Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07642
• Subject: NM_001198842.2
• Aligned Length: 1605
• Identities: 1463
• Gaps: 141

Alignment

Query    1  ATGGCGTCCCTTTCCCTTGCACCTGTTAACATCTTTAAGGCAGGAGCTGATGAAGAGAGAGCAGAGACAGCTCG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TCTGACTTCTTTTATTGGTGCCATCGCCATTGGAGACTTGGTAAAGAGCACCTTGGGACCCAAAGGCATGGACA  148
                                                                               |||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------------ATGGACA  7

Query  149  AAATTCTTCTAAGCAGTGGACGAGATGCCTCTCTTATGGTAACCAATGATGGTGCCACTATTCTAAAAAACATT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    8  AAATTCTTCTAAGCAGTGGACGAGATGCCTCTCTTATGGTAACCAATGATGGTGCCACTATTCTAAAAAACATT  81

Query  223  GGTGTTGACAATCCAGCAGCTAAAGTTTTAGTTGATATGTCAAGGGTTCAAGATGATGAAGTTGGTGATGGCAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   82  GGTGTTGACAATCCAGCAGCTAAAGTTTTAGTTGATATGTCAAGGGTTCAAGATGATGAAGTTGGTGATGGCAC  155

Query  297  TACCTCTGTTACCGTTTTAGCAGCAGAATTATTAAGGGAAGCAGAATCTTTAATTGCAAAAAAGATTCATCCAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  156  TACCTCTGTTACCGTTTTAGCAGCAGAATTATTAAGGGAAGCAGAATCTTTAATTGCAAAAAAGATTCATCCAC  229

Query  371  AGACCATCATAGCGGGTTGGAGAGAAGCCACGAAGGCTGCAAGAGAGGCGCTGTTGAGTTCTGCAGTTGATCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  230  AGACCATCATAGCGGGTTGGAGAGAAGCCACGAAGGCTGCAAGAGAGGCGCTGTTGAGTTCTGCAGTTGATCAT  303

Query  445  GGTTCCGATGAAGTTAAATTCCGTCAAGATTTAATGAATATTGCGGGCACAACATTATCCTCAAAACTTCTTAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  304  GGTTCCGATGAAGTTAAATTCCGTCAAGATTTAATGAATATTGCGGGCACAACATTATCCTCAAAACTTCTTAC  377

Query  519  TCATCACAAAGACCACTTTACAAAGTTAGCTGTAGAAGCAGTTCTCAGACTGAAAGGCTCTGGCAACCTGGAGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  378  TCATCACAAAGACCACTTTACAAAGTTAGCTGTAGAAGCAGTTCTCAGACTGAAAGGCTCTGGCAACCTGGAGG  451

Query  593  CAATTCATATTATCAAGAAGCTAGGAGGAAGTTTGGCAGATTCCTATTTAGATGAAGGCTTCCTGTTGGATAAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  452  CAATTCATATTATCAAGAAGCTAGGAGGAAGTTTGGCAGATTCCTATTTAGATGAAGGCTTCCTGTTGGATAAA  525

Query  667  AAAATTGGAGTAAATCAACCAAAACGAATTGAAAATGCTAAAATTCTTATTGCAAATACTGGTATGGATACAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  526  AAAATTGGAGTAAATCAACCAAAACGAATTGAAAATGCTAAAATTCTTATTGCAAATACTGGTATGGATACAGA  599

Query  741  CAAAATAAAGATATTTGGTTCCCGGGTAAGAGTTGACTCTACAGCAAAGGTTGCAGAAATAGAACATGCGGAAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  600  CAAAATAAAGATATTTGGTTCCCGGGTAAGAGTTGACTCTACAGCAAAGGTTGCAGAAATAGAACATGCGGAAA  673

Query  815  AGGAAAAAATGAAGGAGAAAGTTGAACGTATTCTTAAGCATGGAATAAATTGCTTTATTAACAGGCAATTAATT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  674  AGGAAAAAATGAAGGAGAAAGTTGAACGTATTCTTAAGCATGGAATAAATTGCTTTATTAACAGGCAATTAATT  747

Query  889  TATAATTATCCTGAACAGCTCTTTGGTGCTGCTGGTGTCATGGCTATTGAGCATGCAGATTTTGCAGGTGTGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  748  TATAATTATCCTGAACAGCTCTTTGGTGCTGCTGGTGTCATGGCTATTGAGCATGCAGATTTTGCAGGTGTGGA  821

Query  963  ACGCCTAGCTCTTGTCACAGGTGGTGAAATTGCCTCTACCTTTGATCACCCAGAACTGGTGAAGCTTGGAAGTT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  822  ACGCCTAGCTCTTGTCACAGGTGGTGAAATTGCCTCTACCTTTGATCACCCAGAACTGGTGAAGCTTGGAAGTT  895

Query 1037  GCAAACTTATCGAGGAAGTCATGATTGGAGAAGACAAACTCATTCACTTTTCTGGGGTTGCCCTTGGTGAGGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  896  GCAAACTTATCGAGGAAGTCATGATTGGAGAAGACAAACTCATTCACTTTTCTGGGGTTGCCCTTGGTGAGGCT  969

Query 1111  TGTACCATTGTTTTGCGTGGTGCCACTCAACAAATTTTAGATGAAGCAGAAAGATCATTGCATGATGCTCTTTG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  970  TGTACCATTGTTTTGCGTGGTGCCACTCAACAAATTTTAGATGAAGCAGAAAGATCATTGCATGATGCTCTTTG  1043

Query 1185  TGTTCTTGCGCAAACTGTAAAGGACTCTAGAACAGTTTATGGAGGAGGCTGTTCTGAGATGTTGATGGCTCATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044  TGTTCTTGCGCAAACTGTAAAGGACTCTAGAACAGTTTATGGAGGAGGCTGTTCTGAGATGTTGATGGCTCATG  1117

Query 1259  CTGTGACACAGCTTGCCAATAGAACACCAGGCAAAGAAGCTGTTGCAATGGAGTCTTATGCTAAAGCACTGAGA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118  CTGTGACACAGCTTGCCAATAGAACACCAGGCAAAGAAGCTGTTGCAATGGAGTCTTATGCTAAAGCACTGAGA  1191

Query 1333  ATGTTGCCAACCATCATAGCTGACAATGCAGGCTATGACAGTGCAGACCTGGTGGCACAGCTCAGGGCTGCTCA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192  ATGTTGCCAACCATCATAGCTGACAATGCAGGCTATGACAGTGCAGACCTGGTGGCACAGCTCAGGGCTGCTCA  1265

Query 1407  CAGTGAAGGCAATACCACTGCTGGATTGGATATGAGGGAAGGCACCATTGGAGATATGGCTATCCTGGGTATAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266  CAGTGAAGGCAATACCACTGCTGGATTGGATATGAGGGAAGGCACCATTGGAGATATGGCTATCCTGGGTATAA  1339

Query 1481  CAGAAAGTTTTCAAGTGAAGCGACAGGTTCTTCTGAGTGCAGCTGAAGCAGCGGAGGTGATTCTGCGTGTGGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1340  CAGAAAGTTTTCAAGTGAAGCGACAGGTTCTTCTGAGTGCAGCTGAAGCAGCAGAGGTGATTCTGCGTGTGGAC  1413

Query 1555  AACATCATCAAAGCGGCACCCAGGAAACGTGTCCCTGATCACCACCCCTGT  1605
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414  AACATCATCAAAGCGGCACCCAGGAAACGTGTCCCTGATCACCACCCCTGT  1464