Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06814
• Subject: NM_001131008.2
• Aligned Length: 2340
• Identities: 1982
• Gaps: 357

Alignment

Query    1  ATGGAGCAAGTGGAGATCCTGAGGAAATTCATCCAGAGGGTCCAGGCCATGAAGAGTCCTGACCACAATGGGGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGACAACTTCGCCCGGGACTTCATGCGGTTAAGAAGATTGTCTACCAAATATAGAACAGAAAAGATATATCCCA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAGCCACTGGAGAAAAAGAAGAAAATGTTAAAAAGAACAGATACAAGGACATACTGCCATTTGATCACAGCCGA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GTTAAATTGACATTAAAGACTCCTTCACAAGATTCAGACTATATCAATGCAAATTTTATAAAGGGCGTCTATGG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GCCAAAAGCATATGTAGCAACTCAAGGACCTTTAGCAAATACAGTAATAGATTTTTGGAGGATGATATGGGAGT  370
                                                                         |||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------ATGATATGGGAGT  13

Query  371  ATAATGTTGTGATCATTGTAATGGCCTGCCGAGAATTTGAGATGGGAAGGAAAAAATGTGAGCGCTATTGGCCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   14  ATAATGTTGTGATCATTGTAATGGCCTGCCGAGAATTTGAGATGGGAAGGAAAAAATGTGAGCGCTATTGGCCT  87

Query  445  TTGTATGGAGAAGACCCCATAACGTTTGCACCATTTAAAATTTCTTGTGAGGATGAACAAGCAAGAACAGACTA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   88  TTGTATGGAGAAGACCCCATAACGTTTGCACCATTTAAAATTTCTTGTGAGGATGAACAAGCAAGAACAGACTA  161

Query  519  CTTCATCAGGACACTCTTACTTGAATTTCAAAATGAATCTCGTAGGCTGTATCAGTTTCATTATGTGAACTGGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  CTTCATCAGGACACTCTTACTTGAATTTCAAAATGAATCTCGTAGGCTGTATCAGTTTCATTATGTGAACTGGC  235

Query  593  CAGACCATGATGTTCCTTCATCATTTGATTCTATTCTGGACATGATAAGCTTAATGAGGAAATATCAAGAACAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  236  CAGACCATGATGTTCCTTCATCATTTGATTCTATTCTGGACATGATAAGCTTAATGAGGAAATATCAAGAACAT  309

Query  667  GAAGATGTTCCTATTTGTATTCATTGCAGTGCAGGCTGTGGAAGAACAGGTGCCATTTGTGCCATAGATTATAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  GAAGATGTTCCTATTTGTATTCATTGCAGTGCAGGCTGTGGAAGAACAGGTGCCATTTGTGCCATAGATTATAC  383

Query  741  GTGGAATTTACTAAAAGCTGGGAAAATACCAGAGGAATTTAATGTATTTAATTTAATACAAGAAATGAGAACAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  GTGGAATTTACTAAAAGCTGGGAAAATACCAGAGGAATTTAATGTATTTAATTTAATACAAGAAATGAGAACAC  457

Query  815  AAAGGCATTCTGCAGTACAAACAAAGGAGCAATATGAACTTGTTCATAGAGCTATTGCCCAACTGTTTGAAAAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  AAAGGCATTCTGCAGTACAAACAAAGGAGCAATATGAACTTGTTCATAGAGCTATTGCCCAACTGTTTGAAAAA  531

Query  889  CAGCTACAACTATATGAAATTCATGGAGCTCAGAAAATTGCTGATGGAGTGAATGAAATTAACACTGAAAACAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  CAGCTACAACTATATGAAATTCATGGAGCTCAGAAAATTGCTGATGGAGTGAATGAAATTAACACTGAAAACAT  605

Query  963  GATCAGCTCCATAGAGCCTGAAAAACAAGATTCTCCTCCTCCAAAACCACCAAGGACCCGCAGTTGCCTTGTTG  1036
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  GGTCAGCTCCATAGAGCCTGAAAAACAAGATTCTCCTCCTCCAAAACCACCAAGGACCCGCAGTTGCCTTGTTG  679

Query 1037  AAGGGGATGCTAAAGAAGAAATACTGCAGCCACCGGAACCTCATCCAGTGCCACCCATCTTGACACCTTCTCCC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  AAGGGGATGCTAAAGAAGAAATACTGCAGCCACCGGAACCTCATCCAGTGCCACCCATCTTGACACCTTCTCCC  753

Query 1111  CCTTCAGCTTTTCCAACAGTCACTACTGTGTGGCAGGACAATGATAGATACCATCCAAAGCCAGTGTTGCATAT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  CCTTCAGCTTTTCCAACAGTCACTACTGTGTGGCAGGACAATGATAGATACCATCCAAAGCCAGTGTTGCATAT  827

Query 1185  GGTTTCATCAGAACAACATTCAGCAGACCTCAACAGAAACTATAGTAAATCAACAGAACTTCCAGGGAAAAATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  GGTTTCATCAGAACAACATTCAGCAGACCTCAACAGAAACTATAGTAAATCAACAGAACTTCCAGGGAAAAATG  901

Query 1259  AATCAACAATTGAACAGATAGATAAAAAATTGGAACGAAATTTAAGTTTTGAGATTAAGAAGGTCCCTCTCCAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  AATCAACAATTGAACAGATAGATAAAAAATTGGAACGAAATTTAAGTTTTGAGATTAAGAAGGTCCCTCTCCAA  975

Query 1333  GAGGGACCAAAAAGTTTTGATGGGAACACACTTTTGAATAGGGGACATGCAATTAAAATTAAATCTGCTTCACC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  GAGGGACCAAAAAGTTTTGATGGGAACACACTTTTGAATAGGGGACATGCAATTAAAATTAAATCTGCTTCACC  1049

Query 1407  TTGTATAGCTGATAAAATCTCTAAGCCACAGGAATTAAGTTCAGATCTAAATGTCGGTGATACTTCCCAGAATT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  TTGTATAGCTGATAAAATCTCTAAGCCACAGGAATTAAGTTCAGATCTAAATGTCGGTGATACTTCCCAGAATT  1123

Query 1481  CTTGTGTGGACTGCAGTGTAACACAATCAAACAAAGTTTCAGTTACTCCACCAGAAGAATCCCAGAATTCAGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124  CTTGTGTGGACTGCAGTGTAACACAATCAAACAAAGTTTCAGTTACTCCACCAGAAGAATCCCAGAATTCAGAC  1197

Query 1555  ACACCTCCAAGGCCAGACCGCTTGCCTCTTGATGAGAAAGGACATGTAACGTGGTCATTTCATGGACCTGAAAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198  ACACCTCCAAGGCCAGACCGCTTGCCTCTTGATGAGAAAGGACATGTAACGTGGTCATTTCATGGACCTGAAAA  1271

Query 1629  TGCCATACCCATACCTGATTTATCTGAAGGCAATTCCTCAGATATCAACTATCAAACTAGGAAAACTGTGAGTT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272  TGCCATACCCATACCTGATTTATCTGAAGGCAATTCCTCAGATATCAACTATCAAACTAGGAAAACTGTGAGTT  1345

Query 1703  TAACACCAAGTCCTACAACACAAGTTGAAACACCTGATCTTGTGGATCATGATAACACTTCACCACTCTTCAGA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346  TAACACCAAGTCCTACAACACAAGTTGAAACACCTGATCTTGTGGATCATGATAACACTTCACCACTCTTCAGA  1419

Query 1777  ACACCCCTCAGTTTTACTAATCCACTTCACTCTGATGACTCAGACTCAGATGAAAGAAACTCTGATGGTGCTGT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420  ACACCCCTCAGTTTTACTAATCCACTTCACTCTGATGACTCAGACTCAGATGAAAGAAACTCTGATGGTGCTGT  1493

Query 1851  GACCCAGAATAAAACTAATATTTCAACAGCAAGTGCCACAGTTTCTGCTGCCACTAGTACTGAAAGCATTTCTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494  GACCCAGAATAAAACTAATATTTCAACAGCAAGTGCCACAGTTTCTGCTGCCACTAGTACTGAAAGCATTTCTA  1567

Query 1925  CTAGGAAAGTATTGCCAATGTCCATTGCTAGACATAATATAGCAGGAACAACACATTCAGGTGCTGAAAAAGAT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568  CTAGGAAAGTATTGCCAATGTCCATTGCTAGACATAATATAGCAGGAACAACACATTCAGGTGCTGAAAAAGAT  1641

Query 1999  GTTGATGTTAGTGAAGATTCACCTCCTCCCCTACCTGAAAGAACTCCTGAATCGTTTGTGTTAGCAAGTGAACA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642  GTTGATGTTAGTGAAGATTCACCTCCTCCCCTACCTGAAAGAACTCCTGAATCGTTTGTGTTAGCAAGTGAACA  1715

Query 2073  TAATACACCTGTAAGATCGGAATGGAGTGAACTTCAAAGTCAGGAACGATCTGAACAAAAAAAGTCTGAAGGCT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716  TAATACACCTGTAAGATCGGAATGGAGTGAACTTCAAAGTCAGGAACGATCTGAACAAAAAAAGTCTGAAGGCT  1789

Query 2147  TGATAACCTCTGAAAATGAGAAATGTGATCATCCAGCGGGAGGTATTCACTATGAAATGTGCATAGAATGTCCA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790  TGATAACCTCTGAAAATGAGAAATGTGATCATCCAGCGGGAGGTATTCACTATGAAATGTGCATAGAATGTCCA  1863

Query 2221  CCTACTTTCAGTGACAAGAGAGAACAAATATCAGAAAATCCAACAGAAGCCACAGATATTGGTTTTGGTAATCG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864  CCTACTTTCAGTGACAAGAGAGAACAAATATCAGAAAATCCAACAGAAGCCACAGATATTGGTTTTGGTAATCG  1937

Query 2295  ATGTGGAAAACCCAAAGGACCAAGAGATCCACCTTCAGAATGGACA  2340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938  ATGTGGAAAACCCAAAGGACCAAGAGATCCACCTTCAGAATGGACA  1983