCTGGAGGTCCGGCGGCAGAGCCTGGCCACAAAG  2220

Query 2116  ATCCAAGCTGCCTGGAGGGGCTTTCACTGGCGGCAGAAATTCCTCCGGGTGAAGAGATCAGCCATCTGCATCCA  2189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATCCAAGCTGCCTGGAGGGGCTTTCACTGGCGGCAGAAATTCCTCCGGGTGAAGAGATCAGCCATCTGCATCCA  2294

Query 2190  GTCGTGGTGGCGTGGAACACTGGGCCGGAGGAAGGCAGCCAAGAGGAAGTGGGCGGCACAGACCATCCGGCGGC  2263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GTCGTGGTGGCGTGGAACACTGGGCCGGAGGAAGGCAGCCAAGAGGAAGTGGGCGGCACAGACCATCCGGCGGC  2368

Query 2264  TCATCCGAGGCTTCATCCTGCGCCACGCCCCCCGCTGCCCCGAGAACGCCTTCTTCCTGGACCATGTGCGCACC  2337
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TCATCCGAGGCTTCGTCCTGCGCCACGCCCCCCGCTGCCCCGAGAACGCCTTCTTCCTGGACCATGTGCGCACC  2442

Query 2338  TCTTTTTTGCTAAACCTGAGGCGGCAGCTGCCCCGGAATGTCCTGGACACCTCGTGGCCCACGCCCCCACCTGC  2411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCTTTTTTGCTAAACCTGAGGCGGCAGCTGCCCCAGAATGTCCTGGACACCTCGTGGCCCACGCCCCCACCTGC  2516

Query 2412  CCTGCGTGAGGCCTCAGAGCTTCTGCGGGAGTTGTGCATAAAGAACATGGTGTGGAAATACTGCCGGAGTATCA  2485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CCTGCGTGAGGCCTCAGAGCTTCTGCGGGAGTTGTGCATAAAGAACATGGTGTGGAAATACTGCCGGAGTATCA  2590

Query 2486  GCCCTGAGTGGAAGCAGCAGCTGCAGCAGAAGGCCGTGGCTAGTGAGATCTTCAAGGGCAAGAAGGATAATTAC  2559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GCCCTGAGTGGAAGCAGCAGCTGCAGCAGAAGGCCGTGGCTAGTGAGATCTTCAAGGGCAAGAAGGATAATTAC  2664

Query 2560  CCTCAGAGTGTACCCAGGCTCTTCATCAGCACTCGGCTTGGTACAGATGAGATCAGCCCCCGAGTGCTGCAGGC  2633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CCTCAGAGTGTACCCAGGCTCTTCATCAGCACTCGGCTTGGTACAGATGAGATCAGCCCCCGAGTGCTGCAGGC  2738

Query 2634  CTTGGGCTCTGAGCCCATTCAGTATGCGGTGCCTGTTGTGAAATACGACCGCAAGGGCTACAAGCCTCGCTCCC  2707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  CTTGGGCTCTGAGCCCATTCAGTATGCGGTGCCTGTTGTGAAATACGACCGCAAGGGCTACAAGCCTCGCTCCC  2812

Query 2708  GGCAGCTGCTGCTCACGCCCAACGCCGTCGTCATCGTGGAGGACGCCAAAGTCAAGCAGAGGATTGATTACGCC  2781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  GGCAGCTGCTGCTCACGCCCAACGCCGTCGTCATCGTGGAGGACGCCAAAGTCAAGCAGAGGATTGATTACGCC  2886

Query 2782  AACCTGACCGGAATCTCTGTCAGCAGCCTGAGCGACAGTCTTTTTGTGCTTCATGTACAGCGTGCGGACAATAA  2855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AACCTGACCGGAATCTCTGTCAGCAGCCTGAGCGACAGTCTTTTTGTGCTTCATGTACAGCGTGCGGACAATAA  2960

Query 2856  GCAAAAGGGAGATGTGGTGCTGCAGAGTGACCACGTGATTGAGACGCTGACCAAGACAGCCCTCAGTGCCAACC  2929
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GCAAAAGGGAGATGTGGTGCTGCAGAGTGACCACGTGATTGAGACGCTGACCAAGACAGCCCTCAGTGCCAACC  3034

Query 2930  GCGTGAACAGCATCAACATCAACCAGGGCAGCATCACGTTTGCAGGGGGCCCCGGCAGGGATGGCACCATTGAC  3003
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GCGTGAACAGCATCAACATCAACCAGGGCAGCATCACGTTTGCAGGGGGCCCCGGCAGGGATGGCACCATTGAC  3108

Query 3004  TTCACACCCGGCTCGGAGCTGCTCATCACCAAGGCCAAGAACGGGCACCTGGCTGTGGTCGCCCCACGGCTGAA  3077
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TTCACACCCGGCTCGGAGCTGCTCATCACCAAGGCCAAGAACGGGCACCTGGCTGTGGTCGCCCCACGGCTGAA  3182

Query 3078  TTCTCGG  3084
            |||||||
Sbjct 3183  TTCTCGG  3189