Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07193
• Subject: NM_001083315.2
• Aligned Length: 1775
• Identities: 1377
• Gaps: 262

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
                                                       .||  ||||..|.|.|     |.|||     
Sbjct    1  -------------------------------------------ATG--TTTGGTACTGA-----ATCTT-----  19

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct   20  CATTGAGCATGTTTTTGAACACGTTAACCCCAAAGTTCTACGTGGCCCTGACAGGCACTTCCTCGCTAATATCG  93

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct   94  GGACTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAGTATGGAACATCTTTCATTGAACAAGTCTCCGTAAG  167

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG  370
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct  168  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAATAATTCTAATTCCAGTAATGGAGACTCAG  241

Query  371  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  444
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||.
Sbjct  242  ATTCCAACAGACAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTGAATCTGTTTAGGGGTGCGGAATAT  315

Query  445  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  518
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  316  AATCGGTACACTTGGGTCACAGGACGAGAGCCTCTGACCTACTATGACATGAACCTCTCTGCCCAGGACCACCA  389

Query  519  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  592
            ||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct  390  GACATTCTTTACTTGTGATTCAGATCATCTTCGCCCTGCAGATGCAATAATGCAAAAAGCTTGGAGAGAAAGGA  463

Query  593  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  666
            ||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|                          
Sbjct  464  ACCCTCAAGCCAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAACG--------------------------  511

Query  667  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  740
                                                       |||||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct  512  -------------------------------------------AGTGTGCAACTGCGTACATTCTCTTGGCGGA  542

Query  741  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  814
            |||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  543  AGAAGAAGCGACAACTATTGCTGAAGCAGAAAAACTCTTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGTTGTTACC  616

Query  815  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  888
            |.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct  617  GGCGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGGTCCCAGTATGAAGCTCAACACAGACGAGACACCAATGTCTTAGTC  690

Query  889  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  962
            ||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  691  TATATCAAAAGAAGGCTGGCGATGTGTGCCCGGAGACTTGGAAGGACCAGAGAAGCAGTGAAGATGATGAGAGA  764

Query  963  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  1036
            |||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.|||||||||||.|
Sbjct  765  TTTAATGAAGGAGTTTCCCCTCCTAAGCATGTTCAATATCCATGAGAACCTTCTAGAAGCTCTTCTGGAACTCC  838

Query 1037  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1110
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  839  AAGCTTATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCGGCGACAATATGC  912

Query 1111  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1184
            ||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||
Sbjct  913  TACACAGCCGCCCTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCAGAGGCTGCGTCTCGGAGGGGGCT  986

Query 1185  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1258
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct  987  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAAGCCATCCACAGAGCTGTGGAATTTAATCCACACGTGCCAAAATATC  1060

Query 1259  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1332
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1061  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTCCCACCAGAACACATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCGATAGCATAT  1134

Query 1333  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1406
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGGGTGGAAGGGGCTTTGAATCTCTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1208

Query 1407  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1480
            |||.|||||||||||.||||||.||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1209  TTTCCGGATGATCCCGTATCCCCTGGAGAAGGGACACCTATTTTATCCATACCCAATCTGTACAGAAACAGCTG  1282

Query 1481  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1554
            ||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1283  ACCGGGAGCTGCTTCCCTCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAACTTCCCTTCTTCATCCTCTTC  1356

Query 1555  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1628
            |||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1357  ACTGCTGGACTGTGCTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTTCCGGAACTTATGGGAGTCTT  1430

Query 1629  CGCAAAAGCTATGATTGACATTTTCTGCTCGGCAGAGTTCAGGGACTGGAATTG--------CAAGAGTATTTT  1694
            |||||||||            ||||  |||.||           |||    |||        |..||  |.|||
Sbjct 1431  CGCAAAAGC------------TTTC--CTCAGC-----------ACT----TTGTTTGCCCCCTTGA--ACTTT  1473

Query 1695  CATGCGTGTTGAAGATGAACTGGAAATC--CCTCCGGCACCTCAATTT-----CAACATTTCCAAAAC-----  1755
                 ||..||.|||  ||.||||||.|  |||||    ||||.|.||     ||.||  .|..|.||     
Sbjct 1474  -----GTTATGGAGA--AAGTGGAAAGCATCCTCC----CCTCCAGTTTGTGGCATCA--GCTGACACGGATC  1533