Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07140
• Subject: NM_001354726.1
• Aligned Length: 2820
• Identities: 2239
• Gaps: 579

Alignment

Query    1  ATGGCTCGGAAACGCGCGGCCGGCGGGGAGCCGCGGGGACGCGAACTGCGCAGCCAGAAATCCAAGGCCAAGAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAAGGCCCGGCGTGAGGAGGAGGAGGAGGATGCCTTTGAAGATGAGAAACCCCCAAAGAAGAGCCTTCTCTCCA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAGTTTCACAAGGAAAGAGGAAAAGAGGCTGCAGTCATCCTGGGGGTTCAGCAGATGGTCCAGCAAAAAAGAAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GTGGCCAAGGTGACTGTTAAATCTGAAAACCTCAAGGTTATAAAGGATGAAGCCCTCAGCGATGGGGATGACCT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  CAGGGACTTTCCAAGTGACCTCAAGAAGGCACACCATCTGAAGAGAGGGGCTACCATGAATGAAGACAGCAATG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AAGAAGAGGAAGAAAGTGAAAATGATTGGGAAGAGGTTGAAGAACTTAGTGAGCCTGTGCTGGGTGACGTGAGA  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GAAAGTACAGCCTTCTCTCGATCTCTTCTGCCTGTGAAGCCAGTGGAGATAGAGATTGAAACGCCAGAGCAGGC  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  GAAGACAAGAGAAAGAAGTGAAAAGATAAAACTGGAGTTTGAGACATATCTTCGGAGGGCGATGAAACGTTTCA  592
                                                                         |||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------ATGAAACGTTTCA  13

Query  593  ATAAAGGGGTCCATGAGGACACACACAAGGTTCACCTTCTCTGCCTGCTAGCAAATGGCTTCTATCGAAATAAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   14  ATAAAGGGGTCCATGAGGACACACACAAGGTTCACCTTCTCTGCCTGCTAGCAAATGGCTTCTATCGAAATAAC  87

Query  667  ATCTGCAGCCAGCCAGATCTGCATGCTATTGGCCTGTCCATCATCCCAGCCCGCTTTACCAGAGTGCTGCCTCG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   88  ATCTGCAGCCAGCCAGATCTGCATGCTATTGGCCTGTCCATCATCCCAGCCCGCTTTACCAGAGTGCTGCCTCG  161

Query  741  AGATGTGGACACCTACTACCTCTCAAACCTGGTGAAGTGGTTCATTGGAACATTTACAGTTAATGCAGAACTTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  AGATGTGGACACCTACTACCTCTCAAACCTGGTGAAGTGGTTCATTGGAACATTTACAGTTAATGCAGAACTTT  235

Query  815  CAGCCAGTGAACAAGATAACCTGCAGACTACATTGGAAAGGAGATTTGCTATTTACTCTGCTCGAGATGATGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  236  CAGCCAGTGAACAAGATAACCTGCAGACTACATTGGAAAGGAGATTTGCTATTTACTCTGCTCGAGATGATGAG  309

Query  889  GAATTGGTCCATATATTCTTACTGATTCTCCGGGCTCTGCAGCTCTTGACCCGGCTGGTATTGTCTCTACAGCC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  GAATTGGTCCATATATTCTTACTGATTCTCCGGGCTCTGCAGCTCTTGACCCGGCTGGTATTGTCTCTACAGCC  383

Query  963  AATTCCTCTGAAGTCAGCAACAGCAAAGGGAAAGAAACCTTCCAAGGAAAGATTGACTGCGGATCCAGGAGGCT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  AATTCCTCTGAAGTCAGCAACAGCAAAGGGAAAGAAACCTTCCAAGGAAAGATTGACTGCGGATCCAGGAGGCT  457

Query 1037  CCTCAGAAACTTCCAGCCAAGTTCTAGAAAACCACACCAAACCAAAGACCAGCAAAGGAACCAAACAAGAGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  CCTCAGAAACTTCCAGCCAAGTTCTAGAAAACCACACCAAACCAAAGACCAGCAAAGGAACCAAACAAGAGGAA  531

