Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07038
• Subject: NM_058230.3
• Aligned Length: 1842
• Identities: 1637
• Gaps: 33

Alignment

Query    1  ATGGCTGCTGGGCAGCGGGAAGCGAGGCCCCAGGTGTCACTGACGTTTGAGGATGTGGCTGTGCTGTTTACCCG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||.|
Sbjct    1  ATGGCTGCTGGGCAGCGGGAAGCGAGGCCCCAGGTGTCACTGACATTCGAGGACGTGGCTGTGCTCTTTACCTG  74

Query   75  AGATGAGTGGAGAAAGCTGGCCCCTTCTCAGAGAAACTTGTACCGGGATGTGATGCTGGAGAACTATAGGAACC  148
            .||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGATGAGTGGAGAAAGCTGGCTCCTTCTCAGAGAAACTTGTACCGGGATGTGATGCTGGAGAACTATAGGAACC  148

Query  149  TGGTCTCACTGGGGCTCCCATTTACCAAACCAAAAGTGATCTCCCTGTTGCAGCAAGGAGAAGATCCCTGGGAG  222
            |||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGTCTCACTGGGACTCTCATTTACCAAACCAAAAGTCATCTCCCTGTTGCAGCAAGGAGAAGATCCCTGGGAG  222

Query  223  GTGGAGAAAGACGGTTCTGGCGTCTCCTCTCTAGGATCGAAGAGCAGTCATAAAACCACAAAGTCAACGCAAAC  296
            ||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||..|||||||..|.|||||..|||||||||||.|||||
Sbjct  223  GTGGAGAAAGACAGTTCTGGTGTCTCCTCTCTAGGATGTAAGAGCACACCTAAAATGACAAAGTCAACTCAAAC  296

Query  297  ACAAGACTCTTCATTTCAGGGACTGATACTGAAAAGATCCAACAGGAATGTACCTTGGGATTTGAAATTAGAAA  370
            .||.||   |||||||||||..|.||||..||||||||..||.|||.|||.|||.|||.|.||.|.||.|||||
Sbjct  297  TCAGGA---TTCATTTCAGGAGCAGATAAGGAAAAGATTGAAAAGGGATGAACCCTGGAACTTCATATCAGAAA  367

Query  371  -AGCCTTACATATATGAAGGCAGATTAGAGAAAAAGCAGGATAAAAAGGGAAGTTTTCAGATAGTTTCAGCCAC  443
             |.|| |.|||||||||||..|.||||.|||||.|||||||.|||||.|.||.|||.||.|||.||||||...|
Sbjct  368  GATCC-TGCATATATGAAGAGAAATTAAAGAAACAGCAGGACAAAAATGAAAATTTACAAATAATTTCAGTTGC  440

Query  444  CCACAAAAAAATCCCCACTATAGAAAGAAGCCATAAAAATACTGAATTGAGCCAAAACTTCAGCCCAAAGTCAG  517
            |||.|.||||||||..|||.||||.|||||||||||||||..||||||..|||||||||||..||..||.||||
Sbjct  441  CCATACAAAAATCCTTACTGTAGATAGAAGCCATAAAAATGTTGAATTTGGCCAAAACTTCTACCTGAAATCAG  514

Query  518  TGCTT-ATTAGGCAACAGATACTTCCCAGAGAAAAAACACCACCAAAATGTGAAATACAAGGAAACAGCCTCAA  590
            | ||| ||||.||||||||.|.||.|.|.|||||||||.|||.|||||||||||||||||.||||.||..||||
Sbjct  515  T-CTTCATTAAGCAACAGAGATTTGCTAAAGAAAAAACTCCATCAAAATGTGAAATACAAAGAAATAGTTTCAA  587

Query  591  ACAGAATTCACAATTACTTAATCAACCAAAAAT---TACAGCAGATAAACGCTATAAATGTAGTCTGTGTGAAA  661
            .|||||||||.|.||||||||.|||.|||||||   .||||||||.||||||||||||||.|||...|||||||
Sbjct  588  GCAGAATTCAAATTTACTTAACCAATCAAAAATCAAAACAGCAGAGAAACGCTATAAATGCAGTACATGTGAAA  661

Query  662  AAACCTTCATTAACACTTCATCCCTTCGTAAACATGAGAAAAACCATAGTGGAGAGAAACTATTTAAGTGTAAA  735
            ||.||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||||||||||.|.||||||.|||.|||||||.||||||
Sbjct  662  AAGCCTTCATTCACAATTCATCCCTTCGTAAACATCAGAAAAACCACACTGGAGAAAAATTATTTAAATGTAAA  735

Query  736  GAATGTTCAAAAGCCTTTAGCCAAAGTTCAGCCCTTATTCAACATCAAATAACGCATACTGGAGAGAAACCCTA  809
            |||||||.||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||.|||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  736  GAATGTTTAAAAGCTTTCAGCCAAAGTTCTGCTCTTATTCAACATCAAAGAACTCATACAGGAGAGAAACCCTA  809

Query  810  CATATGTAAAGAATGTGGGAAAGCCTTTACTCTCAGTACATCCCTTTATAAACATCTAAGAACCCATACTGTGG  883
            .||||||||||||||||||||||||||.|..|..|||.|||||||||.|||.|||.||||.|||||||||||||
Sbjct  810  TATATGTAAAGAATGTGGGAAAGCCTTCAGCCATAGTGCATCCCTTTGTAAGCATTTAAGGACCCATACTGTGG  883

Query  884  AGAAATCCTACAGCTGTAAAGAATGTGGTAAATCCTTCAGCCGAAGGTCAGGCCTTTTTATACATCAAAAAATT  957
            ||||||.|||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  884  AGAAATGCTATAGATGTAAAGAATGTGGTAAATCCTTCAGTCGAAGGTCTGGGCTTTTTATACATCAAAAAATC  957

Query  958  CATGCTGAAGAAAACCCTTGTAAGTATAATCCGGGTAGGAAGGCATCTAGTTGCAGCACATCCCTTTCTGGATG  1031
            ||||||.|||||||.||...|||.||.|||||.||.|||||||||||.||||.||||||.||||||||||||.|
Sbjct  958  CATGCTCAAGAAAATCCCCATAAATACAATCCAGGCAGGAAGGCATCCAGTTACAGCACTTCCCTTTCTGGAAG  1031

Query 1032  TCAAAGAATTCATTCT-AGAAAGAAGTCCTACTTATGTAATGAATGTGGCAACACCTTTAAGTCTAGCTCATCC  1104
            |||.|.|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032  TCAGAAAATTCA-TCTCAGAAAGAAGTCCTACTTATGTAATGAATGTGGCAACACCTTTAAGTCTAGCTCATCC  1104

Query 1105  CTTCGTTATCATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTTTAAATGTAGTGAATGTGGGAGAGCCTTCAGCCA  1178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  CTTCGTTATCATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTTTAAATGTAGTGAATGTGGGAGAGCCTTCAGCCA  1178

Query 1179  GAGTGCCTCTCTTATTCAACATGAAAGAATTCACACCGGAGAAAAGCCCTATAGATGCAATGAATGTGGGAAAG  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179  GAGTGCCTCTCTTATTCAACATGAAAGAATTCACACCGGAGAAAAGCCCTATAGATGCAATGAATGTGGGAAAG  1252

Query 1253  GCTTTACTTCTATTTCACGACTTAATAGACACCGAATCATTCATACTGGAGAGAAGTTTTATAATTGTAATGAA  1326
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||
Sbjct 1253  GCTTTACTTCTATTTCACGACTTAATAGACACCGAATAATTCATACTGGAGAGAAATTGTATAATTGTAATGAA  1326

Query 1327  TGTGGTAAAGCCTTAAGCTCCCACTCAACACTTATTATTCACGAGCGAATTCATACTGGAGAAAAACCATGTAA  1400
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327  TGTGGTAAAGCCTTAAGCTCCCACTCAACACTTATTATTCATGAGCGAATTCATACTGGAGAAAAACCATGTAA  1400

Query 1401  ATGTAAAGTATGTGGAAAAGCCTTCAGACAGAGTTCAGCTCTCATTCAACATCAGAGAATGCATACTGGAGAAA  1474
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401  ATGTAAAGTATGTGGAAAAGCCTTCAGACAGAGTTCCGCTCTCATTCAACATCAGAGAATGCATACTGGAGAAA  1474

Query 1475  GACCCTATAAATGTAACGAGTGTGGGAAAACATTCAGGTGTAACTCATCACTTAGTAATCACCAGAGAATTCAT  1548
            ||||||||||.||||||||.||||..|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475  GACCCTATAAGTGTAACGAATGTGACAAAACATTCAGGTGTAACTCATCGCTTAGTAATCACCAGAGAATTCAT  1548

Query 1549  ACTGGAGAGAAACCATATCGATGTGAGGAATGTGGGATATCTTTTGGCCAAAGTTCAGCTCTTATTCAGCATCG  1622
            ||||||||||||||||||||||||...|||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.||.||||.
Sbjct 1549  ACTGGAGAGAAACCATATCGATGTTTAGAATGTGGGATGTCTTTTGGCCAAAGTGCAGCTCTTATACAACATCA  1622

Query 1623  AAGGATTCATACAGGAGAAAAACCCTTTAAATGTAATACATGTGGAAAAACTTTTAGACAAAGCTCATCACGTA  1696
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1623  GAGGATTCATACAGGAGAAAAACCCTTTAAATGTAATACATGTGGAAAAACTTTTAGACAAAGCTCATCACTTA  1696

Query 1697  TTGCACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATACATGTGGGAAACTTTTCAACCATAGG  1770
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|.|||.|||
Sbjct 1697  TTGCACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATGCATGTGGGAAACTCTTTAGCCAGAGG  1770

Query 1771  TCATCCCTTACTAATCATTATAAAATTCATATCGAAGAGGACCCC---------------------  1815
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||.||                     
Sbjct 1771  TCATCCCTTACTAATCATTATAAAATTCACATTGAAGAGGACTCCTTAAAAGCCGATTTGCATGTG  1836