Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06660
• Subject: NM_002530.4
• Aligned Length: 2489
• Identities: 1769
• Gaps: 667

Alignment

Query    1  ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTTGCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTTGCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTA  74

Query   75  TGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTGCAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTGCAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACG  148

Query  149  ATGGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGGGAACGCCAGTATCAACATCACG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGGGAACGCCAGTATCAACATCACG  222

Query  223  GACATCTCAAGGAATATCACTTCCATACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTGGACAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GACATCTCAAGGAATATCACTTCCATACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTGGACAT  296

Query  297  GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG  370

Query  371  CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG  444

Query  445  ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT  518

Query  519  CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC  592

Query  593  CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA  666

Query  667  GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG  740
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAGGGTGACAACGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG  740

Query  741  GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA  814

Query  815  ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT  888

Query  889  GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT  962

Query  963  CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA  1036

Query 1037  AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC  1110

Query 1111  TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT  1184

Query 1185  CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA  1258

Query 1259  CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC  1332

Query 1333  CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC  1406

Query 1407  TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC  1480

Query 1481  TGGATGCGGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT  1554
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGATGCCGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT  1554

Query 1555  CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACG--------------------------------------------  1584
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 1555  CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTATGTGCAGCACATTAAGAGGAGAGACATCGTGCTGAAGCGAGA  1628

Query 1585  --TGGGT--------CTTTTCAAA------------------------------------CATAGACAATCATG  1612
              |||||        ||||..|||                                    ||..||||| .|||
Sbjct 1629  ACTGGGTGAGGGAGCCTTTGGAAAGGTCTTCCTGGCCGAGTGCTACAACCTCAGCCCGACCAAGGACAA-GATG  1701

Query 1613  -----GGATATTAA--ACTTGAAGGA---------------------------CAATAGAGA-----------T  1641
                 ||.|.|.||  .|.|||||||                           |.|.||.||           |
Sbjct 1702  CTTGTGGCTGTGAAGGCCCTGAAGGATCCCACCCTGGCTGCCCGGAAGGATTTCCAGAGGGAGGCCGAGCTGCT  1775

Query 1642  CA------------------------TCTAGT--------------------------CCCATCAACTCA----  1661
            ||                        ||.|||                          |||.|||  |||    
Sbjct 1776  CACCAACCTGCAGCATGAGCACATTGTCAAGTTCTATGGAGTGTGCGGCGATGGGGACCCCCTCA--TCATGGT  1847

Query 1662  CTAT--ATATATGA-----GGA-ACCTGA--------------------GGTCCAGA-------------GTGG  1694
            ||.|  |||.||||     ||| ||||||                    ||.|||||             ||||
Sbjct 1848  CTTTGAATACATGAAGCATGGAGACCTGAATAAGTTCCTCAGGGCCCATGGGCCAGATGCAATGATCCTTGTGG  1921

Query 1695  --GG----------------AAGTGT---------CTTACCCAA--GGT-CACATGGTTTCAGAGAAAT-----  1733
              ||                |||.||         ||..|||||  |.| |||||  |..|||..|.||     
Sbjct 1922  ATGGACAGCCACGCCAGGCCAAGGGTGAGCTGGGGCTCTCCCAAATGCTCCACAT--TGCCAGTCAGATCGCCT  1993

Query 1734  ----TATGTTGAATCCAATAAGCCTTCCCGGACATT-----CCAAG-CCTCTTAACCATG--------------  1783
                ||||.||.|.|    ..||||.||.|.||.||     ||.|| |||....||||.|              
Sbjct 1994  CGGGTATGGTGTACC----TGGCCTCCCAGCACTTTGTGCACCGAGACCTGGCCACCAGGAACTGCCTGGTTGG  2063

Query 1784  ---GCATCT-------------------------ATGTTGAG-GATGT------CAATGTTTATTTCAGCAAAG  1822
               |.||||                         ||||..|| |||||      ||..|.|||||.|||    |
Sbjct 2064  AGCGAATCTGCTAGTGAAGATTGGGGACTTCGGCATGTCCAGAGATGTCTACAGCACGGATTATTACAG----G  2133

Query 1823  G---------ACGTCATGGCT-----TT----------------------------------------------  1836
            |         ||..||| |||     ||                                              
Sbjct 2134  GTGGGAGGACACACCAT-GCTCCCCATTCGCTGGATGCCTCCTGAAAGCATCATGTACCGGAAGTTCACTACAG  2206

Query 1837  --------------------------------------------------------------------------  1836
                                                                                      
Sbjct 2207  AGAGTGATGTATGGAGCTTCGGGGTGATCCTCTGGGAGATCTTCACCTATGGAAAGCAGCCATGGTTCCAACTC  2280

Query 1837  --------------------------------------------------------------------------  1836
                                                                                      
Sbjct 2281  TCAAACACGGAGGTCATTGAGTGCATTACCCAAGGTCGTGTTTTGGAGCGGCCCCGAGTCTGCCCCAAAGAGGT  2354

Query 1837  --------------------------------------------------------------------------  1836
                                                                                      
Sbjct 2355  GTACGATGTCATGCTGGGGTGCTGGCAGAGGGAACCACAGCAGCGGTTGAACATCAAGGAGATCTACAAAATCC  2428

Query 1837  -----------------------------------------------  1836
                                                           
Sbjct 2429  TCCATGCTTTGGGGAAGGCCACCCCAATCTACCTGGACATTCTTGGC  2475