Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07314
• Subject: NM_001004364.2
• Aligned Length: 2889
• Identities: 2507
• Gaps: 30

Alignment

Query    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCCAG  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCTAG  74

Query   75  CTTCACCACCCGCACGGCGCAGTGCCGGAACACTGTGGCGGCCATCGAGGAGGCTTTGGACGTGGACCGGATGG  148
            |||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CTTCACCACGCGCACGGCCCAGTGCCGGAACACCGTGGCGGCCATCGAGGAGGCTTTGGACGTGGACCGGATGG  148

Query  149  TTCTTTACAAAATGAAGAAATCCGTGAAAGCAATCAACAGCTCTGGGCTGGCTCACGTGGAAAATGAAGAGCAG  222
            ||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.|.||||||||||||.||||||||.||.||.||.|||
Sbjct  149  TTCTCTACAAAATGAAGAAATCTGTGAAGGCAATCAATATCTCTGGGCTGGCACACGTGGAGAACGAGGAACAG  222

Query  223  TACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTTGGCGGCAACCGTGTATGCAGAGATGACCCAGATTTAGGAAGTGCGTTCCT  296
            |||||||||||||||||||||||.||.||||||.||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||
Sbjct  223  TACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTCGGTGGCAACTGTGTGTGCAGAGATGATCCAGACTTAGGAAGCGCGTTTCT  296

Query  297  GAAGTTCTCAGTGTTTACAAAGGAGTTGACAGCACTTTTCAAAAACCTGATTCAGAATATGAACAACATAATCT  370
            |||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  297  GAAGTTCTCTGTGTTCACCAAGGAGTTGACGGCACTCTTCAAAAACCTGATTCAGAACATGAACAACATCATCT  370

Query  371  CCTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAGGGGGACCTGAAAGGAGTGAAAGGGGATCTGAAAAAGCCTTTTGATAAA  444
            |.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  371  CGTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAAGGAGATCTGAAAGGAGTAAAAGGGGATCTGAAAAAGCCCTTTGATAAA  444

Query  445  GCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAGATAGAAAAGGAGAAAAAGGAACACGCCAAGCTCCATGGGAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct  445  GCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAAATAGAAAAGGAGAAAAAGGAGCATGCCAAGCTCCACGGGAT  518

Query  519  GATTCGGACTGAAATAAGCGGAGCGGAAATTGCCGAAGAGATGGAAAAGGAGAGGCGCTTCTTCCAGCTACAGA  592
            ||||||.||||||||||||||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||||
Sbjct  519  GATTCGTACTGAAATAAGCGGGGCTGAGATTGCAGAGGAGATGGAGAAGGAAAGACGGTTCTTCCAGCTGCAGA  592

Query  593  TGTGCGAGTATCTGCTGAAGGTCAACGAAATCAAGATTAAAAAGGGAGTAGATTTACTTCAGAATCTGATCAAA  666
            ||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct  593  TGTGTGAGTACCTGCTGAAGGTCAATGAAATCAAGGTGAAAAAGGGAGTGGATTTGCTTCAGAATCTGATCAAG  666

Query  667  TACTTTCATGCCCAATGCAATTTTTTTCAGGATGGACTCAAAGCCGTGGAAAGCCTCAAACCTTCCATTGAAAC  740
            ||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||.|.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct  667  TACTTTCACGCCCAGTGCAATTTTTTCCAGGATGGATTGAAAGCAGTAGAAAGCCTCAAGCCTTCCATCGAGAC  740

Query  741  GCTGTCTACGGATCTTCACACGATCAAACAGGCCCAGGATGAAGAAAGAAGGCAGTTGATACAGCTTCGAGATA  814
            |||.||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|..|.|||.|||||||.||||||||||
Sbjct  741  GCTCTCCACGGACCTCCACACCATCAAACAGGCCCAGGATGAGGAACGGCGACAGCTGATACAACTTCGAGATA  814

