Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06649
• Subject: NM_001190849.2
• Aligned Length: 2141
• Identities: 1684
• Gaps: 436

Alignment

Query    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA  74

Query   75  TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA  148

Query  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG  222

Query  223  CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA  296

Query  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG  370

Query  371  AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA  444

Query  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT  518

Query  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT  592

Query  593  ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC  666

Query  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT  740

Query  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAGCC  814

Query  815  CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAACAGTGATACG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAACAGTGATACG  888

Query  889  CCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCACGGTC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCACGGTC  962

Query  963  CCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACATTTTTCGCCATCCCAACCCTATCCCAA  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACAATTTTCGCCATCCCAACCCTATCCCAA  1036

Query 1037  GTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCACAGAGCCTC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCACAGAGCCTC  1110

Query 1111  TTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTCTTCTAAACA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTCTTCTAAACA  1184

Query 1185  ACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC  1258

Query 1259  TGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACAACCGCCAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACAACCGCCAAA  1332

Query 1333  GGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT  1406

Query 1407  GCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC  1480

Query 1481  GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT  1554

Query 1555  AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAGGGGAAGAAGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |.||.|
Sbjct 1555  AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAG----ACAACA  1624

Query 1629  G--GT------GAAGGTTT---------CGACCATGCCA-------CT---GTCAACCTCTTCCCATTCATT-A  1674
            |  ||      ||..||||         .||  |||.||       ||   |.| ||.|||.|||| .|||| |
Sbjct 1625  GCAGTTCTGTAGAGAGTTTAAATATGAAGGA--ATGGCAGGACGGGCTAAGGGC-ACTTCTACCCA-ACATTAA  1694

Query 1675  CAACAA-------GGACAG-------------CAGCCTACAAGTCTCCACACTACTGTGGCC------------  1716
            ||.|||       ||||.|             |..|||.|||  |.||| ||.||.|||..|            
Sbjct 1695  CATCAACTTTGGTGGACTGCCCAATTCTTCTTCCCCCTCCAA--CGCCA-ACCACAGTGCACCAACGTCCAACA  1765

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1766  CTGCCACCACCGACAGCCTGAGTTGGGACAGCCCTGGCAGCTGGACAGACCCAGCCATCATCACAGGTATTCCA  1839

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1840  GCGTCTTCAGGAAACAGTTTAGACTCTCTTCAAGATGACAATCCTCCACACTGGCTAAAATCCCTTCAGGCCCT  1913

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1914  CACAGAGATGGACGGCCCCAGCGCTGCTCCATCACAGACCCACCACAGCGCCCCCTTCAGCACACAGATCCCGC  1987

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1988  TGCACAGAGCCAGTTGGAATCCCTACCCTCCTCCTTCAAACCCTTCCAGCTTCCACTCCCCACCCCCAGGCTTT  2061

Query 1717  ---------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                 
Sbjct 2062  CAGACAGCCTTCAGACCCCCCAGCAAAACCCCCACAGATTTACTACAGAGTTCAACACTGGACCGCCAT  2130