Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07628
• Subject: XM_005252342.5
• Aligned Length: 3042
• Identities: 2939
• Gaps: 102

Alignment

Query    1  ATGAGGGTCCCTGTATTTGAGGATATAAAAGATGAAACTGAAGAAGAAAAGATAGGGGAAGAAGAAAATGAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGGTCCCTGTATTTGAGGATATAAAAGATGAAACTGAAGAAGAAAAGATAGGGGAAGAAGAAAATGAAGA  74

Query   75  AGACCAGGTCTTCTATAAGCCTGTTATTGAAGACTTAAGCATGGAATTGGCCAGAAAATGCACGGAACTCATTA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGACCAGGTCTTCTATAAGCCTGTTATTGAAGACTTAAGCATGGAATTGGCCAGAAAATGCACGGAACTCATTA  148

Query  149  GCGATATCCGTTATAAAGAAGAGTTTAAAAAGTCCAAGGATAAGTGTACATTTGTGACTGACAGTCCTATGCTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCGATATCCGTTATAAAGAAGAGTTTAAAAAGTCCAAGGATAAGTGTACATTTGTGACTGACAGTCCTATGCTA  222

Query  223  AACCATGTAAAAAATATCGGTGCTTTTATTTCTGAGGCAAAATACAAAGGCACCATTAAAGCTGACCTTTCTAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AACCATGTAAAAAATATCGGTGCTTTTATTTCTGAGGCAAAATACAAAGGCACCATTAAAGCTGACCTTTCTAA  296

Query  297  TTCTCTTTATAAGCGGATGCCAGCCACAATTGACAGTGTTTTTGCAGGAGAAGTTACACAGCTCCAGAGTGAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCTCTTTATAAGCGGATGCCAGCCACAATTGACAGTGTTTTTGCAGGAGAAGTTACACAGCTCCAGAGTGAGG  370

Query  371  TGGCCTACAAGCAGAAACATGATGCTGCCAAAGGATTCTCAGATTATGCCCACATGAAGGAGCCCCCTGAGGTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGCCTACAAGCAGAAACATGATGCTGCCAAAGGATTCTCAGATTATGCCCACATGAAGGAGCCCCCTGAGGTT  444

Query  445  AAACATGCCATGGAGGTCAATAAACACCAGAGTAATATTTCTTATAGGAAAGACGTGCAGGACACCCACACGTA  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct  445  AAACATGCCATGGAGGTCAATAAACACCAGAGT-----------------------------------------  477

Query  519  CAGTGCAGAACTTGACCGACCAGACATCAAGATGGCAACCCAGATCTCTAAGATCATAAGCAATGCAGAATACA  592
                                                                         |||||||||||||
Sbjct  478  -------------------------------------------------------------AATGCAGAATACA  490

Query  593  AGAAAGGACAAGGAATAATGAATAAAGAGCCCGCTGTAATTGGAAGACCAGATTTTGAACATGCCGTGGAAGCT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  491  AGAAAGGACAAGGAATAATGAATAAAGAGCCCGCTGTAATTGGAAGACCAGATTTTGAACATGCCGTGGAAGCT  564

Query  667  TCTAAACTTTCTAGTCAAATTAAATACAAAGAAAAATTTGATAATGAAATGAAGGATAAGAAACATCATTACAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  565  TCTAAACTTTCTAGTCAAATTAAATACAAAGAAAAATTTGATAATGAAATGAAGGATAAGAAACATCATTACAA  638

Query  741  TCCTCTTGAAAGTGCTTCTTTTAGGCAGAATCAGCTTGCTGCTACACTGGCGAGCAATGTGAAGTACAAGAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  639  TCCTCTTGAAAGTGCTTCTTTTAGGCAGAATCAGCTTGCTGCTACACTGGCGAGCAATGTGAAGTACAAGAAAG  712

Query  815  ACATTCAAAATATGCATGATCCAGTTTCAGATCTCCCAAATTTGTTGTTTTTAGACCATGTTTTGAAAGCCAGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  713  ACATTCAAAATATGCATGATCCAGTTTCAGATCTCCCAAATTTGTTGTTTTTAGACCATGTTTTGAAAGCCAGC  786

Query  889  AAAATGCTCAGCGGCCGAGAATATAAAAAGCTCTTTGAGGAAAACAAAGGAATGTATCATTTTGATGCAGATGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  787  AAAATGCTCAGCGGCCGAGAATATAAAAAGCTCTTTGAGGAAAACAAAGGAATGTATCATTTTGATGCAGATGC  860

Query  963  TGTGGAACATCTGCACCATAAAGGCAATGCCGTCCTCCAAAGTCAGGTGAAATATAAAGAAGAATATGAGAAAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  861  TGTGGAACATCTGCACCATAAAGGCAATGCCGTCCTCCAAAGTCAGGTGAAATATAAAGAAGAATATGAGAAAA  934

Query 1037  ATAAGGGAAAGCCAATGCTTGAATTTGTTGAGACACCATCATATCAAGCTTCAAAGGAGGCTCAAAAGATGCAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  935  ATAAGGGAAAGCCAATGCTTGAATTTGTTGAGACACCATCATATCAAGCTTCAAAGGAGGCTCAAAAGATGCAA  1008

Query 1111  AGTGAAAAAGTTTACAAAGAGGATTTTGAGAAGGAGATTAAAGGAAGGTCATCACTGGATTTAGACAAGACTCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009  AGTGAAAAAGTTTACAAAGAGGATTTTGAGAAGGAGATTAAAGGAAGGTCATCACTGGATTTAGACAAGACTCC  1082

Query 1185  AGAATTTTTACATGTAAAGTACATCACCAACCTTCTGAGGGAGAAAGAATATAAAAAAGATTTGGAAAATGAGA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083  AGAATTTTTACATGTAAAGTACATCACCAACCTTCTGAGGGAGAAAGAATATAAAAAAGATTTGGAAAATGAGA  1156

Query 1259  TAAAAGGGAAAGGAATGGAACTTAATTCAGAAGTTCTTGATATCCAAAGAGCAAAGCGAGCCTCTGAAATGGCA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157  TAAAAGGGAAAGGAATGGAACTTAATTCAGAAGTTCTTGATATCCAAAGAGCAAAGCGAGCCTCTGAAATGGCA  1230

Query 1333  AGTGAGAAAGAATACAAGAAAGACCTGGAGTCAATAATTAAAGGGAAAGGAATGCAAGCTGGCACTGACACCCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231  AGTGAGAAAGAATACAAGAAAGACCTGGAGTCAATAATTAAAGGGAAAGGAATGCAAGCTGGCACTGACACCCT  1304

Query 1407  TGAAATGCAGCATGCCAAGAAGGCTGCAGAGATAGCGAGTGAGAAAGACTATAAAAGAGATCTGGAGACTGAAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305  TGAAATGCAGCATGCCAAGAAGGCTGCAGAGATAGCGAGTGAGAAAGACTATAAAAGAGATCTGGAGACTGAAA  1378

Query 1481  TTAAAGGGAAAGGGATGCAGGTGAGCACAGACACTCTTGATGTCCAGAGAGCTAAGAAAGCATCCGAGATGGCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379  TTAAAGGGAAAGGGATGCAGGTGAGCACAGACACTCTTGATGTCCAGAGAGCTAAGAAAGCATCCGAGATGGCC  1452

Query 1555  AGCCAGAAACAATACAAGAAGGACTTAGAAAATGAAATTAAAGGGAAAGGAATGCAAGTGAGCATGGATATCCC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453  AGCCAGAAACAATACAAGAAGGACTTAGAAAATGAAATTAAAGGGAAAGGAATGCAAGTGAGCATGGATATCCC  1526

Query 1629  AGATATCCTTCGAGCCAAGAGGACATCTGAAATCTATAGCCAGAGAAAGTATAAAGATGAAGCAGAGAAGATGC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527  AGATATCCTTCGAGCCAAGAGGACATCTGAAATCTATAGCCAGAGAAAGTATAAAGATGAAGCAGAGAAGATGC  1600

Query 1703  TTTCTAACTATTCTACCATAGCAGATACTCCTGAAATTCAGAGAATTAAGACAACTCAACAAAACATTAGTGCG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601  TTTCTAACTATTCTACCATAGCAGATACTCCTGAAATTCAGAGAATTAAGACAACTCAACAAAACATTAGTGCG  1674

Query 1777  GTATTTTATAAGAAAGAAGTGGGAGCTGGCACTGCAGTGAAAGATAGCCCAGAGATCGAACGAGTGAAGAAAAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675  GTATTTTATAAGAAAGAAGTGGGAGCTGGCACTGCAGTGAAAGATAGCCCAGAGATCGAACGAGTGAAGAAAAA  1748

Query 1851  TCAGCAGAATATTAGTTCAGTGAAATACAAAGAAGAGATTAAACATGCAACAGCCATTTCTGATCCTCCAGAAC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1749  TCAGCAGAATATTAGTTCAGTGAAATACAAAGAAGAGATTAAACATGCAACAGCCATTTCTGATCCTCCAGAAC  1822

Query 1925  TAAAGAGAGTTAAAGAAAACCAGAAGAACATCAGCAATCTCCAGTATAAAGAGCAAAACTACAAGGCCACTCCG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823  TAAAGAGAGTTAAAGAAAACCAGAAGAACATCAGCAATCTCCAGTATAAAGAGCAAAACTACAAGGCCACTCCG  1896

Query 1999  GTAAGCATGACCCCGGAGATAGAGAGAGTGAGGCGAAACCAGGAGCAGCTGAGTGCGGTAAAATATAAGGGAGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1897  GTAAGCATGACCCCGGAGATAGAGAGAGTGAGGCGAAACCAGGAGCAGCTGAGTGCGGTAAAATATAAGGGAGA  1970

Query 2073  ACTTCAACGGGGAACTGCAATTTCTGATCCACCAGAGCTGAAGAGGGCAAAAGAAAACCAGAAAAACATCAGCA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971  ACTTCAACGGGGAACTGCAATTTCTGATCCACCAGAGCTGAAGAGGGCAAAAGAAAACCAGAAAAACATCAGCA  2044

Query 2147  ATGTTTATTACAGAGGTCAGCTGGGAAGAGCTACCACTTTAAGTGTAACTCCTGAAATGGAAAGAGTGAAGAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045  ATGTTTATTACAGAGGTCAGCTGGGAAGAGCTACCACTTTAAGTGTAACTCCTGAAATGGAAAGAGTGAAGAAG  2118

Query 2221  AATCAAGAAAATATTAGCTCGGTAAAATATACCCAGGACCATAAACAGATGAAAGGTAGACCAAGTCTGATTTT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119  AATCAAGAAAATATTAGCTCGGTAAAATATACCCAGGACCATAAACAGATGAAAGGTAGACCAAGTCTGATTTT  2192

Query 2295  AGATACACCTGCTATGAGACATGTTAAAGAAGCACAAAATCATATTTCAATGGTAAAATACCATGAAGATTTTG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2193  AGATACACCTGCTATGAGACATGTTAAAGAAGCACAAAATCATATTTCAATGGTAAAATACCATGAAGATTTTG  2266

Query 2369  AAAAAACAAAGGGGAGAGGCTTTACTCCCGTCGTGGACGATCCTGTGACAGAGAGAGTGAGGAAGAACACCCAG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267  AAAAAACAAAGGGGAGAGGCTTTACTCCCGTCGTGGACGATCCTGTGACAGAGAGAGTGAGGAAGAACACCCAG  2340

Query 2443  GTGGTCAGCGATGCTGCCTATAAAGGGGTCCACCCTCACATCGTGGAGATGGACAGGAGACCTGGAATCATTGT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341  GTGGTCAGCGATGCTGCCTATAAAGGGGTCCACCCTCACATCGTGGAGATGGACAGGAGACCTGGAATCATTGT  2414

Query 2517  TGACCTCAAAGTTTGGCGCACAGATCCTGGCTCCATCTTCGACCTTGATCCCCTGGAAGACAATATTCAGTCTA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415  TGACCTCAAAGTTTGGCGCACAGATCCTGGCTCCATCTTCGACCTTGATCCCCTGGAAGACAATATTCAGTCTA  2488

Query 2591  GAAGTCTCCATATGCTCTCTGAAAAGGCGAGTCACTATAGGCGACACTGGTCTCGATCCCATTCCAGCAGTACT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489  GAAGTCTCCATATGCTCTCTGAAAAGGCGAGTCACTATAGGCGACACTGGTCTCGATCCCATTCCAGCAGTACT  2562

Query 2665  TTCGGTACAGGTCTCGGAGACGACAGGTCAGAAATCTCCGAGATTTACCCTAGCTTTTCATGCTGCAGTGAGGT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2563  TTCGGTACAGGTCTCGGAGACGACAGGTCAGAAATCTCCGAGATTTACCCTAGCTTTTCATGCTGCAGTGAGGT  2636

Query 2739  AACAAGACCGTCTGATGAAGGAGCACCTGTTCTTCCCGGAGCCTATCAGCAAAGCCATTCCCAAGGCTATGGCT  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637  AACAAGACCGTCTGATGAAGGAGCACCTGTTCTTCCCGGAGCCTATCAGCAAAGCCATTCCCAAGGCTATGGCT  2710

Query 2813  ACATGCACCAGACCAGTGTGTCATCCATGAGATCAATGCAGCATTCACCAAATCTAAGGACCTACCGAGCCATG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2711  ACATGCACCAGACCAGTGTGTCATCCATGAGATCAATGCAGCATTCACCAAATCTAAGGACCTACCGAGCCATG  2784

Query 2887  TACGATTACAGTGCCCAGGATGAAGACGAGGTCTCCTTTAGAGACGGCGACTACATCGTCAACGTGCAGCCTAT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785  TACGATTACAGTGCCCAGGATGAAGACGAGGTCTCCTTTAGAGACGGCGACTACATCGTCAACGTGCAGCCTAT  2858

Query 2961  TGACGATGGCTGGATGTACGGCACAGTGCAGAGAACGGGGAGAACAGGAATGCTCCCAGCGAATTACATTGAGT  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859  TGACGATGGCTGGATGTACGGCACAGTGCAGAGAACAGGGAGAACAGGAATGCTCCCAGCGAATTACATTGAGT  2932

Query 3035  TTGTTAAT  3042
            ||||||||
Sbjct 2933  TTGTTAAT  2940