Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_06649
- Subject:
- NM_001164412.1
- Aligned Length:
- 1938
- Identities:
- 1590
- Gaps:
- 243
Alignment
Query 1 ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA 74
||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1 ATGTCTCGCAGTCCTGATGCAAAGGAAGACCCTGTGGAATGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAAATAGATGA 74
Query 75 TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA 148
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 75 TATTAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATATGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAGA 148
Query 149 ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG 222
|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 149 ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAACCATATCCAGAAGATCCAGCAGTTTACAAACCACTTTCCCAGGAAGAA 222
Query 223 CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA 296
.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||
Sbjct 223 TTACAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAAAGAAAACAGAAAATCTCAGAAAATAGAAAACA 296
Query 297 TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG 370
||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||.|.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 297 TTTGGCTAGTGTACGTGTTGTACAAAAAAACCTTGTGTTTGTTGTAGGTCTGTCACAGCGCCTAGCAGACCCAG 370
Query 371 AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA 444
|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 371 AAGTTTTAAAACGACCAGAGTATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCC 444
Query 445 TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT 518
||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 445 TATGCAGGCTCACAGGGTCCGAGTGCCAGTGCTTATGTAACGTATATCCGGTCAGAAGATGCTCTCAGAGCAAT 518
Query 519 ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT 592
|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||.|||||||||||||.||||||||||
Sbjct 519 ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGGACACTAAAGGCATCTTTAGGTACAACAAAGTACTGCAGTT 592
Query 593 ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC 666
|.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 593 ATTTCTTAAAGAACATGCAGTGCCCAAAGCCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGAGATGAGGCAGCCAGC 666
Query 667 TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT 740
|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 667 TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAGCACCAAGAATATGAACAGAAGCTCCTCCAAGAATTATATAAATT 740
Query 741 AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAGCC 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|.||.||||
Sbjct 741 AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAGAATAAGAACAAAGTGACACCATTACAAAGCC 814
Query 815 CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAACAGTGATACG 888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 815 CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAATGGTGATAATTCCCAACAGATATCTAACAGTGATACG 888
Query 889 CCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCACGGTC 962
||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||..||||
Sbjct 889 CCTTCACCACCACCTGGTTTATCAAAATCCAACCCTGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCGAGGTC 962
Query 963 CCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACATTTTTCGCCATCCCAACCCTATCCCAA 1036
.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct 963 TCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCATTATTCTCAGACAATTTTCGCCACCCCAACCCTATACCAA 1036
Query 1037 GTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCACAGAGCCTC 1110
||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.|||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037 GTGGGCTTCCTCCTTTTCCCAGCTCTCCACAGACACCCAGTGATTGGCCTACAGCTCCAGAACCACAGAGCCTC 1110
Query 1111 TTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTCTTCTAAACA 1184
|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TTCACATCAGAAACAATCCCAGTTTCATCATCTACAGACTGGCAAGCAGCATTCGGCTTTGGTTCTTCTAAACA 1184
Query 1185 ACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC 1258
||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ACCAGAGGATGACTTGGGGTTTGACCCCTTTGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC 1258
Query 1259 TGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACAACCGCCAAA 1332
|.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1259 TATCCGTCCAAGATCAACCTTCCCTTTCCCCCACATCTCTTCAGAACGCCTCCTCACACACTACGACCGCCAAA 1332
Query 1333 GGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT 1406
||.||||||||||||||||||||..||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GGGCCAGGCTCTGGATTCCTGCACTCTGCTGCACCTACAAATGCCAACTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT 1406
Query 1407 GCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC 1480
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GCCACAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCAGTTTATAATTCGTTCGGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC 1480
Query 1481 GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT 1554
Query 1555 AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAGG--------- 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||
Sbjct 1555 AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCCATAGCAGGTATTCCAGC 1628
Query 1620 -------GGAA-----------------GAAGAGGTGAAGGTTTCGACCATGC----CACTGTC---AACCTCT 1662
|||| .|||| ||||.||.| |||||.| ||
Sbjct 1629 ATCTTCAGGAAACACTTTAGACTCTATTCAAGA-----------CGACAATCCTCCACACTGGCTAAAA----- 1686
Query 1663 TCCCATTCA-----TTACA-ACAAGGAC--------AGCAGCCT----ACAAGTCTCCACACTACTGTGGCC-- 1716
|||| |.|| |.||| |.|.|||| .||.|||| |||| ||.||..||.|.|.||
Sbjct 1687 TCCC-TACAGGCCCTCACAGAGATGGACGGCCCCAGCGCTGCCTCGTCACAA----CCCCATCACAGCGCCCCC 1755
Query 1717 -------------------------------------------------------------------------- 1716
Sbjct 1756 TTCAGCACACAGATCCCTCTGCACAGAGCCAGTTGGAACCCCTACCCACCTCCTTCAAATCCCTCCAGCTTCCA 1829
Query 1717 -------------------------------------------------------------------------- 1716
Sbjct 1830 CTCTCCACCCCCAGGCTTCCAGACAGCCTTCAGACCCCCCAGCAAAACCCCCACAGATCTGCTACAGAGTTCCA 1903
Query 1717 -------------- 1716
Sbjct 1904 CACTGGACCGCCAC 1917