Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06889
• Subject: NM_001324306.1
• Aligned Length: 1942
• Identities: 1419
• Gaps: 521

Alignment

Query    1  ATGGCGCCGCCGGGTTCAAGCACTGTCTTCCTGTTGGCCCTGACAATCATAGCCAGCACCTGGGCTCTGACGCC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CACTCACTACCTCACCAAGCATGACGTGGAGAGACTAAAAGCCTCGCTGGATCGCCCTTTCACAAATTTGGAAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CTGCCTTCTACTCCATCGTGGGACTCAGCAGCCTTGGTGCTCAGGTGCCAGATGCAAAGAAAGCATGTACCTAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ATCAGATCTAACCTTGATCCCAGCAATGTGGATTCCCTCTTCTACGCTGCCCAGGCCAGCCAGGCCCTCTCAGG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ATGTGAGATCTCTATTTCAAATGAGACCAAAGATCTGCTTCTGGCAGCTGTCAGTGAGGACTCATCTGTTACCC  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AGATCTACCATGCAGTTGCAGCTCTAAGTGGCTTTGGCCTTCCCTTGGCATCCCAAGAAGCACTCAGTGCCCTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  ACTGCTCGTCTCA-GCAAGGAGGAGACTGTGCTGGCAACAGTCCAGGCTCTGCAGACAGCATCCCACCTGTCCC  517
                        | ||||.|                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------ATGCAAAG----------------AACAGTCCAGGCTCTGCAGACAGCATCCCACCTGTCCC  46

Query  518  AGCAGGCTGACCTGAGGAGCATCGTGGAGGAGATTGAGGACCTTGTTGCTCGCCTGGATGAACTCGGGGGCGTG  591
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   47  AGCAGGCTGACCTGAGGAGCATCGTGGAGGAGATTGAGGACCTTGTTGCTCGCCTGGATGAACTCGGGGGCGTG  120

Query  592  TATCTCCAGTTTGAAGAAGGACTGGAAACAACAGCGTTATTTGTGGCTGCCACCTACAAGCTCATGGATCATGT  665
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121  TATCTCCAGTTTGAAGAAGGACTGGAAACAACAGCGTTATTTGTGGCTGCCACCTACAAGCTCATGGATCATGT  194

Query  666  GGGGACTGAGCCATCCATTAAGGAGGATCAGGTCATCCAGCTGATGAACGCGATCTTCAGCAAGAAGAACTTTG  739
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  195  GGGGACTGAGCCATCCATTAAGGAGGATCAGGTCATCCAGCTGATGAACGCGATCTTCAGCAAGAAGAACTTTG  268

Query  740  AGTCCCTCTCCGAAGCCTTCAGCGTGGCCTCTGCAGCTGCTGTGCTCTCGCATAATCGCTACCACGTGCCAGTT  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  269  AGTCCCTCTCCGAAGCCTTCAGCGTGGCCTCTGCAGCTGCTGTGCTCTCGCATAATCGCTACCACGTGCCAGTT  342

Query  814  GTGGTTGTGCCTGAGGGCTCTGCTTCCGACACTCATGAACAGGCTATCTTGCGGTTGCAAGTCACCAATGTTCT  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  343  GTGGTTGTGCCTGAGGGCTCTGCTTCCGACACTCATGAACAGGCTATCTTGCGGTTGCAAGTCACCAATGTTCT  416

Query  888  GTCTCAGCCTCTGACTCAGGCCACTGTTAAACTAGAACATGCTAAATCTGTTGCTTCCAGAGCCACTGTCCTCC  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  417  GTCTCAGCCTCTGACTCAGGCCACTGTTAAACTAGAACATGCTAAATCTGTTGCTTCCAGAGCCACTGTCCTCC  490

Query  962  AGAAGACATCCTTCACCCCTGTAGGGGATGTTTTTGAACTAAATTTCATGAACGTCAAATTTTCCAGTGGTTAT  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  491  AGAAGACATCCTTCACCCCTGTAGGGGATGTTTTTGAACTAAATTTCATGAACGTCAAATTTTCCAGTGGTTAT  564

Query 1036  TATGACTTCCTTGTCGAAGTTGAAGGTGACAACCGGTATATTGCAAATACCGTAGAGCTCAGAGTCAAGATCTC  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  565  TATGACTTCCTTGTCGAAGTTGAAGGTGACAACCGGTATATTGCAAATACCGTAGAGCTCAGAGTCAAGATCTC  638