Query  815  TTTTGAAATCCGCATTGCAGGTTGAACAGAAAGAGGACTCCCAAATTCGTCAGAGCACAGCTTATAGCTTACAT  888
            |||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||.||.||.|||||.||.|||||||||
Sbjct  815  TTTTGAAGTCAGCATTGCAGGTGGAACAGAAAGAGGACTCACAACTTCGCCAAAGTACAGCCTACAGCTTACAT  888

Query  889  CAGCCTCAGGGAAACAAGGAACATGGGACCGAGCGGAACGGCAGCCTCTACAAGAAGAGTGACGGGATCCGAAA  962
            ||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||.|||||||.|.|||||||||||||||.||.||||||||.||
Sbjct  889  CAACCTCAGGGAAACAAGGAGCATGGAACAGAGAGGAACGGGAACCTCTACAAGAAGAGCGATGGGATCCGGAA  962

Query  963  AGTGTGGCAGAAAAGGAAATGTTCAGTTAAAAATGGTTTTCTGACCATATCCCATGGTACCGCTAACCGGCCTC  1036
            ||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.||||||||.|
Sbjct  963  AGTGTGGCAGAAGAGGAAGTGTTCCGTTAAAAATGGCTTCCTCACCATCTCCCACGGCACTGCCAACCGGCCAC  1036

Query 1037  CTGCAAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTGAAGACCAACCCTGAGGAGAAGAAGTGCTTTGACCTTATTTCA  1110
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||
Sbjct 1037  CTGCCAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTGAAGACCAATCCTGAGGAGAAGAAGTGTTTCGACCTCATATCA  1110

Query 1111  CATGACAGAACTTACCACTTTCAAGCTGAAGATGAACAGGAATGTCAAATATGGATGTCTGTGCTGCAAAATAG  1184
            ||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 1111  CATGACAGGACGTACCACTTCCAAGCGGAAGACGAACAAGAATGTCAGATATGGATGTCTGTACTGCAGAACAG  1184

Query 1185  CAAAGAAGAAGCTTTAAACAATGCATTTAAGGGGGATGACAATACTGGAGAAAATAACATCGTCCAAGAACTGA  1258
            |||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1185  CAAGGAAGAAGCTCTGAACAACGCCTTTAAGGGTGATGACAACACTGGAGAAAATAACATCGTCCAAGAGCTGA  1258

Query 1259  CAAAGGAGATCATCTCAGAAGTGCAGAGGATGACGGGCAATGACGTCTGCTGTGACTGTGGGGCGCCAGATCCT  1332
            |.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.
Sbjct 1259  CCAAGGAGATCATCTCGGAGGTGCAGAGGATGACGGGCAATGACGTGTGCTGCGACTGTGGGGCACCAGATCCG  1332

Query 1333  ACATGGCTTTCCACCAACCTGGGCATCCTGACCTGCATCGAGTGTTCCGGAATCCACCGAGAGCTGGGGGTTCA  1406
            ||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1333  ACGTGGCTCTCTACCAACCTGGGCATCCTGACTTGCATCGAGTGCTCTGGGATCCACCGGGAGCTGGGGGTTCA  1406

Query 1407  TTATTCCAGGATGCAGTCCCTGACCTTAGATGTACTGGGAACATCTGAGCTGCTGCTCGCCAAGAATATTGGGA  1480
            |||.||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||
Sbjct 1407  TTACTCCAGGATGCAGTCCCTGACATTAGATGTATTGGGAACGTCTGAGCTTCTGCTTGCCAAGAATATCGGGA  1480

Query 1481  ATGCAGGCTTTAATGAGATCATGGAATGTTGCCTACCAGCTGAGGACTCAGTCAAACCCAACCCAGGCAGCGAC  1554
            ||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||..||||||||.|||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1481  ATGCAGGCTTTAATGAAATTATGGAGTGTTGCCTACCGTCTGAGGACCCAGTCAAGCCCAACCCAGGCAGTGAC  1554

