Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07193
- Subject:
- NM_001369599.1
- Aligned Length:
- 1772
- Identities:
- 1559
- Gaps:
- 187
Alignment
Query 1 ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA 148
.|| ||||..|.|.| |.|||
Sbjct 1 -------------------------------------------ATG--TTTGGCACTGA-----ATCTT----- 19
Query 149 CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA 222
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 CATTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA 93
Query 223 GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 94 GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG 167
Query 297 CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG 241
Query 371 ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC 315
Query 445 AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA 389
Query 519 GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA 463
Query 593 ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC 537
Query 667 CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA 611
Query 741 AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC 685
Query 815 GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG 759
Query 889 TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 760 TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA 833
Query 963 TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC 907
Query 1037 AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC 981
Query 1111 TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT 1055
Query 1185 GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC 1129
Query 1259 TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT 1203
Query 1333 GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC 1277
Query 1407 TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG 1351
Query 1481 ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT 1425
Query 1555 ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT 1499
Query 1629 CGCAAAAGCTATGATTGACATTTTCTGCTCGGCAGAGTTCAGGGACTGGAATTGC------AAGAGTATTTTCA 1696
||||||||| |||| |||.|| |||....|||| || |.| ||.|||
Sbjct 1500 CGCAAAAGC------------TTTC--CTCAGC-----------ACTTTGTTTGCCCCCTTAA-ACT-TTGTCA 1546
Query 1697 TGCGTGTTGAAGATGAACTGGAAATC--CCTCCGGCACCTCAATTT----CAACATTTCCAAAAC----- 1755
|| ||..||.||||.|.| ||||| ||.| ||.|.| ||.|| .|.||.||
Sbjct 1547 TG---------GAGAAAGTGGAGAGCATCCTCC--CATC-CAGTCTGTGGCACCA--GCTAACACGGATC 1602