Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07193
- Subject:
- NR_161418.1
- Aligned Length:
- 2465
- Identities:
- 1679
- Gaps:
- 725
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GTCTTACTGCTACAGCAGGGCTGGGGATTGCAGTATCCGCTGTTGCTGCTGCTCCCAGTCCTGCCCCTGCTGCT 74
Query 1 --------------------ATGGCTGAAGCGGCCACG--GGCTTTC----------TGG---------AGCAG 33
||..|.||||.|| |||| |||.||| ||| |||||
Sbjct 75 ACCTAGTCCAGCCTCACCGCATCCCAGAAGAGG-CACGTCGGCCTTCATTTGCCTAGTGGATTTTCAAAAGCAG 147
Query 34 CTC-------------------AAG---TCCTGCAT-------------------------AGTTTG------- 53
||| ||| .|.||||| ||.|.|
Sbjct 148 CTCTTCGGTTTTTGGTGCTGTTAAGAGACCTTGCATTTCAATCACACCGGGAGAAAACTGAAGCTCGTAACAGG 221
Query 54 ---GTCT------TGGACGTATCTGTGGAC-----CGTGTGGTTCTTCAT----CGTGCTAT---TCCTGGTC- 105
.||| |||||..|.|| ||||| .||.||| |||||| |.||||.| .||.|.||
Sbjct 222 AGAATCTGGCAGCTGGACACAGCT-TGGACTGCATTGTCTGG--CTTCATGACCCCTGCTGTGTAGCCGGCTCA 292
Query 106 ------------------TACA---TCCTGCGGGTGCC----------------------------------TT 124
|||| |||| ||..|..| ||
Sbjct 293 TCTCTTCACTCTCACATGTACACTCTCCT-CGCTTTTCTTTCTTTTTTTTTTCCCTTTTCTTTCTTCTAATTTT 365
Query 125 TGAAAATCAAC-------GACAAC-----TTGAGCA---------CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACA 177
|.||||.||.| |.||.| ||| ||| ||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 TAAAAAGCAGCCTCTGGAGCCAGCCATGTTTG-GCACTGAATCTTCATTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACA 438
Query 178 CCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCAGGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTA 251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 439 CCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCAGGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTA 512
Query 252 TTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAGCCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTG 325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 TTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAGCCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTG 586
Query 326 ACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAGATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGC 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 ACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAGATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGC 660
Query 400 AAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATACAATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGA 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATACAATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGA 734
Query 474 GCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCAGACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATC 547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 GCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCAGACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATC 808
Query 548 TGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAAACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCAT 621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAAACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCAT 882
Query 622 GAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCCCTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGAT 695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 GAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCCCTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGAT 956
Query 696 AAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGAAGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAG 769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGAAGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAG 1030
Query 770 AAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACCGACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGA 843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 AAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACCGACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGA 1104
Query 844 TCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTGTACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGC 917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTGTACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGC 1178
Query 918 CAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGATTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTA 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 CAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGATTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTA 1252
Query 992 TGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTACAAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTA 1065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 TGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTACAAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTA 1326
Query 1066 GCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGCTACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 GCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGCTACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGC 1400
Query 1140 TGTCTCTGACAA-------------------------------------------------------------- 1151
||||||||||||
Sbjct 1401 TGTCTCTGACAAATCGCCAGTACCTACTGCAACATCTTTTCTCCCTACACAGCGACTCCAGCTTGGGAGGGCAG 1474
Query 1152 -------------------------------------------------------------------------- 1151
Sbjct 1475 GGCCAGGGTTGTCACAGCTTCCCCTGTGGTGTCTGCCTGCCAAGCACAGCTCTGGAGTTAGCCCTGGGTGTGAG 1548
Query 1152 ATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCTGAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAG 1225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 ATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCTGAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAG 1622
Query 1226 CTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACCTACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATC 1299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACCTACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATC 1696
Query 1300 CTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATATGCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGC 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 CTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATATGCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGC 1770
Query 1374 TTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCACTTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTAT 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 TTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCACTTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTAT 1844
Query 1448 TTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAGACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTAC 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 TTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAGACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTAC 1918
Query 1522 CCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTTACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCT 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTTACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCT 1992
Query 1596 GACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTTCGCAAAAGCTATGATT------GACATTTTCTGCTCGGC-- 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || .||.||.|.|||.| |
Sbjct 1993 GACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTTCGCAAAAGCT----TTCCTCAGCACTTTGTTTGCCC--CCT 2060
Query 1662 -AGAGT---TCAGGGACTGGAATTGCAAGAGTAT--TTTCAT---GCGTGTTG--------AAGA-TGAACTG- 1716
|.|.| |||.||| |.||.|| .||||.|| |..||| |..|||.| ||.| .||.|||
Sbjct 2061 TAAACTTTGTCATGGA--GAAAGTG-GAGAGCATCCTCCCATCCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATCTGA 2131
Query 1717 GA-AATCCCT------CCGGCACCTCA-------ATTTCAACATTTCC------AAAAC--------------- 1755
|| ||.|||| |...||||||| .|..||.|||.||| ..|||
Sbjct 2132 GAGAAGCCCTGTCCTCCACTCACCTCACCCGCCGCTGCCACCATCTCCTCTGTGCCAACTCCTTGTGGACCGCA 2205
Query 1756 -------------------------------------------------------------------------- 1755
Sbjct 2206 AGAAAGCATGACTTTGAAAAAGGGAAGCCATTCCGAGATTTTAAAATGTTCATGGACTATTCCATATTAAAAGC 2279
Query 1756 -------------------------------------------------------------------------- 1755
Sbjct 2280 TGTTTTTGTTGTACAAAATTCACTGATGTTCAGTTCTATTTTATTTTGCCTTCAGAAAAGAAGAAAGTCAAAAA 2353
Query 1756 -------------------------------------------------------------------------- 1755
Sbjct 2354 TAAAACTTTTGTGTATTACAGCAATCATTTGTATCCTCCTGTGTCTTCCAACCCTAAAATTGTTGATGTCCCAA 2427
Query 1756 ----------------------- 1755
Sbjct 2428 ATAAACCTTTGGATTTACCTTGA 2450