Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06649
• Subject: NM_013316.4
• Aligned Length: 1928
• Identities: 1685
• Gaps: 223

Alignment

Query    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA  74

Query   75  TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA  148

Query  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG  222

Query  223  CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA  296

Query  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG  370

Query  371  AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA  444

Query  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT  518

Query  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT  592

Query  593  ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC  666

Query  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT  740

Query  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAGCC  814

Query  815  CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAACAGTGATACG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAACAGTGATACG  888

Query  889  CCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCACGGTC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAGTGCACGGTC  962

Query  963  CCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACATTTTTCGCCATCCCAACCCTATCCCAA  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACAATTTTCGCCATCCCAACCCTATCCCAA  1036

Query 1037  GTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCACAGAGCCTC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCACAGAGCCTC  1110

Query 1111  TTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTCTTCTAAACA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTCTTCTAAACA  1184

Query 1185  ACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTGAGAAGGAAC  1258

Query 1259  TGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACAACCGCCAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACAACCGCCAAA  1332

Query 1333  GGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTTTTCAGTCTT  1406

Query 1407  GCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCCAGGCAGCCC  1480

Query 1481  GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACCTCAAATAGT  1554

Query 1555  AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAGG---------  1619
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
Sbjct 1555  AATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAGGTATTCCAGC  1628

Query 1620  -------GGAAGAAG---AG------GTGAAGGTTTCGACCATGC----CACTGTC---AACCTCTTCCCATTC  1670
                   ||||..||   ||      .|.|||.|   |||.||.|    |||||.|   ||     |||| |||
Sbjct 1629  GTCTTCAGGAAACAGTTTAGACTCTCTTCAAGAT---GACAATCCTCCACACTGGCTAAAA-----TCCC-TTC  1693

Query 1671  A-----TTACA-ACAAGGACAG---CAGC----CTACAAGTCTC---CACACTACTGTGGCC------------  1716
            |     |.||| |.|.||||.|   ||||    ||.||  ||.|   |.|||.||.|.|.||            
Sbjct 1694  AGGCCCTCACAGAGATGGACGGCCCCAGCGCTGCTCCA--TCACAGACCCACCACAGCGCCCCCTTCAGCACAC  1765

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1766  AGATCCCGCTGCACAGAGCCAGTTGGAATCCCTACCCTCCTCCTTCAAACCCTTCCAGCTTCCACTCCCCACCC  1839

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1840  CCAGGCTTTCAGACAGCCTTCAGACCCCCCAGCAAAACCCCCACAGATTTACTACAGAGTTCAACACTGGACCG  1913

Query 1717  ----  1716
                
Sbjct 1914  CCAT  1917