Query 1110  CACTGAAGTTGGCATCACAAATGTTGATCTTTCCACCGTGGATAAGGATCAGAGCATTGCACCCAAAACTACCC  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  639  CACTGAAGTTGGCATCACAAATGTTGATCTTTCCACCGTGGATAAGGATCAGAGCATTGCACCCAAAACTACCC  712

Query 1184  GGGTGACATACCCAGCCAAAGCCAAGGGCACATTCATCGCAGACAGCCACCAGAACTTCGCCTTGTTCTTCCAG  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  713  GGGTGACATACCCAGCCAAAGCCAAGGGCACATTCATCGCAGACAGCCACCAGAACTTCGCCTTGTTCTTCCAG  786

Query 1258  CTGGTAGATGTGAACACTGGTGCTGAACTCACTCCTCACCAGACATTTGTCCGACTCCATAACCAGAAGACTGG  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  787  CTGGTAGATGTGAACACTGGTGCTGAACTCACTCCTCACCAGACATTTGTCCGACTCCATAACCAGAAGACTGG  860

Query 1332  CCAGGAAGTGGTGTTTGTTGCCGAGCCAGACAACAAGAACGTGTACAAGTTTGAACTGGATACCTCTGAAAGAA  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  861  CCAGGAAGTGGTGTTTGTTGCCGAGCCAGACAACAAGAACGTGTACAAGTTTGAACTGGATACCTCTGAAAGAA  934

Query 1406  AGATTGAATTTGACTCTGCCTCTGGCACCTACACTCTCTACTTAATCATTGGAGATGCCACTTTGAAGAACCCA  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  935  AGATTGAATTTGACTCTGCCTCTGGCACCTACACTCTCTACTTAATCATTGGAGATGCCACTTTGAAGAACCCA  1008

Query 1480  ATCCTCTGGAATGTGGCTGATGTGGTCATCAAGTTCCCTGAGGAAGAAGCTCCCTCGACTGTCTTGTCCCAGAA  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009  ATCCTCTGGAATGTGGCTGATGTGGTCATCAAGTTCCCTGAGGAAGAAGCTCCCTCGACTGTCTTGTCCCAGAA  1082

Query 1554  CCTTTTCACTCCAAAACAGGAAATTCAGCACCTGTTCCGCGAGCCTGAGAAGAGGCCCCCCACCGTGGTGTCCA  1627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083  CCTTTTCACTCCAAAACAGGAAATTCAGCACCTGTTCCGCGAGCCTGAGAAGAGGCCCCCCACCGTGGTGTCCA  1156

Query 1628  ATACATTCACTGCCCTGATCCTCTCGCCGTTGCTTCTGCTCTTCGCTCTGTGGATCCGGATTGGTGCCAATGTC  1701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157  ATACATTCACTGCCCTGATCCTCTCGCCGTTGCTTCTGCTCTTCGCTCTGTGGATCCGGATTGGTGCCAATGTC  1230

Query 1702  TCCAACTTCACTTTTGCTCCTAGCACGATTATATTTCACCTGGGACATGCTGCTATGCTGGGACTCATGTATGT  1775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231  TCCAACTTCACTTTTGCTCCTAGCACGATTATATTTCACCTGGGACATGCTGCTATGCTGGGACTCATGTATGT  1304

Query 1776  CTACTGGACTCAGCTCAACATGTTCCAGACCTTGAAGTACCTGGCCATCTTGGGCAGTGTGACGTTTCTGGCTG  1849
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305  CTACTGGACTCAGCTCAACATGTTCCAGACCTTGAAGTACCTGGCCATCCTGGGCAGTGTGACGTTTCTGGCTG  1378

Query 1850  GCAATCGGATGCTGGCCCAGCAGGCAGTCAAGA-----------------------------------------  1882
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 1379  GCAATCGGATGCTGGCCCAGCAGGCAGTCAAGAGGATCGCTGCAGAGCAGAGCAGTAGATTGGCAAAATATAGG  1452

Query 1883  -------GAACAGCACAT  1893
                   |||||||||||
Sbjct 1453  ACACTACGAACAGCACAT  1470