Query 1555  ATGAATGCAAGAAAGGACTACATCACAGCCAAGTACATCGAGAGGAGATACGCAAGGAAGAAGCACGCGGATAA  1628
            ||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||.|||||.||.||.|.
Sbjct 1555  ATGATTGCAAGGAAGGACTACATCACAGCCAAGTACATGGAGAGGAGATATGCACGGAAAAAGCATGCCGACAC  1628

Query 1629  CGCGGCGAAGCTTCACAGTCTTTGCGAGGCCGTCAAAACGAGAGATATTTTTGGATTGCTCCAAGCTTATGCTG  1702
            ||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1629  CGCGGCGAAGCTCCACAGCCTTTGCGAGGCCGTCAAGACCAGAGACATTTTTGGGTTACTCCAAGCTTATGCTG  1702

Query 1703  ATGGTGTGGATCTTACGGAAAAAATCCCACTGGCCAACGGACATGAGCCGGATGAAACGGCCCTCCACCTTGCA  1776
            ||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1703  ATGGTGTGGACCTGACAGAGAAAATCCCACTGGCCAATGGGCATGAGCCAGATGAGACAGCCCTCCATCTTGCA  1776

Query 1777  GTCAGATCCGTGGATCGAACCTCTCTTCACATTGTAGACTTTTTAGTTCAGAACAGTGGGAACCTGGATAAACA  1850
            ||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||..|.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GTCAGATCTGTGGACCGGACTTCCCTTCACATTGTAGACTTCCTGGTCCAGAACAGTGGGAACCTGGATAAACA  1850

Query 1851  GACAGGGAAAGGCAGCACAGCCCTGCACTACTGCTGCCTGACCGACAATGCCGAGTGCCTCAAGTTGCTCCTGC  1924
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.|.|||||||
Sbjct 1851  GACAGGCAAGGGCAGCACAGCCCTGCACTACTGCTGCCTGACAGACAATGCTGAGTGCCTCAAGCTCCTCCTGC  1924

Query 1925  GGGGGAAGGCCTCCATCGAGATAGCAAACGAGTCAGGAGAGACTCCGCTGGACATTGCCAAGCGCCTCAAGCAC  1998
            ||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||.||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1925  GGGGAAAAGCCTCCATTGAGATAGCCAATGAGTCAGGAGAGACCCCGTTGGACATTGCTAAGCGGCTCAAGCAC  1998

Query 1999  GAGCACTGTGAGGAGCTGCTGACCCAAGCCTTATCTGGAAGATTTAATTCTCACGTTCACGTTGAATATGAATG  2072
            ||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||..|.|||||.||.||.||||||||.||.||||||||
Sbjct 1999  GAACACTGTGAGGAACTGCTCACTCAGGCCTTGTCGGGGCGGTTTAACTCCCATGTTCACGTCGAGTATGAATG  2072

Query 2073  GCGACTACTCCACGAAGACCTGGATGAAAGTGATGACGACATGGATGAGAAATTGCAGCCCAGTCCCAACCGGC  2146
            |||.||.||.|||||.|||||||||||.||.||.|||||..||||.|||||..|.|||||.|||||||||||.|
Sbjct 2073  GCGGCTGCTGCACGAGGACCTGGATGAGAGCGACGACGATGTGGACGAGAAGCTACAGCCTAGTCCCAACCGAC  2146

Query 2147  GGGAAGACCGGCCCATCAGCTTCTACCAGCTGGGCTCCAACCAGCTTCAGTCTAACGCTGTATCTTTGGCCAGA  2220
            ||||.||||||||..|.|||||||||||||||||.||||.||||.|||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2147  GGGAGGACCGGCCTGTTAGCTTCTACCAGCTGGGGTCCAGCCAGTTTCAGTCCAATGCTGTGTCTTTGGCCAGA  2220

Query 2221  GATGCTGCAAACCTTGCCAAGGACAAGCAGA-GGGCTTTCATGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGACTTACGGAG  2293
            |||.||||||||||..||||||||||||||| ||||||| ..||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 2221  GATACTGCAAACCTCACCAAGGACAAGCAGAGGGGCTTT-GGGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGACCTATGGAG  2293

Query 2294  CCCTCCTGAGTGGCAGCCCACCTCCCGCCCAGCCTGCAGCCCCCAGCACCACCAGCGCCCCCCCGCTTCCTCCA  2367
            ||.||||||||||||||||.||..||.|||||.|...|.|||||||||||||||||||.||||||||.||.||.
Sbjct 2294  CCATCCTGAGTGGCAGCCCGCCCTCCTCCCAGTCAATACCCCCCAGCACCACCAGCGCACCCCCGCTCCCACCT  2367

Query 2368  CGGAATGTTGGCAAAGATCCCCTGACCCCCACGCCGCCCCCACCCGTTGCCAAGACGCCCAGC-GTAA---TGG  2437
            |||||||||||||||||||||||||||.||||.||.|||||.||.||.||.||||    ||.| |.||   |.|
Sbjct 2368  CGGAATGTTGGCAAAGATCCCCTGACCACCACACCACCCCCTCCTGTGGCTAAGA----CATCAGGAACTCTAG  2437

Query 2438  AAGCCTTGAGCCAGCCGAGCAAG-CCTGCCCCGCCTGGGATCTCACAGATCAGGCCCCCACCTCTGCCCCCACA  2510
            |||||.|||.||||||||||||| ||| |||..|||||||.||||||||.||.||||||.||.|||||.||.||
Sbjct 2438  AAGCCATGAACCAGCCGAGCAAGTCCT-CCCAACCTGGGACCTCACAGAGCAAGCCCCCGCCCCTGCCACCTCA  2510

Query 2511  GCCGCCCAGCCGCCTCCCGCAGAAGAAGCCTGCGCCGGGGGCTGACAAGTCCACCCCACTGACCAACAAAGGCC  2584
            |||.|||||||||||.||.||||||||.||.||..|.|||.||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|
Sbjct 2511  GCCACCCAGCCGCCTGCCTCAGAAGAAACCAGCTTCCGGGACTGACAAGCCAACCCCGCTGACCAACAAAGGAC  2584

Query 2585  AACCGAGAGGACCTGTGGATCTCTCTGCAACGGAAGCTCTGGGTCCTCTGTCCAATGCTATGGTCCTGCAGCCC  2658
            |.||||||||||||                  ||||||..|||||||||||||||.||.||||.||||||||||
Sbjct 2585  AGCCGAGAGGACCT------------------GAAGCTTCGGGTCCTCTGTCCAACGCCATGGCCCTGCAGCCC  2640

Query 2659  CCTGCACCCATGCCTAGGAAGTCGCAGGCAACCAAGTTGAAGCCTAAGCGGGTGAAAGCGCTCTATAACTGTGT  2732
            ||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||..|||||.|||||.||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 2641  CCAGCACCCATGCCTAGGAAGTCACAGGCGACCAAGTCAAAGCCCAAGCGAGTGAAAGCACTCTACAACTGCGT  2714

Query 2733  GGCTGACAACCCCGATGAGCTCACCTTCTCCGAGGGGGATGTGATCATCGTGGACGGGGAGGAGGACCAGGAGT  2806
            ||||||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||
Sbjct 2715  GGCTGACAACCCAGACGAGCTGACTTTCTCTGAGGGCGACGTGATCATTGTGGATGGGGAAGAGGATCAGGAGT  2788

Query 2807  GGTGGATTGGCCACATTGATGGAGATCCTGGTCGCAAAGGCGCATTCCCGGTGTCATTTGTGCACTTTATCGCT  2880
            |||||||.||||||||.||||||||.||..|.||||||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.|||
Sbjct 2789  GGTGGATCGGCCACATCGATGGAGAGCCCAGCCGCAAAGGAGCGTTTCCCGTATCGTTTGTGCACTTTATTGCT  2862

Query 2881  GAC  2883
            |||
Sbjct 2863  GAC  2865