Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06649
• Subject: NM_001164413.1
• Aligned Length: 2138
• Identities: 1596
• Gaps: 430

Alignment

Query    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA  74
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCAAAGGAAGACCCTGTGGAATGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAAATAGATGA  74

Query   75  TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA  148
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct   75  TATTAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATATGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAGA  148

Query  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG  222
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAACCATATCCAGAAGATCCAGCAGTTTACAAACCACTTTCCCAGGAAGAA  222

Query  223  CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA  296
            .|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||
Sbjct  223  TTACAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAAAGAAAACAGAAAATCTCAGAAAATAGAAAACA  296

Query  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG  370
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||.|.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTTGTACAAAAAAACCTTGTGTTTGTTGTAGGTCTGTCACAGCGCCTAGCAGACCCAG  370

Query  371  AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA  444
            |.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  371  AAGTTTTAAAACGACCAGAGTATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCC  444

Query  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT  518
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCGAGTGCCAGTGCTTATGTAACGTATATCCGGTCAGAAGATGCTCTCAGAGCAAT  518

Query  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||.|||||||||||||.||||||||||
Sbjct  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGGACACTAAAGGCATCTTTAGGTACAACAAAGTACTGCAGTT  592

Query  593  ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC  666
            |.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct  593  ATTTCTTAAAGAACATGCAGTGCCCAAAGCCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGAGATGAGGCAGCCAGC  666

Query  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT  740
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAGCACCAAGAATATGAACAGAAGCTCCTCCAAGAATTATATAAATT  740

Query  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|.||.||||
Sbjct  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAGAATAAGAACAAAGTGACACCATTACAAAGCC  814

Query  815  CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAACAGTGATACG  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAATGGTGATAATTCCCAACAGATATCTAACAGTGATACG  888

Query  889  CCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCACGGTC  962
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||..||||
Sbjct  889  CCTTCACCACCACCTGGTTTATCAAAATCCAACCCTGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCGAGGTC  962

Query  963  CCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACATTTTTCGCCATCCCAACCCTATCCCAA  1036
            .||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  963  TCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCATTATTCTCAGACAATTTTCGCCACCCCAACCCTATACCAA  1036

Query 1037  GTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCACAGAGCCTC  1110
            ||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.|||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGGGCTTCCTCCTTTTCCCAGCTCTCCACAGACACCCAGTGATTGGCCTACAGCTCCAGAACCACAGAGCCTC  1110

Query 1111  TTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTCTTCTAAACA  1184
            |||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCACATCAGAAACAATCCCAGTTTCATCATCTACAGACTGGCAAGCAGCATTCGGCTTTGGTTCTTCTAAACA  1184

Query 1185  ACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC  1258
            ||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACCAGAGGATGACTTGGGGTTTGACCCCTTTGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC  1258

Query 1259  TGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACAACCGCCAAA  1332
            |.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1259  TATCCGTCCAAGATCAACCTTCCCTTTCCCCCACATCTCTTCAGAACGCCTCCTCACACACTACGACCGCCAAA  1332

Query 1333  GGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT  1406
            ||.||||||||||||||||||||..||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GGGCCAGGCTCTGGATTCCTGCACTCTGCTGCACCTACAAATGCCAACTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT  1406

Query 1407  GCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC  1480
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCACAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCAGTTTATAATTCGTTCGGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC  1480

Query 1481  GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT  1554

Query 1555  AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAGGGGAAGAAGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||| |..||.||.|
Sbjct 1555  AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCCATAGCA-GACAACAACA  1627

Query 1629  GGT-----GAAGGTTT---------CGACCATGCCA-------CT---GTCAACCTCTTCCCATTCATT-ACAA  1677
            |.|     ||..||||         .||  |||.||       ||   |.| ||.|||.|||| .|||| |||.
Sbjct 1628  GTTCTGTAGAGAGTTTAAATATGAAGGA--ATGGCAGGACGGGCTAAGGGC-ACTTCTACCCA-ACATTAACAT  1697

Query 1678  CAA-------GGACAG-------------CAGCCTACAAGTCTCCACACTACTGTGGCC---------------  1716
            |||       ||||.|             |..|||.|||  |.||| ||.||.|||..|               
Sbjct 1698  CAACTTTGGTGGACTGCCCAATTCTTCTTCCCCCTCCAA--CGCCA-ACCACAGTGCACCAACGTCCAACACTG  1768

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1769  CCACCACGGACAGCGTGAGTTGGGACAGCCCTGGCAGCTGGACAGACCCAGCCATCATCACAGGTATTCCAGCA  1842

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1843  TCTTCAGGAAACACTTTAGACTCTATTCAAGACGACAATCCTCCACACTGGCTAAAATCCCTACAGGCCCTCAC  1916

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1917  AGAGATGGACGGCCCCAGCGCTGCCTCGTCACAACCCCATCACAGCGCCCCCTTCAGCACACAGATCCCTCTGC  1990

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1991  ACAGAGCCAGTTGGAACCCCTACCCACCTCCTTCAAATCCCTCCAGCTTCCACTCTCCACCCCCAGGCTTCCAG  2064

Query 1717  ------------------------------------------------------------------  1716
                                                                              
Sbjct 2065  ACAGCCTTCAGACCCCCCAGCAAAACCCCCACAGATCTGCTACAGAGTTCCACACTGGACCGCCAC  2130