Query 1111  ACCTTTGCTAAGGGCACCTGCAGGCCAAGTGCCAAAGGGAAGAGGAACAAGGGAGGCAGAAAGAAACGGAGCAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  ACCTTTGCTAAGGGCACCTGCAGGCCAAGTGCCAAAGGGAAGAGGAACAAGGGAGGCAGAAAGAAACGGAGCAA  605

Query 1185  GCCCTCCTCCAGCGAGGAAGATGAGGGCCCAGGAGACAAGCAGGAGAAGGCAACCCAGCGACGTCCGCATGGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  GCCCTCCTCCAGCGAGGAAGATGAGGGCCCAGGAGACAAGCAGGAGAAGGCAACCCAGCGACGTCCGCATGGCC  679

Query 1259  GGGAGCGGCGGGTGGCCTCCAGGGTGTCTTATAAAGAGGAGAGTGGGAGTGATGAGGCTGGCAGCGGCTCTGAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  GGGAGCGGCGGGTGGCCTCCAGGGTGTCTTATAAAGAGGAGAGTGGGAGTGATGAGGCTGGCAGCGGCTCTGAT  753

Query 1333  TTTGAGCTCTCCAGTGGAGAAGCCTCTGATCCCTCTGATGAGGATTCCGAACCTGGCCCTCCAAAGCAGAGGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  TTTGAGCTCTCCAGTGGAGAAGCCTCTGATCCCTCTGATGAGGATTCCGAACCTGGCCCTCCAAAGCAGAGGAA  827

Query 1407  AGCCCCCGCTCCTCAGAGGACAAAGGCTGGGTCCAAGAGTGCCTCCAGGACCCATCGTGGGAGCCATCGTAAGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  AGCCCCCGCTCCTCAGAGGACAAAGGCTGGGTCCAAGAGTGCCTCCAGGACCCATCGTGGGAGCCATCGTAAGG  901

Query 1481  ACCCAAGCTTGCCAGCGGCATCCTCAAGCTCTTCAAGCAGTAAAAGAGGCAAGAAAATGTGCAGCGATGGTGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  ACCCAAGCTTGCCAGCGGCATCCTCAAGCTCTTCAAGCAGTAAAAGAGGCAAGAAAATGTGCAGCGATGGTGAG  975

Query 1555  AAGGCAGAAAAAAGAAGCATAGCTGGTATAGACCAGTGGCTAGAGGTGTTCTGTGAGCAGGAGGAAAAGTGGGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  AAGGCAGAAAAAAGAAGCATAGCTGGTATAGACCAGTGGCTAGAGGTGTTCTGTGAGCAGGAGGAAAAGTGGGT  1049

Query 1629  ATGTGTAGACTGTGTGCACGGTGTGGTGGGCCAGCCTCTGACCTGTTACAAGTACGCCACCAAGCCCATGACCT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  ATGTGTAGACTGTGTGCACGGTGTGGTGGGCCAGCCTCTGACCTGTTACAAGTACGCCACCAAGCCCATGACCT  1123

Query 1703  ATGTGGTGGGCATTGACAGTGACGGCTGGGTCCGAGATGTCACACAGAGGTACGACCCAGTCTGGATGACAGTG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124  ATGTGGTGGGCATTGACAGTGACGGCTGGGTCCGAGATGTCACACAGAGGTACGACCCAGTCTGGATGACAGTG  1197

Query 1777  ACCCGCAAGTGCCGGGTTGATGCTGAGTGGTGGGCCGAGACCTTGAGACCATACCAGAGCCCATTTATGGACAG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198  ACCCGCAAGTGCCGGGTTGATGCTGAGTGGTGGGCCGAGACCTTGAGACCATACCAGAGCCCATTTATGGACAG  1271

Query 1851  GGAGAAGAAAGAAGACTTGGAGTTTCAGGCAAAACACATGGACCAGCCTTTGCCCACTGCCATTGGCTTATATA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272  GGAGAAGAAAGAAGACTTGGAGTTTCAGGCAAAACACATGGACCAGCCTTTGCCCACTGCCATTGGCTTATATA  1345

Query 1925  AGAACCACCCTCTGTATGCCCTGAAGCGGCATCTCCTGAAATATGAGGCCATCTATCCCGAGACAGCTGCCATC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346  AGAACCACCCTCTGTATGCCCTGAAGCGGCATCTCCTGAAATATGAGGCCATCTATCCCGAGACAGCTGCCATC  1419

Query 1999  CTTGGGTATTGTCGTGGAGAAGCGGTCTACTCCAGGGATTGTGTGCACACTCTGCATTCCAGAGACACGTGGCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1420  CTTGGGTATTGTCGTGGAGAAGCGGTCTACTCCAGGGATTGTGTGCACACTCTGCATTCCAGGGACACGTGGCT  1493

Query 2073  GAAGAAAGCAAGAGTGGTGAGGCTTGGAGAAGTACCCTACAAGATGGTGAAAGGCTTTTCTAACCGTGCTCGGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494  GAAGAAAGCAAGAGTGGTGAGGCTTGGAGAAGTACCCTACAAGATGGTGAAAGGCTTTTCTAACCGTGCTCGGA  1567

Query 2147  AAGCCCGACTTGCTGAGCCCCAGCTGCGGGAAGAAAATGACCTGGGCCTGTTTGGCTACTGGCAGACAGAGGAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568  AAGCCCGACTTGCTGAGCCCCAGCTGCGGGAAGAAAATGACCTGGGCCTGTTTGGCTACTGGCAGACAGAGGAG  1641

Query 2221  TATCAGCCCCCAGTGGCCGTGGACGGGAAGGTGCCCCGGAACGAGTTTGGGAATGTGTACCTCTTCCTGCCCAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642  TATCAGCCCCCAGTGGCCGTGGACGGGAAGGTGCCCCGGAACGAGTTTGGGAATGTGTACCTCTTCCTGCCCAG  1715

Query 2295  CATGATGCCTATTGGCTGTGTCCAGCTGAACCTGCCCAATCTACACCGCGTGGCCCGCAAGCTGGACATCGACT  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716  CATGATGCCTATTGGCTGTGTCCAGCTGAACCTGCCCAATCTACACCGCGTGGCCCGCAAGCTGGACATCGACT  1789

Query 2369  GTGTCCAGGCCATCACTGGCTTTGATTTCCATGGCGGCTACTCCCATCCCGTGACTGATGGATACATCGTCTGC  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790  GTGTCCAGGCCATCACTGGCTTTGATTTCCATGGCGGCTACTCCCATCCCGTGACTGATGGATACATCGTCTGC  1863

Query 2443  GAGGAATTCAAAGACGTGCTCCTGACTGCCTGGGAAAATGAGCAGGCAGTCATTGAAAGGAAGGAGAAGGAGAA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864  GAGGAATTCAAAGACGTGCTCCTGACTGCCTGGGAAAATGAGCAGGCAGTCATTGAAAGGAAGGAGAAGGAGAA  1937

Query 2517  AAAGGAGAAGCGGGCTCTAGGGAACTGGAAGTTGCTGGCCAAAGGTCTGCTCATCAGGGAGAGGCTGAAGCGTC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938  AAAGGAGAAGCGGGCTCTAGGGAACTGGAAGTTGCTGGCCAAAGGTCTGCTCATCAGGGAGAGGCTGAAGCGTC  2011

Query 2591  GCTACGGGCCCAAGAGTGAGGCAGCAGCTCCCCACACAGATGCAGGAGGTGGACTCTCTTCTGATGAAGAGGAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012  GCTACGGGCCCAAGAGTGAGGCAGCAGCTCCCCACACAGATGCAGGAGGTGGACTCTCTTCTGATGAAGAGGAG  2085

Query 2665  GGGACCAGCTCTCAAGCAGAAGCGGCCAGGATACTGGCTGCCTCCTGGCCTCAAAACCGAGAAGATGAAGAAAA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086  GGGACCAGCTCTCAAGCAGAAGCGGCCAGGATACTGGCTGCCTCCTGGCCTCAAAACCGAGAAGATGAAGAAAA  2159

Query 2739  GCAGAAGCTGAAGGGTGGGCCCAAGAAGACCAAAAGGGAAAAGAAAGCAGCAGCTTCCCACCTGTTCCCATTTG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160  GCAGAAGCTGAAGGGTGGGCCCAAGAAGACCAAAAGGGAAAAGAAAGCAGCAGCTTCCCACCTGTTCCCATTTG  2233

Query 2813  AGAAGCTG  2820
            ||.|||||
Sbjct 2234  AGCAGCTG  2241