Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07449
• Subject: NM_001363559.2
• Aligned Length: 2349
• Identities: 2262
• Gaps: 84

Alignment

Query    1  ATGGAAAGCCCTGGAGAGTCAGGCGCGGGCTCTCCTGGAGCCCCCAGCCCGTCCAGCTTCACTACTGGGCACCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGCGAGAGAAAAGCCAGCCCAGGACCCACTGTATGACGTGCCCAATGCCAGCGGCGGGCAGGCAGGCGGGCCGC  148
                      |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ----------ATGCCAGCCCAGGACCCACTGTATGACGTGCCCAATGCCAGCGGCGGGCAGGCAGGCGGGCCGC  64

Query  149  AGCGGCCGGGGCGCGTTGTGAGCCTGCGGGAGCGCCTGCTGCTCACCCGGCCCGTGTGGCTGCAGCTGCAAGCC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   65  AGCGGCCGGGGCGCGTTGTGAGCCTGCGGGAGCGCCTGCTGCTCACCCGGCCCGTGTGGCTGCAGCTGCAAGCC  138

Query  223  AACGCAGCGGCCGCACTGCACATGCTGAGGACCGAGCCCCCGGGGACGTTCCTCGTGCGGAAATCTAACACCCG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  139  AACGCAGCGGCCGCACTGCACATGCTGAGGACCGAGCCCCCGGGGACGTTCCTCGTGCGGAAATCTAACACCCG  212

Query  297  CCAGTGCCAGGCCCTGTGCATGCGGTTGCCTGAAGCCAGTGGCCCCTCCTTCGTCTCCAGCCACTACATCCTGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  213  CCAGTGCCAGGCCCTGTGCATGCGGTTGCCTGAAGCCAGTGGCCCCTCCTTCGTCTCCAGCCACTACATCCTGG  286

Query  371  AGAGCCCTGGCGGCGTCTCCTTGGAGGGCTCGGAGCTCATGTTCCCAGACCTAGTCCAGCTCATCTGTGCCTAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  287  AGAGCCCTGGCGGCGTCTCCTTGGAGGGCTCGGAGCTCATGTTCCCAGACCTAGTCCAGCTCATCTGTGCCTAC  360

Query  445  TGCCACACCCGGGACATCCTTCTCCTCCCGCTGCAGCTCCCCAGAGCCATCCACCACGCAGCCACTCACAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361  TGCCACACCCGGGACATCCTTCTCCTCCCGCTGCAGCTCCCCAGAGCCATCCACCACGCAGCCACTCACAAAGA  434

Query  519  GCTGGAGGCCATCTCCCATCTGGGCATTGAGTTCTGGAGCTCCTCCCTCAACATCAAGGCTCAGCGGGGCCCGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  435  GCTGGAGGCCATCTCCCATCTGGGCATTGAGTTCTGGAGCTCCTCCCTCAACATCAAGGCTCAGCGGGGCCCGG  508

Query  593  CTGGAGGCCCAGTGTTGCCCCAGCTGAAGGCCCGGTCCCCTCAAGAGCTGGACCAGGGCACCGGAGCCGCCTTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  509  CTGGAGGCCCAGTGTTGCCCCAGCTGAAGGCCCGGTCCCCTCAAGAGCTGGACCAGGGCACCGGAGCCGCCTTG  582

Query  667  TGCTTCTTCAACCCCCTGTTCCCGGGGGACCTAGGGCCCACCAAGCGGGAGAAATTCAAGAGAAGCTTCAAAGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  583  TGCTTCTTCAACCCCCTGTTCCCGGGGGACCTAGGGCCCACCAAGCGGGAGAAATTCAAGAGAAGCTTCAAAGT  656

Query  741  GCGCGTGTCCACAGAGACCTCCAGCCCCCTGTCTCCACCTGCCGTGCCACCTCCCCCCGTCCCCGTGCTGCCAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  657  GCGCGTGTCCACAGAGACCTCCAGCCCCCTGTCTCCACCTGCCGTGCCACCTCCCCCCGTCCCCGTGCTGCCAG  730

Query  815  GGGCAGTCCCCAGCCAGACAGAGCGGCTGCCCCCTTGCCAGCTGCTACGGAGGGAGAGCTCAGTGGGGTACCGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  731  GGGCAGTCCCCAGCCAGACAGAGCGGCTGCCCCCTTGCCAGCTGCTACGGAGGGAGAGCTCAGTGGGGTACCGC  804

Query  889  GTGCCAGCAGGCAGTGGCCCTAGCCTTCCGCCTATGCCCTCCCTCCAAGAGGTGGACTGCGGCTCCCCCAGCAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  805  GTGCCAGCAGGCAGTGGCCCTAGCCTTCCGCCTATGCCCTCCCTCCAAGAGGTGGACTGCGGCTCCCCCAGCAG  878

Query  963  CTCCGAGGAGGAGGGGGTGCCAGGGTCCCGGGGGAGCCCAGCGACCTCACCCCACCTGGGCCGCCGACGACCTC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  879  CTCCGAGGAGGAGGGGGTGCCAGGGTCCCGGGGGAGCCCAGCGACCTCACCCCACCTGGGCCGCCGACGACCTC  952

Query 1037  TGCTTCGGTCCATGAGCGCCGCCTTCTGCTCCCTACTGGCACCGGAGCGGCAGGTGGGCCGGGCTGCGGCAGCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  953  TGCTTCGGTCCATGAGCGCCGCCTTCTGCTCCCTACTGGCACCGGAGCGGCAGGTGGGCCGGGCTGCGGCAGCA  1026

Query 1111  CTGATGCAGGACCGACACACAGCCGCGGGCCAGCTGGTGCAGGACCTACTGACCCAGGTGCGGGCTGGGCCCGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027  CTGATGCAGGACCGACACACAGCCGCGGGCCAGCTGGTGCAGGACCTACTGACCCAGGTGCGGGCTGGGCCCGA  1100

Query 1185  GCCCCAGGAGCTGCAGGGCATCCGTCAGGCGCTGAGCCGGGCCCGGGCCATGCTGAGTGCGGAGCTGGGCCCTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101  GCCCCAGGAGCTGCAGGGCATCCGTCAGGCGCTGAGCCGGGCCCGGGCCATGCTGAGTGCGGAGCTGGGCCCTG  1174

Query 1259  AGAAGCTGCTGTCGCCTAAGAGGCTGGAACATGTCCTGGAGAAGTCATTGCATTGCTCTGTGCTCAAGCCTCTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175  AGAAGCTGCTGTCGCCTAAGAGGCTGGAACATGTCCTGGAGAAGTCATTGCATTGCTCTGTGCTCAAGCCTCTC  1248

Query 1333  CGGCCCATCCTGGCAGCCCGCCTGCGGCGCCGGCTTGCCGCAGACGGCTCCCTGGGCCGCCTAGCTGAGGGCCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249  CGGCCCATCCTGGCAGCCCGCCTGCGGCGCCGGCTTGCCGCAGACGGCTCCCTGGGCCGCCTAGCTGAGGGCCT  1322

Query 1407  CCGCCTGGCCCGGGCCCAGGGCCCCGGAGCCTTCGGGTCCCACCTGAGCCTGCCCTCCCCAGTAGAGTTGGAGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323  CCGCCTGGCCCGGGCCCAGGGCCCCGGAGCCTTCGGGTCCCACCTGAGCCTGCCCTCCCCAGTAGAGTTGGAGC  1396

Query 1481  AAGTGCGCCAGAAGCTGCTGCAGCTGCTCCGCACCTACTCACCCAGCGCCCAGGTCAAGCGGCTCCTGCAGGCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397  AAGTGCGCCAGAAGCTGCTGCAGCTGCTCCGCACCTACTCACCCAGCGCCCAGGTCAAGCGGCTCCTGCAGGCC  1470

Query 1555  TGCAAGCTGCTCTACATGGCCCTGAGGACCCAGGAAGGGGAGGGCGCGGGTGCCGACGAGTTCCTGCCTCTGCT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471  TGCAAGCTGCTCTACATGGCCCTGAGGACCCAGGAAGGGGAGGGCGCGGGTGCCGACGAGTTCCTGCCTCTGCT  1544

Query 1629  GAGCCTCGTCTTGGCCCACTGTGACCTTCCTGAGCTGCTGCTGGAGGCCGAGTACATGTCGGAGCTGCTGGAGC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545  GAGCCTCGTCTTGGCCCACTGTGACCTTCCTGAGCTGCTGCTGGAGGCCGAGTACATGTCGGAGCTGCTGGAGC  1618

Query 1703  CCAGCCTGCTTACTGGAGAGGGTGGCTACTACCTGACCAGCCTCTCTGCCAGCCTGGCCCTGCTGAGTGGCCTG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619  CCAGCCTGCTTACTGGAGAGGGTGGCTACTACCTGACCAGCCTCTCTGCCAGCCTGGCCCTGCTGAGTGGCCTG  1692

Query 1777  GGTCAGGCCCACACCCTCCCACTGAGCCCCGTGCAGGAGCTACGGCGCTCCCTCAGCCTCTGGGAGCAGCGCCG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693  GGTCAGGCCCACACCCTCCCACTGAGCCCCGTGCAGGAGCTACGGCGCTCCCTCAGCCTCTGGGAGCAGCGCCG  1766

Query 1851  CCTGCCTGCCACCCACTGCTTCCAGCACCTCCTCCGAGTAGCCTATCAGGATCCCAGCAGTGGCTGCACCTCCA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1767  CCTGCCTGCCACCCACTGCTTCCAGCACCTCCTCCGAGTAGCCTATCAGGATCCCAGCAGTGGCTGCACCTCCA  1840

Query 1925  AGACCCTGGCCGTGCCCCCAGAGGCCTCGATTGCCACCCTGAACCAGCTCTGTGCCACCAAGTTCCGAGTGACC  1998
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841  AGACCCTGGCCGTGCCCCCAGAAGCCTCGATTGCCACCCTGAACCAGCTCTGTGCCACCAAGTTCCGAGTGACC  1914

Query 1999  CAGCCCAACACTTTTGGCCTCTTCCTGTACAAGGAGCAGGGCTACCACCGCCTGCCCCCTGGGGCCCTGGCCCA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915  CAGCCCAACACTTTTGGCCTCTTCCTGTACAAGGAGCAGGGCTACCACCGCCTGCCCCCTGGGGCCCTGGCCCA  1988

Query 2073  CAGGCTGCCCACCACTGGCTACCTCGTCTACCGCCGGGCAGAGTGGCCTGAGACCCAGGGGGCTGTGACAGAGG  2146
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1989  CAGGCTGCCCACCACTGGCTACCTCGTCTACCGCCGGGCGGAGTGGCCTGAGACCCAGGGGGCTGTGACAGAGG  2062

Query 2147  AGGAGGGCAGTGGGCAGTCAGAGGCAAGAAGCAGAGGGGAGGAGCAAGGGTGCCAGGGAGATGGGGATGCTGGG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063  AGGAGGGCAGTGGGCAGTCAGAGGCAAGAAGCAGAGGGGAGGAGCAAGGGTGCCAGGGAGATGGGGATGCTGGG  2136

Query 2221  GTCAAAGCCAGCCCCAGGGACATTCGGGAACAGTCTGAGACAACTGCTGAAGGGGGCCAGGGTCAAGCCCAGGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137  GTCAAAGCCAGCCCCAGGGACATTCGGGAACAGTCTGAGACAACTGCTGAAGGGGGCCAGGGTCAAGCCCAGGA  2210

Query 2295  AGGCCCTGCTCAGCCAGGGGAACCAGAGGCAGAGGGAAGCCGGGCAGCAGAGGAG  2349
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211  AGGCCCTGCTCAGCCAGGGGAACCAGAGGCAGAGGGAAGCCGGGCAGCAGAGGAG  2265