Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06814
• Subject: XR_001744844.2
• Aligned Length: 3505
• Identities: 2339
• Gaps: 1165

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGCTGTGTTCCTGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGTCTCCGACGGAGGAGGAGGGCGGGGAAGG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AGGATGGAGCAAGCTGGGGGTTGGGGTTGGCGCTAGCGCAGCGGCTCGCCTGGTACTGTGGGAGAGCGGCGGCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GCTCCTGGAAGTTGTGGTGTCGGGAGCCCAGCCGGTGCCGCCGCAGCCGCCGCCTAGGGCGGTGGGGAGGAGGA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GGGAGCCGCGGGGCTTGGCGGGGTCGGGAGGGAGGGACGTGCTGGGGGAACGAGCTGGGGAAGACGGAGCGGGC  296

Query    1  -------------------------------------------------------------ATGGAGCAAGTGG  13
                                                                         |||||||||||||
Sbjct  297  TCTGTGCCGGGCGGGCGGGCGGCGGGGGGGCCAGCGACCGCAGCCGGGGGGACGCGGGAGGATGGAGCAAGTGG  370

Query   14  AGATCCTGAGGAAATTCATCCAGAGGGTCCAGGCCATGAAGAGTCCTGACCACAATGGGGAGGACAACTTCGCC  87
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGATCCTGAGGAAATTCATCCAGAGGGTCCAGGCCATGAAGAGTCCTGACCACAATGGGGAGGACAACTTCGCC  444

Query   88  CGGGACTTCATGCGGTTAAGAAGATTGTCTACCAAATATAGAACAGAAAAGATATATCCCACAGCCACTGGAGA  161
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CGGGACTTCATGCGGTTAAGAAGATTGTCTACCAAATATAGAACAGAAAAGATATATCCCACAGCCACTGGAGA  518

Query  162  AAAAGAAGAAAATGTTAAAAAGAACAGATACAAGGACATACTGCCATTTGATCACAGCCGAGTTAAATTGACAT  235
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAAGAAGAAAATGTTAAAAAGAACAGATACAAGGACATACTGCCATTTGATCACAGCCGAGTTAAATTGACAT  592

Query  236  TAAAGACTCCTTCACAAGATTCAGACTATATCAATGCAAATTTTATAAAGGGCGTCTATGGGCCAAAAGCATAT  309
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TAAAGACTCCTTCACAAGATTCAGACTATATCAATGCAAATTTTATAAAGGGCGTCTATGGGCCAAAAGCATAT  666

Query  310  GTAGCAACTCAAGGACCTTTAGCAAATACAGTAATAGATTTTTGGAGGATGATATGGGAGTATAATGTTGTGAT  383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTAGCAACTCAAGGACCTTTAGCAAATACAGTAATAGATTTTTGGAGGATGATATGGGAGTATAATGTTGTGAT  740

Query  384  CATTGTAATGGCCTGCCGAGAATTTGAGATGGGAAGGAAAAAATGTGAGCGCTATTGGCCTTTGTATGGAGAAG  457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATTGTAATGGCCTGCCGAGAATTTGAGATGGGAAGGAAAAAATGTGAGCGCTATTGGCCTTTGTATGGAGAAG  814

Query  458  ACCCCATAACGTTTGCACCATTTAAAATTTCTTGTGAGGATGAACAAGCAAGAACAGACTACTTCATCAGGACA  531
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACCCCATAACGTTTGCACCATTTAAAATTTCTTGTGAGGATGAACAAGCAAGAACAGACTACTTCATCAGGACA  888

Query  532  CTCTTACTTGAATTTCAAAATGAATCTCGTAGGCTGTATCAGTTTCATTATGTGAACTGGCCAGACCATGATGT  605
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTCTTACTTGAATTTCAAAATGAATCTCGTAGGCTGTATCAGTTTCATTATGTGAACTGGCCAGACCATGATGT  962

Query  606  TCCTTCATCATTTGATTCTATTCTGGACATGATAAGCTTAATGAGGAAATATCAAGAACATGAAGATGTTCCTA  679
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TCCTTCATCATTTGATTCTATTCTGGACATGATAAGCTTAATGAGGAAATATCAAGAACATGAAGATGTTCCTA  1036

Query  680  TTTGTATTCATTGCAGTGCAGGCTGTGGAAGAACAGGTGCCATTTGTGCCATAGATTATACGTGGAATTTACTA  753
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TTTGTATTCATTGCAGTGCAGGCTGTGGAAGAACAGGTGCCATTTGTGCCATAGATTATACGTGGAATTTACTA  1110

Query  754  AAAGCTGGGAAAATACCAGAGGAATTTAATGTATTTAATTTAATACAAGAAATGAGAACACAAAGGCATTCTGC  827
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAAGCTGGGAAAATACCAGAGGAATTTAATGTATTTAATTTAATACAAGAAATGAGAACACAAAGGCATTCTGC  1184

Query  828  AGTACAAACAAAGGAGCAATATGAACTTGTTCATAGAGCTATTGCCCAACTGTTTGAAAAACAGCTACAACTAT  901
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGTACAAACAAAGGAGCAATATGAACTTGTTCATAGAGCTATTGCCCAACTGTTTGAAAAACAGCTACAACTAT  1258

Query  902  ATGAAATTCATGGAGCTCAGAAAATTGCTGATGGAGTGAATGAAATTAACACTGAAAACATGATCAGCTCCATA  975
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1259  ATGAAATTCATGGAGCTCAGAAAATTGCTGATGGAGTGAATGAAATTAACACTGAAAACATGGTCAGCTCCATA  1332

Query  976  GAGCCTGAAAAACAAGATTCTCCTCCTCCAAAACCACCAAGGACCCGCAGTTGCCTTGTTGAAGGGGATGCTAA  1049
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAGCCTGAAAAACAAGATTCTCCTCCTCCAAAACCACCAAGGACCCGCAGTTGCCTTGTTGAAGGGGATGCTAA  1406

Query 1050  AGAAGAAATACTGCAGCCACCGGAACCTCATCCAGTGCCACCCATCTTGACACCTTCTCCCCCTTCAGCTTTTC  1123
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGAAGAAATACTGCAGCCACCGGAACCTCATCCAGTGCCACCCATCTTGACACCTTCTCCCCCTTCAGCTTTTC  1480

Query 1124  CAACAGTCACTACTGTGTGGCAGGACAATGATAGATACCATCCAAAGCCAGTGTTGCATATGGTTTCATCAGAA  1197
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAACAGTCACTACTGTGTGGCAGGACAATGATAGATACCATCCAAAGCCAGTGTTGCATATGGTTTCATCAGAA  1554

Query 1198  CAACATTCAGCAGACCTCAACAGAAACTATAGTAAATCAACAGAACTTCCAGGGAAAAATGAATCAACAATTGA  1271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CAACATTCAGCAGACCTCAACAGAAACTATAGTAAATCAACAGAACTTCCAGGGAAAAATGAATCAACAATTGA  1628

Query 1272  ACAGATAGATAAAAAATTGGAACGAAATTTAAGTTTTGAGATTAAGAAGGTCCCTCTCCAAGAGGGACCAAAAA  1345
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACAGATAGATAAAAAATTGGAACGAAATTTAAGTTTTGAGATTAAGAAGGTCCCTCTCCAAGAGGGACCAAAAA  1702

Query 1346  GTTTTGATGGGAACACACTTTTGAATAGGGGACATGCAATTAAAATTAAATCTGCTTCACCTTGTATAGCTGAT  1419
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTTTTGATGGGAACACACTTTTGAATAGGGGACATGCAATTAAAATTAAATCTGCTTCACCTTGTATAGCTGAT  1776

Query 1420  AAAATCTCTAAGCCACAGGAATTAAGTTCAGATCTAAATGTCGGTGATACTTCCCAGAATTCTTGTGTGGACTG  1493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAAATCTCTAAGCCACAGGAATTAAGTTCAGATCTAAATGTCGGTGATACTTCCCAGAATTCTTGTGTGGACTG  1850

Query 1494  CAGTGTAACACAATCAAACAAAGTTTCAGTTACTCCACCAGAAGAATCCCAGAATTCAGACACACCTCCAAGGC  1567
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CAGTGTAACACAATCAAACAAAGTTTCAGTTACTCCACCAGAAGAATCCCAGAATTCAGACACACCTCCAAGGC  1924

Query 1568  CAGACCGCTTGCCTCTTGATGAGAAAGGACATGTAACGTGGTCATTTCATGGACCTGAAAATGCCATACCCATA  1641
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CAGACCGCTTGCCTCTTGATGAGAAAGGACATGTAACGTGGTCATTTCATGGACCTGAAAATGCCATACCCATA  1998

Query 1642  CCTGATTTATCTGAAGGCAATTCCTCAGATATCAACTATCAAACTAGGAAAACTGTGAGTTTAACACCAAGTCC  1715
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCTGATTTATCTGAAGGCAATTCCTCAGATATCAACTATCAAACTAGGAAAACTGTGAGTTTAACACCAAGTCC  2072

Query 1716  TACAACACAAGTTGAAACACCTGATCTTGTGGATCATGATAACACTTCACCACTCTTCAGAACACCCCTCAGTT  1789
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TACAACACAAGTTGAAACACCTGATCTTGTGGATCATGATAACACTTCACCACTCTTCAGAACACCCCTCAGTT  2146

Query 1790  TTACTAATCCACTTCACTCTGATGACTCAGACTCAGATGAAAGAAACTCTGATGGTGCTGTGACCCAGAATAAA  1863
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TTACTAATCCACTTCACTCTGATGACTCAGACTCAGATGAAAGAAACTCTGATGGTGCTGTGACCCAGAATAAA  2220

Query 1864  ACTAATATTTCAACAGCAAGTGCCACAGTTTCTGCTGCCACTAGTACTGAAAGCATTTCTACTAGGAAAGTATT  1937
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ACTAATATTTCAACAGCAAGTGCCACAGTTTCTGCTGCCACTAGTACTGAAAGCATTTCTACTAGGAAAGTATT  2294

Query 1938  GCCAATGTCCATTGCTAGACATAATATAGCAGGAACAACACATTCAGGTGCTGAAAAAGATGTTGATGTTAGTG  2011
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCCAATGTCCATTGCTAGACATAATATAGCAGGAACAACACATTCAGGTGCTGAAAAAGATGTTGATGTTAGTG  2368

Query 2012  AAGATTCACCTCCTCCCCTACCTGAAAGAACTCCTGAATCGTTTGTGTTAGCAAGTGAACATA-----------  2074
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
Sbjct 2369  AAGATTCACCTCCTCCCCTACCTGAAAGAACTCCTGAATCGTTTGTGTTAGCAAGTGAACATAATTTCATTTTT  2442

Query 2075  -----ATACACCTGTAAGATCGGAATGGAGTGAACTTCAAAGTCAGGAACGATCTGAACAAAAAAAGTCTGAAG  2143
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CTCAGATACACCTGTAAGATCGGAATGGAGTGAACTTCAAAGTCAGGAACGATCTGAACAAAAAAAGTCTGAAG  2516

Query 2144  GCTTGATAACCTCTGAAAATGAGAAATGTGATCATCCAGCGGGAGGTATTCACTATGAAATGTGCATAGAATGT  2217
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GCTTGATAACCTCTGAAAATGAGAAATGTGATCATCCAGCGGGAGGTATTCACTATGAAATGTGCATAGAATGT  2590

Query 2218  CCACCTACTTTCAGTGACAAGAGAGAACAAATATCAGAAAATCCAACAGAAGCCACAGATATTGGTTTTGGTAA  2291
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CCACCTACTTTCAGTGACAAGAGAGAACAAATATCAGAAAATCCAACAGAAGCCACAGATATTGGTTTTGGTAA  2664

Query 2292  TCGATGTGGAAAACCCAAAGGACCAAGAGATCCACCTTCAGAATGGACA-------------------------  2340
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         
Sbjct 2665  TCGATGTGGAAAACCCAAAGGACCAAGAGATCCACCTTCAGAATGGACATGATTCAGGGAGCTAGAAGACACTT  2738

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2739  TAAGTTATACTGGAAAATTCAGGTGCCACTGAAAGCCAGATTTATAGTATTCCATCTTTAATATGTGGGACTAA  2812

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2813  CAGCAGTGTAGATTGTTACCTTAATATTTTTTGCTGGGACCATCTACCTGCCTTATACTACACTTAGGAAAAAG  2886

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2887  TATTACATATGGTTTATTTTGAAACTTCAAGTATTATTGCCTTAATGTCTCTTAACCCTGTTACACGCTGCTTG  2960

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2961  TAGACATGTTAATATAGTAATACCTTTATGATATATTGAGTTTAAGGACTACTCTTTTTCTGTTTTATCATGTA  3034

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3035  TGCATTATTTTGTATATGTACAGGGCAAGTAGGTATATAATTTGATAAAGTTGCAATTGAAATATTATTAACAG  3108

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3109  AAGATGTAAGAAATTTCTGCATGGTCTAAATCTTTGTGTACTTTATTTGTAAATTATTTGCCCTGGAGTTTTAG  3182

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3183  AAAATAGTTTCTGAATTTTAAACTTGCTGGATTCATGCAGCCAGCTTTGCAGGTTATCAGAGATCAAAGATTGT  3256

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3257  AATAATAATTTTGTAAATTGTAAGCAAAAAGTTATTTTTATATTATATACAGTCTAATTGTTCATCCTAATTGT  3330

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3331  TCCTGTTTTCATCTAGTCAGAGATTCAGTAAGTGCCTTGGAACAATATTGAATTCTCTTAGCTTGTGTGTGTTT  3404

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3405  CTTTAATATTTGAACTCAAGTGGGATTAGAAGACTATCAAAATACATGTATGTTTCAGGATATTTGACCTGTCA  3478

Query 2341  ---------------------------  2340
                                       
Sbjct 3479  TTAAAAAAAACAAACAGTTTTACAGTG  3505