Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07193
- Subject:
- NM_001289627.1
- Aligned Length:
- 1775
- Identities:
- 1441
- Gaps:
- 202
Alignment
Query 1 ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA 148
|.|| ||..||
Sbjct 1 -----------------------------------------------------------ATGA-AATATG---- 10
Query 149 CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA 222
||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 11 CAGTGAGCATGTTTTTGAACACGTTAACCCCAAAGTTCTACGTGGCCCTGACAGGCACTTCCTCGCTAATATCG 84
Query 223 GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG 296
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 85 GGACTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAGTATGGAACATCTTTCATTGAACAAGTCTCCGTAAG 158
Query 297 CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG 370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 159 CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAATAATTCTAATTCCAGTAATGGAGACTCAG 232
Query 371 ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC 444
|||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||.
Sbjct 233 ATTCCAACAGACAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTGAATCTGTTTAGGGGTGCGGAATAT 306
Query 445 AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA 518
||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 307 AATCGGTACACTTGGGTCACAGGACGAGAGCCTCTGACCTACTATGACATGAACCTCTCTGCCCAGGACCACCA 380
Query 519 GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA 592
||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 381 GACATTCTTTACTTGTGATTCAGATCATCTTCGCCCTGCAGATGCAATAATGCAAAAAGCTTGGAGAGAAAGGA 454
Query 593 ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC 666
||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455 ACCCTCAAGCCAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAACGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC 528
Query 667 CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct 529 CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCGTACATTCTCTTGGCGGA 602
Query 741 AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC 814
|||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 603 AGAAGAAGCGACAACTATTGCTGAAGCAGAAAAACTCTTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGTTGTTACC 676
Query 815 GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG 888
|.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 677 GGCGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGGTCCCAGTATGAAGCTCAACACAGACGAGACACCAATGTCTTAGTC 750
Query 889 TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA 962
||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 751 TATATCAAAAGAAGGCTGGCGATGTGTGCCCGGAGACTTGGAAGGACCAGAGAAGCAGTGAAGATGATGAGAGA 824
Query 963 TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC 1036
|||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.|||||||||||.|
Sbjct 825 TTTAATGAAGGAGTTTCCCCTCCTAAGCATGTTCAATATCCATGAGAACCTTCTAGAAGCTCTTCTGGAACTCC 898
Query 1037 AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC 1110
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 899 AAGCTTATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCGGCGACAATATGC 972
Query 1111 TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT 1184
||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||
Sbjct 973 TACACAGCCGCCCTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCAGAGGCTGCGTCTCGGAGGGGGCT 1046
Query 1185 GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC 1258
|||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1047 GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAAGCCATCCACAGAGCTGTGGAATTTAATCCACACGTGCCAAAATATC 1120
Query 1259 TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT 1332
|||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1121 TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTCCCACCAGAACACATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCGATAGCATAT 1194
Query 1333 GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC 1406
|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGGGTGGAAGGGGCTTTGAATCTCTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC 1268
Query 1407 TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG 1480
|||.|||||||||||.||||||.||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1269 TTTCCGGATGATCCCGTATCCCCTGGAGAAGGGACACCTATTTTATCCATACCCAATCTGTACAGAAACAGCTG 1342
Query 1481 ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT 1554
||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1343 ACCGGGAGCTGCTTCCCTCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAACTTCCCTTCTTCATCCTCTTC 1416
Query 1555 ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT 1628
|||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1417 ACTGCTGGACTGTGCTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTTCCGGAACTTATGGGAGTCTT 1490
Query 1629 CGCAAAAGCTATGATTGACATTTTCTGCTCGGCAGAGTTCAGGGACTGGAATTG--------CAAGAGTATTTT 1694
||||||||| |||| |||.|| ||| ||| |..|| |.|||
Sbjct 1491 CGCAAAAGC------------TTTC--CTCAGC-----------ACT----TTGTTTGCCCCCTTGA--ACTTT 1533
Query 1695 CATGCGTGTTGAAGATGAACTGGAAATC--CCTCCGGCACCTCAATTT-----CAACATTTCCAAAAC----- 1755
||..||.||| ||.||||||.| ||||| ||||.|.|| ||.|| .|..|.||
Sbjct 1534 -----GTTATGGAGA--AAGTGGAAAGCATCCTCC----CCTCCAGTTTGTGGCATCA--GCTGACACGGATC 1593