Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07193
• Subject: NM_022332.3
• Aligned Length: 1775
• Identities: 1446
• Gaps: 193

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
                                                       .||  ||||..|.|.|     |.|||     
Sbjct    1  -------------------------------------------ATG--TTTGGTACTGA-----ATCTT-----  19

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct   20  CATTGAGCATGTTTTTGAACACGTTAACCCCAAAGTTCTACGTGGCCCTGACAGGCACTTCCTCGCTAATATCG  93

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct   94  GGACTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAGTATGGAACATCTTTCATTGAACAAGTCTCCGTAAG  167

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG  370
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct  168  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAATAATTCTAATTCCAGTAATGGAGACTCAG  241

Query  371  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  444
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||.
Sbjct  242  ATTCCAACAGACAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTGAATCTGTTTAGGGGTGCGGAATAT  315

Query  445  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  518
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  316  AATCGGTACACTTGGGTCACAGGACGAGAGCCTCTGACCTACTATGACATGAACCTCTCTGCCCAGGACCACCA  389

Query  519  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  592
            ||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct  390  GACATTCTTTACTTGTGATTCAGATCATCTTCGCCCTGCAGATGCAATAATGCAAAAAGCTTGGAGAGAAAGGA  463

Query  593  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  666
            ||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  464  ACCCTCAAGCCAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAACGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  537

Query  667  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct  538  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCGTACATTCTCTTGGCGGA  611

Query  741  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  814
            |||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  612  AGAAGAAGCGACAACTATTGCTGAAGCAGAAAAACTCTTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGTTGTTACC  685

Query  815  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  888
            |.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct  686  GGCGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGGTCCCAGTATGAAGCTCAACACAGACGAGACACCAATGTCTTAGTC  759

Query  889  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  962
            ||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  760  TATATCAAAAGAAGGCTGGCGATGTGTGCCCGGAGACTTGGAAGGACCAGAGAAGCAGTGAAGATGATGAGAGA  833

Query  963  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  1036
            |||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.|||||||||||.|
Sbjct  834  TTTAATGAAGGAGTTTCCCCTCCTAAGCATGTTCAATATCCATGAGAACCTTCTAGAAGCTCTTCTGGAACTCC  907

Query 1037  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1110
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  908  AAGCTTATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCGGCGACAATATGC  981

Query 1111  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1184
            ||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||
Sbjct  982  TACACAGCCGCCCTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCAGAGGCTGCGTCTCGGAGGGGGCT  1055

Query 1185  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1258
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1056  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAAGCCATCCACAGAGCTGTGGAATTTAATCCACACGTGCCAAAATATC  1129

Query 1259  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1332
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1130  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTCCCACCAGAACACATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCGATAGCATAT  1203

Query 1333  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1406
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGGGTGGAAGGGGCTTTGAATCTCTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1277

Query 1407  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1480
            |||.|||||||||||.||||||.||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1278  TTTCCGGATGATCCCGTATCCCCTGGAGAAGGGACACCTATTTTATCCATACCCAATCTGTACAGAAACAGCTG  1351

Query 1481  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1554
            ||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1352  ACCGGGAGCTGCTTCCCTCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAACTTCCCTTCTTCATCCTCTTC  1425

Query 1555  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1628
            |||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1426  ACTGCTGGACTGTGCTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTTCCGGAACTTATGGGAGTCTT  1499

Query 1629  CGCAAAAGCTATGATTGACATTTTCTGCTCGGCAGAGTTCAGGGACTGGAATTG--------CAAGAGTATTTT  1694
            |||||||||            ||||  |||.||           |||    |||        |..||  |.|||
Sbjct 1500  CGCAAAAGC------------TTTC--CTCAGC-----------ACT----TTGTTTGCCCCCTTGA--ACTTT  1542

Query 1695  CATGCGTGTTGAAGATGAACTGGAAATC--CCTCCGGCACCTCAATTT-----CAACATTTCCAAAAC-----  1755
                 ||..||.|||  ||.||||||.|  |||||    ||||.|.||     ||.||  .|..|.||     
Sbjct 1543  -----GTTATGGAGA--AAGTGGAAAGCATCCTCC----CCTCCAGTTTGTGGCATCA--GCTGACACGGATC  1602