Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_06693
Subject:
NM_001081377.2
Aligned Length:
3711
Identities:
3432
Gaps:
0

Alignment

Query    1  ATGGACCTGAGGGATTTTTACCTGTTGGCTGCTCTGATTGCCTGTTTAAGGCTGGATTCCGCAATAGCTCAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGACCTGAGGGATTTTTACCTGTTGGCTGCTCTGATTGCCTGTTTAAGGCTGGATTCCGCAATAGCTCAAGA  74

Query   75  ACTTATTTACACTATTAGAGAGGAATTGCCTGAAAATGTGCCCATAGGAAACATACCAAAGGATCTGAACATTT  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct   75  ACTTATTTACACTATTAGAGAGGAATTGCCTGAAAATGTGCCCATAGGAAATATACCAAAGGATCTGAATATTT  148

Query  149  CTCACATCAATGCTGCCACAGGGACCAGCGCCAGCCTTGTCTACAGACTGGTTTCTAAAGCTGGGGATGCCCCT  222
            |||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTCACATCAATGCTGCCACGGGGACCAGTGCCAGCCTTGTCTACAGACTGGTTTCAAAAGCTGGGGATGCCCCT  222

Query  223  TTGGTGAAAGTATCCAGCAGCACTGGGGAAATTTTCACAACCTCCAACAGAATAGACAGAGAAAAACTCTGTGC  296
            .|||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  223  CTGGTGAAAGTATCGAGTAGCACTGGGGAGATTTTCACAACCTCCAACAGAATAGACAGAGAGAAACTCTGTGC  296

Query  297  TGGCGCCTCATATGCTGAGGAGAATGAGTGTTTCTTTGAACTTGAGGTGGTGATCCTCCCCAATGATTTCTTCA  370
            |||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||||
Sbjct  297  TGGGGCTTCATACGCTGAGGAGAACGAGTGCTTCTTTGAACTTGAAGTAGTGATCCTCCCCAATGACTTTTTCA  370

Query  371  GGCTGATCAAAATAAAAATAATTGTCAAGGATACCAATGATAATGCCCCCATGTTTCCATCTCCTGTCATCAAT  444
            |||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  371  GGCTGATCAAAATCAAGATCATTGTCAAGGATACCAATGATAATGCCCCCATGTTTCCGTCTCCTGTCATCAAT  444

Query  445  ATTTCCATTCCAGAAAACACTTTGATCAACAGCCGCTTTCCAATTCCATCAGCAACAGATCCTGACACAGGCTT  518
            ||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct  445  ATTTCCATCCCAGAGAACACTTTGATCAACAGCCGCTTTCCAATCCCATCAGCCACAGACCCTGACACGGGCTT  518

Query  519  CAATGGTGTACAGCATTATGAATTGTTAAATGGGCAGAGTGTTTTTGGACTGGATATCGTGGAAACTCCAGAGG  592
            ||||||.|||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  519  CAATGGGGTACAGCATTATGAATTACTAAATGGACAGAGTGTTTTTGGACTGGATATCGTGGAAACTCCGGAGG  592

Query  593  GAGAGAAGTGGCCACAACTGATTGTTCAGCAAAACTTGGATAGAGAACAGAAAGATACCTATGTGATGAAAATC  666
            ||||.||||||||.|||.|||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAGAAAAGTGGCCGCAATTGATTGTTCAGCAGAACTTGGATAGAGAACAAAAAGATACCTATGTGATGAAAATC  666

Query  667  AAAGTAGAGGATGGAGGCACTCCACAGAAATCCAGTACGGCCATACTGCAGGTCACAGTAAGTGATGTAAATGA  740
            |||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  667  AAAGTGGAGGATGGGGGCACGCCACAGAAATCGAGCACAGCTATTCTCCAGGTCACAGTAAGTGATGTCAATGA  740

Query  741  CAACAGGCCAGTGTTTAAAGAGGGTCAAGTGGAGGTGCATATTCCAGAGAATGCTCCCGTAGGTACCTCTGTAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.|
Sbjct  741  CAACAGGCCAGTGTTTAAAGAGGGTCAAGTAGAAGTGCATATTCCAGAGAATGCTCCTGTGGGGACCTCTGTCA  814

Query  815  TTCAGCTCCATGCCACTGATGCAGATATAGGCAGTAATGCTGAAATCCGGTACATTTTTGGTGCCCAGGTCGCC  888
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTCAGCTCCATGCCACTGATGCAGACATAGGCAGTAATGCTGAAATCCGGTATATTTTTGGTGCCCAGGTCGCC  888

Query  889  CCTGCAACCAAAAGACTCTTTGCTTTAAATAATACTACTGGGCTGATTACAGTTCAGAGGTCCTTAGATAGAGA  962
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct  889  CCTGCAACCAAAAGACTCTTTGCTTTAAATAATACAACTGGGCTGATAACAGTTCAGAGGTCTTTAGATAGGGA  962

Query  963  GGAGACAGCCATTCACAAAGTGACAGTGCTGGCTAGTGACGGCAGCTCCACTCCTGCTCGAGCAACGGTTACCA  1036
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||.||.||||
Sbjct  963  AGAGACAGCCATTCACAAAGTGACAGTGCTGGCTAGTGACGGCAGCTCCACTCCTGCCAGAGCCACCGTGACCA  1036

Query 1037  TCAATGTCACCGATGTAAATGATAACCCTCCTAATATAGACCTCAGGTACATTATAAGTCCCATCAATGGCACC  1110
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1037  TCAATGTCACCGATGTAAATGATAACCCTCCAAACATAGACCTCAGGTACATTATAAGTCCCATCAATGGCACA  1110

Query 1111  GTGTATTTATCTGAGAAAGATCCTGTCAATACAAAGATTGCCCTAATTACAGTTTCAGATAAGGACACAGATGT  1184
            ||||||.|.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTGTATCTCTCTGAGAAAGACCCTGTCAATACAAAGATTGCCCTCATTACAGTTTCAGATAAGGACACAGATGT  1184

Query 1185  GAATGGCAAAGTGATCTGTTTTATTGAAAGAGAGGTCCCATTTCATTTGAAGGCGGTATATGACAACCAATATT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||.
Sbjct 1185  GAATGGCAAAGTGATCTGTTTTATTGAAAGAGAGGTCCCATTTCATTTGAAGGCAGTGTATGACAACCAGTATC  1258

Query 1259  TGTTAGAGACCTCTTCTTTGTTGGACTATGAGGGCACCAAAGAATTCAGCTTTAAAATTGTTGCCTCTGATTCT  1332
            ||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 1259  TGCTAGAGACCTCTTCTCTGCTGGACTATGAGGGCACCAAAGAATTCAGCTTTAAAATCGTTGCCTCTGATTCG  1332

Query 1333  GGGAAGCCCAGTTTAAATCAGACTGCCCTGGTAAGGGTTAAGCTTGAGGATGAAAATGACAACCCACCAATTTT  1406
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GGGAAGCCCAGTTTGAATCAGACTGCCCTGGTAAGGGTTAAGCTCGAGGATGAAAATGACAACCCACCAATTTT  1406

Query 1407  CAACCAGCCTGTAATTGAGCTGTCAGTTTCTGAAAACAACCGACGTGGGTTATACTTAACAACTATTAGTGCCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1407  CAACCAGCCTGTAATTGAGCTGTCAGTTTCTGAAAACAACCGACGTGGGTTATACTTAACAACTATTAGTGCTA  1480

Query 1481  CAGATGAAGACAGTGGGAAAAATGCAGACATTGTTTATCAGCTTGGACCTAATGCCTCCTTCTTTGATCTGGAC  1554
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAGATGAAGACAGTGGAAAAAATGCAGACATTGTTTATCAGCTTGGACCGAATGCCTCCTTCTTTGATCTGGAC  1554

Query 1555  CGAAAAACAGGAGTTTTGACAGCCTCCAGAGTATTTGACAGAGAAGAACAAGAACGATTCATTTTTACAGTAAC  1628
            .||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGAAAGACAGGAGTTTTGACAGCCTCCAGAGTCTTTAACAGGGAGGAACAAGAGCGGTTCATTTTTACAGTAAC  1628

Query 1629  TGCCAGGGATAATGGGACCCCTCCCCTCCAAAGCCAAGCGGCTGTGATTGTTACTGTTCTGGATGAGAATGACA  1702
            |||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGCCAGGGACAATGGGACCCCTCCCCTCCAGAGCCAAGCAGCAGTGATAGTTACTGTTCTGGATGAGAATGACA  1702

Query 1703  ATAGCCCCAAGTTTACTCATAATCATTTTCAATTTTTTGTGTCTGAGAATCTGCCAAAGTATAGTACTGTGGGG  1776
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ATAGCCCCAAGTTTACTCATAATCACTTTCAGTTTTTTGTGTCTGAGAATCTGCCAAAGTATAGTACTGTGGGG  1776

Query 1777  GTAATCACAGTGACAGATGCAGATGCTGGAGAGAATAAAGCTGTGACTCTTTCCATTCTAAATGACAATGATAA  1850
            |||||||||||||||||.|.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1777  GTAATCACAGTGACAGACGAAGACGCTGGAGAGAATAAAGCTGTGACTCTTTCCATTCTAAATGACAATGAAAA  1850

Query 1851  TTTTGTGTTGGATCCCTATTCTGGAGTCATAAAGTCAAATGTCTCATTTGATAGAGAGCAGCAGAGTTCCTACA  1924
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTTTGTGTTGGATCCCTATTCAGGAGTCATAAAGTCCAATGTCTCCTTTGATAGAGAGCAGCAGAGTTCCTACA  1924

Query 1925  CTTTTGATGTCAAAGCCACTGATGGAGGACAACCACCTCGTTCCTCTACTGCAAAAGTAACTATCAACGTCATG  1998
            |.|||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1925  CGTTTGACGTCAAAGCCACCGACGGGGGACAGCCACCACGGTCCTCTACTGCAAAAGTAACTATCAATGTCATG  1998

Query 1999  GATGTCAATGACAACAGCCCAGTTGTCATTTCTCCACCGTCTAATACTTCCTTTAAGTTGGTGCCCCTCTCAGC  2072
            ||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GATGTCAATGACAATAGTCCAGTTGTCATTTCTCCACCATCCAACACCTCCTTTAAGTTGGTGCCCCTCTCAGC  2072

Query 2073  CATTCCTGGCTCCGTGGTAGCAGAAGTTTTTGCAGTGGATGTTGACACTGGAATGAACGCTGAACTAAAGTATA  2146
            |||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||||||.|||||||.||||||||.||.|||||.|||||||
Sbjct 2073  CATTCCTGGTTCTGTGGTTGCTGAAGTGTTTGCGGTGGATATTGACACCGGAATGAATGCAGAACTCAAGTATA  2146

Query 2147  CTATAGTGAGTGGAAACAATAAAGGCTTATTCCGGATTGATCCAGTAACAGGTAACATTACTCTGGAAGAAAAA  2220
            |.||||||||.||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||.||..|.|||||.||.
Sbjct 2147  CCATAGTGAGCGGGAACAACAAGGGATTATTTCGGATTGATCCAGTAACAGGCAATATCACCTTAGAAGAGAAG  2220

Query 2221  CCAGCACCTACTGATGTGGGATTGCATCGTTTGGTGGTCAACATAAGTGACCTGGGGTACCCTAAGTCTTTGCA  2294
            ||||||||||||||||||||..||||.|||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2221  CCAGCACCTACTGATGTGGGCCTGCACCGTCTTGTGGTCAACATAAGTGACCTGGGGTACCCTAAGGCTTTGCA  2294

Query 2295  CACGCTTGTGCTTGTATTCCTTTATGTTAACGACACTGCTGGAAATGCCTCCTATATCTATGACTTGATCCGCA  2368
            |||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||..||||.|||||.||||||||||||||.|
Sbjct 2295  CACTCTCGTGCTGGTATTTCTTTATGTGAACGACACTGCTGGAAACACCTCATATATATATGACTTGATCCGTA  2368

Query 2369  GGACTATGGAGACCCCGTTGGACAGGAACATAGGGGATAGTAGCCAACCCTATCAAAATGAGGACTATCTAACC  2442
            ||||||||||||||||..|||||.||||||||||.||||||.|.|||||.|||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 2369  GGACTATGGAGACCCCACTGGACCGGAACATAGGAGATAGTGGTCAACCTTATCAGAACGAGGACTATCTCACC  2442

Query 2443  ATCATGATTGCCATCATCGCCGGTGCCATGGTGGTCATTGTTGTGATCTTCGTCACCGTTCTGGTGCGCTGTCG  2516
            |||||||||||||||.|.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||
Sbjct 2443  ATCATGATTGCCATCGTTGCTGGGGCCATGGTGGTCATTGTTGTGATCTTTGTCACGGTGCTGGTGCGCTGTCG  2516

Query 2517  CCATGCATCAAGGTTCAAAGCAGCTCAGAGGAGCAAGCAAGGTGCCGAATGGATGTCCCCAAACCAGGAGAACA  2590
            ||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2517  CCATGCGTCCAGGTTCAAGGCCGCTCAGAGGAGCAAACAAGGGGCTGAATGGATGTCCCCAAACCAGGAGAATA  2590

Query 2591  AGCAAAACAAGAAAAAGAAAAGAAAGAAAAGGAAGTCTCCCAAAAGCTCTCTTTTGAACTTTGTTACTATCGAA  2664
            |.|||||.||||||||||||.|.||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2591  AACAAAATAAGAAAAAGAAACGGAAGAAAAGAAAGTCGCCCAAGAGTTCTCTTTTGAACTTTGTTACTATTGAA  2664

Query 2665  GAGTCCAAACCCGATGATGCAGTTCATGAACCTATCAATGGGACAATAAGCCTGCCGGCTGAACTGGAGGAGCA  2738
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.||
Sbjct 2665  GAGTCCAAACCCGATGATGCCGTTCATGAACCCATCAATGGGACCATAAGCCTGCCTGCCGAGCTGGAGGAACA  2738

Query 2739  AAGTATAGGAAGATTTGACTGGGGCCCGGCACCTCCAACAACATTCAAGCCTAACAGTCCTGACCTGGCCAAGC  2812
            ..|||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2739  GGGTATAGGAAGATTTGACTGGGGCCCAGCCCCTCCAACCACCTTCAAGCCTAACAGCCCTGACCTGGCCAAGC  2812

Query 2813  ACTACAAATCTGCTTCTCCACAGCCTGCTTTTCATCTCAAACCAGACACTCCAGTTTCCGTGAAAAAGCACCAC  2886
            |||||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2813  ACTACAAGTCGGCCTCTCCTCAGCCCGCTTTTCATCTCAAACCTGACACTCCAGTTTCTGTGAAAAAGCACCAC  2886

Query 2887  GTGATTCAGGAACTCCCTTTGGACAACACCTTTGTTGGGGGTTGTGACACCCTTTCTAAACGCTCTTCCACTAG  2960
            ||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 2887  GTCATTCAAGAGCTCCCGTTGGACAACACCTTTGTTGGGGGCTGCGACACCCTTTCCAAACGCTCCTCCACTAG  2960

Query 2961  TTCAGATCACTTCAGTGCCTCAGAGTGCAGTTCCCAAGGAGGCTTCAAGACAAAGGGCCCCTTACACACCAGAC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TTCAGATCACTTCAGTGCCTCAGAGTGCAGCTCCCAAGGAGGCTTCAAGACAAAGGGCCCCTTACACACCAGAC  3034

Query 3035  AGTGTAACTCACACAGCAAAAGTGACAATATTCCTGTCACTCCTCAGAAATGTCCCAGCTCCACGGGTTTCCAC  3108
            |||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||.||||.||..||||||||
Sbjct 3035  AGTGTAACTCATACAGCAAAAATGACAATATTCCTGTCACACATCAGAAATGTCCCGGCTCTACCAGTTTCCAC  3108

Query 3109  ATTCAGGAGAATGAAGAAAGCCATTACGAGTCGCAGCGCCGTGTTACGTTTCATCTCCCTGATGGCTCCCAGGA  3182
            ||||..||||||||||||||.||||..|||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 3109  ATTCGAGAGAATGAAGAAAGTCATTCTGAGTCTCAGCGCCGTGTTACCTTTCACCTTCCGGATGGCTCCCAGGA  3182

Query 3183  AAGCTGCAGTGACAGTGGTCTAGGAGACCATGAGCCGGTGGGTAGTGGAACCCTGATCTCACACCCTCTTCCTC  3256
            |||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  AAGCTGCAGTGACAGTGGTCTGGGAGACCACGAGCCGGTGGGTAGTGGAACCCTGATCTCACACCCTCTTCCTC  3256

Query 3257  TGGTTCAGCCACAGGACGAATTCTATGACCAGGCCTCTCCGGACAAGAGGACTGAAGCAGATGGCAACTCTGAT  3330
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 3257  TGGTTCAGCCACAGGACGAATTCTACGACCAGGCCTCTCCGGACAAGAGGACCGAAGCAGATGGCAACTCGGAT  3330

Query 3331  CCCAACTCTGATGGGCCTTTGGGTCCCCGAGGATTAGCTGAAGCTACAGAGATGTGCACTCAAGAGTGCTTGGT  3404
            |||||.||||||||.|||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||
Sbjct 3331  CCCAATTCTGATGGACCTCTGGGTCCCCGAGGTTTAGCTGAAGCTACAGAGATGTGCACTCAAGAGTGTCTGGT  3404

Query 3405  TTTGGGTCACTCTGATAATTGCTGGATGCCTCCTGGCTTGGGTCCATATCAACACCCCAAATCTCCTCTCTCAA  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct 3405  TTTGGGTCACTCTGATAATTGCTGGATGCCTCCTGGCTTGGGTCCATACCAACACCCTAAATCTCCTCTGTCAA  3478

Query 3479  CCTTTGCACCCCAGAAAGAATGGGTGAAGAAGGACAAGCTTGTGAATGGGCACACCCTGACCAGAGCCTGGAAA  3552
            |||||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 3479  CCTTTGCACCCCAGAAAGAATGGATCAAGAAAGACAAGCTTGTGAATGGGCACACCCTGACAAGAGCGTGGAAA  3552

Query 3553  GAAGACAGCAACAGGAACCAGTTCAATGACCGTAAGCAGTATGGCTCCAATGAAGGCCATTTCAACAATGGCAG  3626
            |||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 3553  GAAGACACCAACAGGAACCAATTCAATGACCGTAAGCAGTATGGCTCCAATGAAGGCCATTTCAACAATGGCGG  3626

Query 3627  CCACATGACAGACATTCCTCTGGCAAATCTGAAGTCTTATAAGCAAGCAGGAGGTGCTACTGAGAGTCCTAAGG  3700
            |||||||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||..|.|.||||||||||||||
Sbjct 3627  CCACATGGCGGACATTCCTCTGGCAAATCTGAAGTCCTATAAGCAAGCAGGAGGCACGATTGAGAGTCCTAAGG  3700

Query 3701  AGCACCAACTC  3711
            ||||||||||.
Sbjct 3701  AGCACCAACTT